View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1709-Insertion-2 (Length: 890)

Name: NF1709-Insertion-2
Description: NF1709
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1709-Insertion-2
NF1709-Insertion-2
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (421-868)||(55665741-55666194)
chr4 (7-391)||(55665343-55665727)
chr4 (8-363)||(55635252-55635611)
chr4 (137-363)||(55659261-55659487)
chr4 (8-349)||(54861952-54862293)
chr4 (8-363)||(54627034-54627390)
chr4 (421-621)||(54862338-54862538)
chr4 (180-348)||(3671868-3672036)
chr4 (223-363)||(52985800-52985940)
chr4 (421-621)||(54626813-54627013)
chr4 (512-612)||(55635024-55635124)
chr4 (456-605)||(55659559-55659708)
chr4 (506-620)||(51315688-51315802)
chr4 (305-346)||(51315872-51315913)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (154-362)||(13401431-13401639)
chr2 (453-609)||(13401209-13401365)
chr2 (8-100)||(13401702-13401791)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-380)||(9889520-9889890)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (298-357)||(46155284-46155343)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 421 - 868
Target Start/End: Original strand, 55665741 - 55666194
Alignment:
Q  421 ggacaatcccagttctactgtcattacactttagtataaatatacctggtaccgaagatcataactaggtgaactaagtagctcgacaagtattggtact 520  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55665741 ggacaatcccagttctactgtcatgacactttagtataaatatacctggtaccgaagatcataactaggtgaactaagtagctcgacaagtattggtact 55665840  T
Q  521 gccccatgatctactagcaccttaatattctctgaagttccggatgatatgttcgtaactacccaagcagcttcaaactaaacaaacaaagtcatacaaa 620  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55665841 gccccatgatctactagcaccttaatattctctgaagttccggatgatatgttcgtaactacccaagcagcttcaaactaaacaaacaaagtcatacaaa 55665940  T
Q  621 cnnnnnnnnttcaactacaccatacaacataaatttcc-aatggtagacaagtttgaaacaaacccgaagtttaggaaaatcatccctcagtataaattc 719  Q
    |        ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  55665941 caaaaaaaattcaactacaccatacaacataaatttccaaaaggtagacaagtttgaaacaaacccgaagtttaggaaaatcatccctcggtataaattc 55666040  T
Q  720 gag-aatcgagttacaacaaaggattgaatgattttctcgatgggagggttgtgtgtc-aaaggagcttcctaaatttagtagctccttctagttg-ttg 816  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  55666041 gagaaatcgagttacaacaaaggattgaatgattttctcgatgggagggttgtgtgtcaaaagaagcttcctaaatttagtagctccttctagttgtttg 55666140  T
Q  817 ctgttatcatccgaccaga-catagcaacaattggaggaag-ctctctaactgt 868  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  55666141 ctgttatcatccgaccagaccatagcaacaattgcaggaagactctctaactgt 55666194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 391
Target Start/End: Original strand, 55665343 - 55665727
Alignment:
Q  7 atgcccaacatgcatcagtcaggacttcttcatcgtcattggacaaaatcaaacgctcaatagagggcagcgctggcttcacctgtccataaaaaaccta 106  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  55665343 atgcccaacatgcatcactcaggacttcttcatcgtcattggacaaaatcaaacgctcaagagagggcagcgctggcctcacctgtccataaaaaaccta 55665442  T
Q  107 gtattaatacagagacaaatgtcttgcaggttcaattttaatttaacaaaaacaacaactacctgctcaattgggggtggtggcttgcctttgcaaaagc 206  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55665443 gtattaatacacagacaaatgtcttgcaggttcaattttaatttaacaaaaacaacaactacctgctcaattgggggtggtggcttgcctttgcaaaagc 55665542  T
Q  207 ttgacagggtccacgtggcaactctcagcatagaaagctttgcttgcccattcaactgggttaacagcgggatcagtgcaccatgactaaaaacaagatc 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  55665543 ttgacagggtccacgtggcaactctcagcatagaaagctttgcttgctcattcaactgggttaacagcgggatcagcgcaccatgactgaaaacaagatc 55665642  T
