View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF17043_low_2 (Length: 719)
Name: NF17043_low_2
Description: NF17043
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17043_low_2 |
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| [»] scaffold0182 (1 HSPs) |
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| [»] scaffold0006 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0182 (Bit Score: 618; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0182
Description:
Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 618; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 28619 - 27941
Alignment:
| Q |
10 |
aagaatatagcaggaagagcactttgcttgacaagaaactacttgatcctcaagattcaaaaacaaaaggggcaccgaaaagaataaagagcggcattga |
109 |
Q |
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| T |
28619 |
aagaaaatagcaggaagagcactttgcttgacaagaaactacttgatcctcaagattcaaaaacaaaaggggcaccgaaaagaataaagagcggcattga |
28520 |
T |
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| Q |
110 |
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209 |
Q |
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| T |
28519 |
aagaggtcgaaagagaaaatctactggtagcgtgaaaaaggttggaatttattattttatcaaacttcttaa--------------catattattattta |
28434 |
T |
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| Q |
210 |
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309 |
Q |
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| T |
28433 |
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28334 |
T |
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| Q |
310 |
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409 |
Q |
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| T |
28333 |
ctgcatcaacatcaatgatataaaagttcatattatgtaggtgactttatagatttcatattaagtggctgcactttgagtaccctgttaattatctccc |
28234 |
T |
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| Q |
410 |
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509 |
Q |
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| T |
28233 |
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28134 |
T |
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| Q |
510 |
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609 |
Q |
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| T |
28133 |
ctaagtttatataagcttgtttatgtttcattttagactaaaagatgttttcattggtttaactttatagttttgttgtgttaaaggattggatcctata |
28034 |
T |
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| Q |
610 |
ttacatttgttatcctattatgatttatgactattttggctgtgcatatttatctcgttaaaataaaatggaaagcatatttatcatcctttg |
702 |
Q |
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| T |
28033 |
ttacatttgttatcctattatgatttatgactattttggctgtgcatatttatctcgttaaaataaaatggaaaacatatttatcatcctttg |
27941 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 599; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 599; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 26396334 - 26395655
Alignment:
| Q |
10 |
aagaatatagcaggaagagcactttgcttgacaagaaactacttgatcctcaagattcaaaaacaaaaggggcaccgaaaa-gaataaagagcggcattg |
108 |
Q |
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| T |
26396334 |
aagaaaatagcaggaagagcactttgcttgacaagaaactacttgatcctcaagattcaaaaacaaaaggggcaccgaaaaagaataaagagcggcattg |
26396235 |
T |
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| Q |
109 |
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208 |
Q |
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| T |
26396234 |
aaagaggtcgaaagagaaaatctactggtagcgtgaaaaaggttggaatttattattttatcaaacttcttaa--------------catattattattt |
26396149 |
T |
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| Q |
209 |
aacatgatttctgattgttgtgatttttgttctgtgattatgtgaaatgaaggctgcaatcgttgaaaaagaagcaatatttgtcactgatgaagttgtg |
308 |
Q |
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| T |
26396148 |
aacatgatttctgattgttgtgatttttgttctgtgattatgtgaaatgaaggctgcaatcgttgaaaaagaagcaatatttgtcactgatgaagttgtc |
26396049 |
T |
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| Q |
309 |
gctgcatcaacatcaatggtataaaagtacatattatgtaggtgactttatagatttcatattaagtggctgcactttgagtaccctgttaattatctcc |
408 |
Q |
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| T |
26396048 |
gctgcatcaatatcaatggtataaaagttcatattatgtaggtgactttatagatttcatattaagtggctgcacattgagtaccctgttaattatctcc |
26395949 |
T |
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| Q |
409 |
cattttctgctcatttgtcaggcaaaacagtagagttcaagaagttgaagaatctttaagatatttattttaaatttttagttttactcaacagtactct |
508 |
Q |
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| T |
26395948 |
cattttctgttcatctgtcaggcaaaacaatagagttcaaggagttgaagaatctttaagatatttattttaaatttttagttttactcaacagtactct |
26395849 |
T |
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| Q |
509 |
cctaagtttatataagcttgtttatgtttgattttagactaaaagatgttttcattggtttaactttatagttttgttgtgttaaaggattggatcctat |
608 |
Q |
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| T |
26395848 |
cctaagtttatataagcttgtttatgtttcattttagactaaaagatgttttcattggtttaactttatagttttgttgtgttaaaggattggatcctat |
26395749 |
T |
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| Q |
609 |
attacatttgttatcctattatgatttatgactattttggctgtgcatatttatctcgttaaaataaaatggaaagcatatttatcatcctttg |
702 |
Q |
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| T |
26395748 |
attacatttgttatcctattatgatttatgactattttggctgtgcatatttatctcgttaaaataaaatggaaagcatatttatcatcctttg |
26395655 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006 (Bit Score: 243; Significance: 1e-134; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:
Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 10 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 275729 - 275446
Alignment:
| Q |
10 |
aagaatatagcaggaagagcactttgcttgacaagaaactacttgatcctcaagattcaaaaacaaaaggggcaccgaaaagaataaagagcggcattga |
109 |
Q |
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| T |
275729 |
aagaaaatagcaggaagagcactttgcttgacaagaaactacttgatcctcaagattcaaaaacaaaaggggcaccgaaaagaataaagagcggcattga |
275630 |
T |
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| Q |
110 |
aagaggtcgaaagagaaaatctactggtagcgtgaaaaaggttggaatttattattttatcaaacttcttaaatcaaacttcttaacatattattattta |
209 |
Q |
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| T |
275629 |
aagaggtcgaaagagaaaatctactggtagcgtgaaaaaggttggaatttattattttatcaaacttc--------------ttaacatattattattta |
275544 |
T |
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| Q |
210 |
acatgatttctgattgttgtgatttttgttctgtgattatgtgaaatgaaggctgcaatcgttgaaaaagaagcaatatttgtcactgatgaagttgt |
307 |
Q |
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| T |
275543 |
acatgatttctgattgttgtgatttttgttctgtgattatgtgaaatgaaggctgcaatcgttgaaaaagaagcaatatttgtcgctgatgaagttgt |
275446 |
T |
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