View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17063_low_1 (Length: 1010)

Name: NF17063_low_1
Description: NF17063
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17063_low_1
NF17063_low_1
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (15-995)||(4174031-4175033)
chr5 (144-994)||(4170187-4171044)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 851; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 851; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 995
Target Start/End: Original strand, 4174031 - 4175033
Alignment:
Q  15 aaaatatttataatgaaattgagactattacaaataatgttgatgcatttaatnnnnnnnttaactcaaatgaattatttcaaacataaaaacaactat- 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4174031 aaaatatttataatgaaattgagactattacaaataatgctgatgcatttaataaaaaaattaactcaaatgaattatttcaaacataaaaacaactatg 4174130  T
Q  114 ---------------------acccttaactatttttcctgactctgtccttgacaatattgtttttaacataacacaccagtgggttctccgactgcga 192  Q
                         ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4174131 tatatgtgtaaaattttcgccacccttaactatttttcctgactctgtccctgacaatattgtttctaacataacacaccagtgggttgtccgactgcga 4174230  T
Q  193 aatcgaacccacaaggtttgccagtatggttagtggaaatatgcgcaaccatctttcattgccatatgatctaaaagcgtcttcgatagaagtgtcgtca 292  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4174231 aatcgaacccacaaggtttgccagtatggttagtggaaatatgcgcaaccatctttcattgccatatgatctaaaagcgtcttcgatagaagtgtcgtca 4174330  T
Q  293 tcagagttgatggttgcagcaagctttttagcaagaacgactgcatcctctagagcacaacatgctccttgcccaatatttggagtcattgggtgccaag 392  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4174331 tcagagttaatggctgcagcaagctttttagcaagaacgactgcatcctctagagcacaacatgctccttgcccaatatttggagtcattgggtgccaag 4174430  T
Q  393 cgtctccaacgagtacaacgctacctctagaaacaggtggacttatccatggccaaagccatcgatccatcagcggagtcaagactatagtctcatccgg 492  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  4174431 cgtctccaacgagtacaactctacctctagaaacaggtggacttatccatggccaaagccatcgatccatcaacggagtcaagactatagtgtcatccgg 4174530  T
Q  493 cgtagaatccattatgtttagtagctctggaggccagttttctactagatccttagcttgcttctttagcaccgatggctcggttgttttaggacctacc 592  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4174531 cgtagaatccattatgtttagtagctctggaagccagttttctacaagatccttagcttgcttctttagcaccgatggctcggttgttttaggacctacc 4174630  T
Q  593 attgaactcaactatttttcatttgaacaataaactaagtaatttaactgtatatgcatgtagttagaagtaagaacctggagatgaactattgaaggtg 692  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4174631 attgaactcaactatttttcatttgaacaataaactaagtaatttaactgtatatgcatgtagttagaagtaagaacctggagatgaactattgaaggtg 4174730  T
Q  693 acaaaccaatacactttggtaggagaaacaggaacatatgctgcacgtaacccttttccaaagatgtaattcacccgtggctcaaaaggttgtccatctg 792  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4174731 acaaaccaatacactttggtaggagaaacaggaacatatcctgcacgtaacccttttccatagatgtaattcacccgtagctcaaaaggttgtccatctg 4174830  T
Q  793 aataggaggcaagtccacggaaagcacaataaccaacgtactttggctcagaaaatcccatccacttagctatcggggatcgaatgccgtcgcaccctat 892  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4174831 aataggaggcaagtccacggaaagcacaataaccaacgtaatttggctcagaaaatcccatccacttagctatcggggatcgaatgccgtcgcaccctat 4174930  T
Q  893 tacaatctgttgagacatgaaatcaatttgttaatagtttttaggaccagagcttcatgattggccattatgtttgtaagatccttttctgcactatgtt 992  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4174931 tacaatctgttgagacatgaaatcaatttgttaatagtttttaggaccagagcttcatgattggccattatgtttgtaagatccttttctgcactatgtt 4175030  T
Q  993 ttt 995  Q
    |||    
T  4175031 ttt 4175033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 483; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 144 - 994
Target Start/End: Original strand, 4170187 - 4171044
Alignment:
Q  144 tgacaatattgtttttaacataacacaccagtgggttctccgactgcgaaatcgaacccacaaggtttgccagtatggttagtggaaatatgcgcaacca 243  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||| ||| ||||| ||  |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  |||    
T  4170187 tgacaatattgttcctaacagaacacaccagcgggttatcccactgcaaagccgaacccacaagatttgcccgtatggttagtggaaatatgcgcggcca 4170286  T
Q  244 tctttcattgccatatgatctaaaagcgtcttcgatagaagtgtcgtcatcagagttgatggttgcagcaagctttttagcaagaacgactgcatcctct 343  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||| |  || | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  4170287 tctttcattgccatatgatctaaaagcgtcttcgatagaagagtc---atcagaatcaattgctgcagcaagctttttagcaagaaccactgcatcctca 4170383  T
Q  344 agagcacaacatgctccttgcccaatatttggagtcattgggtgccaagcgtctccaacgagtacaacgctacctctagaaacaggtggacttatccatg 443  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| |  |||    
T  4170384 agagcacaacaagctccttgcccaagatttggagtcattgggtgccaagcatcaccaacgagtacaactctacctgcagaaacaggtggacttgttgatg 4170483  T
Q  444 gccaaagccatcgatccatcagcggagtcaagactatagtctcatccggcgtagaatccattatgtttagtagctctggaggccagttttctactagatc 543  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||  || |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4170484 gccaaagccatcgatccaccaacggagtcctgattatagtgtcatccggtgtagaatccattatgtttagtagctctggaggccagttttccactagatc 4170583  T
Q  544 cttagcttgcttctttagcaccgatggctcggttgttttaggacctaccattgaactcaactatttttcatttgaacaataaactaagtaatttaactgt 643  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    
T  4170584 cttagcttgcttctttagcaccgatggctcagttgttttaggacctgccattgaactcaactatttttcatttgaacaataaactcagtaatttaatcat 4170683  T
Q  644 atatgca---tgtagttagaagtaagaacctggagatgaactattgaaggtgacaaaccaatacactttggtaggagaaacaggaacatatgctgcacgt 740  Q
    | ||| |     |||| | |||||| |||||||||||||||| ||||||  || ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| |||    
T  4170684 acatggacttattagtaacaagtaacaacctggagatgaactgttgaagcagataaaccaatagactttggttggagaaacaggaacatatcctgcgcgt 4170783  T
Q  741 aacccttttccaaagatgtaattcacccgtggctcaaaaggttgtccatctgaataggaggcaagtccacggaaagcacaataaccaacgtactttggct 840  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  4170784 aacccttttccatagatgtaattcacccgtggttgaaaaggttgtccgtctgaataggaggcaagtccacggaaagcacaatgaccaacgaactttggct 4170883  T
Q  841 cagaaaatcccatccacttagctatcggggatcgaatgccgtcgcaccctattacaatctgttgagacatgaaatcaatttgttaatagtttttaggacc 940  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||| | ||||||||||     
T  4170884 cagaaaatcccatccacttagctatcggtgatcgaattccgtcgcaccctattacaatctgtttatacatggaatcaatttgttaagactttttaggact 4170983  T
Q  941 agagcttcatgattggcca-------ttatgtttgtaagatccttttctgcactatgtttt 994  Q
    | |||||||  |||||| |       |||||| |||||||||||||| |||| ||||||||    
T  4170984 aaagcttcagaattggctattaatgtttatgtctgtaagatccttttgtgcagtatgtttt 4171044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University