View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17074_high_2 (Length: 535)

Name: NF17074_high_2
Description: NF17074
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17074_high_2
NF17074_high_2
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (18-524)||(1355174-1355680)
chr2 (18-423)||(1362060-1362465)
chr2 (18-355)||(20492845-20493182)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (18-396)||(29954710-29955088)
chr4 (42-401)||(51369360-51369719)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-404)||(11532023-11532409)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (18-396)||(12846688-12847066)
chr6 (18-355)||(14622791-14623128)
chr6 (18-355)||(14589133-14589470)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 475; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 524
Target Start/End: Original strand, 1355174 - 1355680
Alignment:
Q  18 tggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgaaaaggttcatt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1355174 tggaagacatgggcacctcagcttaagatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcattgtggttctggttctgttattgaaaaggttcatt 1355273  T
Q  118 ttggccatgtccttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtga 217  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  1355274 ttggccatgttcttgtgacactgccttatttgcttgaccagtgtttgttttcaagggcattggtggaaaaggaagtggctgttgaagtaccaaggagtga 1355373  T
Q  218 ggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttg 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1355374 ggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgctaaagagttg 1355473  T
Q  318 gggaaggttttcagttcaaaagatattcacaatcaatatattgatgactttattgctgctctttacaagtatagggttccttccaattccaacaactaag 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1355474 gggaaggttttcagttcaaaagatattcacaatcaatatattgatgactttattgctgctctttacaagtatagggttccttccaattccaacaactaag 1355573  T
Q  418 tagactagtaattttgtatcatgtgtttcccttcttctcataatcaatatatttattgtgatttttgttttgcaataaaaggttttattttagtttcctt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1355574 tagactagtaattttgtatcatgtgtttcccttcttctcataatcaatatatttattgtgatttttgttttgcaataaaaggttttattttagtttcctt 1355673  T
Q  518 catctca 524  Q
    | |||||    
T  1355674 cttctca 1355680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 423
Target Start/End: Original strand, 1362060 - 1362465
Alignment:
Q  18 tggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgaaaaggttcatt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1362060 tggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttcatt 1362159  T
Q  118 ttggccatgtccttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtga 217  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1362160 tcggccatgttcttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtga 1362259  T
Q  218 ggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttg 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1362260 ggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgctaaagagttg 1362359  T
Q  318 gggaaggttttcagttcaaaagatattcacaatcaatatattgatgactttattgctgctctttacaagtatagggttccttccaattccaacaactaag 417  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |    
T  1362360 gggaaagttttcagttcaaaagatattcataatcaatatattgatgatctcattgctgctctttacaagtataggaatccttccaattccaacaactagg 1362459  T
Q  418 tagact 423  Q
    ||||||    
T  1362460 tagact 1362465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 355
Target Start/End: Original strand, 20492845 - 20493182
Alignment:
Q  18 tggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgaaaaggttcatt 117  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||| ||||||    
T  20492845 tggaaaacatgggcaccacagctaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagcttcatt 20492944  T
Q  118 ttggccatgtccttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtga 217  Q
    |||| ||||| ||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||||| | | | |  |||| |  | ||||| ||||||||||||||| |||    
T  20492945 ttgggcatgtacttgtgacattgccttatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactagaagaaaggaaattggctattgaggtaccaaggaatga 20493044  T
Q  218 ggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttg 317  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||| | ||  |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |  || || ||||| |||||  ||    
