View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1705-Insertion-13 (Length: 838)

Name: NF1705-Insertion-13
Description: NF1705
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1705-Insertion-13
NF1705-Insertion-13
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (8-743)||(1482571-1483309)
chr5 (8-510)||(1478377-1478879)
chr5 (9-567)||(1505356-1505913)
chr5 (9-510)||(1492547-1493048)
chr5 (8-445)||(1509502-1509928)
chr5 (8-512)||(1487048-1487552)
chr5 (8-496)||(1499618-1500106)
chr5 (762-833)||(1483294-1483365)
chr5 (201-302)||(1496063-1496164)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (9-540)||(46706200-46706731)
chr7 (9-540)||(5310776-5311306)
chr7 (9-512)||(5315490-5315993)
chr7 (9-567)||(5288887-5289440)
chr7 (9-523)||(5284687-5285201)
chr7 (9-536)||(5302875-5303402)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (9-536)||(44128953-44129480)
chr1 (9-531)||(44141580-44142102)
chr1 (9-536)||(44133158-44133685)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-519)||(24163023-24163534)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (9-389)||(37862753-37863133)
chr3 (15-389)||(37858727-37859101)
chr3 (222-389)||(39030663-39030830)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (223-397)||(35251404-35251578)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 681; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 681; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 743
Target Start/End: Original strand, 1482571 - 1483309
Alignment:
Q  8 cattgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggccattgac 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1482571 cattgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggccattgac 1482670  T
Q  108 ggtcatcttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgttcctcggattgtttcaaagaacattgataaagcattgatcgaggctttccaac 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1482671 ggtcatcttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacattgataaagcattgatcgatgctttccaac 1482770  T
Q  208 cattaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctga 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1482771 cattaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctga 1482870  T
Q  308 aaagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattatttatcttagatgagatgcgaaagaaatcttctcaa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1482871 aaagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttagatgagatgcgaaagaaatcttctcaa 1482970  T
Q  408 gaggggcttaagaccacaggagaagggcttgattggggtgtgttgttcggctttggacctggacttaccattgaaaccgttgttttgcacagtgtggcta 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1482971 gaggggcttaagaccacaggagaagggcttgattggggtgtgttgttcggctttggacctggacttaccattgaaaccgttgttttgcacagtgtggcta 1483070  T
Q  508 tatgataagcttaattagtttattttcatttatatgctttcaaatttgtttgacttttataaattagtttattttcacaatgaaaatggagagtaatgta 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1483071 tatgataagcttaattagtttattttcatttgtatgctttcaaatttgttcgacttttataaattagtttattctcacaatgaaaatggagagtaatgta 1483170  T
Q  608 aaactatttatagccacaacaccatcctaaattgtatctacaaccaaggaaacgtttaaaattattcaaacttgttaaaaaggcattagtcacaccac-- 705  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||      
T  1483171 aagctatttatagccacgacaccatcctaaattgtatctacaatcaaggaaacgtttaaaattattcaaacttgtcaaaaaggcattagtcacaccacaa 1483270  T
Q  706 -aaaccgttcaaacattgctggtaattaacgtcacaatc 743  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1483271 taaaccgttcaaacattgcttgtaattaacgtcacaatc 1483309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 510
Target Start/End: Original strand, 1478377 - 1478879
Alignment:
Q  8 cattgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggccattgac 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  1478377 cattgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggagccattgat 1478476  T
Q  108 ggtcatcttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgttcctcggattgtttcaaagaacattgataaagcattgatcgaggctttccaac 207  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1478477 ggtcaccttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacattgataaagcattggtcgaggctttccaac 1478576  T
Q  208 cattaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctga 307  Q
    |||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1478577 cattaaacatctctgattataattcaatcttctggattgctcacccaggtggacccgcaattctagaccaagttgaagaaaagttaggcttaaaacctga 1478676  T
Q  308 aaagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattatttatcttagatgagatgcgaaagaaatcttctcaa 407  Q
    ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||| ||||||||||  |||||    
T  1478677 aaaaatgaaggccactagggaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagcgcatgtgtattgttcatcttggatgagatgagaaagaaatcggctcaa 1478776  T
