View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17043_high_8 (Length: 527)

Name: NF17043_high_8
Description: NF17043
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17043_high_8
NF17043_high_8
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (4-508)||(52173919-52174423)
chr1 (409-494)||(49710780-49710865)
chr1 (412-488)||(49683173-49683249)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (4-508)||(31595173-31595677)
chr7 (1-508)||(31576116-31576623)
chr7 (6-508)||(31604782-31605284)
chr7 (4-508)||(31608376-31608880)
chr7 (10-508)||(31618386-31618884)
chr7 (4-508)||(31614657-31615154)
chr7 (4-508)||(31585526-31586030)
chr7 (4-506)||(31541140-31541639)
chr7 (4-503)||(31572452-31572947)
chr7 (16-500)||(31438637-31439121)
chr7 (16-394)||(31532595-31532970)
chr7 (4-293)||(33304777-33305068)
chr7 (347-503)||(33305100-33305256)
chr7 (325-446)||(21898213-21898334)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (4-500)||(15062972-15063468)
chr4 (371-492)||(29083976-29084098)
[»] scaffold0394 (1 HSPs)
scaffold0394 (389-500)||(2066-2177)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (325-444)||(31189590-31189709)
chr6 (379-444)||(31145532-31145597)
chr6 (379-444)||(31171845-31171910)
chr6 (409-458)||(31201383-31201432)
chr6 (371-443)||(30955236-30955308)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 508
Target Start/End: Original strand, 52173919 - 52174423
Alignment:
4 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| || |||||||||||||| | ||| ||  |||    
52173919 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaagtttacctgatggtcgtcaagtggctgttaaagtaataaacgagttaaagggggatg 52174018  T
104 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 203  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
52174019 gagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacgtgaacattgtgtcacttttaggctattgttatgaggtgaacaaaagagcact 52174118  T
204 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaa 303  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
52174119 aatatatgaattcatgcgccaaggatcattggatcagttcatctataaaagtggattttctgaagctgtttgtgattttaattggaacactttgttccaa 52174218  T
304 attacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacg 403  Q
    ||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
52174219 attgcaattggcattgctaaaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattttgcatcttgatatcaaacctcaaaacattattttggatg 52174318  T
404 aagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggata 503  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
52174319 aagacttttgcccaaaaatatctgatttcggactagcaaaaatatgccaaaggaaggatagtgttgtgtcaatacttggcacaagaggaactataggata 52174418  T
504 tatgg 508  Q
    |||||    
52174419 tatgg 52174423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 409 - 494
Target Start/End: Original strand, 49710780 - 49710865
Alignment:
409 ttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaac 494  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||| ||| || || || ||||| |||||| ||||| |||| |||||    
49710780 ttttgtccaaaaatttcagattttggacttgctaaaatatgtctaagaaaagaaagcattgtatcaatatttggtgcaaggggaac 49710865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 412 - 488
Target Start/End: Original strand, 49683173 - 49683249
Alignment:
412 tgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaag 488  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||| ||| || || || ||||| |||||| ||||| ||||    
49683173 tgtccaaaaatttcagattttggacttgctaaaatatgtccaagaaaagaaagcattgtatcaatatttggtgcaag 49683249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 333; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 31595677 - 31595173
Alignment:
4 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 103  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
31595677 gataaattaggccacggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaacggatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgagtcaaaaggaaatg 31595578  T
104 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 203  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||  || |||||||||||    
31595577 gggaagagttcataaatgaagttgctagcatcagtagaacatcacacatgaacattgtgtcacttttaggttattgttacgaggcaaataaaagagcact 31595478  T
204 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaa 303  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| | || || |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||    
31595477 aatatatgagttcatgcccaaaggatcactagacaaattcatctataaaagtggatttcctgacgctgtttgtgattttgattcgaacactttgttccaa 31595378  T
304 attacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacg 403  Q
    ||| |  | ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
31595377 attgctatcggcattgctagaggtttagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggatactgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacg 31595278  T
404 aagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggata 503  Q
    || ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||    
31595277 aaaacttttgcccaaaaatctctgattttggactagcaaaaatatgtcaaatgaatgatagtattgtgtcaataccggggacaagaggaactataggata 31595178  T
504 tatgg 508  Q
    |||||    
31595177 tatgg 31595173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 31576623 - 31576116
Alignment:
1 cgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||    
31576623 cgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaagtttaattgatggtcgtcaagtggcggtgaaagtaataaatgaatccaaaggaa 31576524  T
101 atggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagc 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||||||||    
