View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17063_high_60 (Length: 345)

Name: NF17063_high_60
Description: NF17063
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17063_high_60
NF17063_high_60
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (1-329)||(2819168-2819496)
chr3 (5-329)||(2759829-2760150)
chr3 (17-329)||(5413513-5413822)
chr3 (15-329)||(2749620-2749931)
chr3 (1-329)||(2807878-2808203)
chr3 (1-329)||(2769680-2770005)
chr3 (1-329)||(2790931-2791256)
chr3 (1-276)||(2837852-2838127)
chr3 (1-277)||(2797972-2798248)
chr3 (1-276)||(2855062-2855337)
chr3 (23-225)||(3309936-3310138)
chr3 (13-69)||(3220930-3220986)
chr3 (246-276)||(18966602-18966632)
chr3 (248-276)||(21946447-21946475)
chr3 (248-276)||(22028823-22028851)
chr3 (248-276)||(22187811-22187839)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (1-329)||(5354-5679)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (183-277)||(11116751-11116844)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 329
Target Start/End: Original strand, 2819168 - 2819496
Alignment:
Q  1 aaaattcaagcaattacctctagcaattgtagccatcggtggtcttctttcaacaaaatctaaaaccataactgaatggcaaaaggtgtgtcaaaatttg 100  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||    
T  2819168 aaaattcaagcaattacctttggcaatcgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaaccatgatcgaatggcaaaaggtgagtcaaaatttg 2819267  T
Q  101 agcctggagttggaacataacacccatttaacaggtctaacaaagattttgtcgctgagttatgatgccctccctcactacctgaaaccatgcattatgt 200  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2819268 agcctggagttggaacgtaatgcccatttaacgagtctaacaaagattttgtcgcttagttatgatggcctccctcactacctgaaaccatgcattttgt 2819367  T
Q  201 attttggtttatacccagaggactatgctattagtcatgggagattaattcgacaatggatagctgaagggtttgttcaaatatcagttgggagaagaac 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2819368 attttggtttatacccagaggactatgctattagtcatgggagaataactcgacaatggatagctgaagggtttgttcaaatatcagttgggagaagaac 2819467  T
Q  301 tccagagcaagttgcagaggagtacttgt 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2819468 tccagagcaagttgcagaggagtacttgt 2819496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 9e-92
Query Start/End: Original strand, 5 - 329
Target Start/End: Original strand, 2759829 - 2760150
Alignment:
Q  5 ttcaagcaattacctctagcaattgtagccatcggtggtcttctttcaacaaaatctaaaaccataactgaatggcaaaaggtgtgtcaaaatttgagcc 104  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||| ||| | | |||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2759829 ttcaagcaactacctcttgcaattgtggccgttgctggtctactttcaacaaaatctaaaaccatgattgaatggcaaaaggtgagtcaaaatttgagcc 2759928  T
Q  105 tggagttggaacataacacccatttaacaggtctaacaaagattttgtcgctgagttatgatgccctccctcactacctgaaaccatgcattatgtattt 204  Q
    |||||||||    ||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  2759929 tggagttggggtgtaatacccatttaacgagtctaacaaagattttgtcgcttagttatgatggcctgcctcactacttgaaaccatgcattttgtattt 2760028  T
Q  205 tggtttatacccagaggactatgctattagtcatgggagattaattcgacaatggatagctgaagggtttgttcaaatatcagttgggagaagaactcca 304  Q
    ||||||||| |||||||| | |||||||  |||| ||||||||| || |||||||  ||||||||||||||||   | ||| | ||||||||||||||||    
T  2760029 tggtttatatccagaggattttgctattcatcataggagattaactcaacaatgggcagctgaagggtttgtt---aaatctgatgggagaagaactcca 2760125  T
Q  305 gagcaagttgcagaggagtacttgt 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  2760126 gagcaagttgcagaggagtacttgt 2760150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 17 - 329
Target Start/End: Original strand, 5413513 - 5413822
Alignment:
Q  17 cctctagcaattgtagccatcggtggtcttctttcaacaaaatctaaaaccataactgaatggcaaaaggtgtgtcaaaatttgagcctggagttggaac 116  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| || | ||    
T  5413513 cctctagaaattgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaacaattattgaatggcaaaaggtgagtcaaaatctgagcctggaattaggac 5413612  T
Q  117 ataacacccatttaacaggtctaacaaagattttgtcgctgagttatgatgccctccctcactacctgaaaccatgcattatgtattttggtttataccc 216  Q
     |||  ||||||||||  |||||||||||||| |||| || ||||| |||| ||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  5413613 gtaatgcccatttaacgagtctaacaaagattctgtcacttagttacgatggccttccttactacttgaaaccatgcattttgtattttggtttatatcc 5413712  T
Q  217 agaggactatgctattagtcatgggagattaattcgacaatggatagctgaagggtttgttcaaatatcagttgggagaagaactccagagcaagttgca 316  Q
    ||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |   |   | |||||||||||| ||||||||||||    
T  5413713 agaggactatgttattaatcataggagattaactcgacaatggatagctgaagggtttgttcaattgcaa---gagagaagaactccggagcaagttgca 5413809  T
Q  317 gaggagtacttgt 329  Q
    ||||| |||||||    
T  5413810 gaggaatacttgt 5413822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 15 - 329
Target Start/End: Original strand, 2749620 - 2749931
Alignment:
Q  15 tacctctagcaattgtagccatcggtggtcttctttcaacaaaatctaaaaccataactgaatggcaaaaggtgtgtcaaaatttgagcctggagttgga 114  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||| | |||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||| || ||||| |||| ||||| || |     
T  2749620 tacctctagcaattgtagctattggtggtttactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaatctgagtctggaattagg 2749719  T
Q  115 acataacacccatttaacaggtctaacaaagattttgtcgctgagttatgatgccctccctcactacctgaaaccatgcattatgtattttggtttatac 214  Q
    || |||  ||||||||||  |||||  ||||||| | || || ||||||||||  || ||| | ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2749720 acgtaatgcccatttaacgtgtctagtaaagattctatcacttagttatgatggacttccttattacttgaaaccatgcattttgtattttggtttatac 2749819  T
Q  215 ccagaggactatgctattagtcatgggagattaattcgacaatggatagctgaagggtttgttcaaatatcagttgggagaagaactccagagcaagttg 314  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   || ||  |  | |||||||||||||||||||||||    
T  2749820 ccagaggactatgcaattaatcataggagattaactcgacaatggatagctgaagggtttgt---aaaattggaagagagaagaactccagagcaagttg 2749916  T
Q  315 cagaggagtacttgt 329  Q
    |||| ||||||||||    
T  2749917 cagaagagtacttgt 2749931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 329
Target Start/End: Original strand, 2807878 - 2808203
Alignment:
Q  1 aaaattcaagcaattacctctagcaattgtagccatcggtggtcttctttcaacaaaatctaaaaccataactgaatggcaaaaggtgtgtcaaaatttg 100  Q
    ||||| ||||||  ||||| | ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||| |||||| ||||  |||||| |||||||| |||||||| ||    
T  2807878 aaaatgcaagcagctacctttggcaattgtagctattggcggtctactttcaacaaaatataaaacaataatggaatgggaaaaggtgagtcaaaatctg 2807977  T
Q  101 agcctggagttggaacataacacccatttaacaggtctaacaaagattttgtcgctgagttatgatgccctccctcactacctgaaaccatgcattatgt 200  Q
    ||| ||||||||| || |||  ||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| |||| | | ||  ||||| ||||||| |||||| |||    
T  2807978 agcttggagttgggacgtaatgcccatttaacaagtctaacaaagattttatcactgagttacgatggcttgccctactacttgaaaccctgcattttgt 2808077  T
Q  201 attttggtttatacccagaggactatgctattagtcatgggagattaattcgacaatggatagctgaagggtttgttcaaatatcagttgggagaagaac 300  Q
    |||||||| |||| |||||||||||  |||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| || |||||||||    
T  2808078 attttggtatatatccagaggactactctattaatcataagagattaactcgacaatggatagctgaagggtttgtt---aaatcagatgagagaagaac 2808174  T
Q  301 tccagagcaagttgcagaggagtacttgt 329  Q
    |||||||||  | |||||||| |||||||    
T  2808175 tccagagcatatagcagaggaatacttgt 2808203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 329
Target Start/End: Original strand, 2769680 - 2770005
Alignment:
Q  1 aaaattcaagcaattacctctagcaattgtagccatcggtggtcttctttcaacaaaatctaaaaccataactgaatggcaaaaggtgtgtcaaaatttg 100  Q
    ||||| ||||||  ||||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||  |     
T  2769680 aaaatgcaagcagctacctctggcaattgtagccattggtggtctattttcaacaaaatctaaaacaagaactgaatggcaaaaggtgagtcaaaagcta 2769779  T
Q  101 agcctggagttggaacataacacccatttaacaggtctaacaaagattttgtcgctgagttatgatgccctccctcactacctgaaaccatgcattatgt 200  Q
    | ||||||||||| || |||  |||||||| |  ||||||||||||||||||| || |||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  2769780 aacctggagttgggacgtaatgcccatttatctagtctaacaaagattttgtctcttagttatgatggccttccttactacttgaaaccatgcattttgt 2769879  T
Q  201 attttggtttatacccagaggactatgctattagtcatgggagattaattcgacaatggatagctgaagggtttgttcaaatatcagttgggagaagaac 300  Q
    |||||||| |||| ||  | |||||| |||||| | ||  ||||||||  || ||||||||||||||||||||| ||   | ||| | || |||| ||||    
T  2769880 attttggtatatatcctcaagactattctattaataataagagattaacacggcaatggatagctgaagggtttatt---aaatctgatgagagacgaac 2769976  T
Q  301 tccagagcaagttgcagaggagtacttgt 329  Q
     |||||  |||||||||||||||||||||    
T  2769977 cccagaagaagttgcagaggagtacttgt 2770005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 329
Target Start/End: Original strand, 2790931 - 2791256
Alignment:
Q  1 aaaattcaagcaattacctctagcaattgtagccatcggtggtcttctttcaacaaaatctaaaaccataactgaatggcaaaaggtgtgtcaaaatttg 100  Q
    ||||| ||||||  |||| || |||||||||||| || ||||||| |||||||||||| |||||||| | ||||||||| ||| |||| |||||||  ||    
T  2790931 aaaatgcaagcagctacccctggcaattgtagccgtcagtggtctactttcaacaaaagctaaaaccgtgactgaatggaaaatggtgagtcaaaacctg 2791030  T
Q  101 agcctggagttggaacataacacccatttaacaggtctaacaaagattttgtcgctgagttatgatgccctccctcactacctgaaaccatgcattatgt 200  Q
    | ||||||||||| || |||  |||||||| |  |||||||||||||||| || ||||||||||||  ||| ||  ||||| |||||||||||||| |||    
T  2791031 aacctggagttgggacgtaatgcccatttatctagtctaacaaagattttatctctgagttatgatagcctgccctactacttgaaaccatgcattttgt 2791130  T
Q  201 attttggtttatacccagaggactatgctattagtcatgggagattaattcgacaatggatagctgaagggtttgttcaaatatcagttgggagaagaac 300  Q
    |||||||| |||| ||  | |||||| || ||| | ||  |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| || |||| | |  || |||| ||||    
T  2791131 attttggtatatatcctcaagactattctgttaataataagagattaactcgacaatggatagccgaagggtttatt-aaatgtta--tgagagacgaac 2791227  T
Q  301 tccagagcaagttgcagaggagtacttgt 329  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2791228 tccagaggaagttgcagaggagtacttgt 2791256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 2838127 - 2837852
Alignment:
Q  1 aaaattcaagcaattacctctagcaattgtagccatcggtggtcttctttcaacaaaatctaaaaccataactgaatggcaaaaggtgtgtcaaaatttg 100  Q
    ||||| ||||||  ||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||||||||| ||| || ||||| ||    
T  2838127 aaaatgcaagcagctacctctggcaattgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaacgtgagtgaaaatatg 2838028  T
Q  101 agcctggagttggaacataacacccatttaacaggtctaacaaagattttgtcgctgagttatgatgccctccctcactacctgaaaccatgcattatgt 200  Q
    || ||||| |||| || |||  ||||||||||  |||||||||||||||| || || ||||||||   ||| ||  ||||  | |||||||||||| |||    
T  2838027 agactggaattgggacgtaatgcccatttaactagtctaacaaagattttatctctcagttatgacagcctgccgtactatttaaaaccatgcattttgt 2837928  T
Q  201 attttggtttatacccagaggactatgctattagtcatgggagattaattcgacaatggatagctgaagggtttgt 276  Q
    |||||||| |||| |||||||| ||  | |||| |||| ||||| ||| | | |||||||||||||| ||||||||    
T  2837927 attttggtatatatccagaggattactccattaatcataggagactaactaggcaatggatagctgaggggtttgt 2837852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 2797972 - 2798248
Alignment:
Q  1 aaaattcaagcaattacctctagcaattgtagccatcggtggtcttctttcaacaaaatctaaaaccataactgaatggcaaaaggtgtgtcaaaatttg 100  Q
    ||||| ||||||  |||| || |||||||||||||| ||||||||  |||| |||||| |||||||  | ||||||||| ||| |||| |||||||| ||    
T  2797972 aaaatgcaagcagctacccctggcaattgtagccattggtggtctattttcgacaaaagctaaaactgtgactgaatggaaaatggtgagtcaaaatctg 2798071  T
Q  101 agcctggagttggaacataacacccatttaacaggtctaacaaagattttgtcgctgagttatgatgccctccctcactacctgaaaccatgcattatgt 200  Q
    | ||||||||||| ||  ||  ||||||||||  |||| ||||||||||| || || ||||| |||  ||| |||   ||| |||||||||||||| |||    
T  2798072 aacctggagttgggacgcaatgcccatttaactagtcttacaaagattttatctcttagttacgatagccttcctttttacttgaaaccatgcattttgt 2798171  T
Q  201 attttggtttatacccagaggactatgctattagtcatgggagattaattcgacaatggatagctgaagggtttgtt 277  Q
    |||||| | |||| ||  |||||||| |||| | ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2798172 attttgctatatatcctcaggactattctatcaatcataagagattaactcgacaatggatagctgaagggtttgtt 2798248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 2855337 - 2855062
Alignment:
Q  1 aaaattcaagcaattacctctagcaattgtagccatcggtggtcttctttcaacaaaatctaaaaccataactgaatggcaaaaggtgtgtcaaaatttg 100  Q
    ||||| ||||||  ||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||||||||| ||| || ||||| ||    
T  2855337 aaaatgcaagcagctacctctggcaattgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaacgtgagtgaaaatatg 2855238  T
Q  101 agcctggagttggaacataacacccatttaacaggtctaacaaagattttgtcgctgagttatgatgccctccctcactacctgaaaccatgcattatgt 200  Q
    ||  |||| |||| || |||  ||||||||||   ||||||||||||||| || || ||||||||   ||| ||  ||||  | |||||||||||| |||    
T  2855237 agattggaattgggacgtaatgcccatttaaccaatctaacaaagattttatctctcagttatgacagcctgccgtactatttaaaaccatgcattttgt 2855138  T
Q  201 attttggtttatacccagaggactatgctattagtcatgggagattaattcgacaatggatagctgaagggtttgt 276  Q
    |||||||| |||| |||||||| ||  | |||| |||| ||||| ||| | | |||||||||||||| ||||||||    
T  2855137 attttggtatatatccagaggattactccattaatcataggagactaactaggcaatggatagctgaggggtttgt 2855062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 23 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 3310138 - 3309936
Alignment:
Q  23 gcaattgtagccatcggtggtcttctttcaacaaaatctaaaaccataactgaatggcaaaaggtgtgtcaaaatttgagcctggagttggaacataaca 122  Q
    |||||||| ||||| || |||||| | ||||||||| ||||||||||  |||| |||  ||||| | |||||||| | ||  ||||||| || || |||     
T  3310138 gcaattgtggccattggaggtcttttgtcaacaaaagctaaaaccatgtctgagtggagaaaggcgagtcaaaatctaaggatggagttagagcacaacg 3310039  T
Q  123 cccatttaacaggtctaacaaagattttgtcgctgagttatgatgccctccctcactacctgaaaccatgcattatgtattttggtttatacccagagga 222  Q
      ||||| ||  |||||||||||||||| || || ||||||||||   | |||||| || ||||| | |||||  ||||||||||| |||| || |||||    
T  3310038 tgcatttgactagtctaacaaagattttatctcttagttatgatgatttgcctcaccacttgaaatcttgcatgctgtattttggtatatatcctgagga 3309939  T
Q  223 cta 225  Q
    |||    
T  3309938 cta 3309936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 3220986 - 3220930
Alignment:
Q  13 attacctctagcaattgtagccatcggtggtcttctttcaacaaaatctaaaaccat 69  Q
    |||||| || |||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  3220986 attaccactggcaattgtggccattggtggtcttttatcaacaaaatctaaaaccat 3220930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 246 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 18966632 - 18966602
Alignment:
Q  246 taattcgacaatggatagctgaagggtttgt 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18966632 taattcgacaatggatagctgaagggtttgt 18966602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 248 - 276
Target Start/End: Original strand, 21946447 - 21946475
Alignment:
Q  248 attcgacaatggatagctgaagggtttgt 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21946447 attcgacaatggatagctgaagggtttgt 21946475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 248 - 276
Target Start/End: Original strand, 22028823 - 22028851
Alignment:
Q  248 attcgacaatggatagctgaagggtttgt 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22028823 attcgacaatggatagctgaagggtttgt 22028851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 248 - 276
Target Start/End: Original strand, 22187811 - 22187839
Alignment:
Q  248 attcgacaatggatagctgaagggtttgt 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22187811 attcgacaatggatagctgaagggtttgt 22187839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 154; Significance: 1e-81; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 5679 - 5354
Alignment:
Q  1 aaaattcaagcaattacctctagcaattgtagccatcggtggtcttctttcaacaaaatctaaaaccataactgaatggcaaaaggtgtgtcaaaatttg 100  Q
    ||||| ||||||  ||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||| |||||||||||    
T  5679 aaaatgcaagcagctacctcttgcaattgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaacaatggttgaatggcaaaaggtgagtcaaaatttg 5580  T
Q  101 agcctggagttggaacataacacccatttaacaggtctaacaaagattttgtcgctgagttatgatgccctccctcactacctgaaaccatgcattatgt 200  Q
    ||||| |||||||||| |||  ||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  5579 agcctagagttggaacgtaatgcccatttaacgagtctaacaaagattttgtcacttagttatgatggcctgccttactacttgaaaccatgcattttgt 5480  T
Q  201 attttggtttatacccagaggactatgctattagtcatgggagattaattcgacaatggatagctgaagggtttgttcaaatatcagttgggagaagaac 300  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||  |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| || |||  | || ||||  |||    
T  5479 attttggtatatatccagaggactattctattaatcataagagattaactcgtcaatggatagctgaagggtttgtt-aagtat--gatgagagacaaac 5383  T
Q  301 tccagagcaagttgcagaggagtacttgt 329  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  5382 tcccgagcaagttgcagatgagtacttgt 5354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 59; Significance: 6e-25; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 183 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 11116844 - 11116751
Alignment:
Q  183 tgaaaccatgcattatgtattttggtttatacccagaggactatgctattagtcatgggagattaattcgacaatggatagctgaagggtttgtt 277  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11116844 tgaaaccatgcattttgtattttggtgtatatccagaggactatgctattaatcacaggagattaactcgac-atggatagctgaagggtttgtt 11116751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University