View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1705_high_21 (Length: 435)

Name: NF1705_high_21
Description: NF1705
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1705_high_21
NF1705_high_21
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (7-426)||(44766528-44766947)
chr3 (8-385)||(44756476-44756853)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (9-425)||(23287430-23287858)
chr1 (8-426)||(23256438-23256857)
chr1 (11-397)||(23286742-23287131)
chr1 (8-423)||(23255563-23255969)
chr1 (10-311)||(43465065-43465366)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-245)||(39940046-39940273)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 44766947 - 44766528
Alignment:
Q  7 ttaatcaacttagcagcttgtctctcactataatgacccttctgcacaatcctatcaaacaattccccaccttcacaaagctccataaccaaatgaacaa 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44766947 ttaatcaacttagcagcttgtctctcactataatgacccttctgcacaatcctatcaaacaattccccaccttcacaaagctccataaccaaatgaacaa 44766848  T
Q  107 aaaatgaatcctcatatgtttcacggatcctcacaacatttggatgttcagacaaatggtgcattatctgaatctctctccaaacatcatcataatcctc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44766847 aaaatgaatcctcatatgtttcacggatcctcacaacatttggatgttcggataaatggtgcattatttgaatctctctccaagcatcatcataatcctc 44766748  T
Q  207 tttgcataaaagcttcgtcttgaagattgatttgcaagcgtaggttctacccgttgagttgtgtatgcagtgatatgtgatcccaaattgaccttgaccc 306  Q
    ||| || ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44766747 tttacacaaaagcttcttctttgagattgatttgcaagcgtaggttctacccgttgagttgtgtgtgcagtgatatgtgatcccaaattgaccttgaccc 44766648  T
Q  307 agttttctacctaaggtgtaaacttcatggagattctttgtcacacgagggagaacccatgtggttttcggtgttgttggtgttgtcttgtctggtatgt 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44766647 agttttctacctaaggtgtaaacttcatggagattctttgttacacgagggagaacccatgtggttttcggtgttgttggtgttgtcttgtctggtatgt 44766548  T
Q  407 ttgattttgacattgttcat 426  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  44766547 ttgattttgacattgttcat 44766528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 8 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 44756853 - 44756476
Alignment:
Q  8 taatcaacttagcagcttgtctctcactataatgacccttctgcacaatcctatcaaacaattccccaccttcacaaagctccataaccaaatgaacaaa 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  44756853 taatcaacttagcagcttgtctctcactataatgccctttctgcacaatcctatcaaacaattccccaccttcacaaagctccataaccaaatgaacaga 44756754  T
Q  108 aaatgaatcctcatatgtttcacggatcctcacaacatttggatgttcagacaaatggtgcattatctgaatctctctccaaacatcatcataatcctct 207  Q
    ||| |||||||| || ||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44756753 aaacgaatcctcgtaagttccatggatcctcacaacatttggattttcagacaaatggtgcattatctgaatctctctccaaacatcatcataatcctct 44756654  T
Q  208 ttgcataaaagcttcgtcttgaagattgatttgcaagcgtaggttctacccgttgagttgtgtatgcagtgatatgtgatcccaaattgaccttgaccca 307  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44756653 ttgcataaaagcttcttctttgagattgatttgcaagcgtaggttctacccgttgagttgtgtatgcagtgatatgtgatcccaaattgaccttgaccca 44756554  T
Q  308 gttttctacctaaggtgtaaacttcatggagattctttgtcacacgagggagaacccatgtggttttcggtgttgttg 385  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| | ||||| |  || |||  ||||||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  44756553 gttttctgcctaaggtgtaaacttcacgaagattttcagttacataagggagaacccatgtgggttttggtggtgttg 44756476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 177; Significance: 3e-95; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 9 - 425
Target Start/End: Original strand, 23287430 - 23287858
Alignment:
Q  9 aatcaacttagcagcttgtctctcactataatgacccttctgcacaatcctatcaaacaattccccaccttcacaaagctccataaccaaatgaacaa-- 106  Q
    |||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||      
T  23287430 aatcaacttaacggtttgtctctcactataatgacccttctgcacaatcctatcaaacaattcccaaccttcacaaagctccataaccaaacgaagaaga 23287529  T
Q  107 ------aaaatgaatcctcatatgtttcacggatcctcacaacatttggatgttcagacaaatggtgcattatctgaatctctctccaaacatcatcata 200  Q
          |||| |||| |||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23287530 aaaaaaaaaacgaatactcataagtttcgtggatcctcacgacatttggatgttcagataaatggtgcattatttgaatctctctccaaacatcatcata 23287629  T
Q  201 atcctctttgcataaaagcttcgtcttgaagattgatttgcaagcgtaggttctacc-----cgttgagttgtgtatgcagtgatatgtgatcccaaatt 295  Q
    ||||||||| | ||| ||  |  |||   | || |||||||| |  ||||||| |||     ||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||    
T  23287630 atcctctttacttaatagtataatctatgatatagatttgcacgtataggttcgacctgtttcgttgcgttgtgtgagcagtgatatgtgataccaaatt 23287729  T
Q  296 gaccttgacccagttttctacctaaggtgtaaacttcatggagattctttgtcacacgagggagaacccatgtggttttcggtgttgttggtgttgtctt 395  Q
    ||| || ||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||||| |||||| ||| | ||    
T  23287730 gac-ttcacccaattttttacctaaggtgtagacttcatggagattctttgttacatgaggaagaacccttgtggttttcggtggtgttggagttatgtt 23287828  T
Q  396 gtctggtatgtttgattttgacattgttca 425  Q
    || ||| ||||||||||| |||||||||||    
T  23287829 gtttgggatgtttgatttcgacattgttca 23287858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 8 - 426
Target Start/End: Original strand, 23256438 - 23256857
Alignment:
Q  8 taatcaacttagcagcttgtctctcactataatgacccttctgcacaatcctatcaaacaattccccaccttcacaaagctccataaccaaatgaacaaa 107  Q
    ||||||| |||||| | ||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||| |||    
T  23256438 taatcaatttagcaacatgtctcttactatgatgacccttctggacaatcctatcaaacaattccccaccatcacaaagctctttaaccaaatgaagaaa 23256537  T
Q  108 aa--atgaatcctcatatgtttcacggatcctcacaacatttggatgttcagacaaatggtgcattatctgaatctctctccaaacatcatcataatcct 205  Q
    ||  | ||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23256538 aaagaagaatcctcataagtttcatggatcct--caacatttggatgttcagataaatggtgcattttttgaatctctctctaaacatcatcataatcct 23256635  T
Q  206 ctttgcataaaagcttcgtcttgaagattgatttgcaagcgtaggttctacccgttgagttgtgtatgcagtgatatgtgatcccaaattgaccttgacc 305  Q
    ||||||  || || ||| ||||  | || || ||||| ||| | |||| | | |||| ||||||| |||| |||||| |||| ||||||||| ||| |||    
T  23256636 ctttgcggaacagtttcttctttgacatagacttgcatgcgcatgttcgatctgttgtgttgtgtgtgcattgatatatgataccaaattga-cttcacc 23256734  T
Q  306 cag--ttttctacctaaggtgtaaacttcatggagattctttgtcacacgagggagaacccatgtggttttcggtgttgttggtgttgtcttgtctggta 403  Q
     ||  |||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| | ||||| |  ||| |||| ||||||| |||| ||| |    
T  23256735 tagttttttttacctaaggtgtagacttcatggagaatctttgttacatgagggagaacccttatggttatttgtggtgttagtgttgtgttgtttggga 23256834  T
Q  404 tgtttgattttgacattgttcat 426  Q
    |||| ||||| ||||||||||||    
T  23256835 tgttcgatttcgacattgttcat 23256857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 11 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 23287131 - 23286742
Alignment:
Q  11 tcaacttagcagcttgtctctcactataatgacccttctgcacaatcctatcaaacaatt---ccccaccttcacaaagctccataaccaaatgaacaaa 107  Q
    ||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||   ||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||    
T  23287131 tcaacgtaggagcttgtctatcactataatgacccttctacacaatcctttcaaaaaattattccccaccttcaaaaagcttcataaccaaatgaaaaaa 23287032  T
Q  108 aa--atgaatcctcatatgtttcacggatcctcacaacatttggatgttcagacaaatggtgcattatctgaatctctctccaaacatcatcataatcct 205  Q
    ||  |  ||  |||||| ||||    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23287031 aataaaaaaatctcataagtttgctagatcctcacaacatttggatgttcagataaatggtgcattatctaaatctctgtccaaacatcatcataatcct 23286932  T
Q  206 ctttgcataaaagcttcgtcttgaagattgatttgcaagcgtaggttctacccgttgagttgtgtatgcagtgatatgtgatcccaaattgaccttgacc 305  Q
    |||||||||| |  ||| |||   | || || ||| |   |||||||| ||| |||| ||||||| ||||||| | ||||||  | |||||||||| |||    
T  23286931 ctttgcataacaatttcttctatgatatagacttgtacttgtaggttcgacctgttgtgttgtgtgtgcagtggtttgtgataacgaattgaccttcacc 23286832  T
Q  306 c-agttttctacctaaggtgtaaacttcatggagattctttgtcacacgagggagaacccatgtggttttcggtgttgttggtgttgtcttgt 397  Q
    | | |||| ||||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||| |||||   |||| |||||||||| ||| |||| ||||||| ||||    
T  23286831 caatttttttacctaaggtgtagacttcatgtagattcattgttacaggaggg---acccttgtggttttcagtggtgttagtgttgtgttgt 23286742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 8 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 23255969 - 23255563
Alignment:
Q  8 taatcaacttagcagcttgtctctcactataatgacccttctgcacaatcctatcaaacaattccccaccttcacaaagctccataaccaaatgaacaaa 107  Q
    |||||||| ||||| |||| || |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||   |    
T  23255969 taatcaacgtagcaacttgcctatcactataatgacccttctgcataatcccatcaaacaattcctcaccttcacaaatctccataaccaaataaa---a 23255873  T
Q  108 aaatgaatcctcatatgtttcacggatcctcacaacattt-ggatgttcagacaaatggtgcattatctgaatctctctccaaacatcatcataatcctc 206  Q
    ||||  ||    |||  |     | |||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23255872 aaatatat----ataaat-----gaatcctcacaatattttggatgttcagataaatggtgcattatctaaatctctctccagacatcatcataatcctc 23255782  T
Q  207 tttgcataa-aagcttcgtcttgaagattgatttgcaagcgtaggttctacccgttgagttgtgtatgcagtgatatgtgatcccaaattgaccttgacc 305  Q
    || ||| || ||| ||  ||||  | ||  | |||||  ||||||||  ||| |||| ||||||| ||||||||||||||||  | |||||||||| |||    
T  23255781 ttggcaaaacaagtttattcttttatatatacttgcacccgtaggtttgacctgttgtgttgtgtgtgcagtgatatgtgataacgaattgaccttcacc 23255682  T
Q  306 ca-gttttctacctaaggtgtaaacttcatggagattctttgtcacacgagggagaacccatgtggttttcggtgttgttggtgttgtcttgtctggtat 404  Q
    || ||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||| | || ||||||  |||||||||||||| |||| ||||||| || | ||| ||    
T  23255681 caagttttttacctaaggtgtatacttcatgtagattatttgttacatgtggcagaaccgttgtggttttcggtggtgttagtgttgtgttatttgggat 23255582  T
Q  405 gtttgattttgacattgtt 423  Q
    ||| ||||| |||||||||    
T  23255581 gttcgatttcgacattgtt 23255563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 10 - 311
Target Start/End: Original strand, 43465065 - 43465366
Alignment:
Q  10 atcaacttagcagcttgtctctcactataatgacccttctgcacaatcctatcaaacaattccccaccttcacaaagctccataaccaaatgaacaaaaa 109  Q
    |||||||| ||||| | | ||||||||||||||||||| || |  ||| ||||||| |  || |||||  |||| | |||||| |||||||| ||||| |    
T  43465065 atcaactttgcagcctctttctcactataatgacccttttgaatgatcttatcaaaaagctcaccaccagcacacaactccatcaccaaatgcacaaaca 43465164  T
Q  110 atgaatcctcatatgtttcacggatcctcacaacatttggatgttcagacaaatggtgcattatctgaatctctctccaaacatcatcataatcctcttt 209  Q
      ||||||||||| ||| |  | ||    || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  43465165 cagaatcctcataggttccttgaatttgaaccacatttggatgttcagataaatggtgcatgatctgaatctctctccacacatcatcataatcctcctt 43465264  T
Q  210 gcataaaagcttcgtcttgaagattgatttgcaagcgtaggttctacccgttgagttgtgtatgcagtgatatgtgatcccaaattgaccttgacccagt 309  Q
     || ||||||||| ||||   |||||||||||| || |||  | | || || || |||||| ||||  |||||||  |||||||||| ||||| || |||    
T  43465265 acacaaaagcttcctcttagggattgatttgcatgcatagagtttccctgtggatttgtgtgtgcatagatatgttgtcccaaattgtccttgtccaagt 43465364  T
Q  310 tt 311  Q
    ||    
T  43465365 tt 43465366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 39940273 - 39940046
Alignment:
Q  18 agcagcttgtctctcactataatgacccttctgcacaatcctatcaaacaattccccaccttcacaaagctccataaccaaatgaacaaaaaatgaatcc 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||  |   ||||||    
T  39940273 agcagcttgtctttcactataatgaccctttttcacaatcctatcaaaaagttcaccaccttcacaaagctccataacaatatgaacagcagtagaatcc 39940174  T
Q  118 tcatatgtttcacggatcctcacaacatttggatgttcagacaaatggtgcattatctgaatctctctccaaacatcatcataatcctctttgcataaaa 217  Q
    ||||| ||| |    || || ||||| |  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  39940173 tcatacgttccttctattctaacaacgtgaggatgttcagataaatgatgcattatctgaatctctctccaaacatcttcataatcttctttgcagaaaa 39940074  T
Q  218 gcttcgtcttgaagattgatttgcaagc 245  Q
    ||||  ||||   |||||||||||||||    
T  39940073 gctttctctttgggattgatttgcaagc 39940046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University