View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17082_low_29 (Length: 339)

Name: NF17082_low_29
Description: NF17082
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17082_low_29
NF17082_low_29
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (18-328)||(11495120-11495430)
chr3 (18-276)||(10079953-10080211)
chr3 (18-276)||(10186923-10187181)
chr3 (18-324)||(2921794-2922103)
chr3 (18-328)||(5968084-5968394)
chr3 (36-322)||(11488884-11489170)
chr3 (18-276)||(3872399-3872648)
chr3 (121-209)||(4132628-4132716)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (26-328)||(16449062-16449364)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-324)||(5990792-5991098)
[»] scaffold0603 (1 HSPs)
scaffold0603 (27-328)||(2363-2664)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (93-323)||(17314110-17314331)
chr1 (121-166)||(13936120-13936165)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (26-226)||(18390331-18390528)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 299; Significance: 1e-168; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 18 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 11495430 - 11495120
Alignment:
Q  18 aaaccttgtttatattgcagtgtggaagtgtgggaagcttcgttcgctacctgaaagaatgaacgctcttactggccttctagaaatggaaattgataat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11495430 aaaccttgtttatattgcagtgtggaagtgtgggaagcttcgttcgctacctgaaagaatgaacgctcttactggccttctagaaatggaaattgataat 11495331  T
Q  118 ctaccaaatcttcaatcttttgtcatagatgattttcctatcagtttacagaaattgagtgttggctctgttggagggattatgtggaatactgagcaaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11495330 ctaccaaatcttcaatcttttgtcatagatgattttcctatcagtttacagaaattgactgttggctatgttggagggattatgtggaatactgagcaaa 11495231  T
Q  218 cttgggaacatctcacttgtctttcagtgttgcgaattaatggcaatgatatggtgaacacactgatggggccacttctacctaaatcgcttgtaacact 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11495230 cttgggaacatctcacttgtctttcagtgttgcgaattaatggcaatgatatggtgaacacactgatggggccacttctacctaaatcgcttgaaacact 11495131  T
Q  318 atgcatctgtg 328  Q
    |||||||||||    
T  11495130 atgcatctgtg 11495120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 18 - 276
Target Start/End: Original strand, 10079953 - 10080211
Alignment:
Q  18 aaaccttgtttatattgcagtgtggaagtgtgggaagcttcgttcgctacctgaaagaatgaacgctcttactggccttctagaaatggaaattgataat 117  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||| || || |||  ||||| || |||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  10079953 aaaccttgtttatattgcattgtggaagtgtgagaagcttcattcactgccagaagcaatgaccgatcttactggccttaaagaaatggaaattgataat 10080052  T
Q  118 ctaccaaatcttcaatcttttgtcatagatgattttcctatcagtttacagaaattgagtgttggctctgttggagggattatgtggaatactgagcaaa 217  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  10080053 ctaccaaatgttcaatcttttgtcatagatgatttgcctagcagtttacaggaactgactgttggctctgttggagggattatgtggaaaactgagccaa 10080152  T
Q  218 cttgggaacatctcacttgtctttcagtgttgcgaattaatggcaatgatatggtgaac 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || |||||||||||||||    
T  10080153 cttgggaacatctcacttgtctttcagtgttgcgaataagcggtaatgatatggtgaac 10080211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 18 - 276
Target Start/End: Original strand, 10186923 - 10187181
Alignment:
Q  18 aaaccttgtttatattgcagtgtggaagtgtgggaagcttcgttcgctacctgaaagaatgaacgctcttactggccttctagaaatggaaattgataat 117  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||| || || |||  ||||| || |||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  10186923 aaaccttgtttatattgcattgtggaagtgtgagaagcttcattcactgccagaagcaatgaccgatcttactggccttaaagaaatggaaattgataat 10187022  T
Q  118 ctaccaaatcttcaatcttttgtcatagatgattttcctatcagtttacagaaattgagtgttggctctgttggagggattatgtggaatactgagcaaa 217  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  10187023 ctaccaaatgttcaatcttttgtcatagatgatttgcctagcagtttacaggaactgactgttggctctgttggagggattatgtggaaaactgagccaa 10187122  T
Q  218 cttgggaacatctcacttgtctttcagtgttgcgaattaatggcaatgatatggtgaac 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || |||||||||||||||    
T  10187123 cttgggaacatctcacttgtctttcagtgttgcgaataagcggtaatgatatggtgaac 10187181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 18 - 324
Target Start/End: Original strand, 2921794 - 2922103
Alignment:
Q  18 aaaccttgtttatattgcagtgtggaagtgtgggaagcttcgttcgctacctgaaagaatgaacgctcttactggccttctagaaatggaaattgataat 117  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||   ||||||| ||| ||||||  | |||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2921794 aaaccttgtttatattgcaatatggaagtgtaataagcttcattcactaccttcaggaatgaacactctaactggccttcaagaaatggaaattgataat 2921893  T
Q  118 ctaccaaatcttcaatcttttgtcatagatgattttcctatcagtttacagaaattgagtgttggctctgttggagggattatgtgga---atactgagc 214  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||    
T  2921894 ctaccaaatcttaaatattttgtcatagatgatttgcctatcagtttacaggaactgactgttggctctgttggagggattatgtggaagtatactaagc 2921993  T
Q  215 aaacttgggaacatctcacttgtctttcagtgttgcgaattaatggcaatgatatggtgaacacactgatggggccacttctacctaaatcgcttgtaac 314  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| |||||| ||||||||| ||||||| |||| | |||||   ||||||||| |     
T  2921994 caacttggaaacatctcacttgtctttcagtgttgagaataaacggcgatgatacggtgaacacgctgatggtgccattactaccagcatcgcttgtgat 2922093  T
Q  315 actatgcatc 324  Q
     |||||||||    
T  2922094 gctatgcatc 2922103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 18 - 328
Target Start/End: Original strand, 5968084 - 5968394
Alignment:
Q  18 aaaccttgtttatattgcagtgtggaagtgtgggaagcttcgttcgctacctgaaagaatgaacgctcttactggccttctagaaatggaaattgataat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| |||||||||  ||||| | |||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5968084 aaaccttgtttatattgcagtgtggaagtgtgaaaagcttagttcactacctgaagcaatgagctctctaactggccttcaagaaatggaaattgataat 5968183  T
Q  118 ctaccaaatcttcaatcttttgtcatagatgattttcctatcagtttacagaaattgagtgttggctctgttggagggattatgtggaatactgagcaaa 217  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||| ||    
T  5968184 cttccgaatcttcaatcttttgtcatagatgatttgcctatcagtttacaggaactgactgttggttctgttggagggattatttggaagaatgagccaa 5968283  T
Q  218 cttgggaacatctcacttgtctttcagtgttgcgaattaatggcaatgatatggtgaacacactgatggggccacttctacctaaatcgcttgtaacact 317  Q
    |||||||||||||| | | |||||||||||||||||| ||  | ||||||| ||||||||  |||||||  ||| | |||||   ||||||||| | |||    
T  5968284 cttgggaacatctcccctatctttcagtgttgcgaatcaacagtaatgatacggtgaacaagctgatggttccattgctaccggtatcgcttgtgagact 5968383  T
Q  318 atgcatctgtg 328  Q
    |||||| ||||    
T  5968384 atgcatttgtg 5968394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 36 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 11489170 - 11488884
Alignment:
Q  36 agtgtggaagtgtgggaagcttcgttcgctacctgaaagaatgaacgctcttactggccttctagaaatggaaattgataatctaccaaatcttcaatct 135  Q
    |||||||||||||  ||||||||  || ||||| |||  ||||||| || | |||| |||||  ||||||||||||||| |||| || ||||||||||||    
T  11489170 agtgtggaagtgtcagaagcttcagtcactaccagaagcaatgaacactttaactgaccttcaggaaatggaaattgatgatctgccgaatcttcaatct 11489071  T
Q  136 tttgtcatagatgattttcctatcagtttacagaaattgagtgttggctctgttggagggattatgtggaatactgagcaaacttgggaacatctcactt 235  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| | | || ||| ||||||||| || |  || ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11489070 tttgtcatagatgatttgcctatgagtttgcgggaactgactgttggctcggtagagggtattttgtggaatactgagccaacttgggaacatctcactt 11488971  T
Q  236 gtctttcagtgttgcgaattaatggcaatgatatggtgaacacactgatggggccacttctacctaaatcgcttgtaacactatgca 322  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| || ||| ||||||  ||||||||| ||||||||||    
T  11488970 gtctttctgtgttgcgaattaatggcaatgctatggtgaacacgctgatggtgcaactgctacctgcatcgcttgttacactatgca 11488884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 18 - 276
Target Start/End: Original strand, 3872399 - 3872648
Alignment:
Q  18 aaaccttgtttatattgcagtgtggaagtgtgggaagcttcgttcgctacctgaaagaatgaacgctctta--ctggccttctagaaatggaaattgata 115  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||  ||| || || |||  |||||||  ||| |  || |||||| ||||||||||||| |||    
T  3872399 aaaccttgtttatattgcattgtggaagtgtgaaaagctttattcactgccagaagcaatgaacagtctaaagctagccttcaagaaatggaaattaata 3872498  T
Q  116 atctaccaaatcttcaatcttttgtcatagatgattttcctatcagtttacagaaattgagtgttggctctgttggagggattatgtggaatactgagca 215  Q
    |||||||||||||||            |||||||||| |||| |||||||||  |  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3872499 atctaccaaatcttcg-----------tagatgatttgcctagcagtttacatgagctgactgttggctctgttggagggattatgtggaatactgagca 3872587  T
Q  216 aacttgggaacatctcacttgtctttcagtgttgcgaattaatggcaatgatatggtgaac 276  Q
    || ||||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||| || ||||||| |||||||    
T  3872588 aaattgggaacaactcacttgtctttttgtgttgcaaattaacggtaatgatacggtgaac 3872648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 121 - 209
Target Start/End: Original strand, 4132628 - 4132716
Alignment:
Q  121 ccaaatcttcaatcttttgtcatagatgattttcctatcagtttacagaaattgagtgttggctctgttggagggattatgtggaatac 209  Q
    |||||||| ||||| |||  |||| |||||||||||||||| |||| | || |||||||||||  |||||||||| || ||||||||||    
T  4132628 ccaaatctgcaatcgttttccatacatgattttcctatcagcttacgggaactgagtgttggcaatgttggaggggttttgtggaatac 4132716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 155; Significance: 3e-82; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 26 - 328
Target Start/End: Original strand, 16449062 - 16449364
Alignment:
Q  26 tttatattgcagtgtggaagtgtgggaagcttcgttcgctacctgaaagaatgaacgctcttactggccttctagaaatggaaattgataatctaccaaa 125  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| || || |||  ||||||| |||| ||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16449062 tttatattgcagtgtggcagtgtgagaagcttcattcactgccagaaccaatgaacactctaaccaaccttcaagaaatggaaattgataatctaccaaa 16449161  T
Q  126 tcttcaatcttttgtcatagatgattttcctatcagtttacagaaattgagtgttggctctgttggagggattatgtggaatactgagcaaacttgggaa 225  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||||||||| || | | ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  16449162 tcttcaatctttaatcatagatgatttgcctgtcagtttacaggaacttactgttggctctgttggagtgattatgtggaatacggagccaacttgggaa 16449261  T
Q  226 catctcacttgtctttcagtgttgcgaattaatggcaatgatatggtgaacacactgatggggccacttctacctaaatcgcttgtaacactatgcatct 325  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||| |||||||||||||||  |||||||  ||||||| | |||||||||||||    
T  16449262 catctgacttgtctttcagtgttgcgaattaatggtgctgatacggtgaagacactgatggggccatctctacctgcatcgcttctgacactatgcatct 16449361  T
Q  326 gtg 328  Q
    |||    
T  16449362 gtg 16449364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 135; Significance: 3e-70; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 324
Target Start/End: Original strand, 5990792 - 5991098
Alignment:
Q  18 aaaccttgtttatattgcagtgtggaagtgtgggaagcttcgttcgctacctgaaagaatgaacgctcttactggccttctagaaatggaaattgataat 117  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||| |||  |||||||  ||| | |||||||| |||| | ||||||||||||    
T  5990792 aaacctcgtttatattgcagtctggaagtgtgagaagcttcattcactaccagaagcaatgaacagtctaaatggccttcaagaacttgaaattgataat 5990891  T
Q  118 ctaccaaatcttcaatcttttgtcatagatgattttcctatcagtttacagaaattgagtgttggctctgttggagggattatgtggaatactgagcaaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || | ||||||||   || | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||    
T  5990892 ctaccaaatcttcaatcttttgccatagatgatttaccaagcagtttacgtgaacttactgtcggctctgttggagggattatgtggaataccgacacaa 5990991  T
Q  218 cttgggaacatctcacttgtctttcagtgttgcgaattaatggcaatgatatggtgaacacactgatggggccacttctacctaaatcgcttgtaacact 317  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||   ||||| |||||| || |||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  5990992 cttgggagcatctcacttgtctttcagtgttgcgaatcaacggtgctgatacggtgaaaaccctgatgcggccattgctacctaaatcacttgtaacact 5991091  T
Q  318 atgcatc 324  Q
    |||||||    
T  5991092 atgcatc 5991098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0603 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 1)
Name: scaffold0603
Description:

Target: scaffold0603; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 27 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 2664 - 2363
Alignment:
Q  27 ttatattgcagtgtggaagtgtgggaagcttcgttcgctacctgaaagaatgaacgctcttactggccttctagaaatggaaattgataatctaccaaat 126  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||| ||||| ||||| | |  ||||||| |||| ||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  2664 ttatattgcagtgtggcagtgtgagaagctccgttcactaccagcagcaatgaacactctaactggtcttcatgaaatggaaattgatagtctaccaaat 2565  T
Q  127 cttcaatcttttgtcatagatgattttcctatcagtttacagaaattgagtgttggctctgttggagggattatgtggaatactgagcaaacttgggaac 226  Q
    |||||||  ||||  ||||||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||| |||||  |||| ||||||||||| ||| |||||||||||    
T  2564 cttcaatactttgatatagatgatttgcctttcagtttacgggaattgactgttggctctcttggatcgattttgtggaatactaagccaacttgggaac 2465  T
Q  227 atctcacttgtctttcagtgttgcgaattaatggcaatgatatggtgaacacactgatggggccacttctacctaaatcgcttgtaacactatgcatctg 326  Q
     ||||| |||||| |||||| |||||||||| ||   |||||||||| || |  | |||| |||| | ||||||  ||| || || ||||||||||||||    
T  2464 gtctcaattgtctgtcagtgctgcgaattaagggtggtgatatggtggactcgttcatggtgccaatgctacctgcatctctcgtgacactatgcatctg 2365  T
Q  327 tg 328  Q
    ||    
T  2364 tg 2363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 93 - 323
Target Start/End: Original strand, 17314110 - 17314331
Alignment:
Q  93 ccttctagaaatggaaattgataatctaccaaatcttcaatcttttgtcatagatgattttcctatcagtttacagaaattgagtgttggctctgttgga 192  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||   | || ||| |||||||  |||||||    
T  17314110 ccttcaagaaatggaaattgatgatctaccaaatcttcaatcatttgtcatagatgatttgcctttcagtttgtgggaactgactgttggccatgttgga 17314209  T
Q  193 gggattatgtggaatactgagcaaacttgggaacatctcacttgtctttcagtgttgcgaattaatggcaatgatatggtgaacacactgatggggccac 292  Q
    |  ||| ||  |||||||         |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| ||||||| |||||    
T  17314210 gctattttgcagaatact---------tgggaacatctcacctgtctttcagtgttgcgaattaatggaaataatacggtgaacacgctgatggtgccac 17314300  T
Q  293 ttctacctaaatcgcttgtaacactatgcat 323  Q
    | ||||||  ||||||||| |||||||||||    
T  17314301 tgctacctgcatcgcttgttacactatgcat 17314331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 121 - 166
Target Start/End: Original strand, 13936120 - 13936165
Alignment:
Q  121 ccaaatcttcaatcttttgtcatagatgattttcctatcagtttac 166  Q
    |||||||| |||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  13936120 ccaaatctgcaatattttgccatagatgatttgcctatcagtttac 13936165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 26 - 226
Target Start/End: Original strand, 18390331 - 18390528
Alignment:
Q  26 tttatattgcagtgtggaagtgtgggaagcttcgttcgctacctgaaagaatgaacgctcttactggccttctagaaatggaaattgataatctaccaaa 125  Q
    ||||||||||| |||||||||||  |||||||| ||| |||||| ||     | || |||| |||||||||| || |||||||||||||||||| |||||    
T  18390331 tttatattgcattgtggaagtgtcagaagcttcattcactacctaaacc---ggacactctaactggccttcaagtaatggaaattgataatcttccaaa 18390427  T
Q  126 tcttcaatcttttgtcatagatgattttcctatcagtttacagaaattgagtgttggctctgttggagggattatgtggaatactgagcaaacttgggaa 225  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||| | | || ||| | ||||||||||||||||| || ||||||||||||| | ||||||||||    
T  18390428 tcttcaatcttttgtcataaatgatttgcctactagtttgcgggaactgactattggctctgttggagggtttttgtggaatactgatccaacttgggaa 18390527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University