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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF17043_low_32 (Length: 250)
Name: NF17043_low_32
Description: NF17043
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17043_low_32 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 4680626 - 4680864
Alignment:
| Q |
1 |
tgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatc |
100 |
Q |
| |
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| T |
4680626 |
tgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatc |
4680725 |
T |
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| Q |
101 |
ttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacataca |
200 |
Q |
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| T |
4680726 |
ttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacataca |
4680825 |
T |
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| Q |
201 |
accatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcat |
239 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
4680826 |
accatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcat |
4680864 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 4688260 - 4688498
Alignment:
| Q |
1 |
tgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatc |
100 |
Q |
| |
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|
| T |
4688260 |
tgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagcgtctttctattatggaaactatgatgatttaaacgagccaccacaatttgatc |
4688359 |
T |
|
| Q |
101 |
ttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacataca |
200 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4688360 |
ttcattttggcgctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcactcatcgcaaccagtgagatcatttacactccatcacaagattacataca |
4688459 |
T |
|
| Q |
201 |
accatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcat |
239 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
4688460 |
accatgtcttgttaacacaggcaacgggactccattcat |
4688498 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 4725524 - 4725762
Alignment:
| Q |
1 |
tgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatc |
100 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4725524 |
tgttacaaaataaatataacaagtggtactaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactatgatgatctaaacaagccaccacaatttgatc |
4725623 |
T |
|
| Q |
101 |
ttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacataca |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||| ||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
4725624 |
ttcattttggagctaatgtttgggatactgtaaacttcaccaatctatcgcgcatcacaaccagtgagatcatttacactccatcactagattacataca |
4725723 |
T |
|
| Q |
201 |
accatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcat |
239 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
4725724 |
accatgtcttgttaacacagacaaagggactccattcat |
4725762 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 32 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 4876165 - 4875958
Alignment:
| Q |
32 |
aatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagt |
131 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4876165 |
aatatttaatcagagctactttctattatggaaactatgataatctaaatgatccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagt |
4876066 |
T |
|
| Q |
132 |
aaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggact |
231 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || || || ||| |
|
|
| T |
4876065 |
gaagttcacaaatttatcacgcaccacaatcaaggagatcatatacactccatcactagactacatagaaccatgtcttgttaacactggaaatggaact |
4875966 |
T |
|
| Q |
232 |
ccgttcat |
239 |
Q |
| |
|
|| ||||| |
|
|
| T |
4875965 |
ccattcat |
4875958 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 4714092 - 4714330
Alignment:
| Q |
1 |
tgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatc |
100 |
Q |
| |
|
||||||| |||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
4714092 |
tgttacagaataaatgtaacaagtggtattaaatatttaatcagatcttctttctattacggaaactatgatgatttaaatgagccaccagaatttgatc |
4714191 |
T |
|
| Q |
101 |
ttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacataca |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| |||||| ||| ||| || ||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |
|
|
| T |
4714192 |
ttcattttggacctaatgtttgggatacagtgaagttaactaatatatcacacatcacagacagtgagatcatatacactccattattagattacataca |
4714291 |
T |
|
| Q |
201 |
accatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcat |
239 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
4714292 |
accatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcat |
4714330 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 4914360 - 4914122
Alignment:
| Q |
1 |
tgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatc |
100 |
Q |
| |
|
||||||| |||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || ||||| | |||||| ||||||||| |
|
|
| T |
4914360 |
tgttacagaataaatgtaacaagtggtactaaatatttaatcagagcttctttttattatggaaactatgataatctaaatcaaccaccagaatttgatc |
4914261 |
T |
|
| Q |
101 |
ttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacataca |
200 |
Q |
| |
|
| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |
|
|
| T |
4914260 |
tacattttggagctaatgtttgggaaacagtaaagttcactaatgtatcaggcatcacactcaaggagatcatatacactccatcacaagatcacataca |
4914161 |
T |
|
| Q |
201 |
accatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcat |
239 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
4914160 |
accatgtcttgttaacataggcaaagggactccattcat |
4914122 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 4777405 - 4777167
Alignment:
| Q |
1 |
tgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatc |
100 |
Q |
| |
|
||||||| |||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| |
|
|
| T |
4777405 |
tgttacagaataaatgtaacatctggtactaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactatgatgatttaaatgaccctccacaatttgatc |
4777306 |
T |
|
| Q |
101 |
ttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacataca |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||| || |||||| | ||| |||||| |||| | |||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
4777305 |
ttcattttggagctaatgtttgggatactgtgaagttccccaatgcatcacgtatgagattcaatgagatcatttacagtccatcacaagattacataca |
4777206 |
T |
|
| Q |
201 |
accatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcat |
239 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |
|
|
| T |
4777205 |
accatgtcttgttaacacaggccaagggactccattcat |
4777167 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 33 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 4905213 - 4905007
Alignment:
| Q |
33 |
atatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagta |
132 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||| ||||||||||||| || || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4905213 |
atatttaattagagctactttctattatggtaattatgatgatttaaatgaccctccacaatttgatcttcattttggagcaaatgtttgggatacagta |
4905114 |
T |
|
| Q |
133 |
aagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactc |
232 |
Q |
| |
|
|||||||||| | ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4905113 |
aagttcacaattgcatcactcactacaatcaaggagatcatttacactccatcacaagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactc |
4905014 |
T |
|
| Q |
233 |
cgttcat |
239 |
Q |
| |
|
| ||||| |
|
|
| T |
4905013 |
cattcat |
4905007 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 21440417 - 21440176
Alignment:
| Q |
1 |
tgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatc |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
21440417 |
tgttacaaaataaatgtaacaagtggtactaaatatttaataagagcttctttctattatggaaactatgataatctaaatgaaccaccacaatttgatc |
21440318 |
T |
|
| Q |
101 |
ttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaa---gttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacat |
197 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||| | ||| ||||| ||| || ||||||||||| || |||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
21440317 |
ttcattttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgttctccaatgcatcacacatcactatcaaggagattatttacactccatcagtagattacat |
21440218 |
T |
|
| Q |
198 |
acaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcat |
239 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
21440217 |
aaaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcat |
21440176 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 4702756 - 4702994
Alignment:
| Q |
1 |
tgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatc |
100 |
Q |
| |
|
||||||| |||| ||||||| | || ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||| ||||||||| |
|
|
| T |
4702756 |
tgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagctactttctattatggtaactatgatgatttaaatgatcccccagaatttgatc |
4702855 |
T |
|
| Q |
101 |
ttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacataca |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| | ||| ||||| | | ||| | | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4702856 |
ttcattttggacctaatgtctgggatacagtgaacttccccaatgcatcactcgtcacatttatggagatcatttacactccatcactagattacataca |
4702955 |
T |
|
| Q |
201 |
accatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcat |
239 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
4702956 |
accatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcat |
4702994 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 4995553 - 4995791
Alignment:
| Q |
1 |
tgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatc |
100 |
Q |
| |
|
||||||| |||| ||||| | | |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| || |||| |||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
4995553 |
tgttacagaataaatgtagcaagtggtactaaatatttaatcagagcatctttctattatggtaactatgataatctaaacaagccaccagaatttgatc |
4995652 |
T |
|
| Q |
101 |
ttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacataca |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | | |||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
4995653 |
ttcattttggacctaatgtttgggatacagtgaagttcgccagtctatcacacatcacagacagtgagatcatatacactccatcactagattacattca |
4995752 |
T |
|
| Q |
201 |
accatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcat |
239 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
4995753 |
accatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcat |
4995791 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 32 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 4926058 - 4925851
Alignment:
| Q |
32 |
aatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagt |
131 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |
|
|
| T |
4926058 |
aatatttaatcagagctactttcctttatggaaactatgataatataaatgaaccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacggt |
4925959 |
T |
|
| Q |
132 |
aaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggact |
231 |
Q |
| |
|
||| | ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
4925958 |
gttgttatccaatgcatcacgccccacaatcaaggagatcatttacattccatcaaaagattacatacaaccatgtcttgttaaaacaggcaaagggact |
4925859 |
T |
|
| Q |
232 |
ccgttcat |
239 |
Q |
| |
|
|| ||||| |
|
|
| T |
4925858 |
ccattcat |
4925851 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 33 - 223
Target Start/End: Original strand, 4745027 - 4745217
Alignment:
| Q |
33 |
atatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagta |
132 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || |
|
|
| T |
4745027 |
atatttaatcagagcttctttctattatggaaactatgataatctaaatcaaccaccacaatttgatcttcattttggtgctaatgtgtgggatacggtg |
4745126 |
T |
|
| Q |
133 |
aagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggca |
223 |
Q |
| |
|
|| ||| | ||| ||||| || |||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4745127 |
aatttccccaatgtatcagtcaccacaacaagggagatcatttacactccatcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggca |
4745217 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 32 - 239
Target Start/End: Original strand, 10446038 - 10446248
Alignment:
| Q |
32 |
aatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagt |
131 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
10446038 |
aatatttaatcagagtttctttctattatggaaactatgataatctaaatgaaacaccacagtttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagt |
10446137 |
T |
|
| Q |
132 |
aaagtt---cacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaaggg |
228 |
Q |
| |
|
| ||| | | ||| | | | | || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10446138 |
gacgttctcctccaatgatttagggttcgcattcaaggagatcatatacactccatcacaagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaaggg |
10446237 |
T |
|
| Q |
229 |
actccgttcat |
239 |
Q |
| |
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| T |
10446238 |
attccattcat |
10446248 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 4891206 - 4890965
Alignment:
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1 |
tgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatc |
100 |
Q |
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4891206 |
tgttacaacataagtgtaacaagtggtactaaatattttatcagaacttcttttctttatggaaactatgataatctaaacaagccaccacaatttgatc |
4891107 |
T |
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197 |
Q |
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| T |
4891106 |
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4891007 |
T |
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198 |
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239 |
Q |
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4891006 |
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4890965 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 4735996 - 4736237
Alignment:
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T |
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Q |
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ttcattttggacctaatgtggtggctacagtgaggttctccaaccatacatcacacttcacatacagggaaatcatttatactccatcacaagattacat |
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T |
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Q |
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T |
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