T  20493045 gcaagatgggtcctttactagggactctatagccaaaacattgaggttggcaatagtggatgaggaaggaagtatctatagaaaaaatgccaaagatatg 20493144  T
Q  318 gggaaggttttcagttcaaaagatattcacaatcaata 355  Q
    || ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||    
T  20493145 ggaaagattttcggttcaaaagatcttcacaatgaata 20493182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 160; Significance: 5e-85; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Original strand, 29954710 - 29955088
Alignment:
Q  18 tggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgaaaaggttcatt 117  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||| ||||||    
T  29954710 tggaaaacatgggcacctcaacttaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagcttcatt 29954809  T
Q  118 ttggccatgtccttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtga 217  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| | |  ||||||   |||||  |||||||||||||||||||    
T  29954810 ttgggcatgtccttgtgacattgccttatttacctgaccaatgtttgttttcaagagcactagaagaaaagaaggtggcaattgaggtaccaaggagtga 29954909  T
Q  218 ggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagta-gtttcaggaacaatgcaaaagagtt 316  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||  | || ||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || || |||| ||||| |||||  |    
T  29954910 gcaagatgggtcctttactagggactcgatagcccaaacattgaggttggcaatagtggatgaggaaggaagtatgtatc-ggaataatgccaaagatat 29955008  T
Q  317 ggggaaggttttcagttcaaaagatattcacaatcaatatattgatgactttattgctgctctttacaagtatagggttc 396  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| | ||  | |||||||||||| | |||||||| ||||    
T  29955009 ggaaaaggttttcagttcaaaagatcttcacaatgaatacattaaagatgtcattgctgctcttcaaaagtatagagttc 29955088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 42 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 51369719 - 51369360
Alignment:
Q  42 aaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgaaaaggttcattttggccatgtccttgtgacactgc 141  Q
    |||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    |||| ||  |||| | | ||||| |||| ||||| ||||| ||| |||    
T  51369719 aaaatcttagctcatccatcaattggtggatgtatgagtcactgtggtggaagttcagtcgttgagatgcttcatcttgggcatgttcttgtcacattgc 51369620  T
Q  142 cttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactaggga 241  Q
    ||||| | |||||||| ||||||| | ||||   | | |  ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  51369619 cttatatacttgaccagtgtttgtatgcaagattactagaagaaaagaaagtggctgttgaagtaccaaggagtgagcaagatgggtcctttactaggga 51369520  T
Q  242 ctctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttggggaaggttttcagttcaaaagat 341  Q
    |||||| ||  |  |||||||||||| ||| |||||||||||||| || |  | |||||| ||||| |||||  |||| ||  |||||||||||||||||    
T  51369519 ctctgtagccaaaacattgaggttggtaatagtggatgaggaaggtagcacgtgcaggaaaaatgctaaagatatgggaaaaattttcagttcaaaagat 51369420  T
Q  342 attcacaatcaatatattgatgactttattgctgctctttacaagtatagggttccttcc 401  Q
     ||||||||||||| ||| | || || || ||||||||| | ||| |||| |||| ||||    
T  51369419 cttcacaatcaatacattaaagatttaatcgctgctcttcaaaagcatagagttcattcc 51369360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 159; Significance: 2e-84; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 404
Target Start/End: Original strand, 11532023 - 11532409
Alignment:
Q  18 tggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgaaaaggttcatt 117  Q
    ||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||| ||||||    
T  11532023 tggaaaacatgggcaccacaacttaagatcttagcacatggatcaatcggtggatgtatgagtcactgtggttcaggttcagtcattgagaagcttcatt 11532122  T
Q  118 ttggccatgtccttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtga 217  Q
    |||| ||||  ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| ||||| | | | |  ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  11532123 ttgggcatgctcttgtgacattgccttatttaattgaccaatgtttgttctcaagagtactagaagaaaagaaagtggctattgaggtaccaaggagtga 11532222  T
Q  218 ggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttg 317  Q
    | |||| ||||| |||||||||||||| || ||  |  |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||  | ||| |||||||| |||||  ||    
T  11532223 gaaagacgggtcctttactagggactcagtagccaaaacattgaggttggtaataatggatgaggaaggaagtacgtacagaaacaatgccaaagatatg 11532322  T
