View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1705-Insertion-1 (Length: 953)

Name: NF1705-Insertion-1
Description: NF1705
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1705-Insertion-1
NF1705-Insertion-1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-951)||(45514685-45515646)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 875; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 875; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 951
Target Start/End: Complemental strand, 45515646 - 45514685
Alignment:
Q  8 ccaataactccccataagccagttgcaaaaccgagcgctatgacgaagtagaaccatactttttctaccccatcttcatcttcatc------accttttg 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||    
T  45515646 ccaataactccccataagccagttgcaaaaccgagcgctatgacgaagtagaaccatactttttctaccccatcttcatcttcatcttcatcaccttttg 45515547  T
Q  102 tttgagaagttccatgtgaaatatgaccaggacacttatttaggagtggagatccacaaaggtatggattgttggcataaatatacgggtcatccaaagt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45515546 tttgagaagttccatgtgaaatatgaccaggacacttatttaggagtggagatccacaaaggtatggattgttggcataaatatacgggtcatccaaagt 45515447  T
Q  202 taaaaactgattatctttgggaattgatcctgaaaggttattgtacgacaagttcaaatgactcaatgaagttaaagcagacatggtactgggaattgtg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45515446 taaaaactgattatctttgggaattgatcctgaaaggttattgtacgacaagttcaaatgactcaatgaagttaaagcagacatggtactgggaattgtg 45515347  T
Q  302 cctgaaagttggttatgagacaggtccaaggattctagtgatttcatgcgtcccatcaattgaggaatctctcctttcaaatgatttcttgacaagttca 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45515346 cctgaaagttggttatgagacaggtccaaggattctagtgatttcatgcgtcccatcaattgaggaatctctcctttcaaatgatttcttgacaagttca 45515247  T
Q  402 agccatgcagccctgtga---------tttcatttggaatgaatccaaccaaattgttttgtgacaagtccatgttgaccacaagctccaatattttggt 492  Q
    |||||||||| |||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45515246 agccatgcagtcctgtgagccatgtgatttcatttggaatgaatccaaccaaattgttttgtgacaagtccatgttgaccacaagctccaatattttggt 45515147  T
Q  493 atactcaagttctgttcctttcactacttccgtgacaaattgactaggccaatcaaccggagtactaggaggtaatgcattgacatctgtaagaaactca 592  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45515146 atactcaagttctgttcctttcactacttccgtgacaaattgactaggccaatcaaccggagtactaggaggtaatgcattgacatctgtaagaaactca 45515047  T
Q  593 tttgaccatgtctgaggagcatctgctattaaattgtatgactgcatatgaactgatgatgatgttgattttcccaatgtcattccttcaaggtttccta 692  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45515046 tttgaccatgtctgaggagcatctgctattaaattgtatgactgcatatgaactgatgatgatgttgattttcccaatgtcattccttcaaggtttccta 45514947  T
Q  693 tgcatcgaggtattgaaccttgcaatttgtttctagagaggtccagaatttggagtgatttgagttgacatagttgtgaaggaatactagcgctaaacat 792  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45514946 tgcatcgaggtattgaaccttgcaatttgtttctagagaggtccagaatttggagtgatttgagttgacatagttgtgaaggaatactagcgctaaacat 45514847  T
Q  793 attttgtcgcaatataagaatttgcaatgaagggaaggtgtttgctgtccatgatgatggtatacttccagatagttgattggtaccaagatcc-aaatc 891  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  45514846 attttgtcgcaatataagaatttgcaatgaagggaaggtgtttgctgtccatgatgatggtatacttccagatagttgattgttaccaagatccaaaatc 45514747  T
Q  892 aacaatttcttcaaatttct-aaagaccctggaagctctccttgaagg-tgttatctttcaa 951  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  45514746 aacaatttcttcaaatttctaaaagaccctggaagctctccttgaaggttgttatctttcaa 45514685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University