31576523 atggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacatcacacatgaacattgtgtcccttttaggcttttgttatgaggtggacaaaagagc 31576424  T
201 actaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttc 300  Q
    |||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||| |||    
31576423 actaatatatgaattcatgcccaatggatcattggataagttcatctataaaagtgaatttcctaacgctatttgtgattttgattggaacactttgttc 31576324  T
301 caaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttgg 400  Q
    |||||  || |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
31576323 caaatagcaattggcattgctagaggtctagagtacttgcaccaaggatgcagttcaaggattctgcatcttgatataaaacctcaaaacattcttttgg 31576224  T
401 acgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactatagg 500  Q
    | || || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| |||||| | ||  |||||||||| |||||    
31576223 atgatgatttttgcccaaaaatctctgattttggactagcgaaaatatgccaaaagaaggatagtattgtgtcaatattaggggcaagaggaacaatagg 31576124  T
501 atatatgg 508  Q
    ||||||||    
31576123 atatatgg 31576116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 6 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 31605284 - 31604782
Alignment:
6 taaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatggg 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||     
31605284 taaattaggccaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaagtttaattgatggtcgtcaagtggcggtgaaagtaataaatgaatccaaaggaaatgga 31605185  T
106 gaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcactaa 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||    
31605184 gaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacatcacacatgaacattgtgtcccttttaggcttttgttatgaggtggacaaaagagcactaa 31605085  T
206 tatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaaat 305  Q
    ||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
31605084 tatatgaattcatgcccaatggatcattggataagttcatctataaaagtgaatttcctaacgctatttgtgattttgattggaacactttgttccaaat 31604985  T
306 tacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacgaa 405  Q
      || |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||     
31604984 agcaattggcattgctagaggtctagagtacttgcaccaaggatgcagttcaaggattctgcatcttgatataaaacctcaaaacattcttttggatgat 31604885  T
406 gacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatata 505  Q
    || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| |||||| | ||  |||||||||| ||||||||||    
31604884 gatttttgcccaaaaatctctgattttggactagcgaaaatatgccaaaagaaggatagtattgtgtcaatattaggggcaagaggaacaataggatata 31604785  T
506 tgg 508  Q
    |||    
31604784 tgg 31604782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 4 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 31608880 - 31608376
Alignment:
4 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 103  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
31608880 gataaattaggccatggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaacggatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgagtcaaaaggaaatg 31608781  T
104 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 203  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| ||  |||| | ||||||||||| ||| |||||||| ||    
31608780 gggaagagttcataaatgaagttgctagcatcagtagaacatcacacctgaacattgtgtcactcttaggtttttgttatgaggtgaataaaagagcgct 31608681  T
204 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaa 303  Q
    ||||||||| | ||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
31608680 aatatatgaatacatgcccaaaggatccctggataagttcatctataagagtggatttcctgacgctgtttgtgattttgattggaacactttgttccaa 31608581  T
304 attacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacg 403  Q
     || |  | |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
31608580 gttgctatcggcattgctagaggtctcgagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggatactacatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggatg 31608481  T
404 aagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggata 503  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| | || ||| ||||||||||||||||    
31608480 aagacttttgtccaaaaatatctgattttggacttgctaaaatatgtcaaaggaaggacagtattgtgtcaatattggggacacgaggaactataggata 31608381  T
504 tatgg 508  Q
    |||||    
31608380 tatgg 31608376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 10 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 31618884 - 31618386
Alignment:
10 ttaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatggggaag 109  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||   || ||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| |||||||| ||||    
31618884 ttaggccaaggagggtatggtgttgtctacaaagcaagtttatataatagtcgtcaagtggcagtgaaagtaataagcgagacaaagggaaatggagaag 31618785  T
110 aattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcactaatata 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| ||| |||| |||||||| || | |||||||||||| ||||||||    
31618784 aattcataaatgaagttgctagcattagtaggacatcacatatgaacattgtgtcgcttttaggatattgttacgaagagaacaaaagagcgctaatata 31618685  T
210 tgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaaattaca 309  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | ||  ||||||||||| ||||||||||||| || | |||| ||    
31618684 tgaattcatgcccaaaggatcattggataagttcatctacaaaagtgaatttcctaatgccatttgtgattttgattggaacactttgtttcgaattgca 31618585  T
310 cttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacgaagact 409  Q
     |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |    
31618584 attggcattgctaaaggtctagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctacatcttgatataaaacctcaaaacattcttttggatgaagatt 31618485  T
410 tttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatgg 508  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||| | ||  ||||||||||||||||||| ||||    
