View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17083_high_1 (Length: 995)

Name: NF17083_high_1
Description: NF17083
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17083_high_1
NF17083_high_1
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (11-980)||(49682741-49683707)
chr1 (14-979)||(49710350-49711316)
chr1 (11-974)||(49687643-49688600)
chr1 (59-914)||(49714037-49714891)
chr1 (345-979)||(49215347-49215971)
chr1 (14-313)||(49215045-49215347)
chr1 (333-655)||(49728511-49728823)
chr1 (350-904)||(49725106-49725657)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (350-507)||(31224434-31224591)
chr6 (360-499)||(31189566-31189705)
chr6 (350-499)||(31145508-31145657)
chr6 (350-499)||(31171821-31171970)
chr6 (350-499)||(31201373-31201522)
chr6 (350-471)||(31214165-31214286)
chr6 (556-627)||(31145380-31145451)
chr6 (556-627)||(31171693-31171764)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (443-510)||(31608405-31608472)
chr7 (437-510)||(31618415-31618488)
chr7 (437-514)||(33305159-33305236)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 892; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 892; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 980
Target Start/End: Original strand, 49682741 - 49683707
Alignment:
Q  11 aagaaaataacaaactcttgtagaaacaaactaggccaaggagggttcggaagtgtatacaaagggagattacatgatgagcgtgttgttgctgtgaagg 110  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  49682741 aagaaaataacaaactcttttagaaacaaattaggccaaggagggttcggaagtgtatacaaagggaggttacgtgatgagcgtgttgttgctgtgaagg 49682840  T
Q  111 ttttaagtgaatcaaaaggcgacggggatgatttcattaacgaagttgcgagtatcagtagaacttcgcatgtcaacgttgttagacttttggggttctg 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  49682841 ttttaagtgaatcaaaaggcgacggggatgatttcattaatgaagttgcgagtatcaatagaacttcgcatgtcaacgttcttagacttttggggttctg 49682940  T
Q  211 tttggatggttctaaaaaggcactaatatacgaattcatgcttaatggatctcttgagaagttcatatacgagaaaaatccattgaaggatgatggccaa 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49682941 tttggatggttctaaaaaggcactaatatacgaattcatgcttaatggatctcttgagaagttcatatacgagaaaaatccattgaaggatgatggccaa 49683040  T
Q  311 ttgaaatgcaaaatgttgtatgatattgctgttggcgttgctcgtgggttagagtacatgcacagaggctgcaacactagaatcttacattttgacataa 410  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49683041 ttggaatgcaaaatgttgtatgatattgctgttggcgttgctcgtgggttagagtacatgcacagaggctgcaacactagaatcttacattttgacataa 49683140  T
Q  411 aacctcataatatattacttgacgatgatttgtgtccaaaaatttcagattttggacttgctaaaatatgtccaagaaaagaaagcattgtatcaatatt 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49683141 aacctcataatatattacttgacgatgatttgtgtccaaaaatttcagattttggacttgctaaaatatgtccaagaaaagaaagcattgtatcaatatt 49683240  T
Q  511 tggtgcatgggggacaccatgatatattgctccagagctgttctctagacattttggcggggtgtcacataaatcagatgtctacagttatggaatgatg 610  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49683241 tggtgcaagggggacaccaggatatattgctccagagctgttctctagacattttggtggggtgtcacacaaatcagatgtctacagttatggaatgatg 49683340  T
Q  611 gttttagaaatggttggtcgaagaaagaacatcaaagttgaagtggattgttctagcgagttatattttccacattggatctacaagcgtcttgaattga 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49683341 gttttagaaatggttggtcgaagaaagaacatcaaagttgaagtggattgttctagcgagttatattttccacattggatctacaagcgtcttgaattga 49683440  T
Q  711 atcaagatcttggactcaagtgtattaaaaatgaaataattgatgaagaaatggtaagaaagatgacaatggtgagtttatggtgcttacaaaccgaccc 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  49683441 atcaagatcttggactcaagtgtattaaaaatga---aattgatgaagagatggtaagaaagatgacaatggtgagtttatggtgcataccaaccgaccc 49683537  T
Q  811 ttcacatcgaccaacaatgaataaagtggtggaaatgctagaagggagccttcaagtgctagaaataccacccaaaccctttttgtcctctccttcaaga 910  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49683538 ttcacatcgaccagcaatgaataaagtggtggaaatgctagaagggagccttcaagtgctagaaataccacccaaaccctttttgtcctctccttcaaga 49683637  T
Q  911 tctttgatcaatttatcatctgaaacactttaatttgtgtggatattaagttgcaatgtagagtatgtag 980  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49683638 tctttgatcaatttatcatctgaaacactttaatttgtgtggatattaagttgcaatgtagagtatgtag 49683707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 622; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 979
Target Start/End: Original strand, 49710350 - 49711316
Alignment:
Q  14 aaaataacaaactcttgtagaaacaaactaggccaaggagggttcggaagtgtatacaaagggagattacatgatgagcgtgttgttgctgtgaaggttt 113  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  49710350 aaaataactaactcttttagaaacaaattaggacaaggagggtacggaagtgtatacaaagggaagttaaatgatgagcgtattgttgcagtgaaagttt 49710449  T
Q  114 taagtgaatcaaaaggcgacggggatgatttcattaacgaagttgcgagtatcagtagaacttcgcatgtcaacgttgttagacttttggggttctgttt 213  Q
    |||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49710450 taagtgaaccaaaaggcgacggcgaagattttattaatgaagttgcgagtattagtagaacttcgcatgtcaacgttgttagacttttggggttctgttt 49710549  T
Q  214 ggatggttctaaaaaggcactaatatacgaattcatgcttaatggatctcttgagaagttcatatacga---gaaaaatccattgaaggatgatggccaa 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||     
T  49710550 ggatggttctaaaaaggcactaatatacgaattcatgcctaatggatctcttgagaagttcatatacgaagagaaaaatccattgaaggatgatcgccag 49710649  T
Q  311 ttgaaatgcaaaatgttgtatgatattgctgttggcgttgctcgtgggttagagtacatgcacagaggctgcaacactagaatcttacattttgacataa 410  Q
    ||| | |||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  49710650 ttggattgcaaaacattgtatgatattgcagttggggttgctcgtggactagagtacttgcacagaggctgcaacactagaatcttgcattttgacataa 49710749  T
Q  411 aacctcataatatattacttgacgatga-tttgtgtccaaaaatttcagattttggacttgctaaaatatgtccaagaaaagaaagcattgtatcaatat 509  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  49710750 aacctcataatatattactagatgattaatttttgtccaaaaatttcagattttggacttgctaaaatatgtctaagaaaagaaagcattgtatcaatat 49710849  T
Q  510 ttggtgcatgggggacaccatgatatattgctccagagctgttctctagacattttggcggggtgtcacataaatcagatgtctacagttatggaatgat 609  Q
    |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  49710850 ttggtgcaaggggaacaccaggatatattgctccagagttgttctctagaaattttggtggggtgtcacataagtcagatgtctacagttacggaatgat 49710949  T
Q  610 ggttttagaaatggttggtcgaagaaagaacatcaaagttgaagtggattgttctagcgagttatattttccacattggatctacaagcgtcttgaattg 709  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  49710950 ggttttagagatggttggtcgaagaaagaacattaaggttgaagttgattgttctagcgagttatattttccacactggatttacaagcgtcttgaattg 49711049  T
Q  710 aatcaagatcttggactcaagtgtattaaaaatgaaataattgatgaagaaatggtaagaaagatgacaatggtgagtttatggtgcttacaaaccgacc 809  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||   || ||||||||||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  49711050 aatcaggatcttggactcaagagtattaaaaatga---aaatgatgaagaaatggtcagaaaaatgtcagtggtgagtttatggtgcatacaaaccgacc 49711146  T
Q  810 cttcacatcgaccaacaatgaataaagtggtggaaatgctagaagggagccttcaagtgctagaaataccacccaaaccctttttgtcctctccttcaag 909  Q
    |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  49711147 cttctcatcgaccagcaatgcataaagtggtggaaatgctggaagggagtcttcaaatgctggaaataccacccaaaccctttttgtcttctccttcaac 49711246  T
Q  910 atctttgatcaatttatcatctgaaacactttaatttgtgtggatattaagttgcaatgtagagtatgta 979  Q
    ||||   ||| ||||||||||||||| | | | |||| | ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  49711247 atctccaatccatttatcatctgaaatattgtgatttttatggatattaagatgcaatgcagagtatgta 49711316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 561; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 974
Target Start/End: Original strand, 49687643 - 49688600
Alignment:
Q  11 aagaaaataacaaactcttgtagaaacaaactaggccaaggagggttcggaagtgtatacaaagggagattacatgatgagcgtgttgttgctgtgaagg 110  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||  ||||  |||||| ||||| |||| |||||||    
T  49687643 aagaaaataacacactcttttagaaacatattaggccaaggaggcttcggaagtgtataccaagggaagttaccagatgagtgtgttattgcagtgaagg 49687742  T
Q  111 ttttaagtgaatcaaaaggcgacggggatgatttcattaacgaagttgcgagtatcagtagaacttcgcatgtcaacgttgttagacttttggggttctg 210  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||    
T  49687743 ttttaagtgaatcaaaaggtgacggtgaagatttcattaatgaagttgcgagtatcagtagaacttctcatatcaatgttgttaggcttttggggttctg 49687842  T
Q  211 tttggatggttctaaaaaggcactaatatacgaattcatgcttaatggatctcttgagaagttcatatac---gagaaaaatccattgaaggatgatggc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| |     
T  49687843 tttggatggttctaaaaaggcactaatatacgaattcatgtctaatggatatcttgagaagttcatatacgaagagaaaaatccattgaaggatgatcgg 49687942  T
Q  308 caattgaaatgcaaaatgttgtatgatattgctgtt-ggcgttgctcgtgggttagagtacatgcacagaggctgcaacactagaatcttacattttgac 406  Q
    |||||| | |||||||  |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||  | |  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49687943 caattggattgcaaaacattgtataatattgcagttgggcgttgctcgtggactagagtattttcgtagaggctgcaacactagaatcttacattttgac 49688042  T
Q  407 ataaaacctcataatatattacttgacgatgatttgtgtccaaaaatttcagattttggacttgctaaaatatgtccaagaaaagaaagcattgtatcaa 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |    
T  49688043 ataaaacctcataatatattacttgatgagaatttctgcccaaaaaattctgattttggacttgctaaaatatgtctgagaaaagaaagcattgtatcca 49688142  T
Q  507 tatttggtgcatgggggacaccatgatatattgctccagagctgttctctagacattttggcggggtgtcacataaatcagatgtctacagttatggaat 606  Q
    ||||||||||| |||| || ||| |  |||||||||||||| |||||||  || ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  49688143 tatttggtgcaaggggaacgccagg--atattgctccagagttgttctcccgaaattttggtggggtgtcccataaatcagatgtctacagttatggaat 49688240  T
Q  607 gatggttttagaaatggttggtcgaagaaagaacatcaaagttgaagtggattgttctagcgagttatattttccacattggatctacaagcgtcttgaa 706  Q
    ||||||     |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  49688241 gatggt-----aaatggttggtcaaagaaagaacatcaaagttgaagtggattgttctagcgatttatattttccacattggatttacaagcgtcttgaa 49688335  T
Q  707 ttgaatcaagatcttggactcaagtgtattaaaaatgaaataattgatgaagaaatggtaagaaagatgacaatggtgagtttatggtgcttacaaaccg 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   || ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  49688336 ttgaatcaagatcttggactcaagtctattaaaaatga---aaatgatgaagaaatggtaagaaaaatgacagtggtgagtttatggtgcatacaaaccg 49688432  T
Q  807 acccttcacatcgaccaacaatgaataaagtggtggaaatgctagaagggagccttcaagtgctagaaataccacccaaaccctttttgtcctctccttc 906  Q
    | |||||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  49688433 atccttcacaccgacaagcaatgcataaagtggtggaaatgctggaagggagccttgaagtgctggaaataccacccaaaccctttttgtcttctccttc 49688532  T
Q  907 aagatctttgatcaatttatcatctgaaacactttaatttgtgtggatattaagttgcaatgtagagt 974  Q
     | ||||| |||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||    
T  49688533 tacatcttcgatccatttatcatctgaaacattgtaatttgtgtggatataaagttacaatgcagagt 49688600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 502; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 59 - 914
Target Start/End: Original strand, 49714037 - 49714891
Alignment:
Q  59 ggaagtgtatacaaagggagattacatgatgagcgtgttgttgctgtgaaggttttaagtgaatcaaaaggcgacggggatgatttcattaacgaagttg 158  Q
    ||||||||||||||||| |  ||||||||||||  |   ||||| ||||||||||||| |||||| ||||| ||| | || |||||||| ||||||||||    
T  49714037 ggaagtgtatacaaaggtaagttacatgatgagaataccgttgcggtgaaggttttaaatgaatccaaaggtgacagtgaagatttcatcaacgaagttg 49714136  T
Q  159 cgagtatcagtagaacttcgcatgtcaacgttgttagacttttggggttctgtttggatggttctaaaaaggcactaatatacgaattcatgcttaatgg 258  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  49714137 cgagtatcagtagaacttcgcatgtcaacgttgttagacttttggggttctgtttggatggttctaaaaaggcactaatatatgaattcatgcctaatgg 49714236  T
Q  259 atctcttgagaagttcatatacga-gaaaa--atccattgaaggatgatggccaattgaaatgcaaaatgttgtatgatattgctgttggcgttgctcgt 355  Q
    ||| ||||| ||||| ||||| || |||||  ||||||| |  || |||  ||||||| | |||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  49714237 atcccttgaaaagttaatatatgaagaaaagaatccattaacagacgatcaccaattggattgcaaaacattgtatgatattgcagttggtgttgctcgt 49714336  T
Q  356 gggttagagtacatgcacagaggctgcaacactagaatcttacattttgacataaaacctcataatatattacttgacgatgatttgtgtccaaaaattt 455  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||    
T  49714337 gggttagagtacttgcacagaggctgtaacactagaatcttacattttgacattaaacctcataatatattacttgatgaagatttctgtcctaaaattt 49714436  T
Q  456 cagattttggacttgctaaaatatgtccaagaaaagaaagcattgtatcaatatttggtgcatgggggacaccatgatatattgctccagagctgttctc 555  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||  |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  49714437 cagatttcggacttgctaaagtatgtccaagaaaagaaagcattgtatccatatttgttgcg-ggggaacaccaggatatattgctccagagttgttctc 49714535  T
Q  556 tagacattttggcggggtgtcacataaatcagatgtctacagttatggaatgatggttttagaaatggttggtcgaagaaagaacatcaaagttgaagtg 655  Q
     ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||     
T  49714536 cagaaattttgacggggtgtcacataaatcagatgtttatagttatggaatgatggttttagaaatggttggccgaagaaagaacattaaggttgaagtt 49714635  T
Q  656 gattgttctagcgagttatattttccacattggatctacaagcgtcttgaattgaatcaagatcttggactcaagtgtattaaaaatgaaataattgatg 755  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||   ||||||||    
T  49714636 gattgttccagcgagttatattttccacactggatttacaagcgtcttgaattgaatcaggatcttgaactgaggtgtattaaaaatga---aattgatg 49714732  T
Q  756 aagaaatggtaagaaagatgacaatggtgagtttatggtgcttacaaaccgacccttcacatcgaccaacaatgaataaagtggtggaaatgctagaagg 855  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||||||| |||||||||  |||| ||||||||||||||||| | |||||    
T  49714733 aagaaatggtaagaaaaatgacagtggtgagtttatggtgcatacgaactgacccttcgcatcgaccaggaatgcataaagtggtggaaatgttggaagg 49714832  T
Q  856 gagccttcaagtgctagaaataccacccaaaccctttttgtcctctccttcaagatctt 914  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  49714833 gagccttcaagtgctggaaataccacccaaaccctttttgtcgtctccttcaacatctt 49714891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 345 - 979
Target Start/End: Original strand, 49215347 - 49215971
Alignment:
Q  345 gcgttgctcgtgggttagagtacatgcacagaggctgcaacactagaatcttacattttgacataaaacctcataatatattacttgacgatgatttgtg 444  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |  |||||||| ||    
T  49215347 gcgttgctcgtggattagagtacttgcacagaggctgtaacactagaatcttgcattttgacataagacctcataatatattactagctgatgatttttg 49215446  T
Q  445 tccaaaaatttcagattttggacttgctaaaatatgtccaagaaaagaaagcattgtatcaatatttggtgcatgggggacaccatgatatattgctcca 544  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||  ||||||| ||| | || || ||| ||||||||||||||    
T  49215447 tccgaaaatttcagattttggacttgctaaaatatgcccaagaaaagaaagtattgcatccgtatttggcgcaagaggaacgccaggatatattgctcca 49215546  T
Q  545 gagctgttctctagacattttggcggggtgtcacataaatcagatgtctacagttatggaatgatggttttagaaatggttggtcgaagaaagaacatca 644  Q
    ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  49215547 gagttgttctccagacattttggtggggtgtcacataaatcagatgtttatagttatggaatgatggttttagaaatggtttgtcgaagaaagaacatta 49215646  T
Q  645 aagttgaagtggattgttctagcgagttatattttccacattggatctacaagcgtcttgaattgaatcaagatcttggactcaagtgtattaaaaatga 744  Q
    | |||||||| |||||       |||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  49215647 aggttgaagttgattg-------gagtaatattttccacactggatttacaagcgtcttgaattgaatcaggatcttggactcaggtgtattaaaaatga 49215739  T
Q  745 aataattgatgaagaaatggtaagaaagatgacaatggtgagtttatggtgcttacaaaccgacccttcacatcgaccaacaatgaataaagtggtggaa 844  Q
       |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||   |||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  49215740 ---aattgatgaagaaatggtaagaaaaatgacagtggtgagtttatggtgcatacaaacagaccctttgaatcgaccagcaatgcataaagtggtggaa 49215836  T
Q  845 atgctagaagggagccttcaagtgctagaaataccacccaaaccctttttgtcctctccttcaagatctttgatcaatttatcatctgaaacactttaat 944  Q
    ||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    |||||| ||||||||||||   | ||||    
T  49215837 atgttggaagggagccttcaagtgcttgaaataccacccaaaccctttttgtcttctccttcaacatcacctatcaatctatcatctgaaatgttgtaat 49215936  T
Q  945 ttgtgtggatattaagttgcaatgtagagtatgta 979  Q
    ||||||||||||| |  ||||||| ||||||||||    
T  49215937 ttgtgtggatattgaaatgcaatgcagagtatgta 49215971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 169; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 14 - 313
Target Start/End: Original strand, 49215045 - 49215347
Alignment:
Q  14 aaaataacaaactcttgtagaaacaaactaggccaaggagggttcggaagtgtatacaaagggagattacatgatgagcgtgttgttgctgtgaaggttt 113  Q
    ||||| || |||| || |||||||||| |||| || ||||||| |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||    
T  49215045 aaaatgaccaacttttttagaaacaaattaggtcagggagggtacggaggtgtatacaaagggaagttacatgatgagcgtatagttgcagtgaaagttt 49215144  T
Q  114 taagtgaatcaaaaggcgacggggatgatttcattaacgaagttgcgagtatcagtagaacttcgcatgtcaacgttgttagacttttggggttctgttt 213  Q
    ||||||||||||||||||| || || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49215145 taagtgaatcaaaaggcgatggcgaagattttattaatgaagttgcgagtattagtagaacttcacatgtcaacgttgttagacttttggggttctgttt 49215244  T
Q  214 ggatggttctaaaaaggcactaatatacgaattcatgcttaatggatctcttgagaagttcatat---acgagaaaaatccattgaaggatgatggccaa 310  Q
    ||||  ||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  49215245 ggataattctaaaaaggcattaatatatgaattcatgcctaatggatctcttgagaagttcatatatgaagagaaaaatccattgagggatgatcgccaa 49215344  T
Q  311 ttg 313  Q
    |||    
T  49215345 ttg 49215347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 333 - 655
Target Start/End: Original strand, 49728511 - 49728823
Alignment:
Q  333 atattgctgttggcgttgctcgtgggttagagtacatgcacagaggctgcaacactagaatcttacattttgacataaaacctcataatatattacttga 432  Q
    |||||||  ||||||||||||| || ||||||||  |||||| ||| ||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||    
T  49728511 atattgcaattggcgttgctcggggattagagtatctgcacaaaggttgcaatactaaaattttacattttgatataaaacctcataatatattgctaga 49728610  T
Q  433 cgatgatttgtgtccaaaaatttcagattttggacttgctaaaatatgtccaagaaaagaaagcattgtatcaatatttggtgcatgggggacaccatga 532  Q
    ||||||||| ||||| ||  |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||  ||||  |||| |||||  | || ||  || ||    
T  49728611 cgatgatttttgtcctaaggtttcggattttggacttgcaaaagtatgtccaagaaaagaaagtatcatatccttattaggtgctagaggtactgcagga 49728710  T
Q  533 tatattgctccagagctgttctctagacattttggcggggtgtcacataaatcagatgtctacagttatggaatgatggttttagaaatggttggtcgaa 632  Q
    || |||||||||||  ||||||||||| ||||||| || || || || ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||          ||||||    
T  49728711 tacattgctccagaagtgttctctagaaattttggtggcgtctctcacaaatctgatgtatatagttatggaatgatggtttta----------gtcgaa 49728800  T
Q  633 gaaagaacatcaaagttgaagtg 655  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  49728801 gaaagaacatcaaagttgaagtg 49728823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 350 - 904
Target Start/End: Original strand, 49725106 - 49725657
Alignment:
Q  350 gctcgtgggttagagtacatgcacagaggctgcaacactagaatcttacattttgacataaaacctcataatatattacttgacgatgatttgtgtccaa 449  Q
    ||||| ||| |||| ||| |||||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||  |  | || ||  ||||    || |    
T  49725106 gctcgagggctagaatacctgcacaaaggctgcaatactagaattttgcattttgacataaaacctcataacattcttttggatgagaatttcaacccca 49725205  T
Q  450 aaatttcagattttggacttgctaaaatatgtccaagaaaagaaagcattgtatcaatatttggtgcatgggggacaccatgatatattgctccagagct 549  Q
     |||||| |||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||| || |||||||||||||||||  | || ||  || | |||||||| || ||| |    
T  49725206 gaatttcggattttggacttgcaaaaatttgcacaagaaaagaaagtatggtatcaatatttggtgcgagaggaacggcaggctatattgcccccgaggt 49725305  T
Q  550 gttctctagacattttggcggggtgtcacataaatcagatgtctacagttatggaatgatggttttagaaatggttggtcgaagaaagaacatcaaagtt 649  Q
     || |||||  ||||||| |  ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||  | ||||| ||||||||   |    
T  49725306 attttctaggaattttggtgcagtgtcacataagtcagatgtttacagttatggaatgatggtcatggaaatggttgggaggagaaaaaacatcaacact 49725405  T
Q  650 gaagtggattgttctagcgagttatattttccacattggatctacaagcgtcttgaattgaatcaagatcttggactcaagtgtattaaaaatgaaataa 749  Q
    ||||||||  | || || ||  |||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |  ||||| ||||||||  |   |  | | | ||||||   ||    
T  49725406 gaagtggaccgctcgagtgaaatatattttcctcattggatttacaaccgtcttgattcaaatcaggatcttggtttacggaatgtaagaaatga---aa 49725502  T
Q  750 ttgatgaagaaatggtaagaaagatgacaatggtgagtttatggtgcttacaaaccgacccttcacatcgaccaacaatgaataaagtggtggaaatgct 849  Q
    ||||||| |||| ||| |||||||||||||| |||  | |||||||| |||||||| ||||||||  ||||||    || | |||||||||||| |||||    
T  49725503 ttgatgacgaaaaggtgagaaagatgacaatagtggctctatggtgcatacaaaccaacccttcaactcgaccggatataagtaaagtggtggagatgct 49725602  T
Q  850 agaagggagccttcaagtgctagaaataccacccaaaccctttttgtcctctcct 904  Q
    |||||| ||  || |  || |  |||| ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  49725603 agaaggtagagttgagttgttgcaaatgccacctaaaccctttttgtcatctcct 49725657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 46; Significance: 1e-16; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 350 - 507
Target Start/End: Original strand, 31224434 - 31224591
Alignment:
Q  350 gctcgtgggttagagtacatgcacagaggctgcaacactagaatcttacattttgacataaaacctcataatatattacttgacgatgatttgtgtccaa 449  Q
    ||||||||  |||||||| ||||  |||| || | ||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||  |  | || ||| |||| ||||| |    
T  31224434 gctcgtggactagagtacttgcatggaggatgtaccactagaattttacattttgacataaaaccacacaacatccttttagatgataatttatgtccga 31224533  T
Q  450 aaatttcagattttggacttgctaaaatatgtccaagaaaagaaagcattgtatcaat 507  Q
    | |||||||||||||||||||| ||| ||||||  || |||||||||||||| |||||    
T  31224534 agatttcagattttggacttgcaaaactatgtctcaggaaagaaagcattgtttcaat 31224591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 360 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 31189705 - 31189566
Alignment:
Q  360 tagagtacatgcacagaggctgcaacactagaatcttacattttgacataaaacctcataatatattacttgacgatgatttgtgtccaaaaatttcaga 459  Q
    |||||||| |||| ||||| || | ||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||  |  | || ||  |||| |||||||||||||||||    
T  31189705 tagagtacttgcatagaggatgtaccacaagaattttacatttcgacataaaaccacataacattcttttagatgagaatttatgtccaaaaatttcaga 31189606  T
Q  460 ttttggacttgctaaaatatgtccaagaaaagaaagcatt 499  Q
    |||||||||||| ||| | ||||||| |||||| ||||||    
T  31189605 ttttggacttgcaaaactctgtccaaaaaaagagagcatt 31189566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 350 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 31145657 - 31145508
Alignment:
Q  350 gctcgtgggttagagtacatgcacagaggctgcaacactagaatcttacattttgacataaaacctcataatatattacttgacgatgatttgtgtccaa 449  Q
    ||||||||| |||||||| |||| ||||| || | |||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||  |  | || ||  | || |||||||    
T  31145657 gctcgtgggctagagtacttgcatagaggatgtaccactcgaattttacattttgacataaaaccacataacattcttttagatgaaaacttatgtccaa 31145558  T
Q  450 aaatttcagattttggacttgctaaaatatgtccaagaaaagaaagcatt 499  Q
    | |||||||||||||||||||| ||| | ||||||| | |||| ||||||    
T  31145557 agatttcagattttggacttgcaaaactctgtccaaaacaagagagcatt 31145508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 350 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 31171970 - 31171821
Alignment:
Q  350 gctcgtgggttagagtacatgcacagaggctgcaacactagaatcttacattttgacataaaacctcataatatattacttgacgatgatttgtgtccaa 449  Q
    ||||||||| |||||||| |||| ||||| || | |||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||  |  | || ||  | || |||||||    
T  31171970 gctcgtgggctagagtacttgcatagaggatgtaccactcgaattttacattttgacataaaaccacataacattcttttagatgaaaacttatgtccaa 31171871  T
Q  450 aaatttcagattttggacttgctaaaatatgtccaagaaaagaaagcatt 499  Q
    | |||||||||||||||||||| ||| | ||||||| | |||| ||||||    
T  31171870 agatttcagattttggacttgcaaaactctgtccaaaacaagagagcatt 31171821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 350 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 31201522 - 31201373
Alignment:
Q  350 gctcgtgggttagagtacatgcacagaggctgcaacactagaatcttacattttgacataaaacctcataatatattacttgacgatgatttgtgtccaa 449  Q
    ||||||||  |||||||| |||| ||||| || | |||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  |  | || ||  |||| |||||||    
T  31201522 gctcgtggactagagtacttgcatagaggatgtaccactcgaattttacatttcgacataaaaccacataatattcttttagatgagaatttttgtccaa 31201423  T
Q  450 aaatttcagattttggacttgctaaaatatgtccaagaaaagaaagcatt 499  Q
    | |||||||||||||||||||| ||| | |||||||| || || ||||||    
T  31201422 agatttcagattttggacttgcaaaactttgtccaaggaacgagagcatt 31201373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 350 - 471
Target Start/End: Original strand, 31214165 - 31214286
Alignment:
Q  350 gctcgtgggttagagtacatgcacagaggctgcaacactagaatcttacattttgacataaaacctcataatatattacttgacgatgatttgtgtccaa 449  Q
    ||||| ||||| |||||| |||| ||||| ||||  ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||| | || ||  |||| |||||||    
T  31214165 gctcgagggttggagtacctgcatagaggatgcagtactcgaattttacattttgatataaaaccacataatattttattagatgaaaatttttgtccaa 31214264  T
Q  450 aaatttcagattttggacttgc 471  Q
    | || |||||||||||||||||    
T  31214265 agatatcagattttggacttgc 31214286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 556 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 31145451 - 31145380
Alignment:
Q  556 tagacattttggcggggtgtcacataaatcagatgtctacagttatggaatgatggttttagaaatggttgg 627  Q
    |||||||||||| || || ||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||| |  |||||||||||||    
T  31145451 tagacattttggaggagtttcacacaaatctgatgtttatagttatggaatgatgttgctagaaatggttgg 31145380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 556 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 31171764 - 31171693
Alignment:
Q  556 tagacattttggcggggtgtcacataaatcagatgtctacagttatggaatgatggttttagaaatggttgg 627  Q
    |||||||||||| || || ||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||| |  |||||||||||||    
T  31171764 tagacattttggaggagtttcacacaaatctgatgtttatagttatggaatgatgttgctagaaatggttgg 31171693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000009; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 443 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 31608472 - 31608405
Alignment:
Q  443 tgtccaaaaatttcagattttggacttgctaaaatatgtccaagaaaagaaagcattgtatcaatatt 510  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||| || || || ||||| ||||||||    
T  31608472 tgtccaaaaatatctgattttggacttgctaaaatatgtcaaaggaaggacagtattgtgtcaatatt 31608405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 437 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 31618488 - 31618415
Alignment:
Q  437 gatttgtgtccaaaaatttcagattttggacttgctaaaatatgtccaagaaaagaaagcattgtatcaatatt 510  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||| || || || ||||| ||||||||    
T  31618488 gatttttgtccaaaaatctcagattttggactagctaaaatatgccaaaggaaggatagtattgtgtcaatatt 31618415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 437 - 514
Target Start/End: Original strand, 33305159 - 33305236
Alignment:
Q  437 gatttgtgtccaaaaatttcagattttggacttgctaaaatatgtccaagaaaagaaagcattgtatcaatatttggt 514  Q
    ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| ||| || || ||||||||||| ||| |||||    
T  33305159 gatttttgcccaaaaatctcagattttggactagctcaaatatgtcaaaggaaggatagcattgtatccatacttggt 33305236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University