View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1705-Insertion-4 (Length: 741)

Name: NF1705-Insertion-4
Description: NF1705
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1705-Insertion-4
NF1705-Insertion-4
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (101-740)||(6417705-6418357)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 523; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 523; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 101 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 6418357 - 6417705
Alignment:
Q  101 ataccaacaaccttttttgaagtacatgagagcaaacctaattttattcatgaacttatggagataatatttcatgatgggtgaaatgaaagtacgtnnn 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       
T  6418357 ataccaacaaccttttttgaagtacatgagagcaaacctaattttattcatgaacttatggagataatatttcatgatgggtgaaatgaaagtatgtaaa 6418258  T
Q  201 nnnnnnnnnnnnttat---gtttgatgtgtactactcaaattcaataaaggttgtcttgtggaaggatgctctttagtgaaagggtcgctatttcgaccc 297  Q
                ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6418257 aaaaaaaaaaaattattatgtttgatgtgtactactcaaattcaataaaggttgtcttgtggaaggatgctctttagtgaaagggtcgctatttcgaccc 6418158  T
Q  298 actattgtgaaaggatgctctacatacagaaaaactatctacttggaaggctaagctgatgttatcaatatgtggttgactggtgcttgtgaagtcagtt 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6418157 actattgtgaaaggatgctctacatacagaaaaactatctacttggaaggctaagctgatgttatcaatatgtggtagactggtgcttgtgaagtcagtt 6418058  T
Q  398 cttatttcttcttaatagtttactctctttattctatatgactattcaaagtaccaaaaggtgtgttaaaaaataattactagtagtatgcaaagatcct 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6418057 cttatttcttcttaatagtttactctctttattctatatgactattcaaagtaccaaaaggtgagttaaaaaataattactagtagtatgcaaagatcct 6417958  T
Q  498 ttatggctctggaaagaataaagcaacaccactaattaagtgggacataattgagaagttaaagtcacacggtagtttaagtgtgggaaaatcgtgaggc 597  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6417957 ttatggctctggaaagaataaagcaacaccactaattaagtgggacataattgagaagttaaagtcacaccgtagtttaagtgtggtaaaatcgtgaggc 6417858  T
Q  598 aattttggtgttgtaaaggattttttgttagaattagtgttaatttgctgtattgattagtagagtgtattgattacatagaccaatgacggatctagag 697  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6417857 aattttggtgttttaaaggattttttgttagaattagtgttaatttgctgtattgattagtagagtgtattgattacatagaccaatgacggatctagag 6417758  T
Q  698 g----------agggcagcaacccctccctccccccttataatttatgcactg 740  Q
    |           ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  6417757 gggggcagccatgggcagcaacccctccctcccccctcataatttatccactg 6417705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University