View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1707_low_12 (Length: 412)

Name: NF1707_low_12
Description: NF1707
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1707_low_12
NF1707_low_12
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (3-390)||(2807050-2807437)
chr3 (1-368)||(2838566-2838939)
chr3 (3-387)||(2768852-2769239)
chr3 (3-388)||(2758996-2759384)
chr3 (3-387)||(2748781-2749165)
chr3 (2-387)||(5412690-5413057)
chr3 (3-365)||(2818362-2818727)
chr3 (3-388)||(2855778-2856166)
chr3 (3-387)||(2797144-2797531)
chr3 (49-387)||(2790150-2790491)
chr3 (47-104)||(22648533-22648590)
chr3 (286-371)||(30989910-30989995)
chr3 (34-86)||(21945676-21945728)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (3-396)||(6120-6516)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 3 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 2807437 - 2807050
Alignment:
Q  3 acaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgc 102  Q
    ||||||||||| || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||||    
T  2807437 acaatcaaagtgtgttgttaccgtttggctatcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagacctcccattcctaccaccgaaatcaccgtgcgc 2807338  T
Q  103 tcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgatgat 202  Q
    ||| || ||||||||||||||||| || | |||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  2807337 tcagctacaccctccaataaccaaacagacatttcttctcttgggaattcaaatcctacaatttctctttcttcaataaaaagggaagacagtcgaggat 2807238  T
Q  203 cacgccatcttcctttttctgtctctctagtactatagctgcttgatgatcctcgttcatgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttaat 302  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| || | || ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2807237 cacgccatcttccattttctgtctctctagtgctgttgcggcttgatgatccttgttcatgtgaaatttgtaagttatacctctcacttctttccttgat 2807138  T
Q  303 tccacgaagtgacaccttaatgtcctgaatctcagatgctatctgatgacggggaatcaaagttttaattgggcttgcaatcttgtag 390  Q
    ||| ||||  ||||||||||||||  | |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||    
T  2807137 tccgcgaaccgacaccttaatgtctcggatcttagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgaccaggcttgcaatcttgtag 2807050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 368
Target Start/End: Original strand, 2838566 - 2838939
Alignment:
Q  1 taacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838566 taacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgc 2838665  T
Q  101 gctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgatg 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2838666 gctcagctgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagg 2838765  T
Q  201 atcacgccatcttcctttttctgtctctctagtac------tatagctgcttgatgatcctcgttcatgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctt 294  Q
     ||  |||||||||| ||||||| ||||| || ||      |   ||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2838766 gtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttctt 2838865  T
Q  295 tccttaattccacgaagtgacaccttaatgtcctgaatctcagatgctatctgatgacggggaatcaaagtttt 368  Q
    | ||| |||||  ||  || || ||| ||||| |||||||| ||||| || |  ||||||||||||||||||||    
T  2838866 ttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagtttt 2838939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 3 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 2769239 - 2768852
Alignment:
Q  3 acaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgc 102  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2769239 acaatcaaagtttgcagttaccttttggctgtcataaactagtttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgc 2769140  T
Q  103 tcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgatgat 202  Q
    | | ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||| |||    
T  2769139 ttagctgcaccctccaataaccaaccaaataattcttctcttgggccttccaatcctacaatttctgtttcttcaataaagagggaagacatccgaggat 2769040  T
Q  203 cacgccatcttcctttttctgtctctctagtactat---agctgcttgatgatcctcgttcatgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttcctt 299  Q
    |||||||||||||  |||||| ||||| | |||| |    |||| |||| |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  2769039 cacgccatcttccactttctgactctccactactgttcctgctgtttgaggatccttgttcatgtgaagtttgaaagctatacctctcgcttctttcctt 2768940  T
Q  300 aattccacgaagtgacaccttaatgtcctgaatctcagatgctatctgatgacggggaatcaaagttttaattgggcttgcaatcttg 387  Q
     |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  |||| || | |||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  2768939 gattccacgaattgacaacttaatgtcctgaatctctaatgcaattttatgacggggagtcaaagttttgattaggcttgcaatcttg 2768852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 3 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 2759384 - 2758996
Alignment:
Q  3 acaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgc 102  Q
    ||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||     
T  2759384 acaatcaaactgtgttgttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggttttgccgagaccccccattcctaccactgaaatcactgtgcgt 2759285  T
Q  103 tcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgatgat 202  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2759284 tcagctgaaccctccaataaccaaccatatagttcttcttttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgaggat 2759185  T
Q  203 cacgccatcttcctttttctgtctctctagtactatagctgc---ttgatgatcctcgttcatgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttcctt 299  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||   ||| | | |||||   |||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  2759184 cacgccatcttccattttctttctcttcggtagtgttgctgctgtttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctcacgcttctttcctt 2759085  T
