View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1706_low_38 (Length: 279)

Name: NF1706_low_38
Description: NF1706
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1706_low_38
NF1706_low_38
[»] chr3 (27 HSPs)
chr3 (13-278)||(10129197-10129462)
chr3 (13-277)||(10034276-10034540)
chr3 (13-278)||(9841130-9841395)
chr3 (13-278)||(10431573-10431838)
chr3 (21-278)||(11779522-11779779)
chr3 (13-277)||(10262974-10263238)
chr3 (20-277)||(10373381-10373638)
chr3 (13-279)||(10519756-10520022)
chr3 (20-277)||(10665739-10665996)
chr3 (13-268)||(10361333-10361588)
chr3 (66-278)||(10582883-10583095)
chr3 (13-278)||(9852011-9852276)
chr3 (13-278)||(11771506-11771771)
chr3 (20-261)||(13853000-13853241)
chr3 (13-277)||(10091067-10091331)
chr3 (13-277)||(10197949-10198213)
chr3 (67-238)||(10502894-10503065)
chr3 (81-238)||(10530973-10531130)
chr3 (146-261)||(11244188-11244303)
chr3 (81-222)||(10679788-10679929)
chr3 (141-266)||(13397764-13397889)
chr3 (141-238)||(13163292-13163389)
chr3 (149-195)||(11230092-11230138)
chr3 (149-233)||(8863606-8863690)
chr3 (142-266)||(10967364-10967488)
chr3 (152-237)||(11157688-11157773)
chr3 (149-237)||(11146519-11146607)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (20-277)||(55141-55398)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (21-277)||(26909161-26909417)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (20-237)||(11487342-11487559)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (125-229)||(17850570-17850674)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (141-238)||(143599-143696)
scaffold0002 (141-238)||(151904-152001)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (141-177)||(828260-828296)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 27)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 13 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 10129462 - 10129197
Alignment:
Q  13 tgaagacctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaattctttatccaaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||   ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10129462 tgaagacctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaattatgtatggtaagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 10129363  T
Q  113 gtgttacaactactccataaatcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaa 212  Q
    |  | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10129362 gcatcacaactactccgtaaatcaatactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacatttttcaatatgaa 10129263  T
Q  213 gtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaattgagtc 278  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10129262 gtgattgcaatgaagtgggtagtccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatagagtc 10129197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 13 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 10034540 - 10034276
Alignment:
Q  13 tgaagacctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaattctttatccaaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10034540 tgaagacctttctgaaatataaatggaaaccagactcctacaattccatatctgaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 10034441  T
Q  113 gtgttacaactactccataaatcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaa 212  Q
    |  | |||||||     ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  10034440 gcatcacaactatgaattaaataaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacattttacaatatgaa 10034341  T
Q  213 gtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaattgagt 277  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10034340 gtgattgcaatgaagtgggtagtccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaattgagt 10034276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 13 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 9841395 - 9841130
Alignment:
Q  13 tgaagacctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaattctttatccaaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    |||   ||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9841395 tgaagacctttctgaaatataaatggaatctagactcctacaatcaagtatggtaagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtgggaaggatgtaagt 9841296  T
Q  113 gtgttacaactactccataaatcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaa 212  Q
    || | ||| || | |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |   ||||||||    
T  9841295 gtatcacagctccaccataactgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaactacgaatatgaa 9841196  T
Q  213 gtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaattgagtc 278  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9841195 gtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatcgagtc 9841130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 13 - 278
Target Start/End: Original strand, 10431573 - 10431838
Alignment:
Q  13 tgaagacctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaattctttatccaaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||   |||   ||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10431573 tgaagacctttctgaaatataaatggaatccagacttctgcaattaaatatgtcaagtaattggagggcagggaaaccatcgagtggaaaggatgtaagt 10431672  T
Q  113 gtgttacaactactccataaatcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaa 212  Q
    |  | |||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| | ||    
T  10431673 gaatcacaactgctccataaataaagactgacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacatttttcaatttcaa 10431772  T
Q  213 gtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaattgagtc 278  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10431773 gtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcagtgagagaagaaagagaatcgagtc 10431838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 21 - 278
Target Start/End: Original strand, 11779522 - 11779779
Alignment:
Q  21 tttctgaaatataaatggaatccagactcctacaattctttatccaaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgttaca 120  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   |||    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||    
T  11779522 tttctaaaatataaatggaatccagactcctacaatcacttaagtcaagtgtttggagcacagggaaaccatcaagtgggaaggatgtaagtgcatcaca 11779621  T
Q  121 actactccataaatcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattgc 220  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| || |||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  11779622 actactccataaataaagactcacaagtgaagtgtaattgctccacgtttcagaaggtagaaaggataagttctcacaatctttaatatgaagtgattgc 11779721  T
Q  221 aatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaattgagtc 278  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11779722 aatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatggagtc 11779779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 13 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 10263238 - 10262974
Alignment:
Q  13 tgaagacctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaattctttatccaaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 112  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| || | |||   ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10263238 tgaagacctttctaaaatataaatggaatccagacttctacacttatatatgtcaagtgtttggagggcagggaaaccatcgagtggaaaggatgtaagt 10263139  T
Q  113 gtgttacaactactccataaatcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaa 212  Q
    |  | ||| ||||    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||    
T  10263138 gaatcacagctacgatttaactcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattctcacaatttacaatttcaa 10263039  T
Q  213 gtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaattgagt 277  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||    
T  10263038 gtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgtagtgagagaaggaagagaactgagt 10262974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 20 - 277
Target Start/End: Original strand, 10373381 - 10373638
Alignment:
Q  20 ctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaattctttatccaaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgttac 119  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  | ||    
T  10373381 ctttctgaaatacaaatggaatccagattcctacaattcagtatcataagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatataagtgaatcac 10373480  T
Q  120 aactactccataaatcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattg 219  Q
    | ||||   |||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |  ||| | |||||||||    
T  10373481 agctacgatataaataaagccacacaagtgatgtgtaattgctccacatttcaagaggaaggaaggataaattctcacagtatctaatttcaagtgattg 10373580  T
Q  220 caatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaattgagt 277  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10373581 caatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatcgagt 10373638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 13 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 10520022 - 10519756
Alignment:
Q  13 tgaagacctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaattctttatccaaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    |||   ||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10520022 tgaagacctttctgaaatataaatggaatccagactcctgcactcacatatggtaagtgtttggagcgcagggaaaccatcgagtggaaaggatgtaagt 10519923  T
Q  113 gtgttacaactactccataaatcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaa 212  Q
    || | ||| ||||   | || | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || ||||| ||    
T  10519922 gtatcacagctacgatagaacttaagactcacaagtgatgtgtaattgatccacgtttcaggaggaaggaaggataaattctcacaacattgaatattaa 10519823  T
Q  213 gtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaattgagtcc 279  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10519822 gtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatcgagtcc 10519756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 20 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 10665996 - 10665739
Alignment:
Q  20 ctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaattctttatccaaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgttac 119  Q
    |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||    
T  10665996 ctttctaaaatacaaatggaaaccagactcctacaattctgtatccaaagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgcatcac 10665897  T
Q  120 aactactccataaatcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattg 219  Q
    ||||    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||      ||||| |||||||||    
T  10665896 aactttgacataaatctagacgcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaccacaaaatattaagtgattg 10665797  T
Q  220 caatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaattgagt 277  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  10665796 caatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagtgaatagagt 10665739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 268
Target Start/End: Original strand, 10361333 - 10361588
Alignment:
Q  13 tgaagacctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaattctttatccaaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||   ||||||| ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10361333 tgaagacctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaatcacgtatggtaagtgttcggagcgcagggaaaccatcgagtggaaaggatgtaagt 10361432  T
Q  113 gtgttacaactactccataaatcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaa 212  Q
    |    ||| |||     |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10361433 gaaccacagctatgatctaaatgtagagtcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaa 10361532  T
Q  213 gtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaaga 268  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10361533 gtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaaga 10361588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 66 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 10583095 - 10582883
Alignment:
Q  66 aaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgttacaactactccataaatcaagactcacaagtgatgtgtaattgctcca 165  Q
    |||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| ||||   | || | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10583095 aaagtgttcggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgaatcacagctacgatagaactaaagactcacaagtgatgtgtagttgctcca 10582996  T
Q  166 cgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaa 265  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10582995 cgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaattttcgatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgtagtgagagaagaa 10582896  T
Q  266 agagaattgagtc 278  Q
    ||||||| |||||    
T  10582895 agagaatagagtc 10582883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 13 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 9852276 - 9852011
Alignment:
Q  13 tgaagacctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaattctttatccaaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 112  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||  |  ||   |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  9852276 tgaagacctttctaaaatataaatggaatccagacttctccaatcatcaatgtcaagtgtttggagcacagggaaaccatcgagtggaaaggatttaagt 9852177  T
Q  113 gtgttacaactactccataaatcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaa 212  Q
    |  | ||| ||||   | ||   ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  9852176 gaatcacagctacgatagaaccgaagactcacaagtgatgtgtagttgctccatgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaattttcaatatcaa 9852077  T
Q  213 gtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaattgagtc 278  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||    
T  9852076 gtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcattgagagaagaaagtgaatcgagtc 9852011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 13 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 11771771 - 11771506
Alignment:
Q  13 tgaagacctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaattctttatccaaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 112  Q
    ||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||| ||||||   | |||   ||||| || |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11771771 tgaagacatttctaaaacattaatggaatccagactactacaaccatctatggtaagtgatttgagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 11771672  T
Q  113 gtgttacaactactccataaatcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaa 212  Q
    |  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||  ||| || |||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  11771671 gcatcacaactactccataaataaagactcacaagtgaagtgtaatagctccacgtttcagaaggtagaaaggataagttctcacaatctttaatatgaa 11771572  T
Q  213 gtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaattgagtc 278  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11771571 gtatttgcaatgaagtgggtagaccacttgggggaaatgcagtgagagaagaaagagaatggagtc 11771506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 20 - 261
Target Start/End: Original strand, 13853000 - 13853241
Alignment:
Q  20 ctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaattctttatccaaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgttac 119  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||| ||||||| |   |||||| |||| |||||||  ||||||||||||||||| | |||||||||||||  | ||    
T  13853000 ctttctaaaatattaatggaatccagattcctacactcacttatccgaagtctttggagtgcagggaaaccatcaagttggaaggatgtaagtgcatcac 13853099  T
Q  120 aactactccataaatcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattg 219  Q
    | ||||||| ||||  ||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| || | |||||||||    
T  13853100 agctactccgtaaagtaagactcgcaagcgatgtgtaattgctccatgtttcaggaggaaggaatgataaattctcacatttttctatttcaagtgattg 13853199  T
Q  220 caatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagaga 261  Q
    ||||| ||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  13853200 caatggagttggcagaccacttgacggaaatacagtgagaga 13853241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 13 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 10091331 - 10091067
Alignment:
Q  13 tgaagacctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaattctttatccaaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 112  Q
    ||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||| ||||||   | |||   ||||| || |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10091331 tgaagacatttctaaaacattaatggaatccagactactacaaccatctatggtaagtgatttgagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 10091232  T
Q  113 gtgttacaactactccataaatcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaa 212  Q
    |  | ||| |||   | ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||  |||||| | ||    
T  10091231 gcatcacagctatgacttaaataaagtctcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattcaaacaaaattcaatttcaa 10091132  T
Q  213 gtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaattgagt 277  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || ||| |||||||||| ||||    
T  10091131 ttgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggtaatgcggcgatagatgaaagagaatagagt 10091067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 13 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 10198213 - 10197949
Alignment:
Q  13 tgaagacctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaattctttatccaaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 112  Q
    ||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||| ||||||   | |||   ||||| || |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10198213 tgaagacatttctaaaacattaatggaatccagactactacaaccatctatggtaagtgatttgagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 10198114  T
Q  113 gtgttacaactactccataaatcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaa 212  Q
    |  | ||| |||   | ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||  |||||| | ||    
T  10198113 gcatcacagctatgacttaaataaagtctcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattcaaacaaaattcaatttcaa 10198014  T
Q  213 gtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaattgagt 277  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || ||| |||||||||| ||||    
T  10198013 ttgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggtaatgcggcgatagatgaaagagaatagagt 10197949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 67 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 10503065 - 10502894
Alignment:
Q  67 aagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgttacaactactccataaatcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccac 166  Q
    |||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  10503065 aagtctttggagtgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgttagtccatcacagctactccataaatcaagactcacaagcaatgtgtaattgctccac 10502966  T
Q  167 gtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagacca 238  Q
    ||||||  |||||| |||||||||||||||||  ||| ||||  |||||| ||||| |||||||||||||||    
T  10502965 gtttcagcaggaagaaaggataaattctcacaccttttaatactaagtgactgcaaagaagtgggtagacca 10502894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 81 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 10531130 - 10530973
Alignment:
Q  81 cagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgttacaactactccataaatcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaag 180  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||  | ||| ||||||||||||  ||||||| |||| ||||||||  |||||||||||||| |||| |     
T  10531130 cagggaaaccatcaagttggaaggatgtaagtgcatcacagctactccataaaataagactctcaagcgatgtgtatctgctccacgtttcaggaggcat 10531031  T
Q  181 gaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagacca 238  Q
    ||| | ||| ||||||||||| ||||||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  10531030 gaatgctaacttctcacaattatcaatacaaagtgactgcaatgaagtgggtagacca 10530973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 146 - 261
Target Start/End: Original strand, 11244188 - 11244303
Alignment:
Q  146 agtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagg 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||  | ||||||||   ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||  |    
T  11244188 agtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaatgttaagctgtcacaattgcgaatatgaagtgtttgcaaagaagtgggtagaccatttgtag 11244287  T
Q  246 gaaatgcagtgagaga 261  Q
    ||||||||||||||||    
T  11244288 gaaatgcagtgagaga 11244303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 81 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10679929 - 10679788
Alignment:
Q  81 cagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgttacaactactccataaatcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaag 180  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||  | ||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||| |||| |     
T  10679929 cagggaaaccatcaagttggaaggatgtaagtgcatcacagctactccataaaataagactcacaagcgatgtatatctgctccacgtttcaggaggcat 10679830  T
Q  181 gaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattgcaa 222  Q
    ||| | ||| ||||||||||| ||||||  |||||| |||||    
T  10679829 gaatgctaacttctcacaattatcaatacaaagtgactgcaa 10679788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 141 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 13397889 - 13397764
Alignment:
Q  141 tcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagaccact 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| || | | ||| | |||||||| ||| |  || ||| ||||||| ||||| |||||||| |||||| |    
T  13397889 tcacaagtgatgtgtaattgctccatgtttcaggacgcaagaatgctaaattctgacactcatctatacgaagtgactgcaacgaagtgggaagaccatt 13397790  T
Q  241 tgagggaaatgcagtgagagaagaaa 266  Q
    ||  ||||||||||||||||| ||||    
T  13397789 tgctggaaatgcagtgagagaggaaa 13397764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 141 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 13163389 - 13163292
Alignment:
Q  141 tcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagacca 238  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| || ||||| | |||||||  |||||  |||||   |||||| |||||||||||||||||||||    
T  13163389 tcacaagagatgtgtaattgccccatgtttcaagtggcaggaatgctaaattcggacaatcatcaattctaagtgactgcaatgaagtgggtagacca 13163292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 149 - 195
Target Start/End: Original strand, 11230092 - 11230138
Alignment:
Q  149 gatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctc 195  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  11230092 gatgtgtaattgctccacgtatcaagaggaagaaacgataaattctc 11230138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 149 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 8863690 - 8863606
Alignment:
Q  149 gatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattgcaatgaagtgggta 233  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||| | ||| ||||  ||||||||||| | |||||||| ||  ||||| ||||||||||    
T  8863690 gatgtgtaattgctccacgtttctggaggcatgaatgatagcttctcacaattataaatatgaattgcctgcaaagaagtgggta 8863606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 142 - 266
Target Start/End: Original strand, 10967364 - 10967488
Alignment:
Q  142 cacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagaccactt 241  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||  |||| | ||| | |||||||| ||| |    ||||| |||||| | |||||||||||| || ||| |     
T  10967364 cacaagtgatgtgtaattgctccacatttccggaggcaagaatgctaaattcttacagtcggaaatatcaagtgacttcaatgaagtgggaagtccatta 10967463  T
Q  242 gagggaaatgcagtgagagaagaaa 266  Q
    || | ||||||||||||||| ||||    
T  10967464 gatgaaaatgcagtgagagaggaaa 10967488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 152 - 237
Target Start/End: Original strand, 11157688 - 11157773
Alignment:
Q  152 gtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagacc 237  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| | ||| ||||| ||||| ||||| | |||| |||||   ||||| ||||||||||||||    
T  11157688 gtgtaattgctccacgtttccggaggcatgaatgataacttctcgcaattataaataagaagttcctgcaaagaagtgggtagacc 11157773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 149 - 237
Target Start/End: Original strand, 11146519 - 11146607
Alignment:
Q  149 gatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagacc 237  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||| | ||| ||||| ||||| ||| | | |||| |||||   ||||| ||||||||||||||    
T  11146519 gatgtgtaattgctccacgtttccggaggcatgaatgataacttctcgcaactataaataagaagttcctgcaaagaagtgggtagacc 11146607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 154; Significance: 1e-81; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 20 - 277
Target Start/End: Original strand, 55141 - 55398
Alignment:
Q  20 ctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaattctttatccaaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgttac 119  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||  |  ||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||    
T  55141 ctttctgaaatacaaatggaaaccagactcctacatctacttatgtcaagtgtttggagggcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgaatcac 55240  T
Q  120 aactactccataaatcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattg 219  Q
    |||||    ||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  55241 aactatatgatatattaagactgacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacatttttcaatatgaagtgattg 55340  T
Q  220 caatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaattgagt 277  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  55341 caatgaagtgggtagtccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagtgaatggagt 55398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 85; Significance: 1e-40; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 21 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 26909417 - 26909161
Alignment:
Q  21 tttctgaaatataaatggaatccagactcctacaattctttatccaaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgttaca 120  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |  ||   |||  |||||||  |||||||||||||||| ||||| |||  |||||  | |||    
T  26909417 tttctgaaatataaatggaatccacactcctacaatcgtaaattttaagactttggagagcagggaaaccatcaagcggaaatgattcaagtgcatcaca 26909318  T
Q  121 actactccataaatcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattgc 220  Q
     |||    |||| ||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  ||||  |||||| | || |||||||    
T  26909317 gctatgatataactcaatgttcacaagtgatgtgtaattgctccaggtttcaagaggtaggaaggataaattcaaacaaaattcaatttcaattgattgc 26909218  T
Q  221 aatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaattgagt 277  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| | || ||| |||||||||| ||||    
T  26909217 aatgaagtgggtagaccacttgagggtaatgcggcgatagatgaaagagaatagagt 26909161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 74; Significance: 5e-34; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 20 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 11487559 - 11487342
Alignment:
Q  20 ctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaattctttatccaaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgttac 119  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||  | ||     ||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||    
T  11487559 ctttctaaaataaaaatggaatccagacacctacaatcatatagttttagtctttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgcatcac 11487460  T
Q  120 aactactccataaatcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattg 219  Q
    | |||||  |||| |||||   |||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| | | || |  |||||||||    
T  11487459 agctactaaataactcaagcgacacaagagacttgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaatgataaattctcacaactatgaacacaaagtgattg 11487360  T
Q  220 caatgaagtgggtagacc 237  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  11487359 caatgaagtaggtagacc 11487342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 125 - 229
Target Start/End: Original strand, 17850570 - 17850674
Alignment:
Q  125 ctccataaatcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattgcaatg 224  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| | |||||||||||||| |||  |   |||||||||||| |||||||    
T  17850570 ctccataactcaagactcgcaagtgatgtgtaattgttccacgtttcaggaggcatgaaggataaattcttacacatactaatatgaagtgactgcaatg 17850669  T
Q  225 aagtg 229  Q
    |||||    
T  17850670 aagtg 17850674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 141 - 238
Target Start/End: Original strand, 143599 - 143696
Alignment:
Q  141 tcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagacca 238  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| || ||||| | |||||||  |||||  |||||   |||||| |||||||||||||||||||||    
T  143599 tcacaagagatgtgtaattgccccatgtttcaagtggcaggaatgctaaattcggacaatcatcaattctaagtgactgcaatgaagtgggtagacca 143696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 141 - 238
Target Start/End: Original strand, 151904 - 152001
Alignment:
Q  141 tcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagaggaaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagacca 238  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| || ||||| | |||||||  |||||  |||||   |||||| |||||||||||||||||||||    
T  151904 tcacaagagatgtgtaattgccccatgtttcaagtggcaggaatgctaaattcggacaatcatcaattctaagtgactgcaatgaagtgggtagacca 152001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 141 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 828296 - 828260
Alignment:
Q  141 tcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaagagg 177  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  828296 tcacaagtgatgtgtacttgctccacatttcaagagg 828260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University