View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1709-Insertion-5 (Length: 810)

Name: NF1709-Insertion-5
Description: NF1709
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1709-Insertion-5
NF1709-Insertion-5
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (8-810)||(28331139-28331939)
chr7 (16-736)||(28296606-28297325)
chr7 (16-744)||(28320665-28321395)
chr7 (38-736)||(28310116-28310813)
chr7 (120-712)||(28287912-28288503)
chr7 (8-289)||(28304485-28304765)
chr7 (474-566)||(28336389-28336481)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 725; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 725; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 810
Target Start/End: Original strand, 28331139 - 28331939
Alignment:
Q  8 catgtaactggtcatctttgcatgcacaccttgtggatcaaagagacgaagaattggaaagaaatctgaaacattaggcttaccagcttcttccatgaaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28331139 catgtaactggtcatctttgcatgcacaccttgtggatcaaagggacgaagaattggaaagaaatctgaaacattaggcttaccagcttcttccatgaaa 28331238  T
Q  108 ctcccaataattttcttaaactcttgagacttttcatcgggtgtggaatgagccaaatcaatagagaacaaagtatttgaaattgaattaagaacagtat 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  28331239 ctcccaataattttcttaaactcttgagacttttcatcgggtgtggaatgagccaaatcaatagagaacaaagtatttgaaattgaattaagaacagtgt 28331338  T
Q  208 taaaaacagcctcaccaatatcaaaaacctctcctttgttgcttttttcattcacataatctaataattcttgcaacttttgttggcgaaggatttttgt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28331339 taaaaacagcctcaccaatatcaaaaacctctcctttgttgcttttttcattcacataatctaataattcttgcaacttttgttgacgaaggatttttgt 28331438  T
Q  308 tgagtcaagcatttttgtagaaaatacttgtgtagcacaaattttccttagtttcttccacaaagctagtgttggaagtgtccctattgagaatttgtga 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28331439 tgagtcaagcatttttgtagaaaatacttgtgtagcacaaattttccttagtttcttccacaaagctaatgttggaagtgttcctattgagaatttgtga 28331538  T
Q  408 tgatcaagtgcacaaattgcatccgagactactctattagagaatatttgggaattttcttgtaacacttgtttggctagttgtggtgatgagattacta 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28331539 tgatcaagtgcacaaattgcatccgagactactctattagagaatatttgggaattttcttgtaacacttgtttggctagttgtggtgatgagattacta 28331638  T
Q  508 tggttgttaatgttcctagttttaatgtcatgattggtccataggtttttgagagttttgtaagtgccttgtgtggattttttgccaagttctaagatgt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  28331639 tggttgttaatgttcctagttttaatgtcatgattggtccataggtttttgagagttttgtgagtgccttgtgtgg-gtttttgccaagttctaagatgt 28331737  T
Q  608 ttccaattatgggaaatggggtttggccct-gtggaagcttagtggaattttgggtttgtttaacttttctaagaataaagatganaatgcttgcacttg 706  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  28331738 ttccaattatgggaaat-gggtttggccctggtggaagcttggtggaattttgggtttgtttaacttttctaataataaagatgagaatgcttgcacttg 28331836  T
Q  707 caaaggtaaccactagtagaagtgtttggtggttcatggctattttgtttttgagggaggtggtttatatcttcatcgcttttcccctttccattggtta 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  28331837 caaaggtaaccactagtagaagtgtttggtggttcatggctattttgtttttgagggaggtagtttatatctt-atcgcttttgccctttccattggtta 28331935  T
Q  807 tata 810  Q
    ||||    
T  28331936 tata 28331939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 736
Target Start/End: Original strand, 28296606 - 28297325
Alignment:
Q  16 tggtcatctttgcatgcacaccttgtggatcaaagagacgaagaattggaaagaaatctgaaacattaggcttaccagcttcttccatgaaactcccaat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||    
T  28296606 tggtcatctttgcatgcacaccttgtggatcaaaaggacgaagaattggaaagaaatctgaaatattaggcctaccagctgcttccatgtaactccaaat 28296705  T
