View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17025_low_2 (Length: 709)

Name: NF17025_low_2
Description: NF17025
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17025_low_2
NF17025_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-697)||(9393095-9393793)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-697)||(31942725-31943426)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-697)||(1340922-1341614)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (117-626)||(46630136-46630644)
chr4 (140-695)||(5643128-5643687)
chr4 (1-155)||(5642971-5643122)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 603; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 603; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 697
Target Start/End: Original strand, 9393095 - 9393793
Alignment:
Q  1 acatagctccacacccagaatacaaatccagtaaagtccactcaggcctattagattctttaatttgtgttgacttttctttaaccccttttttatcagt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9393095 acatagctccacacccagaatacaaatccagtaaagtccactcaggcctattagattctttaatttgtgttgacttttctttaaccccttttttatcagt 9393194  T
Q  101 tgcacggacattggacccagattcacttgaaagtgttgaagtctcactttctattatggcatgtgctgtatcaatcagggaaaaccacaat-aacataaa 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||    
T  9393195 tgcacggacattggacccagattcacttgaaagtgttgaagtctcgctttctattatggcatgtgctgtatcaatcagggcaaaccacaatcaacaaaaa 9393294  T
Q  200 aaattcggtaaagctacaagcaagaaacttaagcaaatcatcataattaatttatgaaatcataccattgtcaatattagagaaagttaaatatggcaca 299  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9393295 aaatacggtaaagctacaagcaagaaacttaagcaaatcatcataattaatttatgaaatcataccattgtcaatattagagaaagttaaatatggcaca 9393394  T
Q  300 gtgtacttcatatcaaaatagaagtcacaaggaggaattttcttcttttttgcagcctgtagtaaacaaaatcaacatatttcaaaactctgaacattat 399  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||    
T  9393395 ttgtacttcatatcaaaatagaagtcacaaggaggaattttcttcttttttgcagcctgtagtaaacaaaatcaacgtatttcaaaact--gaacattat 9393492  T
Q  400 aatgcaaaattataagttatacaacaaaagaagaactacacaaagcacttacatcagaagaaatttgtacaatgtttactttcctaactaaacaatctaa 499  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9393493 aatgcaaaattacaagttatacaacaaaagaagaactacacaaagcacttacatcaggagaaatttgtacaatgtttattttcctaactaaacaatctaa 9393592  T
Q  500 aggattttcatcttttacatcagatttgaaaatcctctttttgtcaactagattcccatggtccttaatcacctgcacacacattcaaatcaccaaaatc 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  9393593 aggattttcatcttttacatcagatttgaaaattctctttttgtcaactagattcccatggtccttaatcacctgcacacgcattcatatcaccaaaatc 9393692  T
Q  600 aacaataaccctaaacagctaaacaaa-ccaaaacac--gagttaaaattcaatctttaccgtgtcttcggctctataaaaccattgggcagtaaaatat 696  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9393693 aacaataaccctaaacagctaaacaaacccaaaacacaagagttaaaattcaatatttacggtgtcttcggctctgtaaaaccattgggcagtaaaatat 9393792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 593; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 593; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 697
Target Start/End: Original strand, 31942725 - 31943426
Alignment:
Q  1 acatagctccacacccagaatacaaatccagtaaagtccactcaggcctattagattctttaatttgtgttgacttttctttaaccccttttttatcagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  31942725 acatagctccacacccagaatacaaatccagtaaagtccactcgcgcctattagattctttaatttgagttgatttttctttaacccctttcttatcagt 31942824  T
Q  101 tgcacggacattggacccagattcacttgaaagtgttgaagtctcactttctattatggcatgtgctgtatcaatcagggaaaaccacaat-aacataaa 199  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||    
T  31942825 tgcatggacattggacccagattcacttgaaagtgttgaagtcttgctttctattatggcaggtgctgtatcaatcagggcaaaccataatcaacataaa 31942924  T
Q  200 aaattcggtaaagctacaagcaagaaacttaagcaaatcatcataattaatttatgaaatcataccattgtcaatattagagaaagttaaatatggcaca 299  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  31942925 aaattcggtgaagctacatgcaagaaacttaagcaaatcatcataattaatttacaaaatcataccattgtcaatgttacagaaagttaaatatggcaca 31943024  T
