View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17081_high_13 (Length: 478)

Name: NF17081_high_13
Description: NF17081
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17081_high_13
NF17081_high_13
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-464)||(34763683-34764129)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (18-464)||(29457616-29458062)
chr1 (97-445)||(8320401-8320749)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (38-457)||(25817938-25818357)
chr8 (293-387)||(2308272-2308366)
chr8 (293-387)||(2313466-2313560)
chr8 (38-152)||(25892889-25893003)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (93-445)||(28402152-28402504)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (93-445)||(493159-493511)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (93-445)||(22994217-22994569)
chr2 (174-457)||(29218795-29219078)
chr2 (174-457)||(29332094-29332377)
[»] scaffold1235 (1 HSPs)
scaffold1235 (120-445)||(1634-1959)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (93-445)||(29736757-29737109)
chr5 (69-241)||(18109161-18109333)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 435; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 464
Target Start/End: Original strand, 34763683 - 34764129
Alignment:
Q  18 aatattggcttcctcgacattggcagttttagttcattaaggagggatctaatccaagttatttcagctgccaaatcagctagagctctgtattcggatt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34763683 aatattggcttcctcgacattggcagttttagttcattaaggagggatctaatccaagttatttcagctgccaaatcagctagagctttgtattcggatt 34763782  T
Q  118 cagtgctcgatcttgacacaactttctgtttccttgaggaccaagagattaatgtttcaccaagaaaaacgcaatgtcctcccatggattttctgtcatc 217  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34763783 ccgtgctcgatcttgacacaactttctgtttccttgaggaccaagagattaatgtttcaccaagaaaaacgcaatgtcctcccatggattttctgtcatc 34763882  T
Q  218 tatacttgtagcccaatcagcatctgaaaatccatttatgtctaagtcggtggaaggcttgatatgtagacaatagtttgttgtgccttgtagatatctc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34763883 tatacttgtagcccaatcagcatctgaaaatccatttatgtctaagtcggtggaaggcttgatatgtagacaatagtttgttgtgccttgtagatatctc 34763982  T
Q  318 ataattctctttattccttgccaatgttcagtagtgggcgagctcatatattgacttagtttgttcacagagaatgcaatatctggtcgtgtgttggtga 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34763983 ataattctctttattccttgccaatgttcagtagtgggcgagctcatatattgacttagtttgttcacagagaatgcaatatctggttgtgtgttggtga 34764082  T
Q  418 gatattgcaaggcacctatggcttgtctatacatagttggttctacc 464  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34764083 gatattgcaaggcacctatggcttgtctatacatagttggttctacc 34764129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 431; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 464
Target Start/End: Original strand, 29457616 - 29458062
Alignment:
Q  18 aatattggcttcctcgacattggcagttttagttcattaaggagggatctaatccaagttatttcagctgccaaatcagctagagctctgtattcggatt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29457616 aatattggcttcctcgacattggcagttttagttcattaaggagggatctaatccaagttatttcagctgccaaatcagctagagctatgtattcggatt 29457715  T
Q  118 cagtgctcgatcttgacacaactttctgtttccttgaggaccaagagattaatgtttcaccaagaaaaacgcaatgtcctcccatggattttctgtcatc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29457716 cagtgctcgatcttgacacaactttctgtttccttgaggaccaagagattaatgtttcaccaagaaaaacacaatgtcctcccatggattttctgtcatc 29457815  T
Q  218 tatacttgtagcccaatcagcatctgaaaatccatttatgtctaagtcggtggaaggcttgatatgtagacaatagtttgttgtgccttgtagatatctc 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29457816 tatacttgtagcccaatcagcatctgaaaatccatttatgtctaagtcggtggaaggcttgatatgaagacaatagtttgttgtgccttgtagatatctc 29457915  T
Q  318 ataattctctttattccttgccaatgttcagtagtgggcgagctcatatattgacttagtttgttcacagagaatgcaatatctggtcgtgtgttggtga 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29457916 ataattctctttattccttgccaatgttcagtagtgggcgagctcatatattgacttagtttgttcacagagaatgcaatatctggtagtgtgttggtga 29458015  T
