View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1709-Insertion-4 (Length: 846)

Name: NF1709-Insertion-4
Description: NF1709
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1709-Insertion-4
NF1709-Insertion-4
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (9-727)||(3033484-3034204)
chr8 (347-727)||(3041863-3042246)
chr8 (9-338)||(3041118-3041447)
chr8 (46-338)||(25125464-25125754)
chr8 (371-727)||(3054710-3055066)
chr8 (398-835)||(3064123-3064563)
chr8 (469-846)||(3068130-3068516)
chr8 (419-710)||(3071947-3072237)
chr8 (443-553)||(3066445-3066555)
chr8 (9-86)||(3039467-3039544)
chr8 (9-149)||(3047033-3047179)
chr8 (9-85)||(3053781-3053856)
chr8 (15-82)||(3064591-3064658)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 617; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 617; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 727
Target Start/End: Original strand, 3033484 - 3034204
Alignment:
9 acttacgtgctttaattttgatagacac-aaaaaatatctatttactaccaaaatcatatggaccaaattgattcagaaggcttcctctttactttcctt 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
3033484 acttacgtgctttaattttgatagacacgaaaaaatatctatttactaccaaaatcatatggaccaaattgattcagaaggcttcctctctaatttcctt 3033583  T
108 tctcctctaatatcactgattcttcaatttatctttgttgtgtagctcagtgaggttatgtggcaaaaaatttagggttttaacctaaaagaagtcgtgt 207  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3033584 tctcctctaat--cactgattcttcaatttatctttgttgtgtagctcagtgaggtgatgtggcaaaaaatttagggttttaacctaaaagaagtcgtgt 3033681  T
208 tggaagaaaactataatgtggcataaaacttgatcaaggtccaagtctacaaaaatattattcaaatgatagaaagactaatgaataagtgctggaattt 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
3033682 tggaagaaaactataatgtggcataaaacttgatcaaggtccaagtctacaaaaatattattcaaacgatagaaagactaatgaataagtgctggaattt 3033781  T
308 ttatggaaacagacaatagctataatactatnnnnnnnn---ctatatggatcgaattgattacaaaatctaaacatggcttcctctctactcctttcct 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3033782 ttatggaaacagacaatagctataatactataaaaaaaaaaactatatggatcgaattgattacaaaatctaaacatggcttcctctctactcctttcct 3033881  T
405 ttctcctatactcgctgattcttcaatccgtcggtgttgtagctcaaaccaatagtactatagccattggtgattcttttactgctgaaaccagcaactc 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3033882 ttctcctatactcgctgattcttcaatccgtcggtgttgtagctcaaaccaatagtactatagccattggtgattcttttactgctgaaaccagcaactc 3033981  T
505 tacatggttactttcaccttctggtgactttgcctttggttttcttccaatacaagacactgaccnnnnnnngctttccatttggtatgcaaaaattcct 604  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||    
3033982 tacatggttactttcaccttctggtgactttgcctttggttttcttccaatacaagacactgacctttttttgctttccatttggtatgcaaaaattcct 3034081  T
605 gaaaaaactgttgtgtggtatgctaatagagaaattcctgcaccaaaaggttcaaaagtggaactcaatgccgatgatgggttggtgctaacttctccaa 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3034082 gaaaaaactgttgtgtggtatgctaatagagaaattcctgcaccaaaaggttcaaaagtggaactcaatgccgatgatgggttggtgctaacttctccaa 3034181  T
705 atggtgaccagttatggaatact 727  Q
    |||||| |  |||||||||||||    
3034182 atggtgtcgggttatggaatact 3034204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 347 - 727
Target Start/End: Original strand, 3041863 - 3042246
Alignment:
347 ctatatggatcgaattgattacaaaatctaaacatggcttcctctctactcctttccttt-ctcctatactcgctgattcttcaatccgtcggtgttgta 445  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
3041863 ctatatggatgaaattgattacaaaatctaaacatcgcttcctctctactcctttccttttctcctatactcgctgattcttcaatccatcggtgttgta 3041962  T
446 gctcaaaccaatagtactatagccattggtgattcttttactgctgaaaccagcaactctacatggttactttcaccttctggtgactttgcctttggtt 545  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3041963 gctcaaaccaatagtactatagccattggtgattcttttactgctgacaccagcaactctacatggttactttcaccttctggtgactttgcctttggtt 3042062  T
546 ttcttccaatacaagacactgaccnnnnnnngctttccatttggtatgcaaaaattcctgaaaaaactgttgtgtggtatgctaatagagaaattcctgc 645  Q
    ||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3042063 ttcttccaatacaagacactgacctttttttgctttccatttggtatgcaaaaattcctgaaaaaactgttgtgtggtatgctaatagagaaattcctgc 3042162  T
646 accaaaaggttcaaaagtggaactcaatgccgatgatgggttggtgc--taacttctccaaatggtgaccagttatggaatact 727  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |  |||||||||||||    
3042163 accaaaaggttcaaaagtggaactcaatgccgatgatgggttggtgctataacttctccaaatggtgtcgggttatggaatact 3042246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 9 - 338
Target Start/End: Original strand, 3041118 - 3041447
Alignment:
9 acttacgtgctttaattttgatagacacaaaaaatatctatttactaccaaaatcatatggaccaaattgattcagaaggcttcctctttactttccttt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
3041118 acttacgtgctttaattttgatagacacaaaa--tatctatttactaccaaaatcatatggaccaaattgattcagaaggcttcctctctaatttccttt 3041215  T
109 ctcctctaatatcactgattcttcaatttatctttgttgtgtagctcagtgaggttatgtggcaaaaaatttagggttttaacctaaaagaagtcgtgtt 208  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3041216 ctcctctaat--cactgattcttcaatttatctttgttgtgtagctcagtgaggtgatgtggcaaaaaatttagggttttaacctaaaagaagtcgtgtt 3041313  T
209 ggaagaaaactataatgtggcataaaacttgatcaa----ggtccaagtctacaaaaatattattcaaatgatagaaagactaatgaataagtgctggaa 304  Q
    |||| ||||||||| |||||||| |||||||||| |    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
3041314 ggaaaaaaactatactgtggcatcaaacttgatccaggttggtccaagtctacaaaaagattattcaaatgatagcaagactaatgaataagtgctggaa 3041413  T
305 tttttatggaaacagacaatagctataatactat 338  Q
      |||||||||||| |||||||||| ||||||||    
3041414 aatttatggaaacaaacaatagctacaatactat 3041447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 46 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 25125754 - 25125464
Alignment:
46 ctatttactaccaaaatcatatggaccaaattgattcagaaggcttcctctttactttcctttctcctctaatatcactgattcttcaatttatctttgt 145  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
25125754 ctatttactaccaaaatcatatggaccaaattgattcagaaggcttcctctctaatttcctttctcctctaat--cactgattcttcaatttatctttgt 25125657  T
146 tgtgtagctcagtgaggttatgtggcaaaaaatttagggttttaacctaaaagaagtcgtgttggaagaaaactataatgtggcataaaacttgatcaag 245  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
25125656 tgtgtagctcagtgaggtgatgtggcaaaaaatttagggttttaacctaaaagaagtcgtgttggaaaaaaactatactgtggcataaaacttgatcaag 25125557  T
246 gtccaagtctacaaaaatattattcaaatgatagaaagactaatgaataagtgctggaatttttatggaaacagacaatagctataatactat 338  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| |||||||||| ||||||||    
25125556 gtccaagtctacaaaaagattattcaaatgatagaaagactaatgaataagtgcttgaaaatttatggaaacaaacaatagctacaatactat 25125464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 371 - 727
Target Start/End: Original strand, 3054710 - 3055066
Alignment:
371 aatctaaacatggcttcctctctactcctttcctttctcctatactcgctgattcttcaatccgtcggtgttgtagctcaaaccaatagtactatagcca 470  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| || |  || ||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||| |  ||||||||||    
3054710 aatctaaacatggcttccactctactgcttccctttcttctcttgtcactgattcttcaatccatccatgttctagctcaaaccaaaaacactatagcca 3054809  T
471 ttggtgattcttttactgctgaaaccagcaactctacatggttactttcaccttctggtgactttgcctttggttttcttccaatacaagacactgaccn 570  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
3054810 ttggtgattcttttactgctgaaacaagcaactctacatggttgctttccccttctggtgactttgcctttggttttcttccaattcaagacactgacct 3054909  T
571 nnnnnngctttccatttggtatgcaaaaattcctgaaaaaactgttgtgtggtatgctaatagagaaattcctgcaccaaaaggttcaaaagtggaactc 670  Q
          |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||    
3054910 ttttttgctttccatttggtatgcaaaaattcctgacaaaactgttgtgtggtatgctaatagagaaagtcctgcaccagaaggatcaaaagtggaactc 3055009  T
671 aatgccgatgatgggttggtgctaacttctccaaatggtgaccagttatggaatact 727  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||    
3055010 aatgccgatgatgggttggtgctaacttctccaaatggtgtcgggttatggaatact 3055066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 398 - 835
Target Start/End: Complemental strand, 3064563 - 3064123
Alignment:
398 ctttcctttctcctatactcgctgattcttcaatccgtcggtgttgtagctcaaaccaatagtactatagccattggtgattcttttactgctgaaacca 497  Q
    ||||||||| |||| | ||| |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||  ||||||    
3064563 ctttcctttgtcctctgctcactgattctgcaatccatctgtgttgtagctcaaaccaaaagtaccatagtcattggtgattcttttactgcacaaacca 3064464  T
498 gcaactctacatggttactttcaccttctggtgactttgcctttggttttcttccaatacaagacactgaccnnnnnnngctttccatttggtatgcaaa 597  Q
    | | |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| | |       |||||| ||||||||| | ||    
3064463 gtacctctccatggttgctttcaccttctggtgactttgcctttggttttcttccactcaaagacactaatctttttttgctttctatttggtatcccaa 3064364  T
598 aattcctgaaaaaactgttgtgtggtatgctaatagagaaattcctgcaccaaaaggttcaaaagtggaactcaatgccgatgatgggttggtgctaact 697  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||    
3064363 aatttctgagaaaactgttgtgtggtatgctaatggagacagtcctgcaccaaaaggatcaaaagtggaactcactgccaatgatgggctggtgctaact 3064264  T
698 tctccaaatggtgaccagttatggaatactgagggactc--tgttggagtttctcacggtgtgttcaatgacactggcaactttgtgcttgaggaaggtg 795  Q
    || |||||||||| |  ||||||||||||||| ||||||  ||||  |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||     
3064263 tccccaaatggtgtcaggttatggaatactgaaggactcaatgttaaagtttctcgcggtgtgttgaatgacactggcaactttgtgcttcaggatggta 3064164  T
796 aattcaa-agtcagtgggaaactttgaagtttcctagtgac 835  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||||    
3064163 aattcaacagtctgtgggagactttcaagtttcctagtgac 3064123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 469 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 3068516 - 3068130
Alignment:
469 cattggtgattcttttactgctgaaaccagcaactctacatggttactttcaccttctggtgactttgcctttggttttcttccaatacaagacactgac 568  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
3068516 cattggtgattcttttactgcagataccggcaactctccatggttgctttcaccttctggtgactttgcctttggttttcttccaatccaagacactgat 3068417  T
569 cnnnnnnngctttccatttggtatgcaaaaattcctgaaaaaactgttgtgtggtatgctaatagagaaattcctgcaccaaaaggttcaaaagtggaac 668  Q
    |       |||||||||||||||||| || |||  ||| |||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||| |||||||||||||    
3068416 cattttttgctttccatttggtatgccaacatttatgagaaaactgttgtgtggtatgctaatggagactgtcctgcaccaaaaggatcaaaagtggaac 3068317  T
669 tcaatgccgatgatgggttggtgctaacttctccaaatggtgaccagttatggaa---tactgagggact-----ctgttggagtttctcacggtgtgtt 760  Q
    ||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||   ||||||||||||      |||||||||||||| |||||||||    
3068316 tcactgctaatgatgggttggtgctaacttctccaaatggttacaagttatggaatactactgagggactgagcagtgttggagtttctcgcggtgtgtt 3068217  T
761 caatgacactggcaactttgtgcttgaggaaggtgaattc-aaagtcagtgggaaactttgaagtttcctagtgacgccttgttgcc 846  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||    
3068216 caatgacactggcaactttgtgcttgaggatggtgaattcaaaagtcggtgggaaactttcaactttcctagtgacaccttgttgcc 3068130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 419 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 3072237 - 3071947
Alignment:
419 ctgattcttcaatccgtcggtgttgtagctcaaaccaatagtactatagccattggtgattcttttactgctgaaaccagcaactctacatggttacttt 518  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| |||||   |||||||| |  || | | ||||||| || |||| ||||||| ||||    
3072237 ctgattcttcaatccatcagtgttgtagctcaaaccaaaagtaccatagcagctggtgattttcatatttcagaaaccaacacctctccatggttgcttt 3072138  T
519 caccttctggtgactttgcctttggttttcttccaatacaagacactgaccnnnnnnngctttccatttggtatgcaaaaattcctgaaaaaactgttgt 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| |       ||||||||| |||||||||||  ||   || |||||||||||    
3072137 caccttctggtgactttgcctttggttttctttcaat-caaaacactgatcattttttgctttccatctggtatgcaaattttttagagaaaactgttgt 3072039  T
619 gtggtatgctaatagagaaattcctgcaccaaaaggttcaaaagtggaactcaatgccgatgatgggttggtgctaacttctccaaatggtg 710  Q
    ||||||| ||||| |||  | ||||| | ||| ||| ||||||||||| || | |  |  |||||||||||||||||||||||| |||||||    
3072038 gtggtatcctaatggagtcagtcctgtaacaatagggtcaaaagtggagctaactttcactgatgggttggtgctaacttctccgaatggtg 3071947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 443 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 3066555 - 3066445
Alignment:
443 gtagctcaaaccaatagtactatagccattggtgattcttttactgctgaaaccagcaactctacatggttactttcaccttctggtgactttgcctttg 542  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || |||| |||||||  |||||||||||||||||||| |||| |    
3066555 gtagctcaaaccaaaagtactatagccattggtgattcttttactgcacaaaccaacacctcttcatggttgttttcaccttctggtgacttttccttag 3066456  T
543 gttttcttcca 553  Q
    |||||||||||    
3066455 gttttcttcca 3066445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 9 - 86
Target Start/End: Original strand, 3039467 - 3039544
Alignment:
9 acttacgtgctttaattttgatagacacaaaaaatatctatttactaccaaaatcatatggaccaaattgattcagaa 86  Q
    |||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
3039467 actttcgtgctttaaatttgatggacacaaaaaatatctatttactatcaaaattatatggaccaaattgattcagaa 3039544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 9 - 149
Target Start/End: Original strand, 3047033 - 3047179
Alignment:
9 acttacgtgctttaattttgatagacacaaaaaatatctatttactaccaaaatcatatggaccaaattgattcagaa----------ggcttcctcttt 98  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||||| |||| |||||| |||||||||| ||||||| ||||          |||||||||| |    
3047033 acttacgtgttttaattttgatggaca-aataaatatctatt-actatcaaaattatatggaccagattgattaagaatctagataaaggcttcctctct 3047130  T
99 actttcctttctcctctaatatcactgattcttcaatttatctttgttgtg 149  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
3047131 actttcctttctcctctaat--cactgattcttcaatttatctttgttgtg 3047179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 9 - 85
Target Start/End: Original strand, 3053781 - 3053856
Alignment:
9 acttacgtgctttaattttgatagacacaaaaaatatctatttactaccaaaatcatatggaccaaattgattcaga 85  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
3053781 acttacgtgctttaaatttgatggacacaaaa-atatctatttactatcaaaattatatggaccaaattgattcaga 3053856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 3064658 - 3064591
Alignment:
15 gtgctttaattttgatagacacaaaaaatatctatttactaccaaaatcatatggaccaaattgattc 82  Q
    |||||||||||||||| || |||| | |||| |||||||||  ||||||||||||| || ||||||||    
3064658 gtgctttaattttgattgaaacaagagatatttatttactataaaaatcatatggatcatattgattc 3064591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University