View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1707_low_2 (Length: 610)

Name: NF1707_low_2
Description: NF1707
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1707_low_2
NF1707_low_2
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (1-591)||(2838403-2838993)
chr3 (1-541)||(2759012-2759549)
chr3 (1-541)||(2855613-2856150)
chr3 (1-542)||(2768866-2769404)
chr3 (1-591)||(5412652-5413221)
chr3 (1-539)||(2807070-2807602)
chr3 (1-591)||(2748743-2749330)
chr3 (1-591)||(2818302-2818892)
chr3 (5-591)||(2797106-2797692)
chr3 (212-542)||(2790164-2790491)
chr3 (5-163)||(2790493-2790651)
chr3 (210-267)||(22648533-22648590)
chr3 (197-249)||(21945676-21945728)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (1-591)||(5955-6545)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 587; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 587; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 591
Target Start/End: Original strand, 2838403 - 2838993
Alignment:
Q  1 cctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838403 cctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaat 2838502  T
Q  101 tgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838503 tgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaa 2838602  T
Q  201 aaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838603 aaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcagctgcaccctccaataaccaaccatatatttc 2838702  T
Q  301 ttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838703 ttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactg 2838802  T
Q  401 ctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838803 ctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaa 2838902  T
Q  501 tctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttggagtcatgcataaagatctgcatccaggaggattggccctatg 591  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838903 tctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttggagtcatgcataaagatctgcatccaggaggattggccctatg 2838993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 2759549 - 2759012
Alignment:
Q  1 cctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaat 100  Q
    |||||||||||  ||||||| ||| || |||  ||||||||||  ||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  2759549 cctcttatgttctaggtatttccttacctctgtaatcagtgacctgtcatccattttgtgtaacttctttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaat 2759450  T
Q  101 tgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaa 200  Q
    ||| ||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||  || |||||| | ||||||||| | || ||||||||||||||| ||||    
T  2759449 tgcgccatcatttttatcagtaatcctctcacagtgtatgattgagaaactacgatgcaagcttgacaatcaaactgtgttgttaccttttggctgtcaa 2759350  T
Q  201 aaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  2759349 aaactagcttggcaagagtggttttgccgagaccccccattcctaccactgaaatcactgtgcgttcagctgaaccctccaataaccaaccatatagttc 2759250  T
Q  301 ttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactg 400  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||  |||| | |   |     
T  2759249 ttcttttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccattttctttctcttcgg---ta 2759153  T
Q  401 ctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaa 500  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2759152 gtgttgctgctgtttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctcacgcttctttccttgattccgtgaattgtcagcttgatgtcttgaa 2759053  T
Q  501 tctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgatt 541  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2759052 tctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgatt 2759012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 541
Target Start/End: Original strand, 2855613 - 2856150
Alignment:
Q  1 cctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaat 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||| |  ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2855613 cctcttatgttgcaggtattgccttacttgtataatcagtgactggtcatccattttgtgcaacatcagtggaagagggtcttcagttccccgacaaaat 2855712  T
Q  101 tgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  2855713 tgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgttaccttttggctgtcaa 2855812  T
Q  201 aaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttc 300  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| || ||| ||||||||  |  ||| ||||||||||||||| | | |||    
T  2855813 aaattagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaaccagacaattc 2855912  T
Q  301 ttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactg 400  Q
    |||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||   ||||    
T  2855913 ttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccattttctgtctctcc---actg 2856009  T
Q  401 ctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaa 500  Q
    | ||| ||   ||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  || ||| || ||||||||| ||||    
T  2856010 cggtttctttggcttgaggatccttgctcgtgtgaaatttgaaagttatacctctggcttctttccttgattccacgaattgacaacttgatgtcctgaa 2856109  T
Q  501 tctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgatt 541  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  2856110 tctctgatgcaattttatgatggggaatcaaagttttgatt 2856150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 1 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 2769404 - 2768866
Alignment:
Q  1 cctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaat 100  Q
    |||||||||||| ||||||| ||| || |||   | |||||||  ||||||| ||||||| ||||||| | | ||||| ||||||||| || ||||||||    
T  2769404 cctcttatgttgtaggtatttccttacctctattaccagtgacatgtcatccattttgtgtaacatctttagcagaggttcttcagtttcctgacaaaat 2769305  T
Q  101 tgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaa 200  Q
    ||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||     
T  2769304 tgctccatcatttttatcagtaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgcagttaccttttggctgtcat 2769205  T
Q  201 aaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttc 300  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  2769204 aaactagtttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgcttagctgcaccctccaataaccaaccaaataattc 2769105  T
Q  301 ttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactg 400  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||||| ||  ||||||||||| |||||| ||||||   |||     
T  2769104 ttctcttgggccttccaatcctacaatttctgtttcttcaataaagagggaagacatccgaggatcacgccatcttccactttctgactctcc---acta 2769008  T
Q  401 ctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaa 500  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  || ||| || ||| ||||| ||||    
T  2769007 ctgttcctgctgtttgaggatccttgttcatgtgaagtttgaaagctatacctctcgcttctttccttgattccacgaattgacaacttaatgtcctgaa 2768908  T
Q  501 tctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgatta 542  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  2768907 tctctaatgcaattttatgacggggagtcaaagttttgatta 2768866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 5413221 - 5412652
Alignment:
Q  1 cctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaat 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5413221 cctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataatcagtgaccggtcatccattttgtgtaacatctgcggaagagagtcttcagttccccgacaaaat 5413122  T
Q  101 tgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  5413121 tgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgttacgcaagcacaacaatcaaagtgtgctgataccttttggctttcaa 5413022  T
Q  201 aaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||| ||||||||||||||| | | |||    
T  5413021 aaactagcttggcaagagtggtttttcctaggccccccattcctaccactgatatgactgtacgttccgctgcaccatccaataaccaaccagacaattc 5412922  T
Q  301 ttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactg 400  Q
    |||| |||| ||||||| |||||||| ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| |||||    ||||    
T  5412921 ttcttttggaccttcaattcctacaacttctgtttctgtaatgaatagggaagacagtcgaggatctcgccatcttccattttctgtctctc---tactg 5412825  T
Q  401 ctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaa 500  Q
    ||||||||||                     ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  || ||| || ||| ||||| ||||    
T  5412824 ctgttgctgc---------------------ttgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgacaacttaatgtcctgaa 5412746  T
Q  501 tctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttggagtcatgca---taaagatctgcatccaggaggattggccctatg 591  Q
    |||| ||||| || |  ||| ||||||||||||||||||| || |||| | || ||||   |||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  5412745 tctcagatgctatctgatgatggggaatcaaagttttgatcaagcttgcaatcttgcagactaaagatctgcatccaagaggattgaccctatg 5412652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 1 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 2807602 - 2807070
Alignment:
Q  1 cctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaat 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||  |||| | ||| | | ||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  2807602 cctcttatgttgcaggtattgcctcacttctacaatcagtgatttgtcatccaatttgcgtaacttatttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaat 2807503  T
Q  101 tgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaa 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||  ||||||||||| || ||||||| ||||||| ||||    
T  2807502 tgctccatcatgtttatcatcaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgcgatgcaagcacgacaatcaaagtgtgttgttaccgtttggctatcaa 2807403  T
Q  201 aaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||||||| || ||||||||||||||||| || | |||||    
T  2807402 aaactagcttggcaagagtggtttttcctagacctcccattcctaccaccgaaatcaccgtgcgctcagctacaccctccaataaccaaacagacatttc 2807303  T
Q  301 ttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactg 400  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||| ||   ||    
T  2807302 ttctcttgggaattcaaatcctacaatttctctttcttcaataaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccattttctgtctctctag---tg 2807206  T
Q  401 ctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaa 500  Q
    ||||   ||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||   | || ||| |||||| | |    
T  2807205 ctgt---tgcggcttgatgatccttgttcatgtgaaatttgtaagttatacctctcacttctttccttgattccgcgaaccgacaccttaatgtctcgga 2807109  T
Q  501 tctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttga 539  Q
    |||  ||||| || |  ||||||||||||||||||||||    
T  2807108 tcttagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttga 2807070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 2749330 - 2748743
Alignment:
Q  1 cctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaat 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||| ||||| ||| | |||||| |||    
T  2749330 cctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaat 2749231  T
Q  101 tgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  2749230 tgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaa 2749131  T
Q  201 aaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||||||| || |||| ||||||||||||||| | | |||    
T  2749130 aaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttc 2749031  T
Q  301 ttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactg 400  Q
    |||| ||||| ||||||  || |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||  ||||||           
T  2749030 ttcttttgggacttcaataccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcatgccattttccattttctctctctcc------t 2748937  T
Q  401 ctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaa 500  Q
     || |  |||||||||| | ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  || |||  |  || ||||| ||||    
T  2748936 atgctaatgctgcttgaagttccttgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaa 2748837  T
Q  501 tctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttggagtcatgc---ataaagatctgcatccaggaggattggccctatg 591  Q
    | || ||||| || |  ||||||||||||||||||||||||  ||||| | || |||    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  2748836 tttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttgccgactaaagatccgcatctaggaggattggccctatg 2748743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 2818892 - 2818302
Alignment:
Q  1 cctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaat 100  Q
    |||||||||||  ||||||| ||| || |||  ||||||| ||  ||||||| ||||| | || |||| | ||  ||||||||||| | || || |||||    
T  2818892 cctcttatgttctaggtatttccttacctctataatcagtaacctgtcatccattttgcgtaaaatctctagatcagggtcttcagcttcctgataaaat 2818793  T
Q  101 tgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaa 200  Q
    ||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||  || ||||||   ||||||||| | || ||||||||||||||| ||||    
T  2818792 tgctccatcatttttatcagtaatcctctcacagtgtatgattgagaaactacgatgcaagctcgacaatcaaactgtgttgttaccttttggctgtcaa 2818693  T
Q  201 aaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2818692 aaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgctcggctgcaccctccaataaccaaccatatagttc 2818593  T
Q  301 ttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactg 400  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||| |||  | |||| ||||||   ||      
T  2818592 ttctctcgggccttcaaatcctacgatttctgtttcttcaatgaaaagagaagacagtcgaggatcacgccatcctcctgtgtctgactctcc---acat 2818496  T
Q  401 ctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaa 500  Q
    | ||||||   ||  ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||  || ||| || ||||||||| ||||    
T  2818495 ccgttgctttggcacgaggatccttgttcatgcgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccacgaattgacaacttgatgtcctgaa 2818396  T
Q  501 tctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttggagtcatgcat---aaagatctgcatccaggaggattggccctatg 591  Q
    |||||||||||||||  | ||||||| ||||||| || ||||| |||||| || |||||   |||||||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  2818395 tctctgatgcaatttcataacggggagtcaaagtcttcattaatcttggaatcttgcataccaaagatctgcatcctggagaattggtcctatg 2818302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 5 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 2797692 - 2797106
Alignment:
Q  5 ttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgct 104  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |  ||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||||   |||||||  ||||||| | | |||||||| ||    
T  2797692 ttatgttgcaggtattgcctcacttgtataatcaatgacttgtcatccattttgtgtaacatctgcaaaagagggctttcagtttcgctacaaaattcct 2797593  T
Q  105 ccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaac 204  Q
    |||||||||| ||||| |  || ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||| |||||||||||| || || |||||    
T  2797592 ccatcatgttgatcaatatccccctcacggtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaattttgttgttaccttttgactgtcgaaaac 2797493  T
Q  205 tagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttct 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||| |||  ||||| | |||||||||| | | ||||||     
T  2797492 tagcttggcaagagtggtttttcctagacctcccattccaaccactgaaatcactgtgcgctcagctgtgccctctagtaaccaaccagacaattcttcc 2797393  T
Q  305 cttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactgctgt 404  Q
    || |||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   |||||||| ||| || | |||||    ||||||||    
T  2797392 ctcgggccttcaaatccgacaattgcagtttcttcaataaaaagggaagacagtcgaggatcacaccatcttctattatccgtctctc---tactgctgt 2797296  T
Q  405 tgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaatctc 504  Q
    || |||||||||| |||||| ||   | |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  || |||  | ||| ||||  | ||||||    
T  2797295 tgttgctgcttgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatatcttaatgttcttaatctc 2797196  T
Q  505 tgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttggagtcatgca---taaagatctgcatccaggaggattggccctatg 591  Q
     ||||| || | |||| ||| |||||| ||||||||||  |||| | || ||||   |||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  2797195 agatgctatctggtgaagggaaatcaatgttttgattagacttgcaatcttgcagactaaagatccgcatcccggaggataggccctatg 2797106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 212 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 2790491 - 2790164
Alignment:
Q  212 gcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggc 311  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||| |||  |||||||||||||||||| | | |||||| || ||||    
T  2790491 gcaagagtggtttttcctagacctcccattccaaccactgaaatcactgtgcgctcagctgtgccctccaataaccaaccagacaattcttccctcgggc 2790392  T
Q  312 cttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactgctgttgctgct 411  Q
    |||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||  ||||| || |||||||||| ||| || | |||||    |||||||||||||||    
T  2790391 cttcaaatccgacaattgcagtttcttcaatgaaaagggaagacaaccgaggatcatgccatcttctattgtccgtctctc---tactgctgttgctgct 2790295  T
Q  412 gcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgca 511  Q
    |||||| |||||| ||   | |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  || |||  | ||| |||| || |||||| |||||     
T  2790294 gcttgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatatcttaatgtttttaatctcagatgct 2790195  T
Q  512 attttgtgacggggaatcaaagttttgatta 542  Q
    || |  ||| |||||||||||||||||||||    
T  2790194 atctgatgatggggaatcaaagttttgatta 2790164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 5 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 2790651 - 2790493
Alignment:
Q  5 ttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgct 104  Q
    |||||||  |||||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||   ||||||| |||||||| | | |||||||| ||    
T  2790651 ttatgtttcaggtattgcctcacttgtagaatgagtgacttgtcatccattttgtgtaacatctgcaaaagagggccttcagtttcgctacaaaattcct 2790552  T
Q  105 ccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagca 163  Q
    |||||||||| ||||| |  || ||||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  2790551 ccatcatgttgatcaatatccccctcacggtgaatgattgagaaacggtgatgcaagca 2790493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 210 - 267
Target Start/End: Original strand, 22648533 - 22648590
Alignment:
Q  210 tggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctc 267  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| || ||||| ||||||||    
T  22648533 tggcaagagtggtttttcctagccctcccatacctaccacagagatgacagtgcgctc 22648590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 197 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 21945728 - 21945676
Alignment:
Q  197 tcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccac 249  Q
    |||||||||  |||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||    
T  21945728 tcaaaaactttcttggctagagtggtttttccttgccctcccattcctaccac 21945676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 230; Significance: 1e-126; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 591
Target Start/End: Original strand, 5955 - 6545
Alignment:
Q  1 cctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaat 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| | ||||| ||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5955 cctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataattaatgacttgtcatccattttgtgtaacatttgcggaagagggtcttcagtttcccgacaaaat 6054  T
Q  101 tgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaa 200  Q
    ||||||||||||||||| |  || |||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||  ||||||||| | || ||||||||||||||| ||||    
T  6055 tgctccatcatgtttatgagtaaccctctcacggtgtatgtttgagaaactgcgatgcaagcacgacaatcaaattgtgttgttaccttttggctgtcaa 6154  T
Q  201 aaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| || || ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| |||    
T  6155 aaactagcttggcaagagtggttttccctatacctcccattcctaccactgaaattacggtgcgctcagctggactctccaataaccaaccatataattc 6254  T
Q  301 ttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactg 400  Q
     |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||| | |||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| |   ||    
T  6255 ctctcttgggccttcgaatcctacaacttcagtttcttcaataaaaagggcagataatcgaggatcacgccatcttccattttctgcctctcctg---tg 6351  T
Q  401 ctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaa 500  Q
    ||| |||||   ||||| |||||  |||||| | ||||||||||||||||||| || ||||| | |||||||||  || ||| |||||| ||||| ||||    
T  6352 ctgctgctgacacttgatgatccaggttcatgtaaaatttgaaagttatacctttcacttctgtccttgattccacgaattgacagctttatgtcctgaa 6451  T
Q  501 tctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttggagtcatgca---taaagatctgcatccaggaggattggccctatg 591  Q
    |||| ||||| || |  ||  | | |||||||||||||||||  |||  | || ||||   ||| |||| |||||||||||| |||||||||||    
T  6452 tctcagatgctatctgatgctgagaaatcaaagttttgattaggcttacaatcttgcagactaatgatccgcatccaggagggttggccctatg 6545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University