View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17034_low_7 (Length: 652)

Name: NF17034_low_7
Description: NF17034
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17034_low_7
NF17034_low_7
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (4-634)||(7626100-7626730)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 540; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 7626730 - 7626100
Alignment:
Q  4 tgaggaggagcacagatacatggcatgggaatgtctcacacttaccagaccaattccctaatttcacctgctccaattaacttgtgatagaacccacgta 103  Q
    |||||| || |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7626730 tgaggaagaacacacacacatggcatgggaatgtctcacacttaccagaccaattccctaatttcacctgctccaattaacttgtgatagaacccacgta 7626631  T
Q  104 cactaacactattgttttaaggtttagtacactgaataatgtacaagatcgatcattccaaacacattacatgtgtgtgacaaatgttaagggtagtata 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  7626630 cactaacactattgttttaaggtttagtacactgaataatgtacaagatcgatcattccaaacacattacatgtgtgtgacaaatgttaagagtactata 7626531  T
Q  204 atattcatcaagttatcaactacatcaacttgccagctatatataacactgtttctttcagnnnnnnnnnnnnnnnnnaacctttcaattgatcacaact 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 ||||||||||||||||||||||    
T  7626530 atattcatcaagttatcaactacatcaacttgccagctatatataacactgtttctttcagttttttctttttgttttaacctttcaattgatcacaact 7626431  T
Q  304 tgcttgagtgcaaaacacaatttgtatgttttaacaataattatgtgtatatatccttaattcttgataagatttgaacttagataacatgtcctctcat 403  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7626430 tgcttgaatgcaaaacacaatttgtatgttttaacaataattatgtgcatatatccttaattcttgataagatttgaacttagataacatgtcctctcat 7626331  T
Q  404 aaaaacacaaccaactgaattatttcaacttaaagtttttgaacaattctctttaaggaatatttttagaaattattatttccataaaaatcattatttt 503  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7626330 aacaacacaaccaactgaattatttcaacttaaagtttttcaacaattctctttaaggaatatttttagaaattattatttccataaaaatcattatttt 7626231  T
Q  504 ctacaagtttttgttgggttggaaattaggatttggaaaggacatacataccgataccaacaccctggcgtgacggctcatagtatagtaaccataacga 603  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7626230 ctacaagtttttgttgggttggaaattaggatttggaaaggacatacataccgataccaacaccctggcgtgacggctcatagtatagtaaccataacga 7626131  T
Q  604 caatgtaattcccataattttatgtcggatc 634  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7626130 caatgtaattcccataattttatgtcggatc 7626100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University