Q  300 gtgtacttcatatcaaaatagaagtcacaaggaggaattttcttcttttttgcagcctgtagtaaacaaaatcaacatatttcaaaactctgaacattat 399  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31943025 gtgtacttcatatcgaaatagaagtcacaaggaggaattttcttcttttttgcagcctgtagtaaacaaaatcaacatatttcaaaactctgaacattat 31943124  T
Q  400 aatgcaaaattataagttatacaacaaaagaagaactacacaaagcacttacatcagaagaaatttgtacaatgtttactttcctaactaaacaatctaa 499  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31943125 aatgcaaaattagaagttatacaacaaaagaagaactacacaaagcacttacatcaggagaaatttgtacaatgtttactttcctaactaaacaatctaa 31943224  T
Q  500 aggattttcatcttttacatcagatttgaaaatcctctttttgtcaactagattcccatggtccttaatcacctgcacacacattcaaatcaccaaaatc 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31943225 aggattttcatcttttacatcagatttgaaaatcctctttttgtcaactagattaccatggtccttaatcacctgcacacacattcaaatcaccaaaatc 31943324  T
Q  600 aacaataaccctaaacagctaaacaaaccaaaacac----gagttaaaattcaatctttaccgtgtcttcggctctataaaaccattgggcagtaaaata 695  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31943325 aacaataaccctaaacagctaaacaaaccaaaacacaaaagagttaaaattcaatctttaccgtgtcttcggctctataaaaccattgggcagtaaaata 31943424  T
Q  696 tt 697  Q
    ||    
T  31943425 tt 31943426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 468; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 697
Target Start/End: Original strand, 1340922 - 1341614
Alignment:
Q  1 acatagctccacacccagaatacaaatccagtaaagtccactcaggcctattagattctttaatttgtgttgacttttctttaaccccttttttatcagt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||||||||| | ||||||||||     
T  1340922 acatagctccacacccagaatacaaatccagtaaagtccactcaggcctattacattctttaatttgacttgatttttctttaaccgcatttttatcagc 1341021  T
Q  101 tgcacggacattggacccagattcacttgaaagtgttgaagtctcactttctattatggcatgtgctgtatcaatcagggaaaaccacaat-aacataaa 199  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  1341022 tgcatggacattgtacccagattcacttgaaagtgttgaagtctcactttctattttggcaggtgatgtatcaatcagggtaaaccacaatcaacataaa 1341121  T
Q  200 aaa---ttcggtaaagctacaagcaagaaacttaagcaaatcatcataattaatttatgaaatcataccattgtcaatattagagaaagttaaatatggc 296  Q
    |||   ||  | |||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| ||||||||||||    
T  1341122 aaaaagtttagcaaagttacatgcaagaaacttaaacaaatcatcataattaaattatgaaatcataccattgccaacatttgagaacgttaaatatggc 1341221  T
Q  297 acagtgtacttcatatcaaaatagaagtcacaaggaggaattttcttcttttttgcagcctgtagtaaacaaaatcaacatatttcaaaactctgaacat 396  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1341222 acagtgtacttcatgtcaaaatagaattcacaaggaggaattttcttcttttttgcagcctgtagtgtataaaatcaacatatttcaaaactctgaacat 1341321  T
Q  397 tataatgcaaaattataagttatacaacaaaagaagaactacacaaagcacttacatcagaagaaatttgtacaatgtttactttcctaactaaacaatc 496  Q
    ||||||||||         ||||||||||||||||   |||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1341322 tataatgcaa---------ttatacaacaaaagaa---ctacatgaagcacttacatcaggagaaatttgtacaatgttaactttcctaactaaacaatc 1341409  T
Q  497 taaaggattttcatcttttacatcagatttgaaaatcctctttttgtcaactagattcccatggtccttaatcacctgcacacacattcaaatcaccaaa 596  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1341410 taaaggattttcatcttttacatcagatatgaaaatcctctttttgtcaaccagattcccatggtccttaatcacctgcacacacattcaaatcaccaaa 1341509  T
Q  597 atcaacaataaccctaaacagctaaacaaaccaaaacac----gagttaaaattcaatctttaccgtgtcttcggctctataaaaccattgggcagtaaa 692  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1341510 atcaacaataaccctaaacagctaaacaaaccaaaacacgaaagagttacaattcaatctttactgtgtcttcggctctgtaaaaccattgggcagtaaa 1341609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 117 - 626
Target Start/End: Original strand, 46630136 - 46630644
Alignment:
Q  117 ccagattcacttgaaagtgttgaagtctcactttctattatggcatgtgctgtatcaatcagggaaaaccacaat-aacataaaaaattc-ggtaaagct 214  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||  | ||||||| |    
T  46630136 ccagattcactagaaagtgttgaagtctcgctttctattctggcaggtgctgtatcaatcagggcaaaccacaatcaacataaaaaaaaccggtaaaggt 46630235  T
