View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1706-Insertion-14 (Length: 787)

Name: NF1706-Insertion-14
Description: NF1706
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1706-Insertion-14
NF1706-Insertion-14
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-786)||(14853298-14854076)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 719; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 719; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 786
Target Start/End: Complemental strand, 14854076 - 14853298
Alignment:
Q  8 ttatccaccatcgaaggcagactgggtaacatgtggtgtccggtgatgaagatgaagctgttgtcaatggatgataacaaatttatggtacaaatgttct 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14854076 ttatccaccatcgaaggcagactgggtaacatgtggtgtccggtgatgaagatgaagctgttgccaatggatgataacaaattcatggtacaaatgttct 14853977  T
Q  108 ctaaggcagatcttaacgttgtgctagaaggaagcccgtggttattagatagccgcatgatcattgtgaagaaggtagccatgggagaagatccattgac 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14853976 ctaaggcagatcttaacgttgtgctggaaggaagcccgtggttattagataaccgtatgatcattgtgaagaaggtagccatgggagaagatccattgac 14853877  T
Q  208 gttacccatgaactctactgagatttgggtacaggtccatcaactgcctttcggttttatggacaaaactattggggagctagtcggaagtcatattggc 307  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14853876 gttacccatgaactctactgaaatttgggtacaggtccatcaactgcctttcggttttatggacaaaactattggggagctagccggaagtcatattggc 14853777  T
Q  308 aaactagttaaatatgacgaggataacaactatggaccatggcggaaatacatgaggttacgggtggagattgcgttggaggaaccccttcaacaagatc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14853776 aaactagttaaatatgacgaggataacaactatggaccatggcggaaatacatgaggttacgggtggagattgcgttggaggaaccccttcaacaagatc 14853677  T
Q  408 tagtcattgaaagaagtgctggtggaaatatcagactgctgtttaagtacgagaagctgggaaaattctgcttcatttgcggatccattgggcatactga 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  14853676 tagtcattgaaagaagtgctggtggaaatatcagactgctgtttaattacgagaagctgggaaaattctgcttcatttgcggatccattgggcataccga 14853577  T
Q  508 taatttttgtcagaagaaatttgaaacaaattttgttgttggtcataaaagatggggacctcacttgcgggccgagaacaattcctttggaggtggttca 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14853576 taatttttgtcagaagaaatttgaaacaaattttgttgctggtcataaaagatggggacctcacttgcgggccgagaacaattcctttgggggtggttca 14853477  T
Q  608 gcatcaagcaagtggataatagacggccggagctccaataccggtggtcgaccggtggaagggacaagcattaatgagggtcaaacaagccaatttaatg 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14853476 gcatcaagcaagtggataatagacggtcggagctccaattccggtggtcgaccggtggaagggacaagcattaatgagggtcagacaagccaatttaatg 14853377  T
Q  708 caggtaataattccagtatttcaaatcatcggttttatggcagaattaaagttgaaattgaactcttgtctaggagttt 786  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14853376 caggtaataattcaagtatttcaaatcatcggttttatggcagaattaaagttgaaattgaactcttgtctaggagttt 14853298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University