Q  116 aattttcttaaactcttgagacttttcatcgggtgtggaatgagccaaatcaatagagaacaaagtatttgaaattgaattaagaacagtattaaaaaca 215  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28296706 aatgttctcaaactcttgagactttttatcaggtttggaatcagccaaatcaatagagaacaaagtgtttgaaattgaattaagaacagtgttaaaaaca 28296805  T
Q  216 gcctcaccaatatcaaaaacctctcctttgttgcttttttcattcacataatctaataattcttgcaacttttgttggcgaaggatttttgttgagtcaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28296806 gcctcaccaatatcaaaaacctcacctttgttgcttttttcattcacataatccaataattcttgcaacttttgttggcgaaggttttttgttgagtcaa 28296905  T
Q  316 gcatttttgtagaaaatacttgtgtagcacaaattttccttagtttcttccacaaagctagtgttggaagtgtccctattgagaatttgtgatgatcaag 415  Q
    |||||||| |||||||||| | ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||   ||| ||||||||||||| ||||||||     
T  28296906 gcatttttttagaaaatacatttgtggcacaacttttccttagtttcttccataaagctaatgttggaagccacccaattgagaatttgtcatgatcaac 28297005  T
Q  416 tgcacaaattgcatccgagactactctattagagaatatttgggaattttcttgtaacacttgtttggctagttgtggtgatgagattactatggttgtt 515  Q
    ||||| || |||||  |  ||   |||||||||||| |||||||||||||| |||||  |||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||    
T  28297006 tgcactaagtgcatgtggaacagttctattagagaagatttgggaattttcatgtaaggcttgtttggctacttgtggagatgaaattactatggttgtt 28297105  T
Q  516 aatgttcctagttttaatgtcatgattggtccataggtttttgagagttttgtaagtgccttgtgtggattttttgccaagttctaagatgtttccaatt 615  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||| ||     
T  28297106 attgttcctagttttagtgtcatgattggtccatagttttgtgagagttttgtgagtgccttatgtgg-gtttttgccaagttctaagatgtttcctatg 28297204  T
Q  616 atgggaaatggggtttggccct-gtggaagcttagtggaattttgggtttgtttaacttttctaagaataaagatganaatgcttgcacttgcaaaggta 714  Q
    ||||||| | |||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||  | | |||||||||||| ||||||| |||| ||| ||    | |||||    
T  28297205 atgggaagt-gggtatggccctggtggaagtttagtagaattttgggtttggattaattttctaagaatgaagatgagaatggttgtacacaaagaggta 28297303  T
Q  715 accactagtagaagtgtttggt 736  Q
    | ||||||||||||||||||||    
T  28297304 atcactagtagaagtgtttggt 28297325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 744
Target Start/End: Original strand, 28320665 - 28321395
Alignment:
Q  16 tggtcatctttgcatgcacaccttgtggatcaaagagacgaagaattggaaagaaatctgaaacattaggcttaccagcttcttccatgaaactcccaat 115  Q
    |||||||| |||||| || |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||    
T  28320665 tggtcatccttgcatacaaaccttgtggatctaagggacgaagaattggaaagaaatctgaaatattaggcttaccagcttcttccatgataccccaaat 28320764  T
Q  116 aattttcttaaactcttgagacttttcatcgggt---gtggaatgagccaaatcaatagagaacaaagtatttgaaattgaattaagaacagtattaaaa 212  Q
    |||  ||||||| ||||||||||| ||||| |||   |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |  |||||    
T  28320765 aatggtcttaaattcttgagacttctcatcaggtactgtggaatgtgccaaatccatagagaacaaagtgtttgaaattgaattaaggacatttgtaaaa 28320864  T
Q  213 acagcctcaccaatatcaaaaacctctcctttgttgcttttttcattcacataatctaataattcttgcaacttttgttggcgaaggatttttgttgagt 312  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  28320865 acagcttcaccaatatcaaaaacctcacctttgttacttttttcattcacataatctaataattcttgcaacttttgttggcgaaggtttcttgttgagt 28320964  T
Q  313 caagcatttttgtagaaaatacttgtgtagcacaaattttccttagtttcttccacaaagctagtgttggaagtgtccctattgagaatttgtgatgatc 412  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  || ||||||||    ||| | ||||||||||| ||||||    
T  28320965 caagcatttttgtagaaaatacttttgtagcacaacttttccttagtttcttccacaaatttaatgttggaacccacccaactgagaatttgtcatgatc 28321064  T
Q  413 aagtgcacaaattgcatccgagactactctattagagaatatttgggaattttcttgtaacacttgtttggctagttgtggtgatgagattactatggtt 512  Q
    || |||| | |||||||  | |||   |||||| || || ||||| ||||| || ||||| ||||||||||||| |||||| || ||||| |||||||||    
