View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1705_low_1 (Length: 1004)

Name: NF1705_low_1
Description: NF1705
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1705_low_1
NF1705_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-990)||(957316-958282)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 895; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 895; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 990
Target Start/End: Complemental strand, 958282 - 957316
Alignment:
Q  19 agtagagagttctgttacaatcatttctaggtataagtttttgtacctgtaattgtgtttttccatgagtttatccgaaaggcatgatttctaggcaatg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  958282 agtagagagttctgttacaatcatttctaggtataagtttttgtacctgtaattgtgtttttccatgagtttatccgaaaggcatgatttctaggcaatg 958183  T
Q  119 agtatgagtacaggggctcatatgaaatacggatacacaagactttcttagagaaatattcaaccatattatataagcatgttatttcacattttgagta 218  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  958182 agtatgagtacaggtgctcatatgaaatacgaatacacaagactttcttagagaaatattcaaccatattatataagcatgttatttcacattttgagta 958083  T
Q  219 taacataatttttgttatggtttatattaaaataacatttctagttctagcaatataccgtatcattgttttgttgttgtttgtattccctaaattatgc 318  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  958082 tagcataatttttgttatggtttatattaaaataacatttctagttctagcaatataccgtatcattgttttgttgttgtttgtattccctaaattatgc 957983  T
Q  319 ttctgtttggaagtgtgttgtaatgttgtatggcattttgttttcttttggggtttataaattgttaaaattga-nnnnnnnnngcttgtatctgattta 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||    
T  957982 ttctgtttggaagtgtgttgtaatgttgtatggcattttgttttcttttggggtttataaattgttaaaattgattttttttttgcttgtatctgattta 957883  T
Q  418 ttaatatatttattttacatatcttacactctagaatcacttgtttttcagcttgtttctgtcacacaccgtggtattcggaggcgctgtcttgactttg 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  957882 ttaatatatttattttacatatcttacactctagaatcacttgtttttcagcttgtttctgtcacacaccgtggtattcggaggcgctgtcttgactttg 957783  T
Q  518 agatggccagtgtgcgaaagaagattgcagatgataattcaaacaccaactctagtacaccacagtctgaaacaatgaatgctgctaatgaaaaccaatt 617  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  957782 agatggccagtgtgcgaaggaagattgcagatgataattcaaacaccaactctagtacacaacagtctgaaacaatgaatgctgctaatgaaaaccaatt 957683  T
Q  618 gctccctgcaaaacgcaacgcaaattcacaaaggtgcattttgccgggtatcggtttacacttgaatgcacttgcttccgtaaaggatcacaaaggcaaa 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  957682 gctccctgcaaaacgcaacgcaaattcacaaaggtgcattttgccgggtatcggtttacacttgaatgcacttgcttccgtaaaggatcacaaaggcaaa 957583  T
Q  718 gaaattgaaaatttgacttctggatctggaagacaactcagcctgaccagctctacatcattgctactctctgcatgccaagaacatcagcatctatcgg 817  Q
    ||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  957582 gaaattgaaaatttgact------tctggaagacaactcagcctgaccagctctacatcattgctactctctgcatgccaagaacatcagcatctatcgg 957489  T
Q  818 tcgtatctgtatcaatatcatctgaaagagaattggtcccatctgacaacggggttcagcctaccgaagattgtccccagccaatagcttacatggctac 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  957488 tcgtatctgtatcaatatcatctgaaagagaattggtcccatctgacaacggggttcagcctaccgaagattgtccccagccaatagcttacatggctac 957389  T
Q  918 tgaagatttcaatcagaatagccccaaaaagaaaaggtaagcgaagttgtcgattatcctgctttatgcttga 990  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  957388 tgaagatttcaatcagaatagccccaaaaagaaaaggtaagcgaagttgtcgattatcctgctttatgcttga 957316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University