Q  215 acaagcaagaaacttaagcaaatcatcataattaatttatgaaatcataccattgtcaatattagagaaagttaaatatggcacagtgtacttcatatca 314  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  46630236 acatgcaagaaacttaagcaaaccatcgtaatttaaatatgaaatcataccattgtcaatgttggagaaagttaaatatggtacagtgtacttcatatca 46630335  T
Q  315 aaatagaagtcacaaggaggaattttcttcttttttgcagcctgtagtaaacaaaatcaacatatttcaaaactctgaacattataatgcaaaattataa 414  Q
    ||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||    
T  46630336 aaataaaattcactaggaggaattttcttcttttttgcagcctttagtatacaaaatcaacatatttcaaaactccaaacattataatgcaaaagtataa 46630435  T
Q  415 gttatacaacaaaagaagaactacacaaagcacttacatcagaagaaatttgtacaatgtttactttcctaactaaacaatctaaaggattttcatcttt 514  Q
    || || ||||||   | |||||||||||||||||| |||||| ||||||  |||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46630436 gtcatgcaacaa---aggaactacacaaagcacttgcatcaggagaaatccgtacaattcctactttcttaactaaacaatctaaaggattttcatcttt 46630532  T
Q  515 tacatcagatttgaaaatcctctttttgtcaactagattcccatggtccttaatcacctgcacacacattcaaatcaccaaaatcaacaataaccctaaa 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||| || |||||| |||||    
T  46630533 tacatcagatttgaaaatcctctttttgtcaaacagattcccgtggtccttgatcacctgcacacgtattcaaatcaccaaaataaaaaataacgctaaa 46630632  T
Q  615 cagctaaacaaa 626  Q
    ||  ||||||||    
T  46630633 catttaaacaaa 46630644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 140 - 695
Target Start/End: Original strand, 5643128 - 5643687
Alignment:
Q  140 agtctcactttctattatggcatgtgctgtatcaatcagggaaaaccacaataa-cataaaaaa-ttcggtaaagctacaagcaagaaacttaagcaaat 237  Q
    |||||| ||||||||| | | | || ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||   |||||||||||  ||||    
T  5643128 agtctcgctttctatttttgaaggttctgaatcaatcaaggaaaaccacaataaacataaaaaaattcagtaaagttacatagaagaaacttaaagaaat 5643227  T
Q  238 catcataattaatttatgaaatcataccattgtcaatattagagaaagttaaatatggcacagtgtacttcatatcaaaatagaagtcacaaggaggaat 337  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | || ||||||| |||||||| |||||| ||||||||| |||| |  |||||||||||||     
T  5643228 catcataattaaattatgaaatcataccattgtcaatgcttgaaaaagttagatatggcaaagtgtatttcatatcataatatagatcacaaggaggaac 5643327  T
Q  338 tttcttcttttttgcagcctgtagtaaa---caaaatcaacatatttcaaaactctgaacattataatgcaaaattataagttatacaacaaaagaagaa 434  Q
     ||||||| ||| ||| ||||||||| |   |||| | ||||| | |||||||||| || |  ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||       
T  5643328 attcttctctttagcatcctgtagtatatatcaaattaaacatttatcaaaactctaaaaaacataatgcaaaattataaattacacaacaaaagaa--- 5643424  T
Q  435 ctacacaaagcacttacatcagaagaaatttgtacaatgtttactttcctaactaaacaatctaaaggattttcatcttttacatcagatttgaaaatcc 534  Q
       ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5643425 ---cacaaagcacttacatcaggagaaatttgtacaatgttaactttcttaactaaacaatcaagagggttttcatctttcacatcagatttgaaaatcc 5643521  T
Q  535 tctttttgtcaactagattcccatggtccttaatcacctgcacacacattcaaatcaccaaaatcaacaataaccctaaacagctaaac-aaaccaaaac 633  Q
    | ||||  ||||  |||| |||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| |    
T  5643522 ttttttcatcaatgagatccccatggttcttgataacctgcacacacattcaaatcacaaaaatcaacaataaccctaaacatataaacaaaaccaaagc 5643621  T
Q  634 acgagt----taaaattcaatctttaccgtgtcttcggctctataaaaccattgggcagtaaaata 695  Q
    |||| |    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||    
T  5643622 acgaatcaaataaaattcaatctttaccgtatcttcagctctgtaaaaccactgagcagtaaaata 5643687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 155
Target Start/End: Original strand, 5642971 - 5643122
Alignment:
Q  1 acatagctccacacccagaatacaaatccagtaaagtccactcaggcctattagattctttaatttgtgttgacttttctttaaccccttttttatcagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    |||| ||||||||||||||  |   |   ||||| | || | || ||||||||    
T  5642971 acatagctccacacccagaatacaaatctaataaagtccactct---ctatcagattctttaattttagacaatccttcttcagccacattattatcagt 5643067  T
Q  101 tgcacggacattggacccagattcacttgaaagtgttgaagtctcactttctatt 155  Q
    |||||   |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  5643068 tgcacatgcattggacccagattcacttgatattgttgaagtctcactttctatt 5643122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University