View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1707-Insertion-16 (Length: 836)
Name: NF1707-Insertion-16
Description: NF1707
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1707-Insertion-16 |
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| [»] chr5 (3 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 777; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 777; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 836
Target Start/End: Original strand, 3084638 - 3085465
Alignment:
| Q |
8 |
gctaagtcacacccaactcaatttattatgtaaaagttaaaacccaaaccaaataaacatcaatatggcctagctaacaaataacaatattacactattt |
107 |
Q |
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| T |
3084638 |
gctaagttacacccaactcaatttattatgtaaaagttaaaatccaaaccaaataaacatcaatatggcctagctaacaaataacaatattacactattt |
3084737 |
T |
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| Q |
108 |
ttgggaccgactcccctgcaattaagaaatcaacgtattcatacagccggacattggtagccgtttgatcaaaattgaacggtccatattcaagcacgat |
207 |
Q |
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| T |
3084738 |
ttgggaccgactctcctgcaattaagaaatcaacgtattcatacagccggacattggtagccgtttgatcaaaattgaacggtccatattcaagcacgat |
3084837 |
T |
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| Q |
208 |
attttgatttataaaatagaaataaaatttgtattttgttggagcatctgatcaaaatcatcatacaactaccaatgtcacgaatacatgaatacaagac |
307 |
Q |
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| T |
3084838 |
attttgatttataaaatagaaataaaatttgtattttgttggagcatctgatcaaaatcatcatacaactaccaacgtcacgaatacatgaatacaagat |
3084937 |
T |
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| Q |
308 |
cctaccatataccagaatctacattcctatttttataagtacaatgtttgatgaaacaaaattatttttaatttactcacaaatattacaaatgcagatt |
407 |
Q |
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| T |
3084938 |
cgtatcatataccagaatctacattcctatttttataagtataatgtttgatgaaacaaaattatttttaatttactcacaaatattacaaatgcagatt |
3085037 |
T |
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| Q |
408 |
ggtcaattctcaaagttgccaccaaagcaaatgactctacaaggcatagcaaaagcaatagggaggatagaaagcctagaccaagaagctttaaggggtg |
507 |
Q |
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| T |
3085038 |
ggtcaattctcaaagttgccaccaaagcaaatgattctacaagccatagcaaaagcaatagggaggatagaaagcctagaccaagaagctttaaggggtg |
3085137 |
T |
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| Q |
508 |
gattcattctggagaaagtaataggtccaatttcaacaggtcatttggagctccgaaacactgatccaaatgataaccctttggtaacatttaactactt |
607 |
Q |
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| T |
3085138 |
gattcattctggagaaagtaataggtccaatttcaacaggtcatttggagctccgaaacactgatccaaatgataaccctttggtaacatttaactactt |
3085237 |
T |
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| Q |
608 |
ccaggacccaagagacttggaacgatgcatacaaggcatgggcacaattgagaaaataatagattcaaatgcttttgctccatttagatacaataacata |
707 |
Q |
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| T |
3085238 |
ccaggacccaagagacttggaacgatgcatacaaggcatgggcacaattgagaaaataatagattcaaatgcttttgctccatttagatacaataacata |
3085337 |
T |
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| Q |
708 |
tcattttctatgttacttaacatgattgcaaatgaacaagtaaatttattgcctaagcacacaaatacttcaatgtctttgggaacaattttgtagagac |
807 |
Q |
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| T |
3085338 |
tcattttctatgttacttaacatgattgcaaatgcacaagtaaatttattgcctaagcacacaaatacttcaatgtcttt-ggaacaattttgtagagac |
3085436 |
T |
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| Q |
808 |
actgtgatgacaatatggcattatcatgg |
836 |
Q |
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| T |
3085437 |
actgtgatgacaatatggcattatcatgg |
3085465 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 369 - 836
Target Start/End: Original strand, 3093845 - 3094311
Alignment:
| Q |
369 |
ttatttttaatttactcacaaatattacaaatgcagattggtcaattctcaaagttgccaccaaagcaaatgactctacaaggcatagcaaaagcaatag |
468 |
Q |
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| T |
3093845 |
ttatttttaatttgctcacaaatattacaaatgcagattggtcaattctcaaagttgccaccaaagcaaaggaccccagaagccatagcaaaagcaatag |
3093944 |
T |
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| Q |
469 |
ggaggatagaaagcctagaccaagaagctttaaggggtggattcattctggagaaagtaataggtccaatttcaacaggtcatttggagctccgaaacac |
568 |
Q |
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| T |
3093945 |
agaggatggagagcctggaccaagaagcattcaggggtggattcattctagaaaaaatcttggggccaatttcaacgggtcatttggagctccgaaacac |
3094044 |
T |
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| Q |
569 |
tgatccaaatgataaccctttggtaacatttaactacttccaggacccaagagacttggaacgatgcatacaaggcatgggcacaattgagaaaataata |
668 |
Q |
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| T |
3094045 |
cgatccaaatgagaaccctttggtaacatttaactacttccaagacccaagagacttagaaagatgcatacaaggcatgaacacaattgagaaaataata |
3094144 |
T |
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| Q |
669 |
gattcaaatgcttttgctccatttagatacaataacatatcattttctatgttacttaacatgattgcaaatgaacaagtaaatttattgcctaagcaca |
768 |
Q |
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| T |
3094145 |
gattcaaaggcattttctccatttaaatacacaaacatgtcagtttctatgctacttaacatgacagcaaattcaccagtaaatttattgcctaaacaca |
3094244 |
T |
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| Q |
769 |
caaatacttcaatgtctttgggaacaattttgtagagacactgtgatgacaatatggcattatcatgg |
836 |
Q |
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| T |
3094245 |
caaatacttcaatgtcttt-ggaacaattttgtagagacactgtgatgactatatggcattatcatgg |
3094311 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 114 - 212
Target Start/End: Original strand, 3093623 - 3093718
Alignment:
| Q |
114 |
ccgactcccctgcaattaagaaatcaacgtattcatacagccggacattggtagccgtttgatcaaaattgaacggtccatattcaagcacgatatttt |
212 |
Q |
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| T |
3093623 |
ccgactcccctgcaattaaggaatccatgcattcatgcagtcggac---ggtagtcgtttgatcaaaattgaacaagtcatattcaatcgcgatatttt |
3093718 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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