View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17039_low_1 (Length: 639)

Name: NF17039_low_1
Description: NF17039
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17039_low_1
NF17039_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-639)||(1245758-1246394)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-639)||(42010420-42011055)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 595; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 595; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 639
Target Start/End: Original strand, 1245758 - 1246394
Alignment:
Q  1 gcattcacttccacaaaacatggaggcgaggaagttggataaagggaagaaaattctaatgcctagtattagtagcctttttcctaggnnnnnnngcttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||    
T  1245758 gcattcacttccacaaaacatggaggcgaggaagttggataaagggaagaaaattctaatgcctagtattagtagcctttttcctaggaaaaaaagcttg 1245857  T
Q  101 caggttgagagaggacttccttcttaccttccaggtgagactcctttgtgaaaaatttgttctaattttgtgagagtagcatgttgatttatgtgagagt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1245858 caggttgagagaggacttccttcttaccttccaggtgagactcctttgtgaaa--tttgttctaattttgtgagagtagcatgttgatttatgtgagagt 1245955  T
Q  201 agagttctatgctatcagatttttgtcttcatcatagagtatgagggaaatgaattttgaaatatcagtagtttggtaacaaattcaggttgaatgttgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1245956 agagttctatgctatcagatttttgtcttcatcatagagtatgagggaaatgaattttgaaatatcagtagtttggtaacaaattcaggttgaatgttgc 1246055  T
Q  301 agtagattattgttgctgaattttgaggtttcatgttttgtagtctgataaactttttgcaacaagcattatgatgataataagcatttggaaaaattgt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1246056 agtagattattgttgctgaattttgaggtttcatgttttgtagtttgataaactttttgcaacaagcattatgatgataataagcatttggaaaaattgt 1246155  T
Q  401 attcttttttgtcttattctatataatctatcattcatataatttcttgatgctttactcctaaattcctgataaagataaggagagacattgcttgaag 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1246156 attcttttttgtcttattctatataatctatcattcatataatttcttgatgctttactcctaaattcctgataaagataaggagagacattgcttgaag 1246255  T
Q  501 caatttctactggcagaacaagaaattatcaaattaaaaatatatttcacattaagaaaatcaagataaagataatttgataatttaatgtaaagatact 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1246256 caatttctactggcagaacaagaaattatcaaattaaaaatatatttcacattaagaaaatcaagagaaagataatttgataatttaatgtaaagatact 1246355  T
Q  601 attcttcaagtgaggatattaaacatgattcaggtttat 639  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1246356 attcttcaagtgaggttattaaacatgattcaggtttat 1246394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 559; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 559; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 639
Target Start/End: Original strand, 42010420 - 42011055
Alignment:
Q  1 gcattcacttccacaaaacatggaggcgaggaagttggataaagggaagaaaattctaatgcctagtattagtagcctttttcctaggnnnnnnngcttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||       |||||    
T  42010420 gcattcacttccacaaaacatggaggcgaggaagttggaaaaagggaagaaaattctattgcctagtattagtagcttttttcctaggaaaaaaagcttg 42010519  T
Q  101 caggttgagagaggacttccttcttaccttccaggtgagactcctttgtgaaaaatttgttctaattttgtgagagtagcatgttgatttatgtgagagt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42010520 caggttgagagaggacttccttcttaccttccaggtgagactcctttgtgaaa--tttgttctaattttgtgagagtagcatgttgatttatgtgagagt 42010617  T
Q  201 agagttctatgctatcagatttttgtcttcatcatagagtatgagggaaatgaattttgaaatatcagtagtttggtaacaaattcaggttgaatgttgc 300  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  42010618 agagttttatgctatcagatttttgtcttcatcatagagtatgagggaaatgatttttgaaatatcagtagtttggtaacaaattcagattgaatgttgc 42010717  T
Q  301 agtagattattgttgctgaattttgaggtttcatgttttgtagtctgataaactttttgcaacaagcattatgatgataataagcatttggaaaaattgt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42010718 agtagattattgttgctgaattttgaggtttcatgttttatagtttgataaactttttgcaacaagcattatgatgataataagcatttggaaaa-ttgt 42010816  T
Q  401 attcttttttgtcttattctatataatctatcattcatataatttcttgatgctttactcctaaattcctgataaagataaggagagacattgcttgaag 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42010817 attcttttttgtcttattctatataatctatcattcatataatttcttgatgctttactcctaaattcctgataaagataaggagagacattgcttgaag 42010916  T
Q  501 caatttctactggcagaacaagaaattatcaaattaaaaatatatttcacattaagaaaatcaagataaagataatttgataatttaatgtaaagatact 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42010917 caatttctactggcagaacaagaaattatcaaattaaaaatatatttcacattaagaaaatcaagagaaagataatttgataatttaatgtaaagatact 42011016  T
Q  601 attcttcaagtgaggatattaaacatgattcaggtttat 639  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42011017 attcttcaagtgaggttattaaacatgattcaggtttat 42011055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University