View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17034_high_4 (Length: 686)

Name: NF17034_high_4
Description: NF17034
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17034_high_4
NF17034_high_4
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-676)||(27608873-27609531)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 643; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 643; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 27609531 - 27608873
Alignment:
Q  18 gattgaagatctctcgatactgcgtatcgatttctaccagagagttatatgtgccatgggaagaatgggggttagatcagacaatattattgcttcactg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27609531 gattgaagatctctcgatactgcgtatcgatttctaccagagagttatatgtgccatgggaagaatgggggttagatcagacaatattattgcttcactg 27609432  T
Q  118 atgcattatgctcaaacatcactgaagggtattggaaagtgtcaattatggaatcaatcaaggacaaattcaagtccaaccactatagaaaaggaccaga 217  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27609431 atgcattatgctcaaacgtcactgaagggtattggaaagtgtcaattatggaatcaatcaaggacaaattcaagtccaaccactatagaaaaggaccaga 27609332  T
Q  218 gggcaattgtggaaactattgtaaacctcatgccaacagacaaaatctcttccattattcccctgactttcttgtttggcatgttaaagatggctatcat 317  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27609331 gggcaattgttgaaactattgtcaacctcatgccaacagacaaaatctcttccattattcccctgactttcttgtttggcatgttaaagatggctatcat 27609232  T
Q  318 gttaggtgccaccattccatgtaggcttgagcttgaaagaaggatatcattaaggttggaaatggtttcacttgatgatcttcttataccatctctgcag 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27609231 gttaggtgccaccattccatgtaggcttgagcttgaaagaaggatatcattaaggttggaaatggtttcacttgatgatcttcttataccatctctgcag 27609132  T
Q  418 agtggagactccttgtttgacgtggatacagttcacaggctactagagaatttcttgcagcggattgaagaggaagaagcggaagactacggatatgaat 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27609131 agtggagactccttgtttgacgtggatacagttcacaggctactagagaatttcttgcagcggattgaagaggaagaagcggaagactacggatatgaat 27609032  T
Q  518 ccgatgggattggttctaatgggcatggttctctgctaaaagtaggtcagcttattgatgcttttttagcagagattgctcctgatccttgcttaagtct 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27609031 ccgatgggattggttctaatgggcatggttctctgctaaaagtaggtcagcttattgatgcttttttagcagaaattgctcctgatccttgcttaagtct 27608932  T
Q  618 acagaaattcatcgcattgattgagatacttcctgattatgctcgtgtcattgatgatg 676  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27608931 acagaaattcatcgcattgattgagatacttcctgattatgctcgtgtcattgatgatg 27608873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University