View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17084_low_1 (Length: 766)

Name: NF17084_low_1
Description: NF17084
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17084_low_1
NF17084_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (22-766)||(5138977-5139725)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 683; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 683; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 766
Target Start/End: Original strand, 5138977 - 5139725
Alignment:
Q  22 aagattcgttgacaccagatattaaacttgatatacttacaccttcaataattgttcataaaatatcccctcaaacnnnnnnnctgtttgtaaaatatga 121  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||       |||||||||||||||||    
T  5138977 aagattcgttgacaccaaatattaaacttgatatacttacacctttaataattgttcgtaaaatatcccctcaaacaaaaaaactgtttgtaaaatatga 5139076  T
Q  122 aagtaaccaatgtaaccaacgtagtgaaagctctcattaaccagatcaaatattaaaaaattatacagttttgaaattacttggcactgcatcataatta 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5139077 aagtaaccaatgtaaccaacgtagtgaaagctctcattaactagatcaaatattaaaaaattatacagttttgaaattacttggcactgcatcataatta 5139176  T
Q  222 gtattttatttaaaaatataag----ccactatttcaaaatatacatgttaatgaaagtccaagttatctaaaatcttaggaggatagtataccatgatt 317  Q
    |||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5139177 gtattttatttaaaaatataaaatgtccactatttcaaaatatacatgttaatgaaagtccaagttatctaaaatcttaggaggataatataccatgatt 5139276  T
Q  318 caatggctgaggtaaaagtttaagtataccaattttgatacctaatgcaaagaggtattaataatacactcacacccgtcatccatgttcacagtttact 417  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5139277 caaaggctgaggtaaaagtttaagtataccaattttgatacctaatgcaaagaggtattaataatacactcacacccgtcatccatgttcacagtttact 5139376  T
Q  418 tacattttcctatttcctaataaaaattatgttccaaactcttgaccattctcctcacggctttcattgtcatcgtccatcaactattgacagagtcttc 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5139377 tacattttcctatttcctaataaaaattatgttccaaactcttgaccattctcctcacggctttcattgtcatcgtccatcaactattgacagagtcttc 5139476  T
Q  518 aaggtcacacagaaaacgcagcatcaacttcaaccataatcatatactatttatggattaaatatccctattaatttcataggctgtggatcaaattatc 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5139477 aaggtcacacagaaaacgcagcatcaacttcaaccataatcatatactatttatggattaaatatccctattaatttcataggctgtggatcaaattatc 5139576  T
Q  618 ggaaatgccctcaatgtacctccaaaatcatgccaagtattgacttgaaatggaatcaatggaaaacgaggagacagaccgagtaaactccccctttagt 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5139577 ggaaatgccctcaatgtacctccaaaatcatgccaagtattgacttgaaatggaatcaatggaaaacgaggagacagaccgagtaaactccccctttagt 5139676  T
Q  718 caccctgaaaattcaagtaattgatatgaaggcaaatattggctgagac 766  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5139677 caccctgaaaattcaagtaattgatatgaaggcaaatattggctgagac 5139725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University