View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17081_low_1 (Length: 919)

Name: NF17081_low_1
Description: NF17081
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17081_low_1
NF17081_low_1
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (11-919)||(3879505-3880418)
chr1 (459-643)||(3865805-3865991)
chr1 (701-824)||(3865609-3865732)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 840; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 840; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 919
Target Start/End: Complemental strand, 3880418 - 3879505
Alignment:
Q  11 ccaagaaaatcccaggaatgaaaagaaacctaatctctcacagatacaacagccagaaaagttgagacattatcccaaggatcatctaccgctaaacact 110  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3880418 ccaacaaaatcccaggaatgaaaagaaacctaatctctcacagatacaacagccagaaaagttgagacattatcccaaggatcatctaccgctaaacact 3880319  T
Q  111 gatagtaacaactaataatgattcatgcaattatttcaactaaagtcacaaatttcagtaattctttaaactgattttgtgagaataccaagaataccct 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3880318 gatagtaacaactaataatgattcatgcaattatttcaactaaagtcacaaatttcagtagttctttaaactgattttgtgagaataccaagaataccct 3880219  T
Q  211 ttcataaacttcatcaatatgacatacaaaa---gtacatcagtattataaaaatcacacgcaaaacttcaatcaataagttatggtacagctggattag 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3880218 ttcataaacttcatcaatatgacatacaaaaaaagtacatcagtattataaaaatcacaagcaaaacttcaatcaataagttatggtacagctggattag 3880119  T
Q  308 ttgattatataaaaaacaattagaattgtgtaaaagggatcaagagtaggaaaacacttatttgaattgtcagaatatactactatactaacatagctca 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3880118 ttgattatataaaaaacaattagaattgtgtaaaagggatcaagagtaggaaaacacttatttgaattgtcagaatatactactatactaacatagctca 3880019  T
Q  408 tgaataatcaaattttggaaaataaatccagaaattcaaaagaaatatttgttcatgtacctcacaataatccagaactagtgatttcaacataggacat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3880018 tgaataatcaaattttggaaaataaatccagaaattcaaaagaaatatttgttcatgtacctcacaataatccagaactagtgatttcaacataggacat 3879919  T
Q  508 cctccaccatcaccaaaaacaccacatatagaatttgtcaaagattcacactca--gagatccacttattggaaagattggcattgcaatgctaatgaag 605  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3879918 cctccaccatcaccaaaaacatcacatatagaatttgtcaaagattcacactcagagagatccacttcttggaaagattggcattgcaatgctaatgaag 3879819  T
Q  606 ttaagctatcctgtttttgcagtgctaatttctgcatatactctagaatatatgagaatggggaatgaaacaagacataagtataagtgtataacacata 705  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3879818 ttaagctatcctgcttttgcagtgctaatgtctgcatatactctagaatatatgagaatggggaatgaaacaagacataagtataagtgtataacacata 3879719  T
Q  706 cttgaagtgaatttgaagtgatattgatccggtgaagtacagagcagtcagacacttgtatagaagaaagcgatatagccctcaagttcaaatctgctaa 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3879718 cttgaagtgaatttgaagtgatattgatccggtgaagtacagagcagtcagacacttgtatagaagaaagcgatatagccctcaagttcaaatctgctaa 3879619  T
Q  806 tctgcaaaggaaaccattcnnnnnnntaaattaggcgcaacaatagaaaaaaggatttggtattgacttaaacagaaagtgaaaagcaatagagagagac 905  Q
    |||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3879618 tctgcaaaggaaaccattcaaaaaaataaattaggcgcaacaatagaaaaaaggatttggtattgacttaaacagaaagtgaaaagcaatagagagagac 3879519  T
Q  906 ggatcaataataga 919  Q
    ||||||||||||||    
T  3879518 ggatcaataataga 3879505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 459 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 3865991 - 3865805
Alignment:
Q  459 ttcatgtacctcacaataatccagaactagtgatttcaacataggacatcctccaccatcaccaaaaacaccacatatagaatttgtcaaagattcacac 558  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||  |||||||| |||||||||    
T  3865991 ttcatgtacctcacaattatcaagaactagtgatttcaacatgggacatcctccaccgtcactaaaaacatcacatacagtgtttgtcaatgattcacac 3865892  T
Q  559 tcagaga--tccacttattggaaagattggcattgcaatgctaatgaagttaagctatcctgtttttgcagtgctaatttctgcata 643  Q
    |||||||  ||||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3865891 tcagagaggtccacttcttgtaaagattggcattgcagcgctaatgtagttaagctatcctgcttttgcagtgctaatttctgcata 3865805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 701 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 3865732 - 3865609
Alignment:
Q  701 acatacttgaagtgaatttgaagtgatattgatccggtgaagtacagagcagtcagacacttgtatagaagaaagcgatatagccctcaagttcaaatct 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  3865732 acatacttgaagtgaatttgaagtgatattgatccggtggagtacagagcagttagacacttgtatagaagaaagcgatatagctctcaaattcaaatct 3865633  T
Q  801 gctaatctgcaaaggaaaccattc 824  Q
    |||||||||| |||||||||||||    
T  3865632 gctaatctgccaaggaaaccattc 3865609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University