Q  408 gaggggcttaagaccacaggagaagggcttgattggggtgtgttgttcggctttggacctggacttaccattgaaaccgttgttttgcacagtgtggcta 507  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | || || |||||||    
T  1478777 gagggacttaaaaccacaggtgaaggccttgactggggtgtgttgtttggctttggacctggactcaccattgaaacagttgttctccatagcgtggcta 1478876  T
Q  508 tat 510  Q
    |||    
T  1478877 tat 1478879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 267; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 9 - 567
Target Start/End: Original strand, 1505356 - 1505913
Alignment:
Q  9 attgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggccattgacg 108  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || || || || || ||||||||||    
T  1505356 attgttggttcagatccaataccagaaattgagaaacctatatttgaaatggtttggactgcacaaacaatcgcgcctgatagcgaaggagccattgacg 1505455  T
Q  109 gtcatcttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgttcctcggattgtttcaaagaacattgataaagcattgatcgaggctttccaacc 208  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||  ||||||||||| | || |||||||||||    
T  1505456 gtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgaaattgtttcaaagaacatcaataaagcattggttgatgctttccaacc 1505555  T
Q  209 attaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctgaa 308  Q
    ||||    ||||||| |||||||||||||| |||||||| || || ||||| || |||||| | |||||||| || |||||||||| |||||| ||||||    
T  1505556 attaggagtttctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggccctgcaattttagatcaagtagagcaaaagttagccttaaagcctgaa 1505655  T
Q  309 aagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattatttatcttagatgagatgcgaaagaaatcttctcaag 408  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||    
T  1505656 aagatgaaagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcagctcaag 1505755  T
Q  409 aggggcttaagaccacaggagaagggcttgattggggtgtgttgttcggctttggacctggacttaccattgaaaccgttgttttgcacagtgtggctat 508  Q
    | ||  | ||||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||  ||||| |||||    
T  1505756 atggattgaagactaccggagaaggacatgaatggggtgtgttatttggctttggaccgggacttactattgaaactgttgttttgcgtagtgttgctat 1505855  T
Q  509 atgataagcttaattagtttattttcatttatatgctttcaaatttgtttgacttttat 567  Q
    |||| | ||||||||| ||||||||||| |||   |||||||||||| |||| ||||||    
T  1505856 atgagatgcttaattattttattttcatatat-cactttcaaatttgcttgatttttat 1505913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 9 - 510
Target Start/End: Original strand, 1492547 - 1493048
Alignment:
Q  9 attgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggccattgacg 108  Q
    |||||||| ||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| |    
T  1492547 attgttgggtctgatccggtaccagaaattgaaaaacctatatttgagatgatttggacagcacaaacaattgctcctgatagtgaaggtgccattgatg 1492646  T
Q  109 gtcatcttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgttcctcggattgtttcaaagaacattgataaagcattgatcgaggctttccaacc 208  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || ||  ||||||||||  | ||||||||||||||    
T  1492647 gtcatcttcgtgaagctgggttaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtgtcaaaaaatataaataaagcattagttgaggctttccaacc 1492746  T
Q  209 attaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctgaa 308  Q
    |||    || ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||| | || ||||| || |||||||||| |||||| || |||    
T  1492747 attgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattttagaccaagtagagcaaaagttagccttaaagcccgaa 1492846  T
Q  309 aagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattatttatcttagatgagatgcgaaagaaatcttctcaag 408  Q
    ||||||| ||||||  | || || || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||  |||||     
T  1492847 aagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatgaaatgagaaagaaatcaactcaaa 1492946  T
Q  409 aggggcttaagaccacaggagaagggcttgattggggtgtgttgttcggctttggacctggacttaccattgaaaccgttgttttgcacagtgtggctat 508  Q
    | ||  | ||||| || |||||||||| ||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||| |||||| |||||    
T  1492947 atggtttgaagacaaccggagaagggcatgaatggggtgtgctattcggctttggaccaggacttaccattgagactgttgtcttgcgcagtgtagctat 1493046  T
Q  509 at 510  Q
    ||    
T  1493047 at 1493048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 8 - 445
Target Start/End: Original strand, 1509502 - 1509928
Alignment:
Q  8 cattgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggccattgac 107  Q
    |||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || |||||||||    
T  1509502 cattgttggtactgaccctgtaccagaaattgagaaatctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccaaatagtgaaggtgccattgac 1509601  T
Q  108 ggtcatcttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgttcctcggattgtttcaaagaacattgataaagcattgatcgaggctttccaac 207  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||  ||  || ||| ||||| ||||||||| ||||| |||| ||||| || ||||    
T  1509602 ggtcaccttcgtgaagttggactaacatttcgtcttcttaaagatgtctctgtgactgtctcaaa-aacattgattaagcactgattgaggcatttcaac 1509700  T
Q  208 cattaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctga 307  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||| |||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||     
T  1509701 cattaaacatctctgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattgaccaagttgagcaaaaattagccttaaaacctg- 1509799  T
Q  308 aaagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattatttatcttagatgagatgcgaaagaaatcttctcaa 407  Q
    ||||||||| ||         | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||||||||||  |||||    
T  1509800 aaagatgaaggc---------aattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaa 1509890  T
Q  408 gaggggcttaagaccacaggagaagggcttgattgggg 445  Q
    |||||  |||||||||  || ||||| ||||| |||||    
T  1509891 gagggaattaagaccattggtgaaggacttgaatgggg 1509928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 177; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 8 - 512
Target Start/End: Original strand, 1487048 - 1487552
Alignment:
Q  8 cattgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggccattgac 107  Q
    ||||||||| || || || ||| || |||||||||||||| | |||||| | |||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| |  || |||  |    
T  1487048 cattgttggctccgatccgatatcaaaaattgagaaacctctctttgagcttgtttggactgcacaaacaatagctctagatagtgaagaagcaattagc 1487147  T
Q  108 ggtcatcttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgttcctcggattgtttcaaagaacattgataaagcattgatcgaggctttccaac 207  Q
    || || |||||||||| ||| ||||||||| | |||| ||||||||| |||   ||| | ||||||||||| ||||||| | |  |  |||| |||||||    
T  1487148 ggccaacttcgtgaagttggactaacatttaatcttcgtaaagatgtccctgaaattatctcaaagaacatcgataaagaactagttaaggcattccaac 1487247  T
Q  208 cattaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctga 307  Q
    |||||  ||| |||||||||||  |||| ||||||||||  || ||||| ||||| |||||| | || || ||||||||||||||||  || ||||| ||    
T  1487248 cattaggcatctctgattacaatgcaattttttggattgtccacccaggcggacctgcaattttggaccatgttgaacaaaagttagctttgaaaccgga 1487347  T
Q  308 aaagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattatttatcttagatgagatgcgaaagaaatcttctcaa 407  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||| |||||| |||  |||||    
T  1487348 aaagatgaaggccactagggaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcttgtgtattgtttatattggatgaaatgagaaagagatcagctcaa 1487447  T
Q  408 gaggggcttaagaccacaggagaagggcttgattggggtgtgttgttcggctttggacctggacttaccattgaaaccgttgttttgcacagtgtggcta 507  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | || ||| ||| ||    
T  1487448 gagggacttgagaccacaggagaaggacttaaatggggagtgttgttcggctttggacctggacttaccattgaaactgttgttctccatagtatggtta 1487547  T
Q  508 tatga 512  Q
    |||||    
T  1487548 tatga 1487552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 8 - 496
Target Start/End: Original strand, 1499618 - 1500106
Alignment:
Q  8 cattgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggccattgac 107  Q
    ||||||||| ||||||| | |||| ||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||| | || ||||| || || |||       
T  1499618 cattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttgagttagtttggactgcacaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgt 1499717  T
Q  108 ggtcatcttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgttcctcggattgtttcaaagaacattgataaagcattgatcgaggctttccaac 207  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||||| | |  ||| ||| |||||  ||  |||||| |||||||| |||||||||| | |  | ||||| || ||||    
T  1499718 ggtcaacttcgtgaagttgggctaacatataatattcgtaaggatgtctctgagattgtctcaaagaatattgataaagtactagttgaggcatttcaac 1499817  T
Q  208 cattaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctga 307  Q
    |||||   || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||| |||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  1499818 cattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccgggtggtcctgcaattctagatcaaattgagcaaaagttaggcttgaaagctga 1499917  T
Q  308 aaagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattatttatcttagatgagatgcgaaagaaatcttctcaa 407  Q
    |||| |||  | |  ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| || |||||  |||||||| ||| ||||||  |||||    
T  1499918 aaagttgagggtcgttagggaagtgcttagtgaatatggtaatatgtctagtgcatctgtattgttcatcttgaatgagatgagaaggaaatcgactcaa 1500017  T
Q  408 gaggggcttaagaccacaggagaagggcttgattggggtgtgttgttcggctttggacctggacttaccattgaaaccgttgttttgca 496  Q
    ||  | |||||||||||||| ||||| |  || |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1500018 gatcgacttaagaccacaggtgaaggacaagaatggggtgtattgttaagctttggacctggacttaccattgaaactgttgttttgca 1500106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 762 - 833
Target Start/End: Original strand, 1483294 - 1483365
Alignment:
Q  762 aattaacgtcacaatctaaattctagattattttagattatatagtcccaactcatgcctagtattagttca 833  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1483294 aattaacgtcacaatctaaattctagattattttagattatataatcccaactcatgcctagtattagttca 1483365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 201 - 302
Target Start/End: Original strand, 1496063 - 1496164
Alignment:
Q  201 ttccaaccattaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaa 300  Q
    ||||||||||||||||| |   |||||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||| | ||||||||||| || |||||||||||||    
T  1496063 ttccaaccattaaacatcttcaattacaacccaatcttctggattgctcatccgagtggacctgcaattatagatcaagttgagcacaagttaggcttaa 1496162  T
Q  301 aa 302  Q
    ||    
T  1496163 aa 1496164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 9 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 46706731 - 46706200
Alignment:
Q  9 attgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggccattgacg 108  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |    
T  46706731 attgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggacttcacaaacaattgctccagatagtgaaggagccattgatg 46706632  T
Q  109 gtcatcttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgttcctcggattgtttcaaagaacattgataaagcattgatcgaggctttccaacc 208  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||    
T  46706631 gtcaccttcgtgaagctggactaacattccaccttctaaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacattgataaagcattagttgaggctttccaacc 46706532  T
Q  209 attaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctgaa 308  Q
    |||    |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| || |||||| | |||||||| || |||||||||| ||| || ||||||    
T  46706531 attgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggccctgcaattttagatcaagtagagcaaaagttagccttgaagcctgaa 46706432  T
Q  309 aagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattatttatcttagatgagatgcgaaagaaatcttctcaag 408  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||    
T  46706431 aagatgagagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcaactcaag 46706332  T
Q  409 aggggcttaagaccacaggagaagggcttgattggggtgtgttgttcggctttggacctggacttaccattgaaaccgttgttttgcacagtgtggctat 508  Q
    | || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  46706331 atggtctgaagacaacaggagaaggacttgaatggggtgtgttatttggctttggaccaggacttaccatagaaactgttgttttgcacagtgtcgctat 46706232  T
Q  509 atgataagcttaattagtttattttcatttat 540  Q
    |||| | ||||||||| |||||||| ||||||    
T  46706231 atgaaatgcttaattattttatttttatttat 46706200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 272; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 9 - 540
Target Start/End: Original strand, 5310776 - 5311306
Alignment:
Q  9 attgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggccattgacg 108  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| |    
T  5310776 attgttggttctgacccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatg 5310875  T
Q  109 gtcatcttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgttcctcggattgtttcaaagaacattgataaagcattgatcgaggctttccaacc 208  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  |||||||||| | ||||||||| | ||    
T  5310876 gtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtctcaaagaacattactaaagcattggttgaggctttcgagcc 5310975  T
Q  209 attaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctgaa 308  Q
    |||    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||| |||||| ||||||    
T  5310976 attgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtagagcaaaagttagccttaaagcctgaa 5311075  T
Q  309 aagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattatttatcttagatgagatgcgaaagaaatcttctcaag 408  Q
    |||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||     
T  5311076 aagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcaactcaaa 5311175  T
Q  409 aggggcttaagaccacaggagaagggcttgattggggtgtgttgttcggctttggacctggacttaccattgaaaccgttgttttgcacagtgtggctat 508  Q
    | ||  | ||||| || |||||||| ||||| |||||||| || || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| | ||    
T  5311176 acggattgaagacaacgggagaaggacttgagtggggtgtattatttggttttggaccaggacttaccattgaaacagttgttttgcgtagtgtgaccat 5311275  T
Q  509 atgataagcttaattagtttattttcatttat 540  Q
    |||| | | |||| || |||||||||||||||    
T  5311276 atgagatgtttaa-tattttattttcatttat 5311306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 9 - 512
Target Start/End: Original strand, 5315490 - 5315993
Alignment:
Q  9 attgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggccattgacg 108  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| |    
T  5315490 attgttggctctgacccagtaccagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatg 5315589  T
Q  109 gtcatcttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgttcctcggattgtttcaaagaacattgataaagcattgatcgaggctttccaacc 208  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| | ||||||||| | ||    
T  5315590 gtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacattactaaagcattggttgaggctttcgagcc 5315689  T
Q  209 attaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctgaa 308  Q
    |||    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||| |||||| ||||||    
T  5315690 attgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtggagcaaaagttagccttaaagcctgaa 5315789  T
Q  309 aagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattatttatcttagatgagatgcgaaagaaatcttctcaag 408  Q
    |||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||  || |||    
T  5315790 aagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcgtgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcaactaaag 5315889  T
Q  409 aggggcttaagaccacaggagaagggcttgattggggtgtgttgttcggctttggacctggacttaccattgaaaccgttgttttgcacagtgtggctat 508  Q
    | ||  | ||||| || |||||||| ||||| |||||||| || || || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||    
T  5315890 acggattgaagacaacgggagaaggacttgaatggggtgtattatttggttttggaccaggacttaccattgaaacggttgttttgcgcagcgtggctat 5315989  T
Q  509 atga 512  Q
    ||||    
T  5315990 atga 5315993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 267; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 9 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 5289440 - 5288887
Alignment:
Q  9 attgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggccattgacg 108  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| |    
T  5289440 attgttggttctgacccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccggatagtgaaggagccattgatg 5289341  T
Q  109 gtcatcttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgttcctcggattgtttcaaagaacattgataaagcattgatcgaggctttccaacc 208  Q
    | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||| | ||||||||| | ||    
T  5289340 gccaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcactaaagcattggttgaggctttcgagcc 5289241  T
Q  209 attaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctgaa 308  Q
    |||    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||| |||||| ||||||    
T  5289240 attgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtggagcaaaagttagccttaaagcctgaa 5289141  T
Q  309 aagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattatttatcttagatgagatgcgaaagaaatcttctcaag 408  Q
    |||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||  |   ||    
T  5289140 aagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcaaccatag 5289041  T
Q  409 aggggcttaagaccacaggagaagggcttgattggggtgtgttgttcggctttggacctggacttaccattgaaaccgttgttttgcacagtgtggctat 508  Q
    | ||  | ||||| || |||||||| ||||| |||||||| || || || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||| ||    
T  5289040 acggattgaagacaactggagaaggacttgaatggggtgtcttatttggttttggaccaggacttaccattgaaactgttgttttacgtagtgtggccat 5288941  T
Q  509 atgataagcttaattagtttattttcatttatatgctttcaaatttgtttgacttttat 567  Q
    |||| | | ||||||| |||||||||||     || |||||||||||||| ||||||||    
T  5288940 atgagatgtttaattattttattttcat-----tgatttcaaatttgtttaacttttat 5288887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 9 - 523
Target Start/End: Original strand, 5284687 - 5285201
Alignment:
Q  9 attgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggccattgacg 108  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| |    
T  5284687 attgttggctctgacccaataccagaaattgagagacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatg 5284786  T
Q  109 gtcatcttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgttcctcggattgtttcaaagaacattgataaagcattgatcgaggctttccaacc 208  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| | ||||||||  | ||    
T  5284787 gtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacattactaaagcattggttgaggcttttgagcc 5284886  T
Q  209 attaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctgaa 308  Q
    |||    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||| ||| || ||||||    
T  5284887 attgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtagagcaaaagttagccttgaagcctgaa 5284986  T
Q  309 aagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattatttatcttagatgagatgcgaaagaaatcttctcaag 408  Q
    |||||||| || || |||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||| ||||||||||  |||||     
T  5284987 aagatgaatgcaaccagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttggatgaaatgagaaagaaatcaactcaaa 5285086  T
Q  409 aggggcttaagaccacaggagaagggcttgattggggtgtgttgttcggctttggacctggacttaccattgaaaccgttgttttgcacagtgtggctat 508  Q
    | ||  | ||||| || |||||||| ||||| |||||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||    
T  5285087 acggattgaagacaacgggagaaggacttgaatggggtgtattatttggttttggaccaggacttaccattgaaaccgttgttttgcgcagtgttgccat 5285186  T
Q  509 atgataagcttaatt 523  Q
    |||| | ||||||||    
T  5285187 atgagatgcttaatt 5285201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 9 - 536
Target Start/End: Original strand, 5302875 - 5303402
Alignment:
Q  9 attgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggccattgacg 108  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| |    
T  5302875 attgttggctctgaccccgtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatg 5302974  T
Q  109 gtcatcttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgttcctcggattgtttcaaagaacattgataaagcattgatcgaggctttccaacc 208  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| | || |||||  | ||    
T  5302975 gtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacattactaaagcattggttgacgcttttgagcc 5303074  T
Q  209 attaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctgaa 308  Q
    | |    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||   || || ||||||    
T  5303075 actgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtagagcaaaagttatcattgaagcctgaa 5303174  T
Q  309 aagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattatttatcttagatgagatgcgaaagaaatcttctcaag 408  Q
    |||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||  || |||    
T  5303175 aagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcaactaaag 5303274  T
Q  409 aggggcttaagaccacaggagaagggcttgattggggtgtgttgttcggctttggacctggacttaccattgaaaccgttgttttgcacagtgtggctat 508  Q
    | ||| | ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| || || |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  5303275 atgggttgaagacaactggagaaggacttgaatggggtgtgttatttggttttggaccaggacttacaattgaaacggttgttttgcgcagtgtcgctat 5303374  T
Q  509 atgataagcttaattagtttattttcat 536  Q
    |||| | ||||||||| ||| |||||||    
T  5303375 atgagatgcttaattattttgttttcat 5303402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 292; Significance: 1e-163; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 9 - 536
Target Start/End: Original strand, 44128953 - 44129480
Alignment:
Q  9 attgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggccattgacg 108  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |    
T  44128953 attgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagccattgatg 44129052  T
Q  109 gtcatcttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgttcctcggattgtttcaaagaacattgataaagcattgatcgaggctttccaacc 208  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| ||| | ||||||||| ||||    
T  44129053 gtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagctttggttgaggctttcgaacc 44129152  T
Q  209 attaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctgaa 308  Q
    ||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  44129153 attaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttagccttaaaacctgaa 44129252  T
Q  309 aagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattatttatcttagatgagatgcgaaagaaatcttctcaag 408  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||| ||||||| ||  ||||||    
T  44129253 aagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcttgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaagtcagctcaag 44129352  T
Q  409 aggggcttaagaccacaggagaagggcttgattggggtgtgttgttcggctttggacctggacttaccattgaaaccgttgttttgcacagtgtggctat 508  Q
    | || || |||||||| |||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  44129353 atggactgaagaccacgggagaaggacttgagtggggtgttttatttggctttggaccaggtcttactattgaaactgttgttttgcgcagtgtcgctat 44129452  T
Q  509 atgataagcttaattagtttattttcat 536  Q
    ||||   ||||||||| |||||||||||    
T  44129453 atgaggtgcttaattattttattttcat 44129480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 287; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 9 - 531
Target Start/End: Original strand, 44141580 - 44142102
Alignment:
Q  9 attgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggccattgacg 108  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  44141580 attgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggggccattgacg 44141679  T
Q  109 gtcatcttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgttcctcggattgtttcaaagaacattgataaagcattgatcgaggctttccaacc 208  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  44141680 gtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggttgaggctttcgaacc 44141779  T
Q  209 attaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctgaa 308  Q
    ||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  44141780 attaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttagccttaaaacctgaa 44141879  T
Q  309 aagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattatttatcttagatgagatgcgaaagaaatcttctcaag 408  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||| ||||||| ||  ||||||    
T  44141880 aagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcctgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaagtcagctcaag 44141979  T
Q  409 aggggcttaagaccacaggagaagggcttgattggggtgtgttgttcggctttggacctggacttaccattgaaaccgttgttttgcacagtgtggctat 508  Q
    | ||  | |||||||| |||||||| ||||| |  ||||| || || ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| | |||||| |||||    
T  44141980 atggattgaagaccacgggagaaggacttgagtttggtgttttatttggctttggaccgggtcttaccattgaaactgttgttttacgcagtgtcgctat 44142079  T
Q  509 atgataagcttaattagtttatt 531  Q
    ||||   ||||||||| ||||||    
T  44142080 atgaggtgcttaattattttatt 44142102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 9 - 536
Target Start/End: Original strand, 44133158 - 44133685
Alignment:
Q  9 attgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggccattgacg 108  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |    
T  44133158 attgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagccattgatg 44133257  T
Q  109 gtcatcttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgttcctcggattgtttcaaagaacattgataaagcattgatcgaggctttccaacc 208  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  44133258 gtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggttgaggctttcgaacc 44133357  T
Q  209 attaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctgaa 308  Q
    ||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  44133358 attaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttagccttaaaacctgaa 44133457  T
Q  309 aagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattatttatcttagatgagatgcgaaagaaatcttctcaag 408  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||| ||||||| ||  ||||||    
T  44133458 aagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcctgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaagtcagctcaag 44133557  T
Q  409 aggggcttaagaccacaggagaagggcttgattggggtgtgttgttcggctttggacctggacttaccattgaaaccgttgttttgcacagtgtggctat 508  Q
    | ||  | ||||||||||||||||| ||||| |  ||||| || || ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||  ||| | |||||    
T  44133558 atggattgaagaccacaggagaaggacttgaatttggtgttttatttggctttggaccgggtcttaccattgaaactgttgttttgcgaagtatcgctat 44133657  T
Q  509 atgataagcttaattagtttattttcat 536  Q
    ||||   ||||| ||| |||||||||||    
T  44133658 atgaggtgcttatttattttattttcat 44133685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 220; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 8 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 24163534 - 24163023
Alignment:
Q  8 cattgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggccattgac 107  Q
    ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||||||||| |||||| | ||||| || || |||       
T  24163534 cattgttggctctgacccaatacaggaaattgagaaacctctatttgagttagtttggacagcacaaacaatcgctccaaatagtgaaggagctatttgt 24163435  T
Q  108 ggtcatcttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgttcctcggattgtttcaaagaacattgataaagcattgatcgaggctttccaac 207  Q
    || || |||||||||  ||| ||| ||||||| |||  ||| ||||||||    ||||| |||||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  24163434 ggccaacttcgtgaatttgggctatcatttcatctttgtaaggatgttccagacattgtctcaaagaatattgataaagcattgtttgaggcattccaac 24163335  T
Q  208 cattaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctga 307  Q
    |||||   || ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||  || ||||  ||||||||| ||| ||||||||    
T  24163334 cattaggtatctctgattacaactcaatcttttggattgctcactctggtggacccgcaattctagacaaaattgaggaaaagttagccttgaaacctga 24163235  T
Q  308 aaagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattatttatcttagatgagatgcgaaagaaatcttctcaa 407  Q
    ||||||||  ||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||  |||||    
T  24163234 aaagatgagtgccactagaaaaatgcttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattattcatcttagatgagatgagaaacaaatcggctcaa 24163135  T
Q  408 gaggggcttaagaccacaggagaagggcttgattggggtgtgttgttcggctttggacctggacttaccattgaaaccgttgttttgcacagtgtggcta 507  Q
    || || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| || |||||||||||||||||  ||||| | |||||||||||||    
T  24163134 gatggactaaagaccacaggagaagggcttgaatggggtgtgttgttaagctttgggccaggacttaccattgaaacgattgttctccacagtgtggcta 24163035  T
Q  508 tatgataagctt 519  Q
    ||||||| ||||    
T  24163034 tatgatatgctt 24163023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 101; Significance: 1e-49; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 9 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 37863133 - 37862753
Alignment:
Q  9 attgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggccattgacg 108  Q
    ||||||||||| || ||  | |||||| ||||||| ||| | |||||  |||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| || || ||||| |    
T  37863133 attgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcacaaacaatcgttccagatagtgaaggagctattgatg 37863034  T
Q  109 gtcatcttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgttcctcggattgtttcaaagaacattgataaagcattgatcgaggctttccaacc 208  Q
    |||| ||||| ||||| || || ||||| || || || || ||||||||| |  |||| |||||||||||||| |||||  |  | ||||| || || ||    
T  37863033 gtcaccttcgagaagcaggactgacattccatctcctcaaggatgttcctggccttgtctcaaagaacattgagaaagctcttgttgaggcatttcagcc 37862934  T
Q  209 attaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctgaa 308  Q
     || || || || |||||||| || ||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  || ||||||||||| || ||     
T  37862933 tttgaatatctcggattacaattccatcttttggatcgcgcacccaggtggaccagcaattcttgaccaagttgaactcaaattaggcttaaagccagag 37862834  T
Q  309 aagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattatttatcttagatgagatg 389  Q
    || ||| |||||||| || | |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||| |||||||||    
T  37862833 aaaatgcaagccactcgacatgtacttagcgaatatggtaacatgtcaagtgcgtgtgtgctattcatcttggatgagatg 37862753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 15 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 37859101 - 37858727
Alignment:
Q  15 ggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggccattgacggtcatc 114  Q
    ||||| |||||| ||||| || ||||||||||  | |||||  |||| |||||||||||||| ||   |||||| ||||| || || ||||||||||| |    
T  37859101 ggttcagacccattaccacaagttgagaaacccttgtttgaattggtatggactgcacaaacgatccttccagatagtgaaggagcaattgacggtcacc 37859002  T
Q  115 ttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgttcctcggattgtttcaaagaacattgataaagca-ttgatcgaggctttccaaccattaa 213  Q
    |||||||||  || || ||||| || || || || ||||||||| |  || | |||||||||||||| |||||  ||| | ||||| || ||||| |||     
T  37859001 ttcgtgaagtcgggcttacattccatctcctcaaggatgttcctggtcttatctcaaagaacattgagaaagctcttgct-gaggcctttcaacctttag 37858903  T
Q  214 acatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctgaaaagat 313  Q
      || ||||||||||| || ||||||||||| || || || |||||||| |||||||| || ||||| |||   || ||| ||||||| || || || ||    
T  37858902 gtatctctgattacaattccatcttttggatcgcacaccctggtggaccagcaattctggaccaagtggaagccaaattaagcttaaagccagagaaaat 37858803  T
Q  314 gaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattatttatcttagatgagatg 389  Q
    | |||||||| || | || ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  37858802 gcaagccactcgacatgtgcttagcgagtatggtaacatgtcaagtgcatgtgtgttattcatcttggatgagatg 37858727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 222 - 389
Target Start/End: Original strand, 39030663 - 39030830
Alignment:
Q  222 gattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctgaaaagatgaaagcca 321  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||  ||||||||||| |||||||||   || ||||||||||| || || || ||| ||||||    
T  39030663 gattacaattcaattttttggattgcacacccaggcggacgagcaattcttgaccaagttgaagccaaattaggcttaaagccagagaaaatgcaagcca 39030762  T
Q  322 ctagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattatttatcttagatgagatg 389  Q
    || |  | ||||||||||| |||||||||||||||||| |||  || ||||| || || |||||||||    
T  39030763 ctcggcatgtacttagtgagtatggtaacatgtcaagtccatccgtgttattcattttggatgagatg 39030830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 47; Significance: 2e-17; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 223 - 397
Target Start/End: Original strand, 35251404 - 35251578
Alignment:
Q  223 attacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaacctgaaaagatgaaagccac 322  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||  | |||||||| || |||||||| ||||||||  | ||||||||||| || ||||||||  || |||||||    
T  35251404 attataactcaatcttttggattgctcacacgggtggaccagcgattcttgaccaagttgaggacaagttaggcttgaagcctgaaaaattggaagccac 35251503  T
Q  323 tagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattatttatcttagatgagatgcgaaagaa 397  Q
    | || | ||  | |||   ||||| |||||||||||||| ||||| || || || |||||||| ||| |||||||    
T  35251504 tcgaaatgtgttgagtagttatgggaacatgtcaagtgcttgtgtgttgttcattttagatgaaatgagaaagaa 35251578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University