T  28321065 aactgcagagattgcatgtgggacagttctatttgaaaagatttgagaattgtcatgtaaaacttgtttggctacttgtggggaagagatcactatggtt 28321164  T
Q  513 gttaatgttcctagttttaatgtcatgattggtccataggtttttgagagttttgtaagtgccttgtgtggattttttgccaagttctaagatgtttcca 612  Q
    ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28321165 gttatgcttcctagttttaatgtcatgattggtccatagatttttgagagttttgttaatgccttgtgtgga-tttttgccaagttctaagatgtttcca 28321263  T
Q  613 attatgggaaatggggtttggccct-gtggaagcttagtggaattttgggtttgtttaacttttctaagaataaagatganaatgcttgcacttgcaaag 711  Q
    || ||||||| | || ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||   |||||||||||| ||||||| |||| |||||||| |||||    
T  28321264 atgatgggaagt-ggctttggccctggtggaagtttagtagaattttgggtttggtttgattttctaagaatgaagatgagaatggttgcacttacaaag 28321362  T
Q  712 gtaaccactagtagaagtgtttggtggttcatg 744  Q
    | || |||||||||||||||||| |||| ||||    
T  28321363 gaaatcactagtagaagtgtttgatggtccatg 28321395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 38 - 736
Target Start/End: Original strand, 28310116 - 28310813
Alignment:
Q  38 ttgtggatcaaagagacgaagaattggaaagaaatctgaaacattaggcttaccagcttcttccatgaaactcccaataattttcttaaactcttgagac 137  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||  |||||||| |||||||||    
T  28310116 ttgtggatcaaaaggacgaagaattggaaagaaatctgaaacattaggcttaccagcttcttccatgataccccacataacgttcttaaattcttgagac 28310215  T
Q  138 ttttcatcgggtgtggaatgagccaaatcaatagagaacaaagtatttgaaattgaattaagaacagtattaaaaacagcctcaccaatatcaaaaacct 237  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||| | |||  ||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  28310216 ttttcatcaggtgttgaatgagccaaatccatagaacacaaagtgtttgaaattgaattaaggatagttgtaaaaacagccgcaccaatatcaaaaatct 28310315  T
Q  238 ctcctttgttgcttttttcattcacataatctaataattcttgcaacttttgttggcgaaggatttttgttgagtcaagcatttttgtagaaaatacttg 337  Q
    | ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||     
T  28310316 cacctttcttacttttttcattcacataatctaataattcttgcaacttttgttggcgaaggatttttgttgagtcaagtacttttgtagaaaatacttt 28310415  T
Q  338 tgtagcacaaattttccttagtttcttccacaaagctagtgttggaagtgtccctattgagaatttgtgatgatcaagtgcacaaattgcatccgagact 437  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| |||||||||  |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||  | |||     
T  28310416 tgtagcacaaaatttccttagtttcttccatgaagctaatgttggaagcatcccaattgataatttgtcatgatcaagtgcacaaagtgcatgtgggaca 28310515  T
Q  438 actctattagagaatatttgggaattttcttgtaacacttgtttggctagttgtggtgatgagattactatggttgttaatgttcctagttttaatgtca 537  Q
      |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28310516 gttctattagagaagatttgagaattttcatgtaaaacttgtttggctagttgaggtgatgagattactatggttgttaatgttcctagttttagtgtca 28310615  T
Q  538 tgattggtccataggtttttgagagttttgtaagtgccttgtgtggattttttgccaagttctaagatgtttccaattatgggaaatggggtttggccct 637  Q
    | |||||||||||| | |||||||| ||||| |||| | |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || ||||||| | || |||||||||    
T  28310616 taattggtccatagatgtttgagagatttgtgagtgtcctgtgtgga-tttttgccaagttgtaagatgtttcctatgatgggaagt-ggttttggccct 28310713  T
Q  638 -gtggaagcttagtggaattttgggtttgtttaacttttctaagaataaagatganaatgcttgcacttgcaaaggtaaccactagtagaagtgtttggt 736  Q
     ||||||| || || |||||||| ||||| || | |||| ||| ||| ||||||| |||||| ||||    | |||||| ||| ||||||||||||||||    
T  28310714 ggtggaagttttgtagaattttgagtttggtttaattttttaaaaatgaagatgagaatgctcgcacacaaagaggtaatcaccagtagaagtgtttggt 28310813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 120 - 712
Target Start/End: Complemental strand, 28288503 - 28287912
Alignment:
Q  120 ttcttaaactcttgagacttttcatcgggtgtggaatgagccaaatcaatagagaacaaagtatttgaaattgaattaagaacagtattaaaaacagcct 219  Q
    |||| |||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||| |||||  ||||||||||||    
T  28288503 ttctcaaacacttgagatttttcatcaggtgttgaatgagccaaatccatagagaagaaagtgtttgaaactgaattaaggacagttgtaaaaacagcct 28288404  T
Q  220 caccaatatcaaaaacctctcctttgttgcttttttcattcacataatctaataattcttgcaacttttgttggcgaaggatttttgttgagtcaagcat 319  Q
    |||||||||||||| | || |||||||||| |||||| || |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  28288403 caccaatatcaaaagcttcacctttgttgcatttttcctttacataatccaataatacttgtaacttttgttggcgaatgttttttgttgagtcaagcat 28288304  T
Q  320 ttttgtagaaaatacttgtgtagcacaaattttccttagtttcttccacaaagctagtgttggaagtgtccctattgagaatttgtgatgatcaagtgca 419  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||| | ||||||||||| |||||||||||||    
T  28288303 ttttgtagaaaatacttttgtagcacaaattttccttagtttcttccacaaagctaatgttggaagccacccaagtgagaatttgttatgatcaagtgca 28288204  T
Q  420 caaattgcatccgagactactctattagagaatatttgggaattttcttgtaacacttgtttggctagttgtggtgatgagattactatggttgttaatg 519  Q
       |||||||  | |||   |||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28288203 tgtattgcatgtgggacagttctatttgagaagatttgagaattttcatgtaaaacttgtttggctaattgtggtgatgaaattactatggttgttaatg 28288104  T
Q  520 ttcctagttttaatgtcatgattggtccataggtttttgagagttttgtaagtgccttgtgtggattttttgccaagttctaagatgtttccaattatgg 619  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||| | |||||||| ||||| |||| | |||||||  ||||||||||||| |||||||||||| || ||||    
T  28288103 ttcctagttttagtgtcataattggtccatagatgtttgagagatttgtgagtgtcctgtgtgg-gtttttgccaagttgtaagatgtttcctatgatgg 28288005  T
Q  620 gaaatggggtttggccct-gtggaagcttagtggaattttgggtttgtttaacttttctaagaataaagatganaatgcttgcacttgcaaagg 712  Q
    ||| | || ||||||||| ||||||| || || |||||||| ||||| || | |||||||||||| | |||||  |||||||||||| ||||||    
T  28288004 gaagt-ggctttggccctggtggaagttttgtagaattttgagtttggtttaattttctaagaatgaggatgaggatgcttgcacttacaaagg 28287912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 152; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 8 - 289
Target Start/End: Original strand, 28304485 - 28304765
Alignment:
Q  8 catgtaactggtcatctttgcatgcacaccttgtggatcaaagagacgaagaattggaaagaaatctgaaacattaggcttaccagcttcttccatgaaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  28304485 catgtaactggtcatctttgcatgcacaccttgtggatcaaagggacgaagaattggaaagaaatctgaaacattaggcttaccagctttttccatgata 28304584  T
Q  108 ctcccaataattttcttaaactcttgagacttttcatcgggtgtggaatgagccaaatcaatagagaacaaagtatttgaaattgaattaagaacagtat 207  Q
    | || |||||| || | |||||||| ||||  ||||||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||      
T  28304585 ccccaaataatgttttcaaactctttagac--ttcatcatgtgttaaatgagccaaatcaatagagaacaaagtgtttgaaattgaattaaagaaagttg 28304682  T
Q  208 taaaaacagcctcaccaatatcaaaaacctctcctttgttgcttttttcattcacataatctaa-taattcttgcaacttttg 289  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| || |||||| ||||||||||| || ||||||||  ||||||||    
T  28304683 taaaaacagcatcaccaatatcaaaaacttcacctttgtagcctttttctttcacataatccaattaattcttttaacttttg 28304765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 474 - 566
Target Start/End: Original strand, 28336389 - 28336481
Alignment:
Q  474 acttgtttggctagttgtggtgatgagattactatggttgttaatgtt-cctagttttaatgtcatgattggtccataggtttttgagagtttt 566  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||    
T  28336389 acttgtttggttagttgtggggatgagattactatggatgtt-atgttgccaagttttagtgtcatgattggtccgtagattttagagagtttt 28336481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University