View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17072_low_1 (Length: 742)

Name: NF17072_low_1
Description: NF17072
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17072_low_1
NF17072_low_1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (13-741)||(32364782-32365514)
chr3 (13-741)||(32376483-32377199)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (252-653)||(36121643-36122044)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 611; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 611; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 741
Target Start/End: Original strand, 32364782 - 32365514
Alignment:
Q  13 caagaataatcatttccctcttttgctttcagagacta---tag-agcttctctttgtattactaatcctattggtggattcattgttccatctttacct 108  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||   ||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| |    
T  32364782 caagaagaatcatttccctcttttgctttcagagaataaggtaggagcttctctttgtattaataatgctattggtggattcatcgtttcatctttacgt 32364881  T
Q  109 ctttcaagagaagaacttgtgtcggatttgcttgatactacgtcttgtccaaccaaagatgaaaccgaagattgatcgcgagtatcaatttctttcatgc 208  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  32364882 cgttcaagagaagaacttgtgtcggatttgcttgatactacgtcttgtccagccaaacatgaaaccgaagattgatcgcgagtatcaatttctttcatgg 32364981  T
Q  209 ataacttatcttccaagagatcataactgttcccggttctagcttcttgagcaagagagcaccaacagcagcataaccaaagtgtgcaatcagaaaatga 308  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  32364982 ataacttatcttccaagatatcataactattcccagtcctggcttcttgagcaagagagcaccaacagcagcataaccaaagtgtgcaatcagaaagtga 32365081  T
Q  309 tggttttccaaaacagaattcataggcaggcaaattaaacctctttctcatttgaatcctccaaaatccaccataaagtaaaccacaaaaactaagaatg 408  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32365082 tggttttccaaaacagaatttataggcaggcaaattgaacctctttctcatttgaatcctccaaaatccaccataaagtaaaccacaaaaactaagaatg 32365181  T
Q  409 attccaaaagctactagtgcttgtctaacattgtcatcatcaattctaacagaagccaatacaaatatccaaaagggagccatacaaaacagcataaatg 508  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32365182 attccaaaagctactagtgtttgtctaacattgtcatcatcaattctaacagaagccaatacaaatatccaaaagggagccatacaaaacagcataaatg 32365281  T
Q  509 tagctatatgaacatacatgttcccaaaaccaagtctctccatgttccaaccaaacacacaaaaactgcagaaaagtgagagatatgataatgatagatc 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32365282 tagctatatgaacatacatgttcccaaatccaagtctctccatgttccatccaaacgcacaaaaagggcagaaaagtgagagatatgataatgatagatc 32365381  T
Q  609 attccaaatgtcaagtattcctccactccatttcggtctattttctataatacctccttgttgatctttagatgcaaatgcatattttttctcgaatggt 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32365382 attccaaatgtcaagtattcctccactccatttcggtctattttctataatacctccttgttgatctttagatgcaaatgcatattttttctcgaatggt 32365481  T
Q  709 ttctctctaacttgaacctgtgattcttcatct 741  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32365482 ttctctctaacttgaacctgtgattcttcatct 32365514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 555; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 741
Target Start/End: Original strand, 32376483 - 32377199
Alignment:
Q  13 caagaataatcatttccctcttttgctttcagagactatagagcttctctttgtattactaatcctattggtggattcattgttccatctttacctcttt 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32376483 caagaagaatcatttccctcttttactttcagagactaaagagcttctctttgtactactaatgctattgggggattcattgttccatctttacctcttt 32376582  T
Q  113 caagagaagaacttgtgtcggatttgcttgatactacgtcttgtccaaccaaagatgaaaccgaagattgatcgcgagtatcaatttctttcatgcataa 212  Q
    ||||||||||||||| | | ||||||  ||||||||||||||      ||  ||      |||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||    
T  32376583 caagagaagaacttgagccagatttggctgatactacgtctt------ccgtag------ccgaagattgatcgcgggaatcaatttctttcatggataa 32376670  T
Q  213 cttatcttccaagagatcataactgttcccggttctagcttcttgagcaagagagcaccaacagcagcataaccaaagtgtgcaatcagaaaatgatggt 312  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32376671 cttatcttccaagatatcataactattcccagtcctggcttcttgagcaagagagcaccaacagcagcataaccaaagtgtgcaatcagaaaatgatggt 32376770  T
Q  313 tttccaaaacagaattcataggcaggcaaattaaacctctttctcatttgaatcctccaaaatccaccataaagtaaaccacaaaaactaagaatgattc 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32376771 tttccaaaacagaattcataggcaggcaaattgaacctctttctcatttgaatcctccaaaatccaccataaagtaaaccacaaaaactaagaatgattc 32376870  T
Q  413 caaaagctactagtgcttgtctaacattgtcatcatcaattctaacagaagccaatacaaatatccaaaagggagccatacaaaacagcataaatgtagc 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32376871 caaaagctactagtgcttgtctaacattgtcatcatcaattctaacagaagccaatacaaatatccaaaagggagccatacaaaacagcataaatgtagc 32376970  T
Q  513 tatatgaacatacatgttcccaaaaccaagtctctccatgttccaaccaaacacacaaaaactgcagaaaagtgagagatatgataatgatagatcattc 612  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32376971 tatatgaacatacatgttcccaaatccaagtctctccatgttccatccaaacgcacaaaaagggcagaaaagtgagagatatgataatgatagatcattc 32377070  T
Q  613 caaatgtcaagtattcctccactccatttcggtctattttctataatacctccttgttgatctttagatgcaaatgcatattttttctcgaatggtttct 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| |    
T  32377071 caaatgtcaagtattcctccactccatttcggtctattttctataattcctccttgttgatctttagatacaaatgcgtattttttctcgaagggtttgt 32377170  T
Q  713 ctctaacttgaacctgtgattcttcatct 741  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  32377171 ctctaacttgaacctgtgattcttcatct 32377199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 118; Significance: 8e-60; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 8e-60
Query Start/End: Original strand, 252 - 653
Target Start/End: Original strand, 36121643 - 36122044
Alignment:
Q  252 ttcttgagcaagagagcaccaacagcagcataaccaaagtgtgcaatcagaaaatgatggttttccaaaacagaattcataggcaggcaaattaaacctc 351  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||| ||||  |  || || || |||||||| ||||| | |||||||||| |||||    
T  36121643 ttcttgagcaagagagcaccaacaacagaatagccaaagtatgcaatccgaaaccgcaggcttgccgaaacagaagtcataagtaggcaaattatacctc 36121742  T
Q  352 tttctcatttgaatcctccaaaatccaccataaagtaaaccacaaaaactaagaatgattccaaaagctactagtgcttgtctaacattgtcatcatcaa 451  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || | |||  ||||||  ||||  || |||  | |||||||   ||| |||||| ||||||| ||||    
T  36121743 tttctcatttggatcctccaaaaaccaccatagagcataccgaaaaaacatagaacaatcccagcacctactagacattgcctaacagtgtcatcctcaa 36121842  T
Q  452 ttctaacagaagccaatacaaatatccaaaagggagccatacaaaacagcataaatgtagctatatgaacatacatgttcccaaaaccaagtctctccat 551  Q
    |  |||||| |||||| |  || ||||||||||| |||||||| || |||||||| || || || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  36121843 tattaacagcagccaagatgaaaatccaaaagggggccatacagaaaagcataaaagtggcaatgtgaacatacatgtttccaaagccaagtctctccat 36121942  T
Q  552 gttccaaccaaacacacaaaaactgcagaaaagtgagagatatgataatgatagatcattccaaatgtcaagtattcctccactccatttcggtctattt 651  Q
     |||||||||||  |||||||| | ||||||||||| | ||||| |   || | ||| | |||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  36121943 attccaaccaaatgcacaaaaagtacagaaaagtgataaatatgcttgagagatatcgtcccaaatgtcaagtattccaccactccactttggtctattt 36122042  T
Q  652 tc 653  Q
    ||    
T  36122043 tc 36122044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University