View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1709-Insertion-12 (Length: 743)

Name: NF1709-Insertion-12
Description: NF1709
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1709-Insertion-12
NF1709-Insertion-12
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (7-739)||(36695398-36696139)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 636; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 636; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 36696139 - 36695398
Alignment:
Q  7 acttgcctaatgagtttactattaaagtagtaaatgtgatgttgcagctgaaggaattgggaaaagaagatccaagaagggtcattcattctttgaaagt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36696139 acttgcctaatgagtttactattaaagtagtaaatgtgatgttgcagctgaaggaattgggaaaagaagatccaagaagggtcattcattctttgaaagt 36696040  T
Q  107 agcatttgctattacattggtttcaacattttactatcttaaacctctctatgatagttttggttcttctgcaatgtgggctgttatgactgttgttgtt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36696039 agcatttgctattacattggtttcaacattttactatcttaaacctctctatgatagttttggttcttctgcaatgtgggctgttatgactgttgttgtt 36695940  T
Q  207 gtctccgaattctctgtaggcaagttttgttccttgtttttcttggttttaatcatgcatatttttggtcattccatatttccatttaagtttagtgtct 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36695939 gtctccgaattctctgtaggcaagttttgttccttgtttttcttggttttaatcatgcatgtttttggtcattccatatttccatttaagtttagtgtct 36695840  T
Q  307 attaagtttttctctagtcttaagttcggtccgtcatattgcatattattttaccacttgttggatcaagactgaactgttcaaatattatatatat--- 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       
T  36695839 attaagtttttctctagtcttaagttcggtccgtcatattgcatattattttgccacttgttggattaagactgaactgttcaaatattatatatatata 36695740  T
Q  404 -----nnnnnnnnnggatggtacgatctcgatcaaacgacctttaatatgttgaatgtgtgagaatttgtgtaattgatgactacatgcaatccaaactt 498  Q
                  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  36695739 taaaaaaaaaaaaaggatggtacgatctcgatctaacgacctttaatatgttgaatgtgtgagaatttgtgtaatcgatgaatacatgcaatccaaactt 36695640  T
Q  499 caaaaatgcatgttagctcttgcttattacatgaatttagcatcaaacaagtacatataatgtggacatgaattttaactggtggttaattaatttgatt 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36695639 caaaaatgcatgttagctcttgcttattacatgaatttagcatcaaacaagtacatataatgtggacatgaattttaactggtggttaattaatttgatt 36695540  T
Q  599 atgtggcatatgcaggagcaacacttggaaa--ggttaaatagaggtttagctacatttttggcaggtgttcttggacttggatcttattacatgggttc 696  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36695539 atgtggcatatgcaggagcaacacttggaaaaggtttaaatagaggtttagcaacatttttggcaggtgttcttggacttggatcttattacat-ggttc 36695441  T
Q  697 attcaatttcaagaggaaatacaacaattgaacctatacttct 739  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36695440 attcaatttcaagaggaaatacaacaattgaacctatacttct 36695398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University