Q  300 aattccacgaagtgacaccttaatgtcctgaatctcagatgctatctgatgacggggaatcaaagttttaattgggcttgcaatcttgt 388  Q
     |||||  ||| || || ||| ||||| |||||||| ||||| || |  |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  2759084 gattccgtgaattgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattgggcttgtaatcttgt 2758996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 3 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 2749165 - 2748781
Alignment:
Q  3 acaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgc 102  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||||    
T  2749165 acaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgc 2749066  T
Q  103 tcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgatgat 202  Q
    ||| || |||| ||||||||||||||| | | ||||||| ||||| ||||||  || |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||    
T  2749065 tcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttgggacttcaataccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggat 2748966  T
Q  203 cacgccatcttcctttttctgtctctctagtactatagctgcttgatgatcctcgttcatgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttaat 302  Q
    || ||||| |||| |||||| ||||||   | |||  ||||||||| | |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2748965 catgccattttccattttctctctctcctatgctaatgctgcttgaagttccttgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgat 2748866  T
Q  303 tccacgaagtgacaccttaatgtcctgaatctcagatgctatctgatgacggggaatcaaagttttaattgggcttgcaatcttg 387  Q
    |||||||| ||| |  |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||    
T  2748865 tccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttg 2748781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 2 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 5413057 - 5412690
Alignment:
Q  2 aacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcg 101  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  5413057 aacaatcaaagtgtgctgataccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggccccccattcctaccactgatatgactgtacg 5412958  T
Q  102 ctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgatga 201  Q
     ||  ||||||| ||||||||||||||| | | ||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||||||||  |||||| ||||||||||||||| ||    
T  5412957 ttccgctgcaccatccaataaccaaccagacaattcttcttttggaccttcaattcctacaacttctgtttctgtaatgaatagggaagacagtcgagga 5412858  T
Q  202 tcacgccatcttcctttttctgtctctctagtactatagctgcttgatgatcctcgttcatgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttaa 301  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||| | || | ||||||                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5412857 tctcgccatcttccattttctgtctctctactgctgttgctgct------------------tgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttga 5412776  T
Q  302 ttccacgaagtgacaccttaatgtcctgaatctcagatgctatctgatgacggggaatcaaagttttaattgggcttgcaatcttg 387  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||   |||||||||||||    
T  5412775 ttccacgaattgacaacttaatgtcctgaatctcagatgctatctgatgatggggaatcaaagttttgatcaagcttgcaatcttg 5412690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 3 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 2818727 - 2818362
Alignment:
Q  3 acaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgc 102  Q
    ||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2818727 acaatcaaactgtgttgttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgc 2818628  T
Q  103 tcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgatgat 202  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  2818627 tcggctgcaccctccaataaccaaccatatagttcttctctcgggccttcaaatcctacgatttctgtttcttcaatgaaaagagaagacagtcgaggat 2818528  T
Q  203 cacgccatcttcctttttctgtctctctagtactatagct---gcttgatgatcctcgttcatgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttcctt 299  Q
    ||||||||| |||| | |||| ||||| |   |  | |||   ||  || |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  2818527 cacgccatcctcctgtgtctgactctccacatccgttgctttggcacgaggatccttgttcatgcgaaatttggaagttatacctctcgcttctttcctt 2818428  T
Q  300 aattccacgaagtgacaccttaatgtcctgaatctcagatgctatctgatgacggggaatcaaagt 365  Q
     |||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||||| || | || ||||||| |||||||    
T  2818427 gattccacgaattgacaacttgatgtcctgaatctctgatgcaatttcataacggggagtcaaagt 2818362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 3 - 388
Target Start/End: Original strand, 2855778 - 2856166
Alignment:
Q  3 acaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgc 102  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| || ||| |||||    
T  2855778 acaatcaaagtttgttgttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgc 2855877  T
Q  103 tcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgatgat 202  Q
    |||  |  ||| ||||||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2855878 tcagatataccttccaataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgaggat 2855977  T
Q  203 cacgccatcttcctttttctgtctctctagtactatagct---gcttgatgatcctcgttcatgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttcctt 299  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| | | |  |  ||   |||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  2855978 cacgccatcttccattttctgtctctccactgcggtttctttggcttgaggatccttgctcgtgtgaaatttgaaagttatacctctggcttctttcctt 2856077  T
Q  300 aattccacgaagtgacaccttaatgtcctgaatctcagatgctatctgatgacggggaatcaaagttttaattgggcttgcaatcttgt 388  Q
     |||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||||| || | |||| |||||||||||||||| ||| |||||| || |||||    
T  2856078 gattccacgaattgacaacttgatgtcctgaatctctgatgcaattttatgatggggaatcaaagttttgattcggcttgtaaccttgt 2856166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 3 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 2797531 - 2797144
Alignment:
Q  3 acaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgc 102  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||    
T  2797531 acaatcaaattttgttgttaccttttgactgtcgaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagacctcccattccaaccactgaaatcactgtgcgc 2797432  T
Q  103 tcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgatgat 202  Q
    ||| |||  ||||| | |||||||||| | | |||||| || |||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  2797431 tcagctgtgccctctagtaaccaaccagacaattcttccctcgggccttcaaatccgacaattgcagtttcttcaataaaaagggaagacagtcgaggat 2797332  T
Q  203 cacgccatcttcctttttctgtctctctagtac---tatagctgcttgatgatcctcgttcatgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttcctt 299  Q
    ||| ||||||||  || || ||||||||| | |   | | |||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2797331 cacaccatcttctattatccgtctctctactgctgttgttgctgcttgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttcctt 2797232  T
Q  300 aattccacgaagtgacaccttaatgtcctgaatctcagatgctatctgatgacggggaatcaaagttttaattgggcttgcaatcttg 387  Q
     |||||||||| ||| | |||||||| || |||||||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||| ||| | ||||||||||||    
T  2797231 gattccacgaattgatatcttaatgttcttaatctcagatgctatctggtgaagggaaatcaatgttttgattagacttgcaatcttg 2797144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 49 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 2790491 - 2790150
Alignment:
Q  49 gcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggc 148  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||| |||  |||||||||||||||||| | | |||||| || ||||    
T  2790491 gcaagagtggtttttcctagacctcccattccaaccactgaaatcactgtgcgctcagctgtgccctccaataaccaaccagacaattcttccctcgggc 2790392  T
Q  149 cttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgatgatcacgccatcttcctttttctgtctctctagtactat---agctgct 245  Q
    |||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||||  || || ||||||||| | || |    ||||||    
T  2790391 cttcaaatccgacaattgcagtttcttcaatgaaaagggaagacaaccgaggatcatgccatcttctattgtccgtctctctactgctgttgctgctgct 2790292  T
Q  246 tgatgatcctcgttcatgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttaattccacgaagtgacaccttaatgtcctgaatctcagatgctatc 345  Q
    |||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||  | ||||||||||||||||    
T  2790291 tgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatatcttaatgtttttaatctcagatgctatc 2790192  T
Q  346 tgatgacggggaatcaaagttttaattgggcttgcaatcttg 387  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  2790191 tgatgatggggaatcaaagttttgattaggcttgcaatcttg 2790150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 47 - 104
Target Start/End: Original strand, 22648533 - 22648590
Alignment:
Q  47 tggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctc 104  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| || ||||| ||||||||    
T  22648533 tggcaagagtggtttttcctagccctcccatacctaccacagagatgacagtgcgctc 22648590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 286 - 371
Target Start/End: Original strand, 30989910 - 30989995
Alignment:
Q  286 tcacttctttccttaattccacgaagtgacaccttaatgtcctgaatctcagatgctatctgatgacggggaatcaaagttttaat 371  Q
    |||||||||||||| ||  ||||||  |||  ||||||||| |||||||||||||||||  || |||| || |||| |||||||||    
T  30989910 tcacttctttccttgatctcacgaacagacgacttaatgtcttgaatctcagatgctattcgacgacgagggatcacagttttaat 30989995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 34 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 21945728 - 21945676
Alignment:
Q  34 tcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccac 86  Q
    |||||||||  |||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||    
T  21945728 tcaaaaactttcttggctagagtggtttttccttgccctcccattcctaccac 21945676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 3 - 396
Target Start/End: Original strand, 6120 - 6516
Alignment:
Q  3 acaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgc 102  Q
    ||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| || || ||||||    
T  6120 acaatcaaattgtgttgttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggttttccctatacctcccattcctaccactgaaattacggtgcgc 6219  T
Q  103 tcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgatgat 202  Q
    ||| ||| || |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||| | |||| |||    
T  6220 tcagctggactctccaataaccaaccatataattcctctcttgggccttcgaatcctacaacttcagtttcttcaataaaaagggcagataatcgaggat 6319  T
Q  203 cacgccatcttcctttttctgtctctctagtactatagctg---cttgatgatcctcgttcatgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttcctt 299  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||  || ||   ||||   |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  6320 cacgccatcttccattttctgcctctcctgtgctgctgctgacacttgatgatccaggttcatgtaaaatttgaaagttatacctttcacttctgtcctt 6419  T
Q  300 aattccacgaagtgacaccttaatgtcctgaatctcagatgctatctgatgacggggaatcaaagttttaattgggcttgcaatcttgtaggctaat 396  Q
     |||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||  | | |||||||||||| ||| ||||| |||||||| || |||||    
T  6420 gattccacgaattgacagctttatgtcctgaatctcagatgctatctgatgctgagaaatcaaagttttgattaggcttacaatcttgcagactaat 6516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University