Q  418 gatattgcaaggcacctatggcttgtctatacatagttggttctacc 464  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29458016 gatattgcaaggcacctatggcttgtctatacatagttggttctacc 29458062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 97 - 445
Target Start/End: Original strand, 8320401 - 8320749
Alignment:
Q  97 ctagagctctgtattcggattcagtgctcgatcttgacacaactttctgtttccttgaggaccaagagattaatgtttcaccaagaaaaacgcaatgtcc 196  Q
    |||| |||||||| || || || ||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| || || || || ||    
T  8320401 ctagtgctctgtactctgactctgtgcttgatcttgatactactttttgttttcttgaggaccaagagatgagtgtttcaccaaggaacacacattgacc 8320500  T
Q  197 tcccatggattttctgtcatctatacttgtagcccaatcagcatctgaaaatccatttatgtctaagtcggtggaaggcttgatatgtagacaatagttt 296  Q
      ||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| ||  |||| || ||||| ||||| |||||||| || || ||||| ||     
T  8320501 agccatggattttctgtcatcaatactagtggcccagtctgcatcagaaaaacctgttatatccaagtcagtggatggcttgatgtgcaggcaataattg 8320600  T
Q  297 gttgtgccttgtagatatctcataattctctttattccttgccaatgttcagtagtgggcgagctcatatattgacttagtttgttcacagagaatgcaa 396  Q
     | |||||||| ||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || || ||||| |||||||| ||||| || ||||| || || |    
T  8320601 atggtgccttggagatatctcaagattctttttataccttgccaatggtcagtggtaggtgaactcatgtattgactgagtttattaacagaaaaggcta 8320700  T
Q  397 tatctggtcgtgtgttggtgagatattgcaaggcacctatggcttgtct 445  Q
    | || |||| |||||  || | ||||||||   | ||||||||||||||    
T  8320701 tgtcaggtcttgtgtgagttaaatattgcagccctcctatggcttgtct 8320749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 116; Significance: 8e-59; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 38 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 25818357 - 25817938
Alignment:
Q  38 tggcagttttagttcattaaggagggatctaatccaagttatttcagctgccaaatcagctagagctctgtattcggattcagtgctcgatcttgacaca 137  Q
    ||||||||| |||| ||| || || ||||| | ||| ||||| |||||||||| ||||||||  || || ||||| ||||||||||| || ||||||||     
T  25818357 tggcagtttgagtttatttagaagtgatctgacccatgttatctcagctgccagatcagctaaggccctatattcagattcagtgctagaccttgacact 25818258  T
Q  138 actttctgtttccttgaggaccaagagattaatgtttcaccaagaaaaacgcaatgtcctcccatggattttctgtcatctatacttgtagcccaatcag 237  Q
    ||| | ||||||||||| |||||||| || | |||||||||||| ||||| || |||||| | ||||||||||| ||||| || ||||||||||| || |    
T  25818257 actctttgtttccttgaagaccaagaaatcagtgtttcaccaaggaaaacacattgtcctgctatggattttctatcatcaatgcttgtagcccagtctg 25818158  T
Q  238 catctgaaaatccatttatgtctaagtcggtggaaggcttgatatgtagacaatagtttgttgtgccttgtagatatctcataattctctttattccttg 337  Q
    ||||||| ||||||   || ||||| || || |||||||| ||||| |  ||||||||| |||| ||||||||||| || |  || || ||||||| |||    
T  25818157 catctgagaatccaacaatatctaaatcagtagaaggcttaatatgcaagcaatagtttattgtaccttgtagataccttaggatcctttttattcattg 25818058  T
Q  338 ccaatgttcagtagtgggcgagctcatatattgacttagtttgttcacagagaatgcaatatctggtcgtgtgttggtgagatattgcaaggcacctatg 437  Q
    |||||| ||| | || || |||||||| |||||||| |  ||||| || || || ||||| || || ||||||||||| |||||||| || || |||||     
T  25818057 ccaatgatcaatggttggagagctcatgtattgactcaacttgtttactgaaaaagcaatgtcagggcgtgtgttggttagatattgtaatgctcctata 25817958  T
Q  438 gcttgtctatacatagttgg 457  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  25817957 gcttgtctatacatagttgg 25817938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 293 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 2308366 - 2308272
Alignment:
Q  293 gtttgttgtgccttgtagatatctcataattctctttattccttgccaatgttcagtagtgggcgagctcatatattgacttagtttgttcacag 387  Q
    ||||||||| || || ||||| ||||  |||||||||||||||||||| || || || || || |||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  2308366 gtttgttgtaccatggagatacctcagtattctctttattccttgccagtgatctgtggttggagagctcatgtattgactaagtttgttgacag 2308272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 293 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 2313560 - 2313466
Alignment:
Q  293 gtttgttgtgccttgtagatatctcataattctctttattccttgccaatgttcagtagtgggcgagctcatatattgacttagtttgttcacag 387  Q
    ||||||||| || || ||||| ||||  |||||||||||||||||||| || || || || || |||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  2313560 gtttgttgtaccatggagatacctcagtattctctttattccttgccagtgatctgtggttggagagctcatgtattgactaagtttgttgacag 2313466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 152
Target Start/End: Original strand, 25892889 - 25893003
Alignment:
Q  38 tggcagttttagttcattaaggagggatctaatccaagttatttcagctgccaaatcagctagagctctgtattcggattcagtgctcgatcttgacaca 137  Q
    ||||||||| |||||||| || || ||||| | ||| |||||||||  ||||||||||||||  || || ||||| |||||||||||  | ||||||||     
T  25892889 tggcagtttgagttcatttagaagtgatctgacccatgttatttcaattgccaaatcagctaaggccctatattcagattcagtgctaaaccttgacact 25892988  T
Q  138 actttctgtttcctt 152  Q
    ||| | |||||||||    
T  25892989 actctttgtttcctt 25893003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 85; Significance: 3e-40; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 93 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 28402504 - 28402152
Alignment:
Q  93 tcagctagagctctgtattcggattcagtgctcgatcttgacacaactttctgtttccttgaggaccaagagattaatgtttcaccaagaaaaacgcaat 192  Q
    |||||||| |||||||| || || || ||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| || || || |    
T  28402504 tcagctagtgctctgtactctgactctgtgcttgatcttgatactactttttgttttcttgaggaccaagagatgagtgtttcaccaaggaacacacatt 28402405  T
Q  193 gtcctcccatggattttctgtcatctatacttgtagcccaatcagcatctgaaaatccatttatgtctaagtcggtggaaggcttgatatgtagacaata 292  Q
    | ||  ||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| ||  |||| || ||||| ||||| |||||||| || || |||||    
T  28402404 gaccagccatggattttctgtcatcaatactagtggcccagtctgcatcagaaaaacctgttatatccaagtcagtggatggcttgatgtgcaggcaata 28402305  T
Q  293 gtttgttgtgccttgtagatatctcataattctctttattccttgccaatgttcagtagtgggcgagctcatatattgacttagtttgttcacagagaat 392  Q
     ||  | |||||||| ||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || || ||||| |||||||| ||||| || ||||| ||     
T  28402304 attgatggtgccttggagatatctcaagattctttttataccttgccaatggtcagtggtaggtgaactcatgtattgactgagtttattaacagaaaag 28402205  T
Q  393 gcaatatctggtcgtgtgttggtgagatattgcaaggcacctatggcttgtct 445  Q
    || || || |||| |||||  || | ||||||||   | ||||||||||||||    
T  28402204 gctatgtcaggtcttgtgtgagttaaatattgcagccctcctatggcttgtct 28402152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 81; Significance: 6e-38; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 93 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 493511 - 493159
Alignment:
Q  93 tcagctagagctctgtattcggattcagtgctcgatcttgacacaactttctgtttccttgaggaccaagagattaatgtttcaccaagaaaaacgcaat 192  Q
    |||||||| |||||||| || || || ||||| |||||||| |  ||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| || || || |    
T  493511 tcagctagtgctctgtactctgactctgtgcttgatcttgataatactttttgttttcttgaggaccaagagatgagtgtttcaccaaggaacacacatt 493412  T
Q  193 gtcctcccatggattttctgtcatctatacttgtagcccaatcagcatctgaaaatccatttatgtctaagtcggtggaaggcttgatatgtagacaata 292  Q
    | ||  ||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| ||  |||| || ||||| ||||| |||||||| || || |||||    
T  493411 gaccagccatggattttctgtcatcaatactagtggcccagtctgcatcagaaaaacctgttatatccaagtcagtggatggcttgatgtgcaggcaata 493312  T
Q  293 gtttgttgtgccttgtagatatctcataattctctttattccttgccaatgttcagtagtgggcgagctcatatattgacttagtttgttcacagagaat 392  Q
     ||  | |||||||| ||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || || ||||| |||||||| ||||| || ||||| ||     
T  493311 attgatggtgccttggagatatctcaagattctttttataccttgccaatggtcagtggtaggtgaactcatgtattgactgagtttattaacagaaaag 493212  T
Q  393 gcaatatctggtcgtgtgttggtgagatattgcaaggcacctatggcttgtct 445  Q
    || || || |||| |||||  || | ||||||||   | ||||||||||||||    
T  493211 gctatgtcaggtcttgtgtgagttaaatattgcagccctcctatggcttgtct 493159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 81; Significance: 6e-38; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 93 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 22994569 - 22994217
Alignment:
Q  93 tcagctagagctctgtattcggattcagtgctcgatcttgacacaactttctgtttccttgaggaccaagagattaatgtttcaccaagaaaaacgcaat 192  Q
    |||||||| |||||||| || || || ||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| || || || |    
T  22994569 tcagctagtgctctgtactctgactctgtgcttgatcttgatactactttttgttttcttgaggaccaagagatgagtgtttcaccaaggaacacacatt 22994470  T
Q  193 gtcctcccatggattttctgtcatctatacttgtagcccaatcagcatctgaaaatccatttatgtctaagtcggtggaaggcttgatatgtagacaata 292  Q
    | ||  ||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| ||  |||| || ||||| ||||| |||||||| || |  |||||    
T  22994469 gaccagccatggattttctgtcatcaatactagtggcccagtctgcatcagaaaaacctattatatccaagtcagtggatggcttgatgtgcatgcaata 22994370  T
Q  293 gtttgttgtgccttgtagatatctcataattctctttattccttgccaatgttcagtagtgggcgagctcatatattgacttagtttgttcacagagaat 392  Q
     ||  | |||||||| ||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || || ||||| |||||||| ||||| || ||||| ||     
T  22994369 attgatggtgccttggagatatctcaagattctttttataccttgccaatggtcagtggtaggtgaactcatgtattgactgagtttattaacagaaaag 22994270  T
Q  393 gcaatatctggtcgtgtgttggtgagatattgcaaggcacctatggcttgtct 445  Q
    || || || |||| |||||  || | ||||||||   | ||||||||||||||    
T  22994269 gctatgtcaggtcttgtgtgagttaaatattgcagccctcctatggcttgtct 22994217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 174 - 457
Target Start/End: Original strand, 29218795 - 29219078
Alignment:
Q  174 tcaccaagaaaaacgcaatgtcctcccatggattttctgtcatctatacttgtagcccaatcagcatctgaaaatccatttatgtctaagtcggtggaag 273  Q
    ||||||||||| || || || ||| ||||||||||||| ||||| | ||| || |||||||| |||||||||||||||  || |||||  || ||||| |    
T  29218795 tcaccaagaaagacacattgacctgccatggattttctatcatcaacactagtggcccaatctgcatctgaaaatccagctaagtctagatcagtggagg 29218894  T
Q  274 gcttgatatgtagacaatagtttgttgtgccttgtagatatctcataattctctttattccttgccaatgttcagtagtgggcgagctcatatattgact 373  Q
    | ||||| ||||| || | ||   | || ||||| | |||||||| ||| |||||||| || |||||||| ||   |||| | ||| ||||  |||||||    
T  29218895 gtttgatgtgtaggcagtggtgaatggttccttgcaaatatctcaaaatcctctttatgccctgccaatgatctagagtgagagagttcatgaattgact 29218994  T
Q  374 tagtttgttcacagagaatgcaatatctggtcgtgtgttggtgagatattgcaaggcacctatggcttgtctatacatagttgg 457  Q
     ||||||||  |||| |||||||| | ||||| |||||| || |  || ||||| || || |||||||||||| ||| ||||||    
T  29218995 aagtttgttggcagaaaatgcaatgtttggtcttgtgtttgtcaagtactgcaatgccccaatggcttgtctaaacacagttgg 29219078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 174 - 457
Target Start/End: Original strand, 29332094 - 29332377
Alignment:
Q  174 tcaccaagaaaaacgcaatgtcctcccatggattttctgtcatctatacttgtagcccaatcagcatctgaaaatccatttatgtctaagtcggtggaag 273  Q
    ||||||||||| || || || ||| ||||||||||||| ||||| | ||| || |||||||| |||||||||||||||  || |||||  || ||||| |    
T  29332094 tcaccaagaaagacacattgacctgccatggattttctatcatcaacactagtggcccaatctgcatctgaaaatccagctaagtctagatcagtggagg 29332193  T
Q  274 gcttgatatgtagacaatagtttgttgtgccttgtagatatctcataattctctttattccttgccaatgttcagtagtgggcgagctcatatattgact 373  Q
    | ||||| ||||| || | ||   | || ||||| | |||||||| ||| |||||||| || |||||||| ||   |||| | ||| ||||  |||||||    
T  29332194 gtttgatgtgtaggcagtggtgaatggttccttgcaaatatctcaaaatcctctttatgccctgccaatgatctagagtgagagagttcatgaattgact 29332293  T
Q  374 tagtttgttcacagagaatgcaatatctggtcgtgtgttggtgagatattgcaaggcacctatggcttgtctatacatagttgg 457  Q
     ||||||||  |||| |||||||| | ||||| |||||| || |  || ||||| || || |||||||||||| ||| ||||||    
T  29332294 aagtttgttggcagaaaatgcaatgtttggtcttgtgtttgtcaagtactgcaatgccccaatggcttgtctaaacacagttgg 29332377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1235 (Bit Score: 78; Significance: 4e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold1235
Description:

Target: scaffold1235; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 120 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 1959 - 1634
Alignment:
Q  120 gtgctcgatcttgacacaactttctgtttccttgaggaccaagagattaatgtttcaccaagaaaaacgcaatgtcctcccatggattttctgtcatcta 219  Q
    ||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| || || || || ||  ||||||||||||||||||| |    
T  1959 gtgcttgatcttgatactactttttgttttcttgaggaccaagagatgagtgtttcaccaaggaacacacattgaccagccatggattttctgtcatcaa 1860  T
Q  220 tacttgtagcccaatcagcatctgaaaatccatttatgtctaagtcggtggaaggcttgatatgtagacaatagtttgttgtgccttgtagatatctcat 319  Q
    |||| || ||||| || ||||| ||||| ||  |||| || ||||| ||||| |||||||| || || ||||| ||  | |||||||| ||||||||||     
T  1859 tactagtggcccagtctgcatcagaaaaacctgttatatccaagtcagtggatggcttgatgtgcaggcaataattgatggtgccttggagatatctcaa 1760  T
Q  320 aattctctttattccttgccaatgttcagtagtgggcgagctcatatattgacttagtttgttcacagagaatgcaatatctggtcgtgtgttggtgaga 419  Q
     ||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || || ||||| |||||||| ||||| || ||||| || || || || |||| |||||  || | |    
T  1759 gattctttttataccttgccaatggtcagtggtaggtgaactcatgtattgactgagtttattaacagaaaaggctatgtcaggtcttgtgtgagttaaa 1660  T
Q  420 tattgcaaggcacctatggcttgtct 445  Q
    |||||||   | ||||||||||||||    
T  1659 tattgcagccctcctatggcttgtct 1634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 73; Significance: 4e-33; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 93 - 445
Target Start/End: Original strand, 29736757 - 29737109
Alignment:
Q  93 tcagctagagctctgtattcggattcagtgctcgatcttgacacaactttctgtttccttgaggaccaagagattaatgtttcaccaagaaaaacgcaat 192  Q
    |||||||| |||||||| || || || ||||| |||||| | || ||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| || || || |    
T  29736757 tcagctagtgctctgtactctgactctgtgcttgatcttaatactactttttgttttcttgaggaccaagagatgagtgtttcaccaaggaacacacatt 29736856  T
Q  193 gtcctcccatggattttctgtcatctatacttgtagcccaatcagcatctgaaaatccatttatgtctaagtcggtggaaggcttgatatgtagacaata 292  Q
    | ||  ||||||||||||||||||| ||||| || ||| | || ||||| ||||| ||  |||| || ||||| ||||| |||||||| || || ||||     
T  29736857 gaccagccatggattttctgtcatcaatactagtggcctagtctgcatcagaaaaacctgttatatccaagtcagtggatggcttgatgtgcaggcaatt 29736956  T
Q  293 gtttgttgtgccttgtagatatctcataattctctttattccttgccaatgttcagtagtgggcgagctcatatattgacttagtttgttcacagagaat 392  Q
     ||  | |||||||| ||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || || ||||| |||||||| ||||| || ||||| ||     
T  29736957 attgatggtgccttggagatatctcaagattctttttataccttgccaatggtcagtggtaggtgaactcatgtattgactgagtttattaacagaaaag 29737056  T
Q  393 gcaatatctggtcgtgtgttggtgagatattgcaaggcacctatggcttgtct 445  Q
    || || || |||| |||||  || | ||||||||   | ||||||||||||||    
T  29737057 gctatgtcaggtcttgtgtgagttaaatattgcagccctcctatggcttgtct 29737109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 69 - 241
Target Start/End: Original strand, 18109161 - 18109333
Alignment:
Q  69 atccaagttatttcagctgccaaatcagctagagctctgtattcggattcagtgctcgatcttgacacaactttctgtttccttgaggaccaagagatta 168  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||  || || ||||||||||| |||||||| || ||||| |  || || || ||||||||||| |    
T  18109161 atccaagtgatttctgctgctaaatcagctagtgctcgatactctgattcagtgctagatcttgaaactacttttttctttctagatgaccaagagatga 18109260  T
Q  169 atgtttcaccaagaaaaacgcaatgtcctcccatggattttctgtcatctatacttgtagcccaatcagcatc 241  Q
     ||||||||| |  || || || |||||  | || |||||||| |||||   |||||| ||||||||||||||    
T  18109261 gtgtttcacccaagaatacacattgtccggctattgattttctatcatcatgacttgttgcccaatcagcatc 18109333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University