Q  307 acggcacctaggggaatcaccggcaatgtttcccaatgcccacacagcctgcaattttaaggttttagttttcaacatagttcaa 391  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55665643 acggcacctaggggaatcaccggcaatgtttcccaatgcccacacagcctgcaattttaaggttttagttttcaacatagttcaa 55665727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 8 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 55635611 - 55635252
Alignment:
Q  8 tgcccaacatgcatcagtcaggacttcttcatcgtcattggacaaaatcaaacgctcaatagagggcagcgctggcttcacctgtccataaaa---aacc 104  Q
    |||||| |||||||| | |||||||||||||||   |||||| |||||||||||||| | || ||| || |||||| |||||||| |||||||   || |    
T  55635611 tgcccagcatgcatctgacaggacttcttcatc---attggaaaaaatcaaacgctcgagagtgggaagtgctggcctcacctgtacataaaaaataatc 55635515  T
Q  105 tagtattaatacagagacaaatg---tcttgcaggttca-attttaatttaacaaaaacaacaactacctgctcaattgggggtggtggcttgcctttgc 200  Q
    ||||||||||||| | | ||| |   ||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||||| ||  |||    
T  55635514 tagtattaatacacaaataaaggtcttcttgcaggtttagtttttaatttaacaaaaacaacaattacctgctcaaataggggttgtggctttcccctgc 55635415  T
Q  201 aaaagcttgacagggtccacgtggcaactctcagcatagaaagctttgcttgcccattcaactgggttaacagcgggatcagtgcaccatgactaaaaac 300  Q
    ||||| |||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| || ||||| ||||||||||| | |||    
T  55635414 aaaagtttgacaaggtccatgtggcaattctcagcatagaaagccttgcttgctcattcaactgggataacagtggaatcagggcaccatgactgagaac 55635315  T
Q  301 aagatcacggcacctaggggaatcaccggcaatgtttcccaatgcccacacagcctgcaattt 363  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  55635314 aagatcacggcaccaaggggactcaccggcaacgtttcccaatgcccacgcagcctacaattt 55635252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 137 - 363
Target Start/End: Original strand, 55659261 - 55659487
Alignment:
Q  137 ttcaattttaatttaacaaaaacaacaactacctgctcaattgggggtggtggcttgcctttgcaaaagcttgacagggtccacgtggcaactctcagca 236  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||||| ||||||||| | |||| |||| ||||||||    
T  55659261 ttcagttttaatttaacaaacacaacaactacctgctcaaatgggggtggtggttttcctctgcaaaagtttgacagggccaacgtagcaattctcagca 55659360  T
Q  237 tagaaagctttgcttgcccattcaactgggttaacagcgggatcagtgcaccatgactaaaaacaagatcacggcacctaggggaatcaccggcaatgtt 336  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||||||||  ||    
T  55659361 tagaaagctttgcttgctcattcaactgggataacagcgggatcaacgcaccatgactgagaacaagatcacgacaactaggggaatcaccggcaacatt 55659460  T
Q  337 tcccaatgcccacacagcctgcaattt 363  Q
    |||||||| |||| |||||| ||||||    
T  55659461 tcccaatgtccacgcagcctacaattt 55659487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 8 - 349
Target Start/End: Original strand, 54861952 - 54862293
Alignment:
Q  8 tgcccaacatgcatcagtcaggacttcttcatcgtcattggacaaaatcaaacgctcaatagagggcagcgctggcttcacctgtccataaaaaacctag 107  Q
    |||||| |||||||| || |||||||||||   ||| ||||| |||| |||| |||  | || ||| ||||||||| ||| |||||||| ||||  ||||    
T  54861952 tgcccaccatgcatcggttaggacttcttc---gtctttggaaaaaaccaaatgcttgagagcgggaagcgctggcctcatctgtccatcaaaattctag 54862048  T
Q  108 tattaatacagagacaaatgtc---ttgcaggttcaattttaatttaacaaaaacaacaactacctgctcaattgggggtggtggcttgcctttgcaaaa 204  Q
    |||||||||| ||| ||| |||   ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||||||    
T  54862049 tattaatacacagataaaggtcgtcttgtaggttcagttttaatttaataaaaacaacaattacctgctcaagtgggggttgtggcttgcccctgcaaaa 54862148  T
Q  205 gcttgacagggtccacgtggcaactctcagcatagaaagctttgcttgcccattcaactgggttaacagcgggatcagtgcaccatgactaaaaacaaga 304  Q
    | |||||| ||||||  |||||  |||||  ||| |||||| || |||  |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||    
T  54862149 gtttgacaaggtccaaatggcatttctcaatatataaagctctgtttggtcattcaactgggataacagcgggatcagggcaccatgactgagaacaaga 54862248  T
Q  305 tcacggcacctaggggaatcaccggcaatgtttcccaatgcccac 349  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  54862249 tcacgacacctaggggaatcaccagcaatgtttcccaatgcccac 54862293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 8 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 54627390 - 54627034
Alignment:
Q  8 tgcccaacatgcatcagtcaggacttcttcatcgtcattggacaaaatcaaacgctcaatagagggcagcgctggcttcacctgtccataaaaaacctag 107  Q
    |||||||||||| || ||||||||  ||||||| |   |||| |||| ||||| ||  | || ||| ||||||| | |||||||||||| ||||  ||||    
T  54627390 tgcccaacatgcctcggtcaggacgacttcatctt---tggaaaaaaccaaacacttgagagcgggaagcgctgacctcacctgtccatcaaaattctag 54627294  T
Q  108 tattaatacagagacaaatgtcttgc---aggttcaattttaatttaac-aaaaacaacaactacctgctcaattgggggtggtggcttgcctttgcaaa 203  Q
    |||||||||| ||| ||| ||| |     ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||  ||||||    
T  54627293 tattaatacacagataaaggtcatctcagaggttcagttttattttaactaaaaacaacaactacctgctcaagtgcgggttgtggcttgcccctgcaaa 54627194  T
Q  204 agcttgacagggtccacgtggcaactctcagcatagaaagctttgcttgcccattcaactgggttaacagcgggatcagtgcaccatgactaaaaacaag 303  Q
    || ||||||| |||||   ||||  ||||||| || |||||  | ||||| |||||| ||||| ||| ||  ||||||| ||||| ||||| | ||||||    
T  54627193 agtttgacagcgtccaaacggcatttctcagcctataaagcccttcttgctcattcagctgggataaaagtaggatcagggcaccgtgactgagaacaag 54627094  T
Q  304 atcacggcacctaggggaatcaccggcaatgtttcccaatgcccacacagcctgcaattt 363  Q
    ||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  54627093 atcacggcctctaggggaatcaccagcaatgtttcccaatgcccacgcagcctacaattt 54627034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 421 - 621
Target Start/End: Original strand, 54862338 - 54862538
Alignment:
Q  421 ggacaatcccagttctactgtcattacactttagtataaatatacctggtaccgaagatcataactaggtgaactaagtagctcgacaagtattggtact 520  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| |||||||   ||||| | ||| ||| |||||||||||||||| || || ||||||||||    
T  54862338 ggacaatcccagttctactgctattacattttagtataaacatacctgtgcccgaacagcatcacttggtgaactaagtagcttgataaatattggtact 54862437  T
Q  521 gccccatgatctactagcaccttaatattctctgaagttccggatgatatgttcgtaactacccaagcagcttcaaactaaacaaacaaagtcatacaaa 620  Q
    ||||||||||| | || ||||||| | ||||| |||||||| |||| |||||| || | | |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  54862438 gccccatgatcaattaccaccttagtgttctccgaagttccagatgctatgtttgtgagtgcccaagcagcctcaaactaaacaaacaaagtcacacaaa 54862537  T
Q  621 c 621  Q
    |    
T  54862538 c 54862538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 180 - 348
Target Start/End: Original strand, 3671868 - 3672036
Alignment:
Q  180 ggggtggtggcttgcctttgcaaaagcttgacagggtccacgtggcaactctcagcatagaaagctttgcttgcccattcaactgggttaacagcgggat 279  Q
    ||||| |||| |||||  |||||||| |||||||||| | ||| |||||||||||||||||||  | ||   || ||||||| |||| ||||||||||||    
T  3671868 ggggttgtggtttgcccatgcaaaagtttgacagggttcgcgttgcaactctcagcatagaaatatctgtaagctcattcaagtgggataacagcgggat 3671967  T
Q  280 cagtgcaccatgactaaaaacaagatcacggcacctaggggaatcaccggcaatgtttcccaatgccca 348  Q
    ||  ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  3671968 catggcaccatgactgagaacaagatcacggcaactaggggaatcacaggcaacgtttcccaacgccca 3672036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 223 - 363
Target Start/End: Original strand, 52985800 - 52985940
Alignment:
Q  223 ggcaactctcagcatagaaagctttgcttgcccattcaactgggttaacagcgggatcagtgcaccatgactaaaaacaagatcacggcacctaggggaa 322  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||  |||| ||||||| || ||  |||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  52985800 ggcaactctcagcatagaaagccttgtttgatcattgaactgggatagcaatgggatcaaggcaccatgactgaaaacaagatcacggcacataggggaa 52985899  T
Q  323 tcaccggcaatgtttcccaatgcccacacagcctgcaattt 363  Q
    ||| |||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||    
T  52985900 tcaacggcaacgtttcctaatgcccgcacagcctacaattt 52985940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 421 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 54627013 - 54626813
Alignment:
Q  421 ggacaatcccagttctactgtcattacactttagtataaatatacctggtaccgaagatcataactaggtgaactaagtagctcgacaagtattggtact 520  Q
    |||||||||| |||||||||  |||||| |||||||| || ||||||||  ||||| ||| | ||  ||||||||||| |||| |||||  |||||||||    
T  54627013 ggacaatcccggttctactgctattacaatttagtattaacatacctggccccgaacatcgtcacatggtgaactaagaagcttgacaaacattggtact 54626914  T
Q  521 gccccatgatctactagcaccttaatattctctgaagttccggatgatatgttcgtaactacccaagcagcttcaaactaaacaaacaaagtcatacaaa 620  Q
    || |||||||| |||| ||||||| | ||||| |||||||| | || |||||| || | | |||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  54626913 gcgccatgatcaactaccaccttagtgttctcagaagttccagctgctatgtttgtgagtgcccaagcagcctcaagctaaacaaacaaagtcacacaaa 54626814  T
Q  621 c 621  Q
    |    
T  54626813 c 54626813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 512 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 55635124 - 55635024
Alignment:
Q  512 attggtactgccccatgatctactagcaccttaatattctctgaagttccggatgatatgttcgtaactacccaagcagcttcaaactaaacaaacaaag 611  Q
    ||||||| || ||| ||||| | || ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| || | | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55635124 attggtattgtcccgtgatcaattaccaccttaatgttctcagaagttccggatgctatgtttgtgagtgcccaagcagcttcaaactaaacaaacaaag 55635025  T
Q  612 t 612  Q
    |    
T  55635024 t 55635024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 456 - 605
Target Start/End: Original strand, 55659559 - 55659708
Alignment:
Q  456 ataaatatacctggtaccgaagatcataactaggtgaactaagtagctcgacaagtattggtactgccccatgatctactagcaccttaatattctctga 555  Q
    ||||||||||||| |  |||| |||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| |  | ||||||| | ||| | ||    
T  55659559 ataaatatacctgctctcgaacatcatcgctaggtgaactaagtagcttgacaagtattggtacagccccgtgatcaatgaccaccttagtgttcacaga 55659658  T
Q  556 agttccggatgatatgttcgtaactacccaagcagcttcaaactaaacaa 605  Q
    ||||||   || || |||||| | || ||||||||||||| |||||||||    
T  55659659 agttccacctgctacgttcgtgagtatccaagcagcttcatactaaacaa 55659708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 506 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 51315802 - 51315688
Alignment:
Q  506 acaagtattggtactgccccatgatctactagcaccttaatattctctgaagttccggatgatatgttcgtaactacccaagcagcttcaaactaaacaa 605  Q
    |||||||||||||| || |||||||| | ||||| |||| | ||||| |||||||| | || |||||| |||| | |  ||||||| | | |||||||||    
T  51315802 acaagtattggtacagctccatgatcaattagcaacttagtgttctcagaagttccagctgctatgtttgtaagtgcgaaagcagcgtaatactaaacaa 51315703  T
Q  606 acaaagtcatacaaa 620  Q
    ||||||||| |||||    
T  51315702 acaaagtcacacaaa 51315688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 305 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 51315913 - 51315872
Alignment:
Q  305 tcacggcacctaggggaatcaccggcaatgtttcccaatgcc 346  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  51315913 tcacggcaactaggggaatcagcggcaatgtttcccaatgcc 51315872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 117; Significance: 4e-59; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 154 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 13401639 - 13401431
Alignment:
Q  154 aaaaacaacaactacctgctcaattgggggtggtggcttgcctttgcaaaagcttgacagggtccacgtggcaactctcagcatagaaagctttgcttgc 253  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||  |||||||| ||||||| ||||| ||||||  ||||||||| ||||||||||| |||    
T  13401639 aaaaacaacaactacctgatcaaatggaggttgtggcttgcccctgcaaaagtttgacagagtccatgtggcatttctcagcattgaaagctttgcctgc 13401540  T
Q  254 ccattcaactgggttaacagcgggatcagtgcaccatgactaaaaacaagatcacggcacctaggggaatcaccggcaatgtttcccaatgcccacacag 353  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||||    
T  13401539 tcattcaactgggttaacagcgggatcagggcaccatggctaagaacaagatcgcggcacctaggtgaatcaccagcaacatttcccaatgcccacacag 13401440  T
Q  354 cctgcaatt 362  Q
    ||| |||||    
T  13401439 cctacaatt 13401431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 453 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 13401365 - 13401209
Alignment:
Q  453 agtataaatatacctggtaccgaagatcataactaggtgaactaagtagctcgacaagtattggtactgccccatgatctactagcaccttaatattctc 552  Q
    ||||| || ||||||| | ||||| ||||| ||| || |||||||||||||  |||| ||| || |||||||||||||| | || ||||||| |||||||    
T  13401365 agtatcaacatacctgctcccgaacatcatcacttggagaactaagtagcttcacaaatatcggcactgccccatgatcaattaccaccttagtattctc 13401266  T
Q  553 tgaagttccggatgatatgttcgtaactacccaagcagcttcaaactaaacaaacaa 609  Q
     ||||||||||||| |||||| ||||   |||||||||| |||||||| ||| ||||    
T  13401265 agaagttccggatgctatgtttgtaagagcccaagcagcctcaaactagacatacaa 13401209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 8 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 13401791 - 13401702
Alignment:
Q  8 tgcccaacatgcatcagtcaggacttcttcatcgtcattggacaaaatcaaacgctcaatagagggcagcgctggcttcacctgtccataaaa 100  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||   ||||| || |||| ||||||||||| ||  || || |||||| |||||||||||| |||    
T  13401791 tgcccagcatgcatctgtcaggacttcttca---tcatttgaaaaaaccaaacgctcaagagccggaagtgctggcctcacctgtccatcaaa 13401702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 102; Significance: 3e-50; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 8 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 9889890 - 9889520
Alignment:
Q  8 tgcccaacatgcatcagtcaggacttcttcatcgtcattggacaaaatcaaacgctcaatagagggcagcgctggcttcacctgtccataaaaaacctag 107  Q
    |||||| |||||||| | |||||||||||||||   |||||| ||||||||| |||| | || ||| || |||||| ||| |||||||||||||| ||||    
T  9889890 tgcccagcatgcatctgccaggacttcttcatc---attggaaaaaatcaaaagctcgagagtgggaagtgctggcctcaactgtccataaaaaatctag 9889794  T
Q  108 tattaatacagagacaaatgtcttgc--aggttcaattttaatttaacaaaaacaacaactacctgctcaattgggggtggtggcttgcctttgcaaaag 205  Q
    |||||||||| | | ||| |||||    ||| |   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||| | || |||||  | ||||||    
T  9889793 tattaatacacaaataaaggtctttttaagggttt-ttttaattcaacaaaaacaacaactacctgctcaaacaggggttgcggtttgcccctacaaaag 9889695  T
Q  206 cttgacagggtccacgtggcaactctcagcatagaaagctttgcttgcccattcaactgggttaacagcgggatcagtgcaccatgactaaaaacaagat 305  Q
     |||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||  | |||| || ||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||| | ||||||||    
T  9889694 tttgacagggttcgcgttgcaattctcagcatagaaatatctgctagctcattcaagtgggataacagcgggatcatggcaccatgactgagaacaagat 9889595  T
Q  306 cacggcacctaggggaatcaccggcaatgtttcccaatgcccacacagcctgcaattttaaggttttagttttca 380  Q
     |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||  ||||| |||||| |  |||||||| ||||    
T  9889594 aacggcaactaggggaatcacaggcaacgtttcccaacgcccacgaagcctacaatttcagagttttagtgttca 9889520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 298 - 357
Target Start/End: Original strand, 46155284 - 46155343
Alignment:
Q  298 aacaagatcacggcacctaggggaatcaccggcaatgtttcccaatgcccacacagcctg 357  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||  ||||||||||||||||| |||||    
T  46155284 aacaagatcacggcatctaggcgaatctccagcaacatttcccaatgcccacacggcctg 46155343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University