31618484 tttgtccaaaaatctcagattttggactagctaaaatatgccaaaggaaggatagtattgtgtcaatattaggggcaagaggaactataggatacatgg 31618386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 4 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 31615154 - 31614657
Alignment:
4 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||   ||||||||||| ||||| ||||||||| |||| || ||||| |||||||    
31615154 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaattgatggtcgtcatgtggcggtgaaagtactaaatgagtcaaagggaaatg 31615055  T
104 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 203  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
31615054 gagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacattacacatgaacattgtatcccttttaggcttttgttatgaggtgaacaaaagagcact 31614955  T
204 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaa 303  Q
    ||||||||| |||||| || |||||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
31614954 aatatatgaattcatgtccaaaggatcattggatagtttcatctacaaaagtgaatttcctaatgctatttgtgattttaattggaacactttgttccaa 31614855  T
304 attacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacg 403  Q
    ||| || ||||||| |||||||| ||||||||||||||||       ||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
31614854 attgcaattggcatcgctagaggtctagagtacttgcatc-------tagctcaaggattctgtatcttgataccaaacctcaaaacattcttttggatg 31614762  T
404 aagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggata 503  Q
    |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||    
31614761 aagatttttgcccaaaaatctctgattttggactagcgaaaatatgccaaaagaaggatagtattgtgtcaatattaggtacaagaggaactataggata 31614662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 4 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 31586030 - 31585526
Alignment:
4 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 103  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  ||||   ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| | || |||||||    
31586030 gataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcatgtttaagtgatggtcgtcatgtggcggtgaaagtaataaatgaaactaagggaaatg 31585931  T
104 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 203  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||| |    
31585930 gagaagaattcataaatgaagtttctagcattagtagaacatcacacatcaacattgtatcacttttaggcttttgctatgaggtgaacaaaagagcatt 31585831  T
204 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaa 303  Q
     |||||||| |||||| || |||||||||||| |||||| ||||||| |||   ||||||| | ||| | | ||||||| ||||||||||||| ||||||    
31585830 gatatatgaattcatgtccaaaggatcattgggtaagtttatctatagaagccaatttcctaatgctatatatgattttgattggaacactttgttccaa 31585731  T
304 attacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacg 403  Q
    ||| || ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
31585730 attgcagttggcattgctagaggtttagagtatttgcatcaaggatgtagttcgaggattctgcatcttgatatcaaaccccaaaacattcttttggatg 31585631  T
404 aagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggata 503  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || | || ||||||||||| ||| ||||| || ||  |||||||||||||||||||    
31585630 aagatttttgtccaaaaatatctgattttggactagcaaaaatatgccgaaagaaggatagtactgtgtcaatgctaggggcaagaggaactataggata 31585531  T
504 tatgg 508  Q
    |||||    
31585530 tatgg 31585526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 4 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 31541639 - 31541140
Alignment:
4 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 103  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| | |||||||||||||| ||||||||| | ||||| || || || |||||||    
31541639 gataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatgagtctaagggaaatg 31541540  T
104 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 203  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| || ||| | || | ||||||||||   ||||||||||||||    
31541539 gagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatgag---aacaaaagagcact 31541443  T
204 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaa 303  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| | | ||| |||||  |||  ||||||| || || | ||||    
31541442 aatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattggaagacattgtaccaa 31541343  T
304 attacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacg 403  Q
    ||| || | || |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
31541342 attgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaaccacaaaacattcttttggatg 31541243  T
404 aagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggata 503  Q
    || | ||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||| | || |||||||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||    
31541242 aaaatttttgccccaaaatctctgattttggactagctaaagtatgccaaaggaatgatagtattgtgtctttacttggcacaagaggaactataggata 31541143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 4 - 503
Target Start/End: Original strand, 31572452 - 31572947
Alignment:
4 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 103  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||| |||| | |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||| || ||| |||    
31572452 gataaattaggttaaggaggatatggtgtcgtgtacaaagcaagtttacctgatggttgtcaagtggcggttaaagtaataaacgaatctaagggagatg 31572551  T
104 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 203  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| || ||| | || |  ||||||||   |||||||||||||||    
31572552 gagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttctgttatga---gaacaaaagagcact 31572648  T
204 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaa 303  Q
    ||||||||| ||||||||  | || ||| | || |||||||||| ||||||||||||||||   ||  ||||| ||||  |||||||||| || | || |    
31572649 aatatatgaattcatgccaaatggttcactagacaagttcatctttaaaagtggatttcctagtgcactttgtaatttggattggaacacgttgtaccga 31572748  T
304 attacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacg 403  Q
    ||| || | ||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |    
31572749 attgcaataggcatagctagaggactcgaatacttgcaacaaggatgtatttcaaggattttgcatcttgatataaaacc-caaaacattcttttggatg 31572847  T
404 aagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggata 503  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||    
31572848 aagatttttgcccaaaaatctctgattttggactagctcaaatatgccaaaggaaggatagtattgtgtccatacttggcacaaggggaactataggata 31572947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 16 - 500
Target Start/End: Original strand, 31438637 - 31439121
Alignment:
16 caaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatggggaagaattca 115  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||||| ||||| || || |||||||||||||  || |  || ||| | || |||||||| |    
31438637 caaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttacctgatggccgtcatgttgcggtgaaagtaataagtgagtgcaagggagacggagaagaattta 31438736  T
116 taaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcactaatatatgagtt 215  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| |||||||||   ||||||||| || ||| | || | |||||||||   ||||||||| ||| | |||||||| ||    
31438737 taaatgaagttgcaagcataagtaaaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttttgttatgaaaagaacaaaagtgcattgatatatgaatt 31438836  T
216 catgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaaattacacttggc 315  Q
    |||| || | || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  | ||| ||||||||||  ||||||||||  | ||||| ||| || || ||    
31438837 catgtccaatgggtcattagataagttcatatataaaagtggatttccaaatgctatttgtgatttggattggaacacaatgttccatattgcaattagc 31438936  T
316 attgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtc 415  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||    
31438937 attgctagaggactagagtacttacatcaaggttgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttagatgaagatttttgtc 31439036  T
416 caaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactatagg 500  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||| || ||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||||    
31439037 caaaaatatctgattttggtctagctaaaatatgtcaaaagaaagagagtgttgtttccctacttggcacaagaggaactatagg 31439121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 16 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 31532970 - 31532595
Alignment:
16 caaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatggggaagaattca 115  Q
    ||||||||||||||| | || ||||||||||  ||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||    
31532970 caaggaggatatggtatggtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtgaagtggcggtgaaagtaataaacgagtcaaagggaaatagagaagaattca 31532871  T
116 taaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcactaatatatgagtt 215  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||| || || ||| | || | ||| ||||||   ||||||||||||||||||||||| ||    
31532870 caaatgaagttgcaagcattagtagaacatcacatgtgaacatcgtttcacttttgggtttttgctatgag---aacaaaagagcactaatatatgaatt 31532774  T
216 catgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaaattacacttggc 315  Q
    |||| ||  ||||||||| ||||| ||||||   |||||||| || ||| | ||| |||||  |||  |||||||| | || | ||||||| || | |||    
31532773 catgtccagaggatcattagataaattcatcctcaaaagtgggttgcctgatgctatttgtagtttagattggaacgcattgtaccaaattgcaatcggc 31532674  T
316 attgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattc 394  Q
    ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
31532673 attgctcaaggactagaatacttgcatcaaggatgtaattcaaggattttgcatcttgatatcaaaccacaaaacattc 31532595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 4 - 293
Target Start/End: Original strand, 33304777 - 33305068
Alignment:
4 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 103  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||    
33304777 gataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacctgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaaagagtccaagggaaatg 33304876  T
104 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatca---caca--cgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaaga 198  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||   ||||||||| || ||| | || | |||||||||   ||||||||||    
33304877 gagaagaatttataaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacgtcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttttgttatga---gaacaaaaga 33304973  T
199 gcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacac 293  Q
    || || |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||| | ||| ||||||||||  ||||||||||    
33304974 gctctgatatatgaattcatgcccaaaggatcattggataagttcatccatataagtggatctcctgatgctatttgtgatttggattggaacac 33305068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 347 - 503
Target Start/End: Original strand, 33305100 - 33305256
Alignment:
347 gatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaat 446  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||  ||||    
33305100 gatgtatttcaaggattttgcatcttgatgtcaaaccccaaaacattcttttggattaagatttttgcccaaaaatctcagattttggactagctcaaat 33305199  T
447 ttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggata 503  Q
     ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
33305200 atgtcaaaggaaggatagcattgtatccatacttggtacaagaggaactataggata 33305256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 325 - 446
Target Start/End: Original strand, 21898213 - 21898334
Alignment:
325 ggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaattt 424  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||  ||| |||||| ||||||| |||||||| || || ||||||||  |||| || || ||||| ||||||||      
21898213 ggactggactacttgcatcaaggatgtgcttcgaggattgtgcatctggatatcaagccccacaacattctgctggatgatgatttttgcccaaaaatcg 21898312  T
425 ctgattttggactagcaaaaat 446  Q
    ||||||||||||| || |||||    
21898313 ctgattttggactggcgaaaat 21898334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 169; Significance: 2e-90; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 4 - 500
Target Start/End: Original strand, 15062972 - 15063468
Alignment:
4 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 103  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| | ||||| ||||| || || |||||||| |||| ||| |  || ||||| |    
15062972 gataagttgggccaaggaggatatggtgttgtttacaaagccagtttacctgatggccgtcatgtagcggtgaaagtgataagcgagtgcaagggaaacg 15063071  T
104 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 203  Q
    | |||||||| |||||||||||||| ||||| |  | ||||||||| | |||| |||| || ||| | || | ||||||||||  ||||||||||||| |    
15063072 gagaagaatttataaatgaagttgcaagcataacaaaaacatcacatatgaacgttgtttcacttttgggtttttgttatgagaagaacaaaagagcatt 15063171  T
204 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaa 303  Q
     |||||||| |||||| || | |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||  | ||| ||||||||||  |||||||||| || ||||||    
15063172 gatatatgaattcatgtccaatggatcattagataagttcatatacaaaagtggatttccaaatgctatttgtgatttggattggaacacattattccaa 15063271  T
304 attacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacg 403  Q
    ||   | ||||||||||| |||| |||||||| || |||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
15063272 atcgtaattggcattgctcgaggtctagagtatttacatcaaggttgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttagatg 15063371  T
404 aagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactatagg 500  Q
    |||| ||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||| ||| || ||| |||| || || ||||| |||||||||||||||||    
15063372 aagatttttgcccaaaaatatctgattttggtcttgctaaaatatgtcaaaagaaagagagtgttgtgtccatgcttgggacaagaggaactatagg 15063468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 371 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 29084098 - 29083976
Alignment:
371 ttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttct--gattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtatt 468  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||  |||  |||||||||||||| ||||| ||||||  |||  ||||||||    
29084098 ttgatatcaaaccccaaaacattcttttggatgacgatttttg-ccaaaaaaatctaagattttggactagctaaaatatgtcaagagaatcatagtatt 29084000  T
469 gtttcaatacttggtacaagagga 492  Q
    || || |||||||| |||| ||||    
29083999 gtgtctatacttggcacaatagga 29083976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0394 (Bit Score: 44; Significance: 8e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0394
Description:

Target: scaffold0394; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 389 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 2177 - 2066
Alignment:
389 acattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaag 488  Q
    |||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||| ||| || ||| |||| || || ||||| |||||    
2177 acattcttttagatgaagatttttgcccaaaaatatctgattttggtcttgctaaaatatgtcaaaagaaagagagtgttgtgtccatgcttgggacaag 2078  T
489 aggaactatagg 500  Q
    ||||||||||||    
2077 aggaactatagg 2066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 325 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 31189709 - 31189590
Alignment:
325 ggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaattt 424  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||   |||| ||| | ||| | || || ||||| || ||||||||||| || ||  | || |||||||||||||    
31189709 ggactagagtacttgcatagaggatgtaccacaagaattttacatttcgacataaaaccacataacattcttttagatgagaatttatgtccaaaaattt 31189610  T
425 ctgattttggactagcaaaa 444  Q
    | ||||||||||| ||||||    
31189609 cagattttggacttgcaaaa 31189590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 379 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 31145597 - 31145532
Alignment:
379 aaacctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaa 444  Q
    ||||| || ||||||||||| || ||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
31145597 aaaccacataacattcttttagatgaaaacttatgtccaaagatttcagattttggacttgcaaaa 31145532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 379 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 31171910 - 31171845
Alignment:
379 aaacctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaa 444  Q
    ||||| || ||||||||||| || ||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
31171910 aaaccacataacattcttttagatgaaaacttatgtccaaagatttcagattttggacttgcaaaa 31171845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 409 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 31201432 - 31201383
Alignment:
409 ttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaa 458  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||| ||||||    
31201432 ttttgtccaaagatttcagattttggacttgcaaaactttgtccaaggaa 31201383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 371 - 443
Target Start/End: Original strand, 30955236 - 30955308
Alignment:
371 ttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaa 443  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||| || ||| | || |||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
30955236 ttgatataaaaccacataacattcttttagatgaaaatttatgtccaaagatttcagattttggacttgcaaa 30955308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University