View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17087_high_1 (Length: 835)

Name: NF17087_high_1
Description: NF17087
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17087_high_1
NF17087_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (13-820)||(52025655-52026458)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 650; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 650; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 820
Target Start/End: Original strand, 52025655 - 52026458
Alignment:
Q  13 agaatatgatgaggaagttgtatttttgcggatgttccctcattcacttataagtaaatctaaatacatgtgtgtgaaccaaaattttaaaataatgaaa 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  52025655 agaatatgacgaggaagttgtatttttgcggatgttccctcattcacttataagtaaatctaaatacatgtatgtgaaccaaaattttaagataatgaaa 52025754  T
Q  113 gattggaatgcactttaggagaaatttttcagcaagttttttccatgtaacaagttcatggaggctaagcgaaatgttgttgtgttctattatggttcaa 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  52025755 gattggaatgcactttaggagaaatttttcagcaagttctttccatgtaacaagttcatggaggctaagagaattgttgttgtgttctattatggttcaa 52025854  T
Q  213 ctagaccattttgtgaagcatgagagagatacaaggccgtgttgaggagatgtcattactttgggttccaggagctcatttaaatacatatctttcgcac 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  52025855 ctagaccattttgtgaagcatgagagagatacaaggccgtgttgagaagatgtcattactttgggttcgaggagctcatttaaatacatatctttcacac 52025954  T
Q  313 tttttatataacaaactagtggctcaaaagtatgttgagcataagagataaaatagaaaacttagaagagcgtcagtctttgatttatttttgacaaaag 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||   |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  52025955 tttttatataacaaactagtggctcaaaagtatgttgagcattagagataaaatagaaaacttggaag---gtcaatctttgatttatttttgacaaaag 52026051  T
Q  413 gcgtagcaatttttatataaagttgaaatctatctaattcgtgtaaactaaccatgcgagacactagtgtgttttttacttcatgcatactagtatacta 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52026052 gcgtagcaatttttatataaagttgaaatctatctaattcgtgtaaactaaccatgcgagacactagtgtgttttttacttcatgcatactagtatacta 52026151  T
Q  513 tactattcaagacgagattctattttttgttattctcaattcaaacagactagtctctatatttcacaacaagnnnnnnntatgtcatttgtcaagagca 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||       ||||||||||||||||||||    
T  52026152 tactattcaagacgagattctattttttgttattctcaattcaaacagactagtctc--tatttcacaacaagaaaaaaatatgtcatttgtcaagagca 52026249  T
Q  613 tggacccttgggaaatttgcgagggtcaaagtcatggatacctctcatatttgcaccaatcgctcannnnnnnaggtgagaaaacttcctcccgttcaat 712  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||         || |||||||||||||||||||||||    
T  52026250 tggacccttgggaaatttgcgagggtcaaagtcatggatacctctcatatttgcacaaatcgctctttttttttggcgagaaaacttcctcccgttcaat 52026349  T
Q  713 ttcatatccaattgacgaaggtgacaaagtattt-gggttgtctgatatttgctagaggttaatcgagtgcctatccctcacaaatgataaagaatctct 811  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  52026350 ttcatatccaattgaccaagctgacaaagtatttggggttgtctgatatttgctagaggttaaccgagtgcctacccctcacaaatgataaagaatgtct 52026449  T
Q  812 acaactatt 820  Q
    |||||||||    
T  52026450 acaactatt 52026458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University