View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF17030_low_2 (Length: 599)
Name: NF17030_low_2
Description: NF17030
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17030_low_2 |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 520; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 520; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 580
Target Start/End: Original strand, 33520115 - 33520679
Alignment:
| Q |
14 |
caaagggcatggagaatattgtaggctacataaagataaaatatcataacatgcccatgtatattacagaaaatggtgcgtgaatactcaataacattat |
113 |
Q |
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| T |
33520115 |
caaagggcatggagaagattgtagactacataaagataaaatatcataacatgcccatgtatattacagaaaatggtgcgtgaatactcaataacattat |
33520214 |
T |
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| Q |
114 |
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213 |
Q |
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| T |
33520215 |
atgatctcatt--ttttttttatatgtttttgcttgatcacttgtgtgatatcaaacacttcaatatgaattaagagataaagaaaggagtgactatttg |
33520312 |
T |
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| Q |
214 |
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313 |
Q |
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| T |
33520313 |
aaggtagttttttggtatgtaaatttgggctggagttatgaattggttaatatatcatggatgactgctcaaaatttgttgcaggatattcttcgccact |
33520412 |
T |
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| Q |
314 |
caacgcaggcatgacaatgaatgatttactacatgatttcaaacggatagagtatcataaagcttaccttgcagctttgcttagagccatgaggtgagtg |
413 |
Q |
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| T |
33520413 |
caacgcaggcatgacaatgaatgatttactacatgatttcaaacggatagagtatcataaagcttaccttgcagctttgcttagagccatgaggtgagtg |
33520512 |
T |
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| Q |
414 |
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513 |
Q |
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| T |
33520513 |
atgatgaaaacaaatatatgagtagcaaccttgttttctatgaatgttttcaattatactttgtttgttgacagaggctaaatttgattatgtgcagaaa |
33520612 |
T |
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| Q |
514 |
aggtgccgatgaaagaggatacatggtatggtcattgtttgacaactttgaatggaatagtggatat |
580 |
Q |
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| T |
33520613 |
aggtgccgatgtaagaggatacatggtatggtcattgtttgacaactttgaatggaatagtggatat |
33520679 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 33495940 - 33495375
Alignment:
| Q |
14 |
caaagggcatggagaatattgtaggctacataaagataaaatatcataacatgcccatgtatattacagaaaatggtgcgtgaatactcaataacattat |
113 |
Q |
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| T |
33495940 |
caaagggcatggagaagattgtagactacataaagataaaataccaaaacctgcccatgtatattacagaaaatggtgtgtgaatactcaataacattat |
33495841 |
T |
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| Q |
114 |
atgatctcattannnnnnnnnatatgtttttgcttgatcacttgtgtgatatcaaacacttcaatatgaattaagagataaagaaaggagtgactatttg |
213 |
Q |
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| T |
33495840 |
atgatctcatt--ttctttttatatgtttttgcttgatcacttgtttaatatcaaacactttaatatgcattatgagacaaagaaaggagtgactctttg |
33495743 |
T |
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| Q |
214 |
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312 |
Q |
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33495742 |
aaggtggttttttgttatgtaaatttgggtatggaagtttgaattggttaatatatgatggatggctatacaaaatttgttgcaggatattcttcgccac |
33495643 |
T |
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| Q |
313 |
tcaacgcaggcatgacaatgaatgatttactacatgatttcaaacggatagagtatcataaagcttaccttgcagctttgcttagagccatgaggtgagt |
412 |
Q |
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| T |
33495642 |
tcaacgcaagcatgacaatgcatgatttactacatgatttcaaacggatagagtatcataaagcttaccttgcagctttgcttagagccataaggtgagt |
33495543 |
T |
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| Q |
413 |
gatgatgaaaacaaatatatgagtagcaaccttgttttctatgaatgttttcaattatactttgtttgttgacagaggctaaatttgattatgtgcagaa |
512 |
Q |
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| T |
33495542 |
gatgatgaagacaaatatatgagtagcaaccttgttttttatgaatgtttttagttatagtttgtctgttgactgagactaaatttgattatgtgcagaa |
33495443 |
T |
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| Q |
513 |
aaggtgccgatgaaagaggatacatggtatggtcattgtttgacaactttgaatggaatagtggatat |
580 |
Q |
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| T |
33495442 |
aaggtgcagatgtaagaggatatatggtatggtcgttgtttgacaactttgaatggaatagtggatat |
33495375 |
T |
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