View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17027_high_1 (Length: 798)

Name: NF17027_high_1
Description: NF17027
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17027_high_1
NF17027_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (13-783)||(45459510-45460283)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 727; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 727; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 783
Target Start/End: Original strand, 45459510 - 45460283
Alignment:
Q  13 aagggatcggaaggtttcatgaaagtcacagatcttagcacaggtgctgtcacttttacctctccttctgatcctaatggaacaggtgccaatttggtta 112  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45459510 aagggatcggagggtttcatgaaagtcacagatcttagcacaggtgctgtcacttttacctctccttctgatcctaatggaacaggtgccaatttggtta 45459609  T
Q  113 aagctgttgtggcacaaccatacaatatttcagtggtgcagatcagcactgtcattttgccaccatctttgcttgcttcctccaatgccacatcacatgc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45459610 aagctgttgtggcacaaccatacaatatttcagtggtgcagatcagcactgtcattttgccaccatctttgcttgcttcctccaatgccacatcacatgc 45459709  T
Q  213 tccttctccggctcctgttgtttcacctattccagctcctgtgccagtggtatcaccagtgccagttgcagcaccagttatagttccagtgcctatgcct 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45459710 tccttctccggctcctgttgtttcacctattccagctcctgtgccagtggtatcaccagtgccagttgcagcaccagttatagttccagtgcctatgcct 45459809  T
Q  313 gtggtatcgccagttccagtagtttcaccggtgccaatagctactccagtttcggtaccagtaaagtccccagtgccggtagcagctccagctccagtag 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45459810 gtggtatcgccagttccagtagtttcaccggtgccaatagctactccagttccggtaccagtaaagtccccagtgccggtagcagctccagctccagtag 45459909  T
Q  413 ccgtaccagctgcagctccagctccagtagacgtaccagatgaagctccagctccagggccggcaatatcacctgtggaagctccagcaccagtattatc 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  45459910 ccgtaccagctgcagctccagctccagtagccgtaccagttgaagctccagctccagggccggcaatatcacctgtggaaactccagcaccagtattatc 45460009  T
Q  513 tcctacaaatccagatgaagctgcagatggtcccaattcaggggtgataaagtctgatgtgaacaatgccttagctctcttccttactttttcctcaatc 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45460010 tcctacaaatccagatgaagctgcagatggtcccaattcaggggtgataaagtctgatgtgaacaatgccttagctctcttccttactttttcctcaatc 45460109  T
Q  613 tatgtgcttcttctgtctaggtccatgtataatatctattcatgattaattgatgttaccataatagcacac-aatagcgcatatataggagactataca 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  45460110 tatgtgcttcttctgtctaggtccatgtataatatctattcatgattaattgatgttaccataatagcacacaaatagcgcatatataggagactataca 45460209  T
Q  712 c--aacattcttttgcaaatacaatataagttgtaatttccagaaatgtcacttttctatttatttgaaaaaat 783  Q
    |  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45460210 caaaacgttcttttgcaaatacaatataagttgtaatttccagaaatgtcactgttctatttatttgaaaaaat 45460283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University