View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17093_high_14 (Length: 467)

Name: NF17093_high_14
Description: NF17093
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17093_high_14
NF17093_high_14
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (18-454)||(2837453-2837889)
chr3 (25-454)||(2854670-2855099)
chr3 (18-454)||(2749844-2750283)
chr3 (33-454)||(5413735-5414159)
chr3 (33-452)||(2798212-2798634)
chr3 (33-452)||(2808118-2808540)
chr3 (18-452)||(2791171-2791602)
chr3 (18-441)||(2769931-2770351)
chr3 (18-431)||(2760086-2760502)
chr3 (20-453)||(2819407-2819846)
chr3 (218-451)||(3356419-3356652)
chr3 (157-452)||(3201783-3202081)
chr3 (189-299)||(3321256-3321366)
chr3 (218-352)||(3722483-3722617)
chr3 (218-301)||(3302998-3303081)
chr3 (246-394)||(3309714-3309862)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (18-452)||(5002-5439)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (63-148)||(11116647-11116732)
chr1 (236-441)||(4257572-4257777)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 413; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 454
Target Start/End: Original strand, 2837453 - 2837889
Alignment:
Q  18 atatgaatcaaagacgtaccctgaatgtcaagtaccttcaatatcctagactgtgaacataatttaccaatgaaaggctccagcaatccaccttttccaa 117  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2837453 atatgattcaaagacgtaccctgaatgtcaagtaccttcaatatcctagagtgtgaacataatttaccaatgaaaggctccagcaatccaccttttccaa 2837552  T
Q  118 aaacatgaatagcacgaaaatgtgaattgtttgttctcttcaacacattgttggaattagaagcaattgataagcgtctagttattccaactgcaactga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2837553 aaacatgaatagcacgaaaatgtgaattgtttgttctctgcaacgcattgttggaattagaagcaattgataagcgtctagttattccaactgcaactga 2837652  T
Q  218 atcaccttcatgcacaaaatgacagaaacttaaattcttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttcct 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2837653 atcaccttcatgcacaaaatgacagaaacttaaattcttcatttttctaatgataacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaactttccct 2837752  T
Q  318 tcaaagccaacatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttga 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2837753 tcaaagccaacatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttga 2837852  T
Q  418 caaacccctcagctatccattgcctagttagtctcct 454  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2837853 caaacccctcagctatccattgcctagttagtctcct 2837889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 454
Target Start/End: Original strand, 2854670 - 2855099
Alignment:
Q  25 tcaaagacgtaccctgaatgtcaagtaccttcaatatcctagactgtgaacataatttaccaatgaaaggctccagcaatccaccttttccaaaaacatg 124  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2854670 tcaaagacgtaccttgaatgtcaagtaccttcaatatcctagactgtgaacataatttaccaatgaaaggctccaacaatccaccttttccaaaaacatg 2854769  T
Q  125 aatagcacgaaaatgtgaattgtttgttctcttcaacacattgttggaattagaagcaattgataagcgtctagttattccaactgcaactgaatcacct 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||||| || || || ||||||    
T  2854770 aatagcacgaaaatgtgaattgtttgctctcatcaacacattgttggaatgagaagctattgataggcgtctagatattccaacagcgacagattcacct 2854869  T
Q  225 tcatgcacaaaatgacagaaacttaaattcttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttcaaagc 324  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2854870 tcatgcacgaaatgacagaaacttaaattcttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaactttcccttcaaagc 2854969  T
Q  325 caacatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgacaaaccc 424  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2854970 caacatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgacaaaccc 2855069  T
Q  425 ctcagctatccattgcctagttagtctcct 454  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2855070 ctcagctatccattgcctagttagtctcct 2855099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 18 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 2750283 - 2749844
Alignment:
Q  18 atatgaatcaaagacgtaccctgaatgtcaagtaccttcaatatcctagactgtgaacataatttaccaatgaaaggctccagcaatccaccttttccaa 117  Q
    |||||| |||| ||||| || ||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||| | |||||| |||||| ||||||   ||||| ||| | |||    
T  2750283 atatgattcaacgacgtcccttgaatgtcaaggaccttcaaaattcttgactgcgaacaaactttacccatgaaatgctccaatgatccatcttcttcaa 2750184  T
Q  118 aaacatgaatagcacgaaaatgtgaattgtttgttctcttcaacacattgttggaattagaagcaattgataagcgtctagttattccaactgcaactga 217  Q
    | |||| |||||| ||||| ||| |||| || || ||| | ||||||||||||| |||||  || || |||| |||||||||| |||||| |||||||||    
T  2750183 acacataaatagcccgaaattgtaaattattagtgctcctgaacacattgttgggattagtggctatagataggcgtctagttcttccaagtgcaactga 2750084  T
Q  218 atcac---cttcatgcacaaaatgacagaaacttaaattcttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaactttt 314  Q
     ||||   |||||||||   |||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2750083 ttcactatcttcatgcatgcaatgaccgaaatttaaatccttcatttttctaatgatcaattcccgcattaaatcatggacