View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17059_low_1 (Length: 704)

Name: NF17059_low_1
Description: NF17059
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17059_low_1
NF17059_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-687)||(1245710-1246394)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-694)||(42010365-42011055)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 643; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 643; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 687
Target Start/End: Complemental strand, 1246394 - 1245710
Alignment:
Q  1 ataaacctgaatcatgtttaatatcctcacttgaagaatagtatctttacattaaattatcaaattatctttatcttgattttcttaatgtgaaatatat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1246394 ataaacctgaatcatgtttaataacctcacttgaagaatagtatctttacattaaattatcaaattatctttctcttgattttcttaatgtgaaatatat 1246295  T
Q  101 ttttaatttgataatttcttgttctgccagtagaaattgcttcaagcaatgtctctccttatctttatcaggaatttaggagtaaagcatcaagaaatta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1246294 ttttaatttgataatttcttgttctgccagtagaaattgcttcaagcaatgtctctccttatctttatcaggaatttaggagtaaagcatcaagaaatta 1246195  T
Q  201 tatgaatgatagattatatagaataagacaaaaaagaatacaatttttccaaatgcttattatcatcataatgcttgttgcaaaaagtttatcagactac 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1246194 tatgaatgatagattatatagaataagacaaaaaagaatacaatttttccaaatgcttattatcatcataatgcttgttgcaaaaagtttatcaaactac 1246095  T
Q  301 aaaacatgaaacctcaaaattcagcaacaataatctactgcaacattcaacctgaatttgttaccaaactactgatatttcaaaattcatttccctcata 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1246094 aaaacatgaaacctcaaaattcagcaacaataatctactgcaacattcaacctgaatttgttaccaaactactgatatttcaaaattcatttccctcata 1245995  T
Q  401 ctctatgatgaagacaaaaatctgatagcatagaactctactctcacataaatcaacatgctactctcacaaaattagaacaaatttttcacaaaggagt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  1245994 ctctatgatgaagacaaaaatctgatagcatagaactctactctcacataaatcaacatgctactctcacaaaattagaacaaa--tttcacaaaggagt 1245897  T
Q  501 ctcacctggaaggtaagaaggaagtcctctctcaacctgcaagcnnnnnnncctaggaaaaaggctactaatactaggcattagaattttcttcccttta 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1245896 ctcacctggaaggtaagaaggaagtcctctctcaacctgcaagctttttttcctaggaaaaaggctactaatactaggcattagaattttcttcccttta 1245797  T
Q  601 tccaacttcctcgcctccatgttttgtggaagtgaatgctgcttttgaatcttgtaaagccgaggagataaacgtgatgaagacgat 687  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1245796 tccaacttcctcgcctccatgttttgtggaagtgaatgctgcttttgaatcttgtaaagccgaggagataaacgtgatgaagacgat 1245710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 614; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 614; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 42011055 - 42010365
Alignment:
Q  1 ataaacctgaatcatgtttaatatcctcacttgaagaatagtatctttacattaaattatcaaattatctttatcttgattttcttaatgtgaaatatat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42011055 ataaacctgaatcatgtttaataacctcacttgaagaatagtatctttacattaaattatcaaattatctttctcttgattttcttaatgtgaaatatat 42010956  T
Q  101 ttttaatttgataatttcttgttctgccagtagaaattgcttcaagcaatgtctctccttatctttatcaggaatttaggagtaaagcatcaagaaatta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42010955 ttttaatttgataatttcttgttctgccagtagaaattgcttcaagcaatgtctctccttatctttatcaggaatttaggagtaaagcatcaagaaatta 42010856  T
Q  201 tatgaatgatagattatatagaataagacaaaaaagaatacaatttttccaaatgcttattatcatcataatgcttgttgcaaaaagtttatcagactac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  42010855 tatgaatgatagattatatagaataagacaaaaaagaatacaa-ttttccaaatgcttattatcatcataatgcttgttgcaaaaagtttatcaaactat 42010757  T
Q  301 aaaacatgaaacctcaaaattcagcaacaataatctactgcaacattcaacctgaatttgttaccaaactactgatatttcaaaattcatttccctcata 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42010756 aaaacatgaaacctcaaaattcagcaacaataatctactgcaacattcaatctgaatttgttaccaaactactgatatttcaaaaatcatttccctcata 42010657  T
Q  401 ctctatgatgaagacaaaaatctgatagcatagaactctactctcacataaatcaacatgctactctcacaaaattagaacaaatttttcacaaaggagt 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  42010656 ctctatgatgaagacaaaaatctgatagcataaaactctactctcacataaatcaacatgctactctcacaaaattagaacaaa--tttcacaaaggagt 42010559  T
Q  501 ctcacctggaaggtaagaaggaagtcctctctcaacctgcaagcnnnnnnncctaggaaaaaggctactaatactaggcattagaattttcttcccttta 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  42010558 ctcacctggaaggtaagaaggaagtcctctctcaacctgcaagctttttttcctaggaaaaaagctactaatactaggcaatagaattttcttccctttt 42010459  T
Q  601 tccaacttcctcgcctccatgttttgtggaagtgaatgctgcttttgaatcttgtaaagccgaggagataaacgtgatgaagacgatgatgatg 694  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42010458 tccaacttcctcgcctccatgttttgtggaagtgaatgctgcttttgaatcttgtaaagccgaggagataaacgtgatgaagacgatgatgatg 42010365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University