View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1704_low_4 (Length: 528)

Name: NF1704_low_4
Description: NF1704
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1704_low_4
NF1704_low_4
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (18-521)||(4284332-4284835)
chr7 (18-510)||(4289031-4289523)
chr7 (18-513)||(4266197-4266692)
chr7 (18-513)||(4260651-4261146)
chr7 (18-443)||(4297626-4298051)
chr7 (18-513)||(4255327-4255822)
chr7 (41-380)||(4257611-4257953)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 443; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 521
Target Start/End: Original strand, 4284332 - 4284835
Alignment:
Q  18 ctcaacaccatcaccatctctacagtcagaaagacaaaaggcaccagttctatctattgaaaccatttcaacnnnnnnnggttttccacaaccaaaatca 117  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  4284332 ctcaacaccatcaccatttctacagtcagaaagacaaaaggcaccagttctatctattgaaaccatttcaactttttttggttttccacaaccaaaatca 4284431  T
Q  118 gtactataaacctcaaatttaggtgaaccagcagcaccaattgctttaacatcagcaattgcaagacctccaagtaacgatgaacacatattttcagctc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4284432 gtactataaacctcaaatttaggtgaaccagcagcaccaattgctttaacatcagcaattgcaagacctccaagtaacgatgaacacatattttcagctc 4284531  T
Q  218 catttaacactccatcttttaaagtttccaaagcttcacctagcagttaaatcgccacgattagcccatctttccccaataactcacttgtttcaacaat 317  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4284532 catttaacactacatcttttaaagtttccaaagcttcacctagcacttcaaccgccacgattagcccatctttccccaataactcacttgtttcaacaat 4284631  T
Q  318 tgcaagtcttcctccaatacaatttccaaaatatgttgcaggagtcggtggttctaaacgattccgacaatcaatattcaaagccatcagaccatttttg 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4284632 tgcaagtcttcctccaatacaatttccaaaatatgttgcaggagtcggtggttctaaacaattccgacaatcaatattcaaagccatcagagcatttttg 4284731  T
Q  418 ttctcaatttcttcagctttcattctgtatacccaggcataagctatggatacaacaaaagttgacaagtgaaggtatcttttctcattcctagtagccc 517  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  4284732 ttctcaatttctttagctttcattctgtatacccaggcataagctatggatacaacaaaagttgacaagtgaaggtattttttctcattcctagtagcct 4284831  T
Q  518 tttg 521  Q
    ||||    
T  4284832 tttg 4284835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 18 - 510
Target Start/End: Original strand, 4289031 - 4289523
Alignment:
Q  18 ctcaacaccatcaccatctctacagtcagaaagacaaaaggcaccagttctatctattgaaaccatttcaacnnnnnnnggttttccacaaccaaaatca 117  Q
    ||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  4289031 ctcaacaccatcaccctttctacaatcagaaagacaaaaggcaccagttctatctattgaaaccatttcaactttctttggttttccacaaccaaaatca 4289130  T
Q  118 gtactataaacctcaaatttaggtgaaccagcagcaccaattgctttaacatcagcaattgcaagacctccaagtaacgatgaacacatattttcagctc 217  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |  || ||||||||| |||||||| ||||| ||  |||||||||||    
T  4289131 gtgctataaacctcaaatttaggtgaaccagcagcaccaatcattttaacatcggtcatggcaagaccttcaagtaacaatgaagaccaattttcagctc 4289230  T
Q  218 catttaacactccatcttttaaagtttccaaagcttcacctagcagttaaatcgccacgattagcccatctttccccaataactcacttgtttcaacaat 317  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||  | || || ||  ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  4289231 cattcaacactccatcttttatagtttccaaagcttcactcaacacttcaacagccacaattagtccatcttcccccaataactcatttgttttaacaat 4289330  T
Q  318 tgcaagtcttcctccaatacaatttccaaaatatgttgcaggagtcggtggttctaaacgattccgacaatcaatattcaaagccatcagaccatttttg 417  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| | ||||||||    
T  4289331 tgcaagtcttgctccaatacaatttccaaaatatgttgcaggaatcggctgatctaaacgattacgacaatcaatattcaaaaccatcatagcatttttg 4289430  T
Q  418 ttctcaatttcttcagctttcattctgtatacccaggcataagctatggatacaacaaaagttgacaagtgaaggtatcttttctcattccta 510  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | | ||||||| ||||||    
T  4289431 ttctcaatttcttctgctttcactctgcatacccatgcataagctatagatacaacaaaagttgacaggtgaagattttttttctcgttccta 4289523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 18 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 4266692 - 4266197
Alignment:
Q  18 ctcaacaccatcaccatctctacagtcagaaagacaaaaggcaccagttctatctattgaaaccatttcaacnnnnnnnggttttccacaaccaaaatca 117  Q
    |||||||||||||||||  ||||  || |||| |||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||       ||||||||||||||||| |||    
T  4266692 ctcaacaccatcaccattactactatccgaaacacaataagcaccagttctatctatagaaaccatttcaactttctttggttttccacaaccaaagtca 4266593  T
Q  118 gtactataaacctcaaatttaggtgaaccagcagcaccaattgctttaacatcagcaattgcaagacctccaagtaacgatgaacacatattttcagctc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | ||||||  |||||||| ||||| ||  |||||||||||    
T  4266592 gtactataaacctcaaatttaggtgaaccagcagcaccagttgttttaacatcagcaatagtaagaccatcaagtaaccatgaagaccaattttcagctc 4266493  T
Q  218 catttaacactccatcttttaaagtttccaaagcttcacctagcagttaaatcgccacgattagcccatctttccccaataactcacttgtttcaacaat 317  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || || ||  ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  4266492 cattcaacactccatcttttaaagtttccaaagcttcactcaacacttcaacagccacaattagtccatcttcccccaataactcatttgttttaacaat 4266393  T
Q  318 tgcaagtcttcctccaatacaatttccaaaatatgttgcaggagtcggtggttctaaacgattccgacaatcaatattcaaagccatcagaccatttttg 417  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| | ||||||||    
T  4266392 tgcaagttttcctccaatacaatttccaaaatatgttgcaggaatcggctgatctaaacgattacgacaatcaatattcaaaaccatcatagcatttttg 4266293  T
Q  418 ttctcaatttcttcagctttcattctgtatacccaggcataagctatggatacaacaaaagttgacaagtgaaggtatcttttctcattcctagta 513  Q
    |||||||||||||| | ||||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | | | |||||||||||||||    
T  4266292 ttctcaatttcttctgttttcactctgcatacccatgcataagctatagatacaacaaaagttgacaggtgaagatttttattctcattcctagta 4266197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 18 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 4261146 - 4260651
Alignment:
Q  18 ctcaacaccatcaccatctctacagtcagaaagacaaaaggcaccagttctatctattgaaaccatttcaacnnnnnnnggttttccacaaccaaaatca 117  Q
    ||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||| |||||||||    
T  4261146 ctcaacaccatcaccatttctactatcagaaagacaaaaagcaccagttctatctattgaaaccatttcaactttttttggttttccacatccaaaatca 4261047  T
Q  118 gtactataaacctcaaatttaggtgaaccagcagcaccaattgctttaacatcagcaattgcaagacctccaagtaacgatgaacacatattttcagctc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| || || ||||||||| |||||||| ||||| ||  |||||||||||    
T  4261046 gtactataaacctcaaatttaggtgaaccagcagcaccaatcattttaacatcggccatggcaagaccttcaagtaacaatgaagaccaattttcagctc 4260947  T
Q  218 catttaacactccatcttttaaagtttccaaagcttcacctagcagttaaatcgccacgattagcccatctttccccaataactcacttgtttcaacaat 317  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || || ||  ||||| ||||  |||| ||  || |||||||||||||||| ||||||    
T  4260946 cattcaacactccatcttttatagtttccaaagcttcacttaacatttcaacagccacaattaatccattttctccaaataactcacttgttttaacaat 4260847  T
Q  318 tgcaagtcttcctccaatacaatttccaaaatatgttgcaggagtcggtggttctaaacgattccgacaatcaatattcaaagccatcagaccatttttg 417  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||| | ||||||||    
T  4260846 tgcaagtcttgctccaatacaatttccaaaatatgttgcaggagtcgttggttctaaacgattcctgcaatcgatattcaaacccatcacaacatttttg 4260747  T
Q  418 ttctcaatttcttcagctttcattctgtatacccaggcataagctatggatacaacaaaagttgacaagtgaaggtatcttttctcattcctagta 513  Q
    ||||||||||  || |||||||||||  ||||| | |||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| | | | |||||| ||||||||    
T  4260746 ttctcaattttctctgctttcattctacataccaatgcataagcaatagataccacaaatgttgacaagtgaagatttttattctcagtcctagta 4260651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 18 - 443
Target Start/End: Original strand, 4297626 - 4298051
Alignment:
Q  18 ctcaacaccatcaccatctctacagtcagaaagacaaaaggcaccagttctatctattgaaaccatttcaacnnnnnnnggttttccacaaccaaaatca 117  Q
    ||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||       ||||||||||| |||||||||    
T  4297626 ctcaacaccatcaccctttctacaatcagaaagacaaaaggcaccaattctatctatagaaaccatttcaactttctttggttttccacatccaaaatca 4297725  T
Q  118 gtactataaacctcaaatttaggtgaaccagcagcaccaattgctttaacatcagcaattgcaagacctccaagtaacgatgaacacatattttcagctc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||  |||||||||||    
T  4297726 gtactataaacctcaaatttaggtgaaccagcagtaccaattgttttaacatcagcaatggcaagaccttcaagtaacaatgaagaccaattttcagctc 4297825  T
Q  218 catttaacactccatcttttaaagtttccaaagcttcacctagcagttaaatcgccacgattagcccatctttccccaataactcacttgtttcaacaat 317  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || || ||   | || ||||| |||| ||  || |||||||||||||||| ||||||    
T  4297826 cagtcaacactccatcttttaaagtttccaaagcttcactcaacacttcaacaactacaattagtccattttctccaaataactcacttgttttaacaat 4297925  T
Q  318 tgcaagtcttcctccaatacaatttccaaaatatgttgcaggagtcggtggttctaaacgattccgacaatcaatattcaaagccatcagaccatttttg 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  | ||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||    
T  4297926 tgcaagtcttcctccaatacaatttccaaaatatgttgcaggaattggctgatctaaacgagtccgacaatcgatattcaaacccatcacaacatttttg 4298025  T
Q  418 ttctcaatttcttcagctttcattct 443  Q
    ||||||||||  || |||||||||||    
T  4298026 ttctcaattttctcggctttcattct 4298051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 18 - 513
Target Start/End: Original strand, 4255327 - 4255822
Alignment:
Q  18 ctcaacaccatcaccatctctacagtcagaaagacaaaaggcaccagttctatctattgaaaccatttcaacnnnnnnnggttttccacaaccaaaatca 117  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| ||||| ||       |||||||||||||||||||||    
T  4255327 ctcaacaccatcaccatttctacaatcttaaagacaaaaggcaccagttttatttatagaaacaatttcgactttcttcggttttccacaaccaaaatca 4255426  T
Q  118 gtactataaacctcaaatttaggtgaaccagcagcaccaattgctttaacatcagcaattgcaagacctccaagtaacgatgaacacatattttcagctc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||  |||||||||||    
T  4255427 gtactataaacctcaaatttaggtgaaccagcagaaccaattgttttaacatcagcaattgcaagaccttcaagtaaccatgaagaccaattttcagctc 4255526  T
Q  218 catttaacactccatcttttaaagtttccaaagcttcacctagcagttaaatcgccacgattagcccatctttccccaataactcacttgtttcaacaat 317  Q
    |||| |||||| |||||||||| |||||||||| |||||  | || || ||  ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  4255527 cattcaacactacatcttttaatgtttccaaagtttcactcaacacttcaacggccaccattagtccatcttcccccaataactcacctgttttaacaat 4255626  T
Q  318 tgcaagtcttcctccaatacaatttccaaaatatgttgcaggagtcggtggttctaaacgattccgacaatcaatattcaaagccatcagaccatttttg 417  Q
    | |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||  ||||| ||||| ||| |||||| | |||| |||    
T  4255627 ttcaagtcatgttccaatacaatttccaaaatatgttgcaggagtaggtgctcctaaacgattcctgcaatcgatatttaaacccatcaaagcattcttg 4255726  T
Q  418 ttctcaatttcttcagctttcattctgtatacccaggcataagctatggatacaacaaaagttgacaagtgaaggtatcttttctcattcctagta 513  Q
    ||||||||||  || |||||||||||  ||||| | |||||||| || ||| | ||||| |||||||| ||||| | | | |||||||||||||||    
T  4255727 ttctcaattttctcggctttcattctacataccaatgcataagcaatagatgccacaaatgttgacaattgaagatttttattctcattcctagta 4255822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 41 - 380
Target Start/End: Original strand, 4257611 - 4257953
Alignment:
Q  41 agtcagaaagacaaaaggcaccagttctatctattgaaaccatttcaacnnnnnnn---ggttttccacaaccaaaatcagtactataaacctcaaattt 137  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4257611 agtcagaaagacaaaagtcaccagttctatctatagaaaccatttcaactaatttctttggttttccacaaccaaaatcagtactataatcctcaaattt 4257710  T
Q  138 aggtgaaccagcagcaccaattgctttaacatcagcaattgcaagacctccaagtaacgatgaacacatattttcagctccatttaacactccatctttt 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||  |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4257711 aggtgaaccagcagcaccaattgctttaacatcagcaattgcaagatctccaagtaacgatgacgccaatttttcagctccattcaacactccatctttt 4257810  T
Q  238 aaagtttccaaagcttcacctagcagttaaatcgccacgattagcccatctttccccaataactcacttgtttcaacaattgcaagtcttcctccaatac 337  Q
    |||||||||||||||||||  | || || ||   |||| ||||| |||| ||  || ||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  4257811 aaagtttccaaagcttcactcaacacttcaacaaccacaattagtccattttctccaaataactcatttgttttaacaattgcaagtcttgctccaatac 4257910  T
Q  338 aatttccaaaatatgttgcaggagtcggtggttctaaacgatt 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4257911 aatttccaaaatatgttgcaggagtcggttgttctaaacgatt 4257953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University