Q  318 gggaaggttttcagttcaaaagatattcacaatcaatatattgatgactttattgctgctctttacaagtatagggttccttccaat 404  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||| | |||||||| |||| |||||||    
T  11532323 ggaaaggttttcagttcaaaagatcttcacaatcaatacattgaagattttattgttgctcttcaaaagtatagagttcattccaat 11532409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 135; Significance: 4e-70; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Original strand, 12846688 - 12847066
Alignment:
Q  18 tggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgaaaaggttcatt 117  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| |||||| | |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||| | ||||    
T  12846688 tggaaaacatgggcaccccagcttaagatcttatcccatggagcaattggggggtgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagctccatt 12846787  T
Q  118 ttggccatgtccttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtga 217  Q
    |||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| | | | |  ||||||  ||||||  ||||||| ||||| |||||    
T  12846788 ttggacatgttcttgttacattgccttatttgctagatcaatgtttgttttcaagagaactagctgaaaagaaagtggccattgaggttccaagaagtga 12846887  T
Q  218 ggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttg 317  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||| ||| || |   |||||||||| |||||  ||||||  ||||||| || || ||||||||||||||||||| ||    
T  12846888 ggaggatgggtcctttactagggactttgtagccctaacattgaggttagcaataatggatgccgaaggaattatttacaggaacaatgcaaaagagatg 12846987  T
Q  318 gggaaggttttcagttcaaaagatattcacaatcaatatattgatgactttattgctgctctttacaagtatagggttc 396  Q
    || ||| ||||||||||||||||  |||||||  |||| ||||| || || |||||||||||| | |||||||||||||    
T  12846988 ggcaagattttcagttcaaaagaacttcacaaaaaatacattgaagatttcattgctgctcttcaaaagtatagggttc 12847066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 18 - 355
Target Start/End: Original strand, 14622791 - 14623128
Alignment:
Q  18 tggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgaaaaggttcatt 117  Q
    ||||| || |||||||| ||| |||| |||||| |||||| | ||||| |||| ||||||| ||| |||||| |  |||| || ||||||| | |||||     
T  14622791 tggaaaacttgggcaccccagtttaagatcttaactcatgaatcaattagtggttgtatgactcattgtggtcccagttcagtcattgaaatgcttcatc 14622890  T
Q  118 ttggccatgtccttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtga 217  Q
    |||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| | | | |  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  14622891 ttgggcatgttcttgtgacattgccttatttacttgaccaatgtttgtttgcaagagtactagaagaaaagaaagtggctgttgaggtaccaaggagtga 14622990  T
Q  218 ggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttg 317  Q
    |  ||||||| |  ||| |||||||| ||| ||| |  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||  ||    
T  14622991 gccagatggggccattaatagggactgtgttgctaaaacattgaggttggtaatagtggatgaggaaggaagtatttacaggaacaatgccaaagacatg 14623090  T
Q  318 gggaaggttttcagttcaaaagatattcacaatcaata 355  Q
    || |||||| | |||||||||||| |||||||| ||||    
T  14623091 ggaaaggttgtgagttcaaaagatcttcacaatgaata 14623128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 18 - 355
Target Start/End: Original strand, 14589133 - 14589470
Alignment:
Q  18 tggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgaaaaggttcatt 117  Q
    ||||| || |||| ||| ||| |||| |||||| |||||||| |||||||||| ||||||| ||| |||||| |  |||| ||  |||||| | || ||     
T  14589133 tggaaaacttgggtaccccagtttaagatcttaactcatggatcaattggtggttgtatgactcattgtggtccaagttcagtctttgaaatgctttatc 14589232  T
Q  118 ttggccatgtccttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtga 217  Q
    |||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| | | | |  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  14589233 ttgggcatgttcttgtgacattgccttatttacttgaccaatgtttgtttgcaagagtactagaagaaaagaaagtggctgttgaggtaccaaggagtga 14589332  T
Q  218 ggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttg 317  Q
    |  ||||||| |  ||| |||||||| ||| ||| |  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||  ||    
T  14589333 gccagatggggccattaatagggactgtgttgctaaaacattgaggttggtaatagtggatgaggaaggaagtatttacaggaacaatgccaaagaaatg 14589432  T
Q  318 gggaaggttttcagttcaaaagatattcacaatcaata 355  Q
    || |||||| | |||||||||||| |||||||| ||||    
T  14589433 ggaaaggttgtgagttcaaaagatcttcacaatgaata 14589470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University