View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17041_low_25 (Length: 244)

Name: NF17041_low_25
Description: NF17041
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17041_low_25
NF17041_low_25
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (10-230)||(15920827-15921047)
chr8 (10-229)||(15899799-15900018)
chr8 (10-229)||(15874050-15874270)
chr8 (10-230)||(14060465-14060685)
chr8 (10-230)||(14049094-14049314)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 161; Significance: 6e-86; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 10 - 230
Target Start/End: Original strand, 15920827 - 15921047
Alignment:
Q  10 gaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggaaattgtttgtggatggattttctttgctacactttatggca 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  15920827 gaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggatattgtttgtggatggatgttctttgctacactttatggaa 15920926  T
Q  110 aatgttgatgaccacaacccggatgccctaaatcttaagtttgaccgacttatgtacatatggagagatgctatcttgctagagaaccaacttccaaaca 209  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| |||  ||| |||||||||| ||||||||||    
T  15920927 aatgttgatgaccaatgcccggatgccctaaaccttaagtttgaccaactgatgcacatatggagagatactaatttgttagagaaccagcttccaaaca 15921026  T
Q  210 aaatgcttgagattctatgca 230  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  15921027 aaatgcttgagattctatgca 15921047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 10 - 229
Target Start/End: Original strand, 15899799 - 15900018
Alignment:
Q  10 gaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggaaattgtttgtggatggattttctttgctacactttatggca 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  15899799 gaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggatattgtttgtggatggatgttctttgctacactttatggaa 15899898  T
Q  110 aatgttgatgaccacaacccggatgccctaaatcttaagtttgaccgacttatgtacatatggagagatgctatcttgctagagaaccaacttccaaaca 209  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| || | ||| | ||||| ||||||||||| |    
T  15899899 aatgttgatgaccaatgcccggatgccctaaaccttaagtttgaccaactgatgcacatatggagagatacttttttgttggagaatcaacttccaaaaa 15899998  T
Q  210 aaatgcttgagattctatgc 229  Q
     |||||||||||||||||||    
T  15899999 taatgcttgagattctatgc 15900018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 10 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 15874270 - 15874050
Alignment:
Q  10 gaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggaaattgtttgtggatggattttctttgctacactttatggca 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  15874270 gaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggatattgtttgtggatggatgttctttgctacactttatggga 15874171  T
Q  110 aatgttgatgaccacaacccggatgccctaaatcttaagtttgaccgacttatgtacatatggagagatgctatcttgctagagaaccaacttccaaaca 209  Q
    ||||||||||||||   |||| |||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| || | ||| | ||||| |||||||| || |    
T  15874170 aatgttgatgaccaatgcccgaatgccctaaaccttaagtttgaccaactgatgcacatatggagagatactttattgttggagaatcaacttcccaaga 15874071  T
Q  210 a-aatgcttgagattctatgc 229  Q
    | |||||||||||||||||||    
T  15874070 ataatgcttgagattctatgc 15874050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 10 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 14060685 - 14060465
Alignment:
Q  10 gaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggaaattgtttgtggatggattttctttgctacactttatggca 109  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| |||||||| || |||| |    
T  14060685 gaagaacatgttcactgaagatgcaattgaaggattcaatgacaatgatcttgcttggatattgttcgtggatggatgttccttgctacatttcatggga 14060586  T
Q  110 aatgttgatgaccacaacccggatgccctaaatcttaagtttgaccgacttatgtacatatggagagatgctatcttgctagagaaccaacttccaaaca 209  Q
    ||||| ||||||||  | || || |  ||||||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||||| |   ||| ||||||||||||||||| ||     
T  14060585 aatgtcgatgaccaatatcccgaagggctaaatcttaagtttgaccaattgatgtatatatggagagatgtttcgttgttagagaaccaacttccatacc 14060486  T
Q  210 aaatgcttgagattctatgca 230  Q
    |||||||||||||| ||||||    
T  14060485 aaatgcttgagattatatgca 14060465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 10 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 14049314 - 14049094
Alignment:
Q  10 gaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggaaattgtttgtggatggattttctttgctacactttatggca 109  Q
    |||||| |||||||| || |||||||||||||| | |||||| || ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||| || ||||||| |    
T  14049314 gaagaacatgttcacggaagatgcaattgaaggattcaatgacaacgatcttgcttggatattgttcgtggatggatgttccttgctgcattttatggaa 14049215  T
Q  110 aatgttgatgaccacaacccggatgccctaaatcttaagtttgaccgacttatgtacatatggagagatgctatcttgctagagaaccaacttccaaaca 209  Q
    ||||| ||||||||  | || || |  ||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||| ||  ||| | ||||||||||||||| ||     
T  14049214 aatgtcgatgaccaatatcctgaagggctaaatcttaagtttgatcaattgatgtacatatggagagatgttaagttgttggagaaccaacttccatacc 14049115  T
Q  210 aaatgcttgagattctatgca 230  Q
    |||||||||||||| ||||||    
T  14049114 aaatgcttgagattatatgca 14049094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University