View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17069_low_22 (Length: 218)

Name: NF17069_low_22
Description: NF17069
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17069_low_22
NF17069_low_22
[»] scaffold0466 (1 HSPs)
scaffold0466 (17-203)||(7001-7186)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (17-203)||(6431644-6431829)
chr7 (17-203)||(4512700-4512884)
chr7 (17-203)||(34311026-34311212)
chr7 (17-203)||(2389955-2390140)
chr7 (71-203)||(32358199-32358331)
chr7 (17-203)||(29608414-29608594)
chr7 (17-203)||(2361281-2361466)
chr7 (17-203)||(6360222-6360407)
chr7 (17-203)||(22328708-22328895)
chr7 (17-203)||(48599644-48599819)
chr7 (17-200)||(3258671-3258854)
chr7 (18-203)||(4509017-4509192)
chr7 (18-203)||(4510859-4511034)
chr7 (47-203)||(5116307-5116463)
chr7 (71-203)||(22269647-22269778)
chr7 (136-203)||(30814438-30814505)
chr7 (73-168)||(22552804-22552897)
chr7 (17-93)||(8359628-8359703)
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (17-203)||(27015205-27015390)
chr5 (17-203)||(213141-213327)
chr5 (17-203)||(40146934-40147119)
chr5 (17-203)||(5057721-5057905)
chr5 (17-203)||(38746678-38746863)
chr5 (17-202)||(28277989-28278174)
chr5 (65-180)||(316462-316576)
chr5 (17-203)||(27637926-27638109)
chr5 (39-203)||(16642210-16642372)
chr5 (65-181)||(35615867-35615982)
chr5 (34-203)||(30802614-30802782)
chr5 (32-177)||(10055031-10055175)
chr5 (65-171)||(33906386-33906491)
chr5 (19-203)||(4160307-4160489)
chr5 (41-180)||(30792937-30793073)
chr5 (69-181)||(14689769-14689880)
chr5 (27-132)||(21205972-21206076)
[»] chr4 (36 HSPs)
chr4 (17-203)||(8665080-8665265)
chr4 (20-203)||(50263011-50263193)
chr4 (17-203)||(55085675-55085861)
chr4 (17-203)||(6655629-6655814)
chr4 (17-199)||(26363942-26364123)
chr4 (17-203)||(40630657-40630842)
chr4 (32-206)||(2209378-2209551)
chr4 (17-203)||(54882693-54882878)
chr4 (17-189)||(33989549-33989720)
chr4 (17-203)||(379051-379237)
chr4 (33-203)||(27417277-27417446)
chr4 (17-203)||(35662115-35662300)
chr4 (17-203)||(12073066-12073250)
chr4 (71-203)||(46703174-46703306)
chr4 (17-203)||(50674156-50674341)
chr4 (17-203)||(41964089-41964273)
chr4 (91-203)||(8653273-8653385)
chr4 (86-203)||(10071558-10071675)
chr4 (18-203)||(46569857-46570041)
chr4 (17-153)||(8647861-8647996)
chr4 (17-181)||(33089594-33089757)
chr4 (86-184)||(10071963-10072061)
chr4 (67-177)||(3785790-3785899)
chr4 (32-202)||(38811404-38811573)
chr4 (96-203)||(35370724-35370833)
chr4 (96-203)||(22883140-22883248)
chr4 (96-203)||(22934804-22934912)
chr4 (96-181)||(35369826-35369912)
chr4 (76-181)||(26699814-26699920)
chr4 (17-174)||(34112314-34112470)
chr4 (96-150)||(25723604-25723658)
chr4 (96-174)||(47514889-47514967)
chr4 (121-182)||(32091265-32091326)
chr4 (110-181)||(22629290-22629361)
chr4 (107-173)||(6719289-6719355)
chr4 (65-173)||(41961110-41961218)
[»] chr3 (25 HSPs)
chr3 (17-203)||(43402100-43402285)
chr3 (17-203)||(43404043-43404228)
chr3 (17-200)||(6095909-6096091)
chr3 (21-203)||(30235798-30235979)
chr3 (17-203)||(34490886-34491071)
chr3 (16-203)||(54593377-54593564)
chr3 (17-203)||(49199781-49199966)
chr3 (17-203)||(4569624-4569809)
chr3 (21-203)||(40913011-40913193)
chr3 (16-203)||(41819831-41820016)
chr3 (17-203)||(46860143-46860329)
chr3 (16-203)||(55302274-55302460)
chr3 (18-203)||(47303925-47304108)
chr3 (17-203)||(36018523-36018709)
chr3 (96-203)||(28074290-28074397)
chr3 (21-203)||(5434191-5434374)
chr3 (96-181)||(26323900-26323985)
chr3 (65-203)||(34795542-34795680)
chr3 (18-180)||(1683184-1683345)
chr3 (65-199)||(39127236-39127369)
chr3 (80-135)||(31340448-31340503)
chr3 (89-180)||(36796103-36796198)
chr3 (129-203)||(35139134-35139209)
chr3 (96-166)||(50432938-50433006)
chr3 (65-130)||(1737247-1737311)
[»] scaffold0286 (1 HSPs)
scaffold0286 (17-203)||(11231-11416)
[»] chr1 (28 HSPs)
chr1 (17-203)||(37167970-37168155)
chr1 (17-203)||(7482540-7482726)
chr1 (17-203)||(11348371-11348556)
chr1 (17-203)||(29135921-29136105)
chr1 (17-203)||(34602649-34602834)
chr1 (17-203)||(42298285-42298470)
chr1 (17-203)||(37033383-37033564)
chr1 (17-203)||(28242061-28242246)
chr1 (17-203)||(34603249-34603434)
chr1 (17-203)||(13547399-13547584)
chr1 (17-203)||(13549310-13549495)
chr1 (18-203)||(47255650-47255829)
chr1 (17-203)||(37879221-37879406)
chr1 (17-203)||(19754164-19754349)
chr1 (17-203)||(47114845-47115029)
chr1 (17-203)||(193285-193469)
chr1 (18-203)||(19752359-19752542)
chr1 (19-182)||(6808141-6808303)
chr1 (16-181)||(16216804-16216966)
chr1 (65-181)||(41135516-41135631)
chr1 (102-172)||(22079039-22079109)
chr1 (65-176)||(9109759-9109869)
chr1 (108-182)||(31928208-31928282)
chr1 (65-137)||(3331283-3331354)
chr1 (65-173)||(28318116-28318225)
chr1 (17-94)||(4535784-4535861)
chr1 (17-94)||(31926016-31926092)
chr1 (65-173)||(6068321-6068428)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (17-203)||(3809018-3809204)
chr6 (21-203)||(5043301-5043481)
chr6 (17-194)||(21593348-21593524)
chr6 (17-203)||(2973249-2973435)
chr6 (17-202)||(17762661-17762847)
chr6 (17-178)||(603390-603550)
chr6 (18-203)||(22425136-22425321)
chr6 (17-203)||(26800443-26800628)
chr6 (17-203)||(26830434-26830619)
chr6 (65-203)||(25072858-25072995)
chr6 (17-169)||(17757789-17757942)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (17-203)||(42288420-42288604)
chr2 (17-203)||(1632042-1632227)
chr2 (17-203)||(45726603-45726787)
chr2 (16-202)||(7450975-7451159)
chr2 (25-189)||(24397743-24397908)
chr2 (75-203)||(17450264-17450391)
chr2 (17-203)||(35447194-35447379)
chr2 (18-203)||(33647841-33648027)
chr2 (45-209)||(42261947-42262111)
chr2 (65-203)||(30218391-30218529)
chr2 (71-180)||(40935543-40935651)
chr2 (70-132)||(24197643-24197704)
[»] chr8 (17 HSPs)
chr8 (16-203)||(42435300-42435486)
chr8 (17-203)||(11383659-11383844)
chr8 (19-203)||(22976207-22976389)
chr8 (17-203)||(44353468-44353650)
chr8 (96-203)||(4283219-4283326)
chr8 (18-196)||(40221425-40221602)
chr8 (17-179)||(40328476-40328637)
chr8 (17-203)||(2999830-3000016)
chr8 (42-174)||(3846153-3846283)
chr8 (98-181)||(40585420-40585503)
chr8 (107-203)||(20686456-20686552)
chr8 (18-189)||(40535539-40535707)
chr8 (17-180)||(9633847-9634007)
chr8 (27-174)||(11136843-11136989)
chr8 (65-166)||(10020150-10020251)
chr8 (65-146)||(3817690-3817772)
chr8 (65-137)||(10101517-10101588)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (17-203)||(80593-80778)
[»] scaffold0176 (1 HSPs)
scaffold0176 (16-184)||(18310-18477)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (45-209)||(490782-490946)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (96-203)||(1793-1901)


Alignment Details
Target: scaffold0466 (Bit Score: 131; Significance: 4e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0466
Description:

Target: scaffold0466; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 7186 - 7001
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |  || ||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  7186 caagttgctcacaaaagactctccactcatgtgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggt 7088  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7087 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 7001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 123; Significance: 2e-63; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 6431829 - 6431644
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||| |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  6431829 caagttgctcacaaaagactctacactcatgtgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaaccctttccccaagagccccctcttttggt 6431731  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6431730 tctccaagattcacatcttgaagttttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 6431644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 4512700 - 4512884
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | || |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  4512700 caagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttccaaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaaccctttc-ccaagagccccctcttttggt 4512797  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4512798 tctctaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagaatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 4512884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 34311026 - 34311212
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  |  || || || |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34311026 caagttgctcacaaaagactctccactcatgtgttttccatccccatgaacct-tccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggt 34311124  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||    
T  34311125 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaggaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttccttcctttg 34311212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 2390140 - 2389955
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||| |  || ||||| |||||||||| ||| |||||||||  ||| ||||||||||||||||    
T  2390140 caagttgctcacaaaagactatccactcatgtgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaagccaccaacccttttcgcaatagccccctcttttggt 2390042  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  2390041 tttccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttg 2389955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 71 - 203
Target Start/End: Original strand, 32358199 - 32358331
Alignment:
Q  71 tccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctt 170  Q
    |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32358199 tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctt 32358298  T
Q  171 tagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32358299 tagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 32358331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 29608594 - 29608414
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||      |||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  29608594 caagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatc------caaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggt 29608501  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29608500 tctccaagattcacatcttgaagttttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 29608414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 2361281 - 2361466
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||  |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||| |    
T  2361281 caagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatca-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttgat 2361379  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  2361380 tcttcaagattcacatcttgaaggattgaatctcacccaaagaccctcaatctttagtatctaaaatcctaaaagttccctcctttg 2361466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 6360222 - 6360407
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    || ||||| ||  |||||||||| |  ||||||  ||||||||||||||||||||    
T  6360222 caagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttttcaactccatgaatct-tcttcaaaaggcaccattccttttctcaagagccccctcttttggt 6360320  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  6360321 tctccaagattcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttaatatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 6360407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 22328708 - 22328895
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||| |||| |  || |||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  22328708 caagttgctcacaaatgactctctactcatgtttttcccaaccctatgaatctctccccaaaaggcaccaactcttttcctaagagccccctcttttggt 22328807  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||  |||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| |||  ||||||||    
T  22328808 tctccaagatttacatcttgaagcttttaacctccaccaaagatcctcaacctttagtatctaaataccctaaaagttttctcctttg 22328895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 48599644 - 48599819
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||| |  || ||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  48599644 caagttgctcacaaaagactctctactcatgttttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggt 48599742  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||          |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  48599743 tc----------acatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 48599819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 17 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 3258854 - 3258671
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||| | ||| ||||| |||||||| ||||| |||  |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| ||    
T  3258854 caagttgctaataaaagactctccactcatatgtttcccatccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccatctttttgt 3258756  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaggttccctcct 200  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||    
T  3258755 tctccaagattcacatcatgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttccctcct 3258671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 203
Target Start/End: Original strand, 4509017 - 4509192
Alignment:
Q  18 aagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggtt 117  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||    
T  4509017 aagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaaccctttc-ccaagagctccctcttttggtt 4509114  T
Q  118 cttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||        |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  4509115 ct--------cacatcttgaagctttgaacctcacccaaaaaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccatcctttg 4509192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 203
Target Start/End: Original strand, 4510859 - 4511034
Alignment:
Q  18 aagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggtt 117  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||    
T  4510859 aagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaaccctttc-ccaagagctccctcttttggtt 4510956  T
Q  118 cttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||        |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  4510957 ct--------cacatcttgaagctttgaacctcacccaaaaaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccatcctttg 4511034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 47 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 5116463 - 5116307
Alignment:
Q  47 gtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaa 146  Q
    |||||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||  ||||| |  ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||    
T  5116463 gtgtttaccaatccaatgaatctctctccaaaaggcaccgaccctctc-ccaagagccccctcttttggttctcaaagattcacatcttgaagttttgaa 5116365  T
Q  147 cctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaggttccctcctttg 203  Q
    | ||||| || ||||||||||||||||||| |||| |||||||| || ||||||||||    
T  5116364 catcacctaaagaccctcaacctttagtatttaaataccctaaaagtcccctcctttg 5116307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 71 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 22269778 - 22269647
Alignment:
Q  71 tccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctt 170  Q
    |||||||||||||| ||| ||||  ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  22269778 tccccaaaaggcaccaactctttc-ccaagagcccc-tcttttggttctccaagattcacatcttgtagctttgaacctcacccaaagaccctcaaactt 22269681  T
Q  171 tagtatcta-aaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  22269680 tagtatctacataccctaaatgttccctcctttg 22269647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 136 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 30814505 - 30814438
Alignment:
Q  136 gaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30814505 gaagctttgaacctcacccaaagaccctcaaccttaagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 30814438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 73 - 168
Target Start/End: Original strand, 22552804 - 22552897
Alignment:
Q  73 cccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacc 168  Q
    |||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||  |||| || ||||||||| |||||||||||    
T  22552804 cccaaaaggcaccaaccgttt--ccaagagccccctcttttggttctctaagattcacattttgaccctttaaatctcacccaaagaccctcaacc 22552897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 17 - 93
Target Start/End: Original strand, 8359628 - 8359703
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttt 93  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  8359628 caagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttt 8359703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 123; Significance: 2e-63; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 27015390 - 27015205
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |  || | ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  27015390 caagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgattct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggt 27015292  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27015291 tcttcaagattcacatcttgaagctttgatcctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 27015205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 213327 - 213141
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| || ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  213327 caagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggt 213229  T
Q  117 tcttc-aagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  213228 tctcccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 213141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 40147119 - 40146934
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  40147119 caagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaaccattttcccaagagccccctcttttggt 40147021  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||    
T  40147020 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcatcctttg 40146934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 5057905 - 5057721
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  || ||||| |||||||||||||| |||| |||| |||| |||||| |||||||||    
T  5057905 caagttgctcacaaatgactctccactcatgtgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacctttttcccaaaagcccc-tcttttggt 5057808  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  5057807 tctcaaagattcacatcttgaagctttgatcctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 5057721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 38746863 - 38746678
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||| |  || ||||| |||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||    
T  38746863 caagttgctcgcaaatgactctccactcacgtgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcttaagagccccctcttttggt 38746765  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  38746764 tctccaagattcacatcttgaaactttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 38746678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 17 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 28278174 - 28277989
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccc-tcttttgg 115  Q
    ||||||||||||||  | ||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  28278174 caagttgctcacaatagtctctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagcccccctcttttgg 28278076  T
Q  116 ttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctccttt 202  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  28278075 ttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcatccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcctccttt 28277989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 65 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 316576 - 316462
Alignment:
Q  65 aatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctc 164  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |  |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  316576 aatctctccccaaaaggcaccaaccctctc-ccaagagcccccccttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctc 316478  T
Q  165 aacctttagtatctaa 180  Q
    ||||||||||||||||    
T  316477 aacctttagtatctaa 316462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 27637926 - 27638109
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||| ||| |||||  ||||||||||||| | || |  || |||||   ||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  27637926 caagttgctcataaaagactcttcactcatgtgtttcctaaccccatgaatctt--cccaaaatgcaccaacccttttcccaagagctccctcttttggt 27638023  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  27638024 tctccaagattcacatcttgaa-ctttgaacctcacccaaagattctcaacctttagtatctaaaaccttaaaagttccctcctttg 27638109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 39 - 203
Target Start/End: Original strand, 16642210 - 16642372
Alignment:
Q  39 ccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaa 138  Q
    |||||||||||||| | || |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  16642210 ccactcatgtgtttcctaaccccatgaatctgtccccaaaaggcaccaaccctttc-ccaagagccc--tcttttggttcttcaagattcacttcttgaa 16642306  T
Q  139 gctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaggttccctcctttg 203  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||| || | ||||||||    
T  16642307 gctttgaacctcacccaaagaccatcaacctttagtatctaaataccctaaaagtgctctcctttg 16642372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 65 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 35615982 - 35615867
Alignment:
Q  65 aatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctc 164  Q
    |||||||||||||||||||  | ||||||  ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  35615982 aatctctccccaaaaggcatcacccctttc-ccaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcactcaaagaccctc 35615884  T
Q  165 aacctttagtatctaaa 181  Q
    |||||||||||||||||    
T  35615883 aacctttagtatctaaa 35615867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 34 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 30802782 - 30802614
Alignment:
Q  34 actccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatc 133  Q
    |||| |||||||||||||||| || |  || |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||  |||| | |||||    
T  30802782 actctccactcatgtgttttctaaccccatgaatctctccccaaaaggcacaaaccc-tttcccaagagcctcctcttttggttctctaaga-taacatc 30802685  T
Q  134 ttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaggttccctcctttg 203  Q
     ||||||||||||||||||| || ||||||||||||  | |||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  30802684 atgaagctttgaacctcacctaaagaccctcaacctagaatatctaaataccctaaaagttccctcatttg 30802614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 32 - 177
Target Start/End: Original strand, 10055031 - 10055175
Alignment:
Q  32 tgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcaca 131  Q
    |||||| | |||||||||||| |||| |   | |||||||||||| ||||||| || |||||  |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  10055031 tgactctctactcatgtgtttcccaaccccgtgaatctctccccataaggcaccaaacctttc-ccaagagccctctcttttggttctccaagattcaca 10055129  T
Q  132 tcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatc 177  Q
    ||||||||||||||| |||||||||  ||| |||| ||||||||||    
T  10055130 tcttgaagctttgaatctcacccaaaaaccttcaatctttagtatc 10055175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 65 - 171
Target Start/End: Original strand, 33906386 - 33906491
Alignment:
Q  65 aatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctc 164  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||| |||||||    
T  33906386 aatctctccccaaaaggcaccaaccctctc-ccaagagcccccttttttggttctacaagattcacattttgaggcttcgaacctcactcaaagaccctc 33906484  T
Q  165 aaccttt 171  Q
    |||||||    
T  33906485 aaccttt 33906491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 4160489 - 4160307
Alignment:
Q  19 agttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttc 118  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| | |||||  |||| |  || |||||||||||||||| |||  ||||| |  |||||||||||||||||| ||||    
T  4160489 agttgctcacaaatgactctccacttacgtgttc-ccaaccctatgaatctctccccaaaagacacttaccctctc-ccaagagccccctcttttagttc 4160392  T
Q  119 ttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaggttccctcctttg 203  Q
    | || ||||||| |||| || |||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||    
T  4160391 tccaggattcacttctttaaactttgaacatcacccaa-aaccctcaaactttagtatctaaataccctaaatgttctctcatttg 4160307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 41 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 30793073 - 30792937
Alignment:
Q  41 actcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagc 140  Q
    |||||||||||| |||| |  || ||| |||||||||||||||| |||| |||| |||| |||| | | |||||||||| ||||||  ||||||||||||    
T  30793073 actcatgtgtttcccaaccccatgaatatctccccaaaaggcaccaacc-ttttcccaa-agccacatattttggttctccaagata-acatcttgaagc 30792977  T
Q  141 tttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaa 180  Q
    ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  30792976 tttgaacatcacctaaagaccctcaacctttagtatctaa 30792937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 69 - 181
Target Start/End: Original strand, 14689769 - 14689880
Alignment:
Q  69 tctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacc 168  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| || |||| |||| |||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||| ||||    
T  14689769 tctctccaaaaggcaccaaccctttcac-aagaaccccttcttttggttctccaaaattcacatcttgaaactttgaacatcactcaaagacccttaacc 14689867  T
Q  169 tttagtatctaaa 181  Q
    || | ||||||||    
T  14689868 ttcactatctaaa 14689880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 27 - 132
Target Start/End: Original strand, 21205972 - 21206076
Alignment:
Q  27 acaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagat 126  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||| |  || || ||||||  ||||| ||| ||||| ||| | |||| |||| ||||||||||||  |||||    
T  21205972 acaaatgactcctcactcatgtgtttcccaaccctatgaacctctccgaaaaagacaccaaccc-tttccaaagaaccccatcttttggttctctaagat 21206070  T
Q  127 tcacat 132  Q
    ||||||    
T  21206071 tcacat 21206076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 123; Significance: 2e-63; HSPs: 36)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 8665265 - 8665080
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| |||| |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8665265 caagttgctcacaaaagactctccactcctgtgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggt 8665167  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  8665166 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 8665080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 20 - 203
Target Start/End: Original strand, 50263011 - 50263193
Alignment:
Q  20 gttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttct 119  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  50263011 gttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaaccctttttccaagagccccctcttttggttct 50263109  T
Q  120 tcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  50263110 ccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagactctcaacctttagtgtctaaaaccctaaaagttccctcctttg 50263193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 55085675 - 55085861
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  55085675 caagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaaccctttccccaagagccccctcttttggt 55085773  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaa-gctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  55085774 tctccaagatttacatcttgaaagcttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 55085861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 6655814 - 6655629
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| || ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  6655814 caagttgctcagaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaaccctttccccaagagccccctcttttggt 6655716  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6655715 tctccaagattcacatcttaaagttttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 6655629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 26364123 - 26363942
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| || ||||||||| | |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  26364123 caagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggccccaacccttttcacaagagccccctcttttggt 26364025  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcc 199  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26364024 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaaggccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcc 26363942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 40630842 - 40630657
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| |||||||||||||| |||||||||  ||| ||| ||||||||||||    
T  40630842 caagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaaaagctccctcttttggt 40630744  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||    
T  40630743 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcatcctttg 40630657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 32 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 2209551 - 2209378
Alignment:
Q  32 tgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcaca 131  Q
    |||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||    
T  2209551 tgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagtcccctcgtttggttctccaagattcaca 2209453  T
Q  132 tcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttgctt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  2209452 tcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaatctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcatttgctt 2209378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 54882878 - 54882693
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    |||||| |||||||| |||||  ||||||||||||| |||| |  || ||||| || ||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||    
T  54882878 caagtttctcacaaaagactctacactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcataagagccccctcttttggt 54882780  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  54882779 tctccaagattcacattttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 54882693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 17 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 33989720 - 33989549
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  || |||||||||| ||||||||| |||| || | ||||||||||||| |||||||    
T  33989720 caagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaatcccatgaatctctccc-aaaaggcaccaacc-ttctcccaagagccccctattttggt 33989623  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaa 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  33989622 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaaactttagtatctaaataccctaaa 33989549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 379237 - 379051
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||  || ||||| ||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  379237 caagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccattctcatgaatct-tccccaaaaggcaccgacccttttcacaagagccccctcttttggt 379139  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||    
T  379138 tctccaagattcacatcatgaagctttgaacctcacccaaagtccctcaacctttagtatctacaaatcctaaaagttctctcctttg 379051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 33 - 203
Target Start/End: Original strand, 27417277 - 27417446
Alignment:
Q  33 gactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacat 132  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| |||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  27417277 gactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaagacaccaacccctttcccaagagccccttcttttggttctccaagattcacat 27417375  T
Q  133 cttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27417376 cttaaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 27417446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 35662300 - 35662115
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    |||||||||||||||  |||| ||| ||||||||||||||| |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  35662300 caagttgctcacaaagaactctccattcatgtgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcctaagagccccctcttttggt 35662202  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||| ||||    
T  35662201 tctccaagattcacatattgaagctttgaacctcacccaaagactctcaacctttagtatctaaaatcctaaaagttctctcatttg 35662115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 12073250 - 12073066
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaaccc-ttttaccaagagccccctcttttgg 115  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||| |  || ||  ||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||||||    
T  12073250 caagttgctcacaaaagactcttcactcatgtgttttccaaccccatgaa--tcttcccaaaaggcaccaaccctttttcccaagag-cccctcttttgg 12073154  T
Q  116 ttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  12073153 ttctccaagatttacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccatcctttg 12073066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 71 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 46703306 - 46703174
Alignment:
Q  71 tccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctt 170  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  46703306 tccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttgattctcgaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctt 46703207  T
Q  171 tagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  46703206 tagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 46703174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 50674156 - 50674341
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| |||| | ||||||| |||||||||    ||||||||||||||||||    
T  50674156 caagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatctttccc-ataaggcaccaacccttttcattagagccccctcttttggt 50674254  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  50674255 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagacccttaacatttagtatttaaaaccctaaaagttccctcctttg 50674341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 41964273 - 41964089
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| |||| |  || ||||| |||| |||||  || ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  41964273 caagttgctcacaaaagactctctactcatgtgtttcccaaccccatgaatctttccc-aaaag--actaacccttttcccaagagccccctcttttggt 41964177  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  41964176 tctccaagattcacatcatgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttccctcctttg 41964089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 91 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 8653385 - 8653273
Alignment:
Q  91 ttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaag 190  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8653385 ttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaa 8653286  T
Q  191 gttccctcctttg 203  Q
    |||| ||||||||    
T  8653285 gttctctcctttg 8653273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 86 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 10071675 - 10071558
Alignment:
Q  86 aacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccc 185  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  10071675 aacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttaaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaacct 10071576  T
Q  186 taaaggttccctcctttg 203  Q
    |||| |||||||||||||    
T  10071575 taaaagttccctcctttg 10071558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 203
Target Start/End: Original strand, 46569857 - 46570041
Alignment:
Q  18 aagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggtt 117  Q
    |||||| ||||||| ||||  |||||||| ||||| |||| |  || ||||| |||| ||||||||| || ||||||  |||||||||||||||||||||    
T  46569857 aagttgttcacaaaagactttccactcatttgtttcccaaccccatgaatctttccc-aaaaggcaccaatccttttcacaagagccccctcttttggtt 46569955  T
Q  118 cttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  46569956 ctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacctaaagaccttcaacatttagtatctaaaaccctaaaatttccctcctttg 46570041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 8647996 - 8647861
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| |||| |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8647996 caagttgctcacaaaagactctccactcctgtgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggt 8647898  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacc 153  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8647897 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacc 8647861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 33089757 - 33089594
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |  || |||||||| ||||||| ||| |||||| |  ||||||||||||||||||| |    
T  33089757 caagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttttcgaccccatgaatctctctccaaaagacaccaaccctctc-ccaagagccccctcttttgat 33089659  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa 181  Q
    ||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  33089658 tctccaagattcacatcttcaaactttgaacctcacccaaagaccctcaatctttagtatctaaa 33089594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 86 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 10072061 - 10071963
Alignment:
Q  86 aacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaacc 184  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10072061 aacccttttcacaagagccccctcttttagttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaacc 10071963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 67 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 3785899 - 3785790
Alignment:
Q  67 tctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaa 166  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || || ||| |||||    
T  3785899 tctctcctcaaaaggcaccaaccctttt-ccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaatctcgcctaaagactctcaa 3785801  T
Q  167 cctttagtatc 177  Q
    |||||||||||    
T  3785800 cctttagtatc 3785790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 32 - 202
Target Start/End: Original strand, 38811404 - 38811573
Alignment:
Q  32 tgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcaca 131  Q
    |||||| ||||| |||||||| | || |  || ||||||||| |||||| ||| ||||||||  ||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||    
T  38811404 tgactctccacttatgtgtttcctaacctcatgaatctctccgcaaaagacaccaaccctttc-ccaagagcccc-tctttgggttctccaagattcaca 38811501  T
Q  132 tcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaa-aaccctaaaggttccctccttt 202  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  38811502 tcttaaagctttgaacctcacccaaataccctcaacctttagtatctaagtaccctaaaagttccctccttt 38811573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 96 - 203
Target Start/End: Original strand, 35370724 - 35370833
Alignment:
Q  96 ccaagagccccctctttt-ggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaggtt 193  Q
    |||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||    
T  35370724 ccaagaaccccctcttttaggttctccaagattcacatcttaaagctttgaacctctcccaaagaccctcaacctttagtatctaaataccttaaaagtt 35370823  T
Q  194 ccctcctttg 203  Q
    ||||||||||    
T  35370824 ccctcctttg 35370833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 96 - 203
Target Start/End: Original strand, 22883140 - 22883248
Alignment:
Q  96 ccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaggttc 194  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |  |||||||||||||||||||| ||||||||  |||    
T  22883140 ccaagagccccctctttttgttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcactcaaatagtctcaacctttagtatctaaataccctaaaatttc 22883239  T
Q  195 cctcctttg 203  Q
    |||| ||||    
T  22883240 cctcatttg 22883248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 96 - 203
Target Start/End: Original strand, 22934804 - 22934912
Alignment:
Q  96 ccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaggttc 194  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |  |||||||||||||||||||| ||||||||  |||    
T  22934804 ccaagagccccctctttttgttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcactcaaatagtctcaacctttagtatctaaataccctaaaatttc 22934903  T
Q  195 cctcctttg 203  Q
    |||| ||||    
T  22934904 cctcatttg 22934912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 96 - 181
Target Start/End: Original strand, 35369826 - 35369912
Alignment:
Q  96 ccaagagccccctctttt-ggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa 181  Q
    |||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35369826 ccaagaaccccctcttttaggttctccaagattcacatcttaaatctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa 35369912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 76 - 181
Target Start/End: Original strand, 26699814 - 26699920
Alignment:
Q  76 aaaaggcacgaacccttttaccaagagccccct-cttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagt 174  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||| |||||| | ||||| |||  |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| || | ||||||||||||    
T  26699814 aaaaggcaccaaccctttttccaagatcccccttcatttggctctctaagattcacatcttgaagttttgaacctcaaccaaagatcttcaacctttagt 26699913  T
Q  175 atctaaa 181  Q
    |||||||    
T  26699914 atctaaa 26699920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 34112470 - 34112314
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |   | || ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||| | ||||| |||    
T  34112470 caagttgctcacagatgactctccactcatgtgttttccaaccccgtgaacctctccccaaaaggcaccaaccctttt-ctaagagcctcgtctttaggt 34112372  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagt 174  Q
    | | |||||||||||  | ||   |||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||    
T  34112371 tatccaagattcacaattggacattttgaatctcacacaaagaccctcaatctttagt 34112314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 96 - 150
Target Start/End: Original strand, 25723604 - 25723658
Alignment:
Q  96 ccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctc 150  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25723604 ccaagagctccctcttttggttctccaagattcacattttgaagctttgaacctc 25723658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 96 - 174
Target Start/End: Original strand, 47514889 - 47514967
Alignment:
Q  96 ccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagt 174  Q
    ||||||| || ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | |||| ||||||||||||    
T  47514889 ccaagagtccactcttttggttcaccaagattcatatcttgaagctttgaacttcacccgaagaccttcaacctttagt 47514967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 121 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 32091326 - 32091265
Alignment:
Q  121 caagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaa 182  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||| ||||    
T  32091326 caagattcacatcttgaagttttgaacctcactcaaagaccctcaacatttagtatccaaaa 32091265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 110 - 181
Target Start/End: Original strand, 22629290 - 22629361
Alignment:
Q  110 ttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa 181  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||  ||| || ||||||||  ||| || |||||||||| ||||||    
T  22629290 ttttggttctccaagattcacatcttgaacttttaaatctcacccagagacactgaacctttagtttctaaa 22629361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 107 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 6719355 - 6719289
Alignment:
Q  107 ctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttag 173  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |  ||| |||||||||||    
T  6719355 ctcttttagttttccaagattcacatcttgaacctttgaatctcaccctaaaaccttcaacctttag 6719289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 65 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 41961218 - 41961110
Alignment:
Q  65 aatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctca-cccaatgaccct 163  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||| || | || |||||||||| ||| |||||| |||||||||||| | ||  ||||||| |||| ||||| ||||||    
T  41961218 aatctctccccaaaaagcaccgacc-ttctccctagagccccctttttcggttctacaagattcacatttggacactttgaatctcaccccaaagaccct 41961120  T
Q  164 caacctttag 173  Q
    || |||||||    
T  41961119 caccctttag 41961110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 123; Significance: 2e-63; HSPs: 25)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 43402100 - 43402285
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||| |||||||||| || |||||||||||||| |||| |  || ||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  43402100 caagttgttcacaaatgattctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttctcaagagccccctcttttggt 43402198  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  43402199 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 43402285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 43404043 - 43404228
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  43404043 caagttgctcccaaatgactctccactcatgtgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggt 43404141  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  43404142 tctccaagattcacatcttgaaactttgaacctcacccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagttccctcatttg 43404228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 17 - 200
Target Start/End: Original strand, 6095909 - 6096091
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| |||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||    
T  6095909 caagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcaaaagagccccctcttttggt 6096007  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcct 200  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  6096008 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcct 6096091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 21 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 30235979 - 30235798
Alignment:
Q  21 ttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttctt 120  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |  || ||| | |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||     
T  30235979 ttgctcacaaatgactctccactcttgtgttttccaaccccatgaatat-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctc 30235881  T
Q  121 caagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  30235880 caagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 30235798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 34491071 - 34490886
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    || ||||| || ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  34491071 caagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttttcaactccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggt 34490973  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  34490972 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 34490886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 16 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 54593564 - 54593377
Alignment:
Q  16 tcaagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttgg 115  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  |  || ||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  54593564 tcaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgttttccatccccatgaatct-tccccaaaaggtaccaacccttttcccaagagccccctcttttgg 54593466  T
Q  116 ttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  54593465 ttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaggaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttccctcctttg 54593377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 49199781 - 49199966
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||| |  || ||||| |||||||||||||| |||||||||  ||| ||||||||||||||||    
T  49199781 caagttgctcacaaaagactctccactcatatgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaatagccccctcttttggt 49199879  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  49199880 tctccaagattcacatcttgaaactttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 49199966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 4569809 - 4569624
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| ||||||| ||||||   ||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  4569809 caagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tccccaataggcacacccccttttcccaagagccccctcttttgat 4569711  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4569710 tctccaagatttacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 4569624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 21 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 40913193 - 40913011
Alignment:
Q  21 ttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttctt 120  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |  || |||||   || ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  40913193 ttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctc 40913094  T
Q  121 caagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  40913093 caagattcacattttgaagctttgaacctcacccaaagaccctaaacctttagtatctaaaaccctaaaagtcccctcctttg 40913011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 16 - 203
Target Start/End: Original strand, 41819831 - 41820016
Alignment:
Q  16 tcaagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttgg 115  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||| |  || ||  ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  41819831 tcaagttgctcacaaatgagtctccactcatgtgtttcccaaccccatgaa--tcttcccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttgg 41819928  T
Q  116 ttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||  ||||||||    
T  41819929 ttctctaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaacctaaaagttatctcctttg 41820016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 46860329 - 46860143
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||  |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  46860329 caagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccatccctatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggt 46860231  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||| ||||    
T  46860230 tctccaagattcacatcatgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttctctcatttg 46860143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 16 - 203
Target Start/End: Original strand, 55302274 - 55302460
Alignment:
Q  16 tcaagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttgg 115  Q
    |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||| |  || ||| | | |||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  55302274 tcaagttgctcacaaaagaatctccactcatgtgttttccaacctcatgaat-ttttcccaaaaggcaccaacccttttcccaagagctccctcttttgg 55302372  T
Q  116 ttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  55302373 ttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttg 55302460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 47304108 - 47303925
Alignment:
Q  18 aagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggtt 117  Q
    ||||||||||||||  |||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  47304108 aagttgctcacaaaa-actctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggtt 47304011  T
Q  118 cttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||| ||||||||    
T  47304010 ctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaacatttagtatctaaaaccataaaagttctctcctttg 47303925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 36018709 - 36018523
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||  |  ||  |||| |||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  36018709 caagttgctcacaaatgactctccattcatgtgtttcccatccccatggatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcccaaaagctccctcttttggt 36018611  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| | ||||| || |||| ||||||||    
T  36018610 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcatccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctgaaagttctctcctttg 36018523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 96 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 28074397 - 28074290
Alignment:
Q  96 ccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttcc 195  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  28074397 ccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaaactttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttc 28074298  T
Q  196 ctcctttg 203  Q
    ||||||||    
T  28074297 ctcctttg 28074290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 21 - 203
Target Start/End: Original strand, 5434191 - 5434374
Alignment:
Q  21 ttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttctt 120  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||| | || |  || |||||||||| ||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  5434191 ttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcctaaccccatgaatctctccctaaaaaacactaacccttttcccaagagccccctcttttggttcta 5434290  T
Q  121 caagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaggttccctcctttg 203  Q
     |||||| ||||||||||||||| |||||| | ||| |||||| ||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||    
T  5434291 taagatttacatcttgaagctttaaacctccctcaaagacccttaacttttggtatctaaatatcctaaaagttccctcctttg 5434374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 96 - 181
Target Start/End: Original strand, 26323900 - 26323985
Alignment:
Q  96 ccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa 181  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26323900 ccaatagccctctcttttgattcttcaagatttacatcttgaagctttgaacttcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa 26323985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 65 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 34795680 - 34795542
Alignment:
Q  65 aatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctc 164  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| ||| |  || ||| ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||    
T  34795680 aatctctcctcaaaaggcatgaaacctctc-cctagaaccccctcttctggttctccaagattcagatcttgaagctttgaacatcacccaacgaccatc 34795582  T
Q  165 aacctttagtatctaaa-accctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| | || ||||||||    
T  34795581 aacctttagtatctaaataccctaaaagatctctcctttg 34795542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 18 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 1683345 - 1683184
Alignment:
Q  18 aagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggtt 117  Q
    |||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||| |  || ||||||| ||||||| |||| ||||||||  | || | ||  |||||||||||    
T  1683345 aagttgctcataaatgattatccactcatgtgttttccaaccccatgaatctcttcccaaaatgcaccaaccctttc-cgaaaaaccttctcttttggtt 1683247  T
Q  118 cttcaagattcacatcttgaagc-tttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaa 180  Q
    || |||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  1683246 ctccaagattcacat-ttgaaacatttgaatctcacccaaagaccctcaacctttagtttctaa 1683184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 65 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 39127369 - 39127236
Alignment:
Q  65 aatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctc 164  Q
    |||||||||| ||||||||| ||| || || ||||||| ||||| |||| |||||  |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | |||      
T  39127369 aatctctcccaaaaaggcaccaactctctt-ccaagagtcccctattttagttctctaagattcatatcttgaagctttgaacctca-ccaaaggcccca 39127272  T
Q  165 aacctttagtatctaaa-accctaaaggttccctcc 199  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| |||| ||||    
T  39127271 aacctttagtatgtaaataccctaaaagttctctcc 39127236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 80 - 135
Target Start/End: Original strand, 31340448 - 31340503
Alignment:
Q  80 ggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatctt 135  Q
    ||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  31340448 ggcaccaaccattttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatctt 31340503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 89 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 36796198 - 36796103
Alignment:
Q  89 ccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaaga----ttcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaa 180  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||||||||||| |    || ||||||||||||||||||||||| | || |||| |||||||||||| |||||    
T  36796198 cctttttcaaagagtcccctcttttggttcttcaaaagaggtttacatcttgaagctttgaacctcatctaaagaccttcaacctttagtttctaa 36796103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 129 - 203
Target Start/End: Original strand, 35139134 - 35139209
Alignment:
Q  129 acatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| | || |||||||||| ||||||||||||| |||| ||| || ||||||||||    
T  35139134 acatcttaaagttttgaacctcatctaaagaccctcaacgtttagtatctaaatacccaaaaagtaccctcctttg 35139209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 96 - 166
Target Start/End: Original strand, 50432938 - 50433006
Alignment:
Q  96 ccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaa 166  Q
    |||| ||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||  ||||||| ||||| ||| |||||||||    
T  50432938 ccaatagccccctcttttggttc--caagattcacctcttgaccctttgaatctcactcaaagaccctcaa 50433006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 65 - 130
Target Start/End: Original strand, 1737247 - 1737311
Alignment:
Q  65 aatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcac 130  Q
    |||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||  ||||||||||    
T  1737247 aatccctccacaaaagacacgaaccctttt-ccaagagtccgctcttttggttccccaagattcac 1737311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0286 (Bit Score: 119; Significance: 6e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0286
Description:

Target: scaffold0286; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 11416 - 11231
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| || ||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||    
T  11416 caagttgctcagaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaaccctttccccaagagccccatcttttggt 11318  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11317 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 11231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 119; Significance: 6e-61; HSPs: 28)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 37168155 - 37167970
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37168155 caagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggt 37168057  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  37168056 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaaaaccctcaacctttagtatctaaaactgtaaaagttccctcctttg 37167970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 7482540 - 7482726
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagcccc-ctcttttgg 115  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  7482540 caagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagcccccctcttttgg 7482638  T
Q  116 ttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  7482639 ttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaaccgttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttg 7482726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 11348556 - 11348371
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  || ||||| || ||||||||||| |  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  11348556 caagttgctcacaaatgactctccactcatgtgttttccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccagaccttttcccaagagccccctcttttggt 11348458  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  11348457 tctccaagattcacatcttgaaactttgaacctcacccaaagaccctcaacccttagtatctaaaaccctaaaagttccatcctttg 11348371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 29136105 - 29135921
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    |||||||||||||||  |||| |||||||||| |||||||| |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  29136105 caagttgctcacaaaaaactctccactcatgt-ttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagtcccctcttttggt 29136008  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29136007 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcactcaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 29135921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 34602649 - 34602834
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||| |  || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34602649 caagttgctcacaaaagacttttcactcatgtgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttaccaagagctccctcttttggt 34602747  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34602748 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacatcacccaaagaccttcaacctttaatatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 34602834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 42298285 - 42298470
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| || ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  42298285 caagttgctcgcaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggt 42298383  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||    
T  42298384 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcatcctttg 42298470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 37033383 - 37033564
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| ||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37033383 caagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaacctcatgaatct-tcctcaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggt 37033481  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||| |||||||||||||    
T  37033482 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttag----taaaaccctaaaagttccctcctttg 37033564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 28242246 - 28242061
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |  || ||  ||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28242246 caagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccttatgaa--tcttcccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggt 28242149  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  28242148 tctccaagattcacattttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttccctcctttg 28242061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 34603434 - 34603249
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||| |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  34603434 caagttgctcacaaaagacttttcactcatgtgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagctccctcttttggt 34603336  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34603335 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacatcacccaaagaccttcaacctttaatatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 34603249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 13547399 - 13547584
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |  || ||| | ||| ||||||||||  ||||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  13547399 caagttgctcacaaaagactctccactcatgtgttttccaaccccatgaattt-tcctcaaaaggcaccgacccttttcacaagagctccctcttttggt 13547497  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  13547498 tatccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaactctaaaagttctctcctttg 13547584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 13549310 - 13549495
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |  || ||| | ||| ||||||||||  ||||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  13549310 caagttgctcacaaaagactctccactcatgtgttttccaaccccatgaattt-tcctcaaaaggcaccgacccttttcacaagagctccctcttttggt 13549408  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  13549409 tatccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaactctaaaagttctctcctttg 13549495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 18 - 203
Target Start/End: Original strand, 47255650 - 47255829
Alignment:
Q  18 aagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggtt 117  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||| | | | ||||| |||||||||||||| |    |||| ||||||||||| ||||||||||    
T  47255650 aagttgctcacaaaagactctccaatcatgtgtttcccaaccca-tgaatct-tccccaaaaggcacca----ttttcccaagagccccatcttttggtt 47255743  T
Q  118 cttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  47255744 ctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 47255829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 37879221 - 37879406
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |  || ||| | |||||||||||||| |||| ||||  ||||||||||||||||| ||    
T  37879221 caagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaattt-tccccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctctttttgt 37879319  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||||||    
T  37879320 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagatcctcaacatttagtatctaaaaccctaacagttccttcctttg 37879406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 19754349 - 19754164
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| |||||    
T  19754349 caagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctctcttggt 19754251  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    | | ||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  19754250 tttccaagattcaaatcatggtgctttgaacctcacccaaagacccttaacctttagtatctagaaccctaaaagttccctcctttg 19754164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 47115029 - 47114845
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||| |  || ||  ||| ||||||||| || |||||| || |||||||||||||||||||||    
T  47115029 caagttgctcacaaaagactctccattcatgtgtttcccaaccccatgaa--tcttcccaaaaggtaccaaccctgttcccaagagccccctcttttggt 47114932  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| || |||| |||||||||||||    
T  47114931 tctccaagattcacagcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaatctttaatatctaaagccttaaaagttccctcctttg 47114845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 193469 - 193285
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| |||||  ||| ||||||||| |||| |  || ||  ||| |||||||||||| |||| |||  |||||||||||||||||||||    
T  193469 caagttgctcacaaaagactcttcacacatgtgtttcccaaccccatgaa--tcttcccaaaaggcaccaaccttttccccaagagccccctcttttggt 193372  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  ||||||||    
T  193371 tctccaagattcacatcatgaagctttgaacctcaccgaaagaccctcaacctttaatatctaaaaccctaaaagttatctcctttg 193285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 19752542 - 19752359
Alignment:
Q  18 aagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggtt 117  Q
    ||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||   ||| ||||| |||||||||||||| |||| ||| |  ||||||||| ||||||||||    
T  19752542 aagttgctcacaaaatactctccactcatgtgtttcccaactcaatgaatct-tccccaaaaggcaccaaccttttcat-aagagccccatcttttggtt 19752445  T
Q  118 cttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    || ||||||||||||  ||| |||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||    
T  19752444 ctccaagattcacattatgacgcttagaacctcacccaaagaccttcaacctttagtatctaaaaccctaaaaattccctcatttg 19752359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 6808303 - 6808141
Alignment:
Q  19 agttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttc 118  Q
    |||||||||||||||||||  || ||||||||||||||| |  || ||||||| |||||||| ||| ||  || |  ||||||||||  |||||||||||    
T  6808303 agttgctcacaaatgactcttcattcatgtgttttccaaccccatgaatctcttcccaaaagacacaaaatctct--ccaagagcccaatcttttggttc 6808206  T
Q  119 ttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatga-ccctcaacctttagtatctaaaa 182  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||    
T  6808205 tccaagattcacatcttgaagttttgaacctcacctaaagacccctcaacctttagtatctaaaa 6808141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 16 - 181
Target Start/End: Original strand, 16216804 - 16216966
Alignment:
Q  16 tcaagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttgg 115  Q
    ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||| || || ||| |||  |||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  16216804 tcaagttgctcacaa-tgactctcctctcatgtgtttgccaa-cacatgaatttctatccaaaatgcaccaaccctttt-cgaagagccccctcttttgg 16216900  T
Q  116 ttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa 181  Q
    |||||||||||  |||||||||| |||||||  |||||||| |||||| |||||||||| ||||||    
T  16216901 ttcttcaagatatacatcttgaacctttgaatatcacccaaagacccttaacctttagtttctaaa 16216966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 65 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 41135631 - 41135516
Alignment:
Q  65 aatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctc 164  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||| |  |||| | |  |||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  41135631 aatctctccctaaaaggcaccaaccctctc-ccaaaatcttcctcttttggttctccaagatccacatcttgaaggtttgaacctcacccaaagaccctc 41135533  T
Q  165 aacctttagtatctaaa 181  Q
    |||||||||||||||||    
T  41135532 aacctttagtatctaaa 41135516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 102 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 22079109 - 22079039
Alignment:
Q  102 gccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaaccttta 172  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  22079109 gccccctcttttggttctttaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaaacttta 22079039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 65 - 176
Target Start/End: Original strand, 9109759 - 9109869
Alignment:
Q  65 aatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctc 164  Q
    |||||||||||||||| ||  |||||| |  ||| ||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||    
T  9109759 aatctctccccaaaagacatcaaccctctc-ccatgagtccccttttttggttctccaagattcacatcttgaagttttgaacctcacccaaataccctc 9109857  T
Q  165 aacctttagtat 176  Q
    ||||||||||||    
T  9109858 aacctttagtat 9109869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 108 - 182
Target Start/End: Original strand, 31928208 - 31928282
Alignment:
Q  108 tcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaa 182  Q
    |||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  31928208 tcttttggttttctaagattcacatcttgaagctttgaacctcatccaaagactctcaacctttagtatctaaaa 31928282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 65 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 3331354 - 3331283
Alignment:
Q  65 aatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttga 137  Q
    |||||||||| ||| | ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  3331354 aatctctcccaaaacgacacgaaccctttc-ccaagagccccctcttttggttctctaagattcacatcttga 3331283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 65 - 173
Target Start/End: Original strand, 28318116 - 28318225
Alignment:
Q  65 aatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagcccc-ctcttttggttcttcaagattcacatcttga-agctttgaacctcacccaatgaccc 162  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||| ||| |||||| |||| ||||||||||| | ||| |||||||||||||   ||||||| |||| |||| || ||    
T  28318116 aatctctccccaaaatgcactaaccc-tttcccaagaacccctctcttttggttatccaaaattcacatcttgacccctttgaaactcatccaaagatcc 28318214  T
Q  163 tcaacctttag 173  Q
    ||||| |||||    
T  28318215 tcaacttttag 28318225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 17 - 94
Target Start/End: Original strand, 4535784 - 4535861
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaaccctttt 94  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| ||| |  || ||||| | |||||||| ||| |||||||||    
T  4535784 caagttgctcacaaacgactatccactcatgtgtttttcaaccccatgaatctattcccaaaagacaccaaccctttt 4535861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 17 - 94
Target Start/End: Original strand, 31926016 - 31926092
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaaccctttt 94  Q
    ||||||||||||||| || || ||||||| |||||| |||| |  || ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  31926016 caagttgctcacaaaagattctccactcacgtgtttcccaaacccatgaatct-tccccaaaaggcaccaaccctttt 31926092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 65 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 6068428 - 6068321
Alignment:
Q  65 aatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctc 164  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||| |||| | |||||||||||||||||||||    |||||||| |||| |   |||||| |||| |||| |||||||    
T  6068428 aatctcttcccaaaagacaccaacc-ttttcctaagagccccctcttttggttcccttagattcacgtcttcatcatttgaatctcatccaaagaccctc 6068330  T
Q  165 aacctttag 173  Q
    ||| |||||    
T  6068329 aacttttag 6068321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 116; Significance: 4e-59; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 3809018 - 3809204
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagcccc-ctcttttgg 115  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| || |||||||| || |||||||||  |||||||||| |||||||||    
T  3809018 caagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggaaccaacccttttcacaagagcccccctcttttgg 3809116  T
Q  116 ttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3809117 ttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 3809204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 21 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 5043481 - 5043301
Alignment:
Q  21 ttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttctt 120  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |  || ||  ||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||     
T  5043481 ttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaa--tcttcccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccctctcttttggttctc 5043384  T
Q  121 caagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5043383 caagattctcatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaatctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 5043301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 17 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 21593524 - 21593348
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |  || ||||| || ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  21593524 caagttgctcaaaaatgactctccactcatgtgttttccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaaccctttccccaagagccccctcttttggt 21593426  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttc 194  Q
    ||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  21593425 tctccaagattcacatcttaaatctttgaacctcacccaaagaccctcaacatttagtatctaaaaccctaaaagttc 21593348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 2973249 - 2973435
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||| |||||||||||||  || |||||||||| |||| |  || ||||| |||| |||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  2973249 caagttgttcacaaatgactctgcattcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tcccaaaaaagcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggt 2973347  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  2973348 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaacctttagtatctacaaaccctaaaagttccctcctttg 2973435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 17 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 17762847 - 17762661
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatct-ctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttgg 115  Q
    |||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| |||| |  || |||||   ||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||||||    
T  17762847 caagttgctcccaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatctaacccccaaaaggcaccaaaccttttcacaagagccccctcttttgg 17762748  T
Q  116 ttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctccttt 202  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  17762747 ttctccaagattcacatcttgaagccttgaacttcacccaaagatcctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctccttt 17762661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 17 - 178
Target Start/End: Original strand, 603390 - 603550
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| |||| |  || ||||| || ||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  603390 caagttgctcacaaaggacactccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaaccctttcctcaagagccccctcttttggt 603488  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatct 178  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||    
T  603489 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcatccaaagaccctcaacctttactatct 603550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 18 - 203
Target Start/End: Original strand, 22425136 - 22425321
Alignment:
Q  18 aagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagag--ccccctcttttgg 115  Q
    |||||||||  |||||||||  ||| |||||||||  ||| |  || ||||| ||||||||| |||| ||||||| | |||||||  |||||||||||||    
T  22425136 aagttgctcttaaatgactcttcacccatgtgtttcacaaccccatgaatct-tccccaaaatgcaccaacccttatcccaagaggcccccctcttttgg 22425234  T
Q  116 ttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22425235 ttctccaagattcacatcttgaagctctgaaccacacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaa-gttccctcctttg 22425321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 26800628 - 26800443
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    |||||||||| |||  ||||| |||||||||||||| ||| ||  || ||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  26800628 caagttgctctcaatagactctccactcatgtgtttccca-tcccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacctttttcccaagagccccctcttttggt 26800531  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    | | || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| |||  ||||||||    
T  26800530 tatccatgatccacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttttctcctttg 26800443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 26830434 - 26830619
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    |||||||||||||||||||||  | ||||| ||||| |||| |  || ||||| || ||||||||||| |||| |||| ||||||| | |||||||||||    
T  26830434 caagttgctcacaaatgactctgcgctcatctgtttcccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaacctttttcccaagagactcctcttttggt 26830532  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26830533 tctccaagattcacatcttgaagttttaaaccttactcaaagaccctcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 26830619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 65 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 25072995 - 25072858
Alignment:
Q  65 aatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctc 164  Q
    ||||||| ||||| |||||| | ||||||| |||||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  25072995 aatctcttcccaagaggcacaatccctttt-ccaagagccccc-ctttgggttctcaaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctc 25072898  T
Q  165 aacctttagtatctaaa-accctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||| || |||||    
T  25072897 aacctttagtatctaaataccctaaaagttcacttctttg 25072858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 17 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 17757942 - 17757789
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatct-ctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttgg 115  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |  || |||||   |||||||| |||| |||||||||  |||||||||||| ||||||    
T  17757942 caagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatctaacccccaaaatgcaccaacccttttcacaagagccccctattttgg 17757843  T
Q  116 ttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacct 169  Q
    |||| ||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| |||||||    
T  17757842 ttctccaacattcacatcttcaagctttgaatctcacccaaagaccatcaacct 17757789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 116; Significance: 4e-59; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 42288420 - 42288604
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |  || ||  ||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42288420 caagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaa--tcttcccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggt 42288517  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  42288518 tcttcaagattcacatcttgaagttttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcatttg 42288604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 1632042 - 1632227
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| |||||||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  1632042 caagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaagacaccaacccttttcacaagagccccctcttttggt 1632140  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1632141 tccccaagattcacatcttgaagctttgaacctcactcaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 1632227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 45726787 - 45726603
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | || |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  45726787 caagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttccaaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaaccctttc-ccaagagctccctcttttggt 45726690  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  45726689 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagactctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcatttg 45726603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 16 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 7451159 - 7450975
Alignment:
Q  16 tcaagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttgg 115  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  || ||||| || ||||||| ||  ||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  7451159 tcaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgttttccaaccccataaatct-tctccaaaagtcatcaaccctttaccaaagagccccctcttttgg 7451061  T
Q  116 ttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctccttt 202  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7451060 ttctccaagattcacatcctgaagctttgaacctcacccaaagacgc-caacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctccttt 7450975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 25 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 24397908 - 24397743
Alignment:
Q  25 tcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaag 124  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||  |  || | |||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24397908 tcacaaatgactctccactcatgtgtttaccagcccgatgagtctctccctaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaag 24397809  T
Q  125 attcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaa 189  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24397808 attcacattttgaagctttgaacctcacacaaagaccgtcaacctttagtatctaaataccctaaa 24397743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 75 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 17450391 - 17450264
Alignment:
Q  75 caaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagt 174  Q
    |||| ||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  17450391 caaagggcaccaaccctttc-ccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcactcaaagaccctcaacctttagt 17450293  T
Q  175 atctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17450292 atctaaaaccctaaaagttccctcctttg 17450264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 35447194 - 35447379
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| |||| ||||||||| |||||||||  |||||||||| |||||||||    
T  35447194 caagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatctttccc-aaaaggcaccaacccttttcacaagagcccc-tcttttggt 35447291  T
Q  117 tct-tcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  || |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  35447292 tctctcaagactcacatcttgaagctttgaacctcacacaaatactctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttg 35447379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 33648027 - 33647841
Alignment:
Q  18 aagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggtt 117  Q
    |||| ||| ||||||||||| | |||||| |||||||||| |   | ||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| ||    
T  33648027 aagtagctaacaaatgactctctactcatatgttttccaacctcgtgaatctctcctcaaaaggcaccaacccttttcccaagagcctcctcttttgatt 33647928  T
Q  118 cttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaggttccctcctttg 203  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||    
T  33647927 ctccaagattcacatcttgaaactttgaacctcacccaaagaccttcaacctttagtatctaaatactctaaaagttctctcctttg 33647841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 45 - 209
Target Start/End: Original strand, 42261947 - 42262111
Alignment:
Q  45 atgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttg 144  Q
    |||||||| ||||||  || |||||||| || |||||||| |||||| |  | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42261947 atgtgtttcccaatcccatgaatctctcacctaaaggcaccaaccctctc-caaagagcccccttttttggttctccaagattcacatcttgaagctttg 42262045  T
Q  145 aacctcacccaatgaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaggttccctcctttgcttctc 209  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| | ||||||||||| |||||    
T  42262046 aacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagctccctcctttggttctc 42262111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 65 - 203
Target Start/End: Original strand, 30218391 - 30218529
Alignment:
Q  65 aatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctc 164  Q
    |||||||||||||||||||| ||| || |  |||  ||||| |  |||||||| | |||||||||||| |||| | |||||||||||||||| |||||||    
T  30218391 aatctctccccaaaaggcactaactctctc-ccataagccctcatttttggttgtccaagattcacattttgatgttttgaacctcacccaaagaccctc 30218489  T
Q  165 aacctttagtatctaaa-accctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  30218490 aacatatagtatctaaataccctaaaagttccctcctttg 30218529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 71 - 180
Target Start/End: Original strand, 40935543 - 40935651
Alignment:
Q  71 tccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctt 170  Q
    ||||||| |||||| ||||||||  ||||||||| | |||||||||||| | |||||||||| | ||  ||||||| ||| ||||| | |||||||||||    
T  40935543 tccccaataggcaccaaccctttc-ccaagagcctcatcttttggttctcctagattcacatttggacactttgaatctctcccaaaggccctcaacctt 40935641  T
Q  171 tagtatctaa 180  Q
    |||| |||||    
T  40935642 tagtttctaa 40935651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 70 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 24197704 - 24197643
Alignment:
Q  70 ctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacat 132  Q
    ||||||||||||||| |||||| |  ||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||    
T  24197704 ctccccaaaaggcaccaaccctctc-ccaagagtcccctcttttggttccccaagattcacat 24197643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 112; Significance: 9e-57; HSPs: 17)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 16 - 203
Target Start/End: Original strand, 42435300 - 42435486
Alignment:
Q  16 tcaagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttgg 115  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||| |||| |  || ||||| |||||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  42435300 tcaagttgctcacaaaagactctccattcatatgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaagtcaccaacctttttcccaagagccccctcttttgg 42435398  T
Q  116 ttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  42435399 ttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttg 42435486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 11383844 - 11383659
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||||| |||| ||| |||| |  || ||||| ||| |||||||||| |||||||||  ||| ||||||||||||||||    
T  11383844 caagttgctcacaaaagactttccacttatgtatttcccaaccccatgaatct-tcctcaaaaggcaccaacccttttcacaatagccccctcttttggt 11383746  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11383745 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 11383659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 19 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 22976389 - 22976207
Alignment:
Q  19 agttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttc 118  Q
    ||||||||||||  |||||  ||||||||||||||| || |  || ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  22976389 agttgctcacaatagactcttcactcatgtgttttc-aaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaaccctttttccaagagcctcctcttttggttc 22976292  T
Q  119 ttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  22976291 tccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaactctaaaagttcactcctttg 22976207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 44353650 - 44353468
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| |  || ||||| || ||||||||||| |||||| ||  ||||||||||||||||| ||    
T  44353650 caagttgctcaccgatgactctccactcatgtgttttccaaccccatgaatct-tctccaaaaggcaccaaccctcttcacaagagccccctcttttagt 44353552  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| ||||||||   |||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  44353551 tctccaagattc---tcttgaagttttaaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 44353468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 96 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 4283326 - 4283219
Alignment:
Q  96 ccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttcc 195  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  4283326 ccaaaagccccctcttttggttctccaagatccacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttct 4283227  T
Q  196 ctcctttg 203  Q
    ||||||||    
T  4283226 ctcctttg 4283219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 40221602 - 40221425
Alignment:
Q  18 aagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggtt 117  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |  || ||||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  40221602 aagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcactaacccctttcccaagagccccctattttggtt 40221504  T
Q  118 cttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccc 196  Q
    ||  |||||||||||||||||| | | ||||||| |||| |||| || |||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  40221503 ctcgaagattcacatcttgaagttctaaacctcatccaaagaccttccacctttagtatcaaaaaccctaaaagttccc 40221425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 17 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 40328637 - 40328476
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||  |  || ||||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  40328637 caagttgctcacaaaagactctacactcatgtgtttcccatccccatgaatct-tccctaaaaggcaccaacccttttcccaagaaccccctcttttggt 40328539  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatcta 179  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||    
T  40328538 tctccaagattcacatcatgaagctttgaacctcacccaaagaccctaaatctttagtatcta 40328476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 2999830 - 3000016
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||  ||  |  || ||||| |||||||||| ||| |||| | |  |||||| ||||||||||||||    
T  2999830 caagttgctcacaattgactctctactcatgtgtttctcatccccatgaatctttccccaaaagacaccaaccatatc-ccaagaaccccctcttttggt 2999928  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||| ||||||||    
T  2999929 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacatcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaattccctaaaagttctctcctttg 3000016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 42 - 174
Target Start/End: Original strand, 3846153 - 3846283
Alignment:
Q  42 ctcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagct 141  Q
    ||||||||||| |||| |  || |||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  3846153 ctcatgtgtttcccaaccccatgaatctctccccaaaagacaccaactctttt-ccaagagctct-tcttttggttcttcaagattcacattatgaacct 3846250  T
Q  142 ttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagt 174  Q
    ||||| ||||| |||  ||||||||||||||||    
T  3846251 ttgaatctcactcaagaaccctcaacctttagt 3846283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 98 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 40585503 - 40585420
Alignment:
Q  98 aagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa 181  Q
    |||||||| |||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||    
T  40585503 aagagcccactcttttgattctcaaatattcacatcttgaagctttgaacctcaaccaaagactcttaacctttagtatctaaa 40585420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 107 - 203
Target Start/End: Original strand, 20686456 - 20686552
Alignment:
Q  107 ctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaa-aaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || ||||||| ||||||||||||  ||||| || |||||||||||||    
T  20686456 ctcttttggttatccaagattcacatcttgaagctttgaacttca-ccaaagatcctcaacatttagtatctaagtaccctgaaagttccctcctttg 20686552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 40535707 - 40535539
Alignment:
Q  18 aagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggtt 117  Q
    ||||||||||||| ||||||  | ||||||||||||||||||| || ||  | |  ||||||||||  ||||| |||  ||||| |||||||||||||||    
T  40535707 aagttgctcacaa-tgactcttctctcatgtgttttccaatcacatgaacttttatccaaaaggcatcaaccc-tttctcaagaaccccctcttttggtt 40535610  T
Q  118 cttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaa 189  Q
    ||  ||||| |||| |||||| ||||||||  ||||||| |||| |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  40535609 ctaaaagatccacaacttgaaactttgaac--cacccaaagaccatcaatctttagtatctaaataccctaaa 40535539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 17 - 180
Target Start/End: Original strand, 9633847 - 9634007
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| |  || |||||||| |||| |  ||||||||||||| |||||| || |||| ||||  ||||||| || ||||||| |    
T  9633847 caagttgctcacaaatgactctcatcttatgtgtttaccaaccccattaatctctccc-aaaaggtaccaaccttttt--caagagcgccatcttttgat 9633943  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaa 180  Q
    | |||||||||||||| | ||  ||||||| ||||||||| |||  || ||||||||| |||||    
T  9633944 tattcaagattcacatttggacactttgaatctcacccaaagacgttcgacctttagtttctaa 9634007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 27 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 11136989 - 11136843
Alignment:
Q  27 acaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagat 126  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| | | ||| || ||||||||||||||||   |||  ||| |||||||||| ||||||| ||||| ||| ||    
T  11136989 acaaatgactctccactcatgtgttttcctacccaatgaacctctccccaaaaggcatcgaccaattt-ccaagagccctctcttttagttctccaaaat 11136891  T
Q  127 tcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagt 174  Q
    ||| || | ||   |||||| ||||||||| ||||| |||||||||||    
T  11136890 tcatatttggacaatttgaatctcacccaaagacccccaacctttagt 11136843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 65 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 10020251 - 10020150
Alignment:
Q  65 aatctctccccaaaagg-cacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccct 163  Q
    |||||||||| |||| | ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||   |||||| |||||| || ||||||    
T  10020251 aatctctcccaaaaatgacacgaaccctttc-ccaagagccccctcttttggttctctaagattcacatattgatcatttgaatctcacctaaagaccct 10020153  T
Q  164 caa 166  Q
    |||    
T  10020152 caa 10020150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 65 - 146
Target Start/End: Original strand, 3817690 - 3817772
Alignment:
Q  65 aatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccc--tcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaa 146  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||| ||||||||||    |||||||||||||||||| || |||||| || |||||||    
T  3817690 aatctttctccaaaaggcaccaaccctttt-ccaagagccctaattcttttggttcttcaagaatcccatcttcaacctttgaa 3817772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 65 - 137
Target Start/End: Original strand, 10101517 - 10101588
Alignment:
Q  65 aatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttga 137  Q
    ||||||| ||||||| |||  ||||||||  ||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  10101517 aatctcttcccaaaatgcagcaaccctttc-ccaagagcctcctcttttggttctccaaggttcacattttga 10101588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 111; Significance: 3e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 80593 - 80778
Alignment:
Q  17 caagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||| |  || ||||| |||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||    
T  80593 caagttgctcacaaaagactctccgctcatgtgtttcccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcataagagccccctcttttggt 80691  T
Q  117 tcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaggttccctcctttg 203  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  80692 tctccaagattcaaatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctctagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 80778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0176 (Bit Score: 101; Significance: 3e-50; HSPs: 1)
Name: scaffold0176
Description:

Target: scaffold0176; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 16 - 184
Target Start/End: Original strand, 18310 - 18477
Alignment:
Q  16 tcaagttgctcacaaatgactccccactcatgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttgg 115  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| || |  || |||||  ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||| |    
T  18310 tcaagttgctcacaaataactctccactcatgtgttttc-aacctcatgaatcttcccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctctttttg 18408  T
Q  116 ttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaaacc 184  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  18409 ttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagacccgcaacctttagtatctaaaacc 18477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 82; Significance: 7e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 45 - 209
Target Start/End: Original strand, 490782 - 490946
Alignment:
Q  45 atgtgttttccaatcaaattaatctctccccaaaaggcacgaacccttttaccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttg 144  Q
    |||||||| ||||||  || |||||||| || |||||||| |||||| |  | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  490782 atgtgtttcccaatcccatgaatctctcacctaaaggcaccaaccctctc-caaagagcccccttttttggttctccaagattcacatcttgaagctttg 490880  T
Q  145 aacctcacccaatgaccctcaacctttagtatcta-aaaccctaaaggttccctcctttgcttctc 209  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| | ||||||||||| |||||    
T  490881 aacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagctccctcctttggttctc 490946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 69; Significance: 4e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 96 - 203
Target Start/End: Original strand, 1793 - 1901
Alignment:
Q  96 ccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaatgaccctcaacctttagtatctaaa-accctaaaggttc 194  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  1793 ccaagagtcccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttggagctcacccaaagaccttcaacctttagtatctaaataccctaaaagttc 1892  T
Q  195 cctcctttg 203  Q
     ||| ||||    
T  1893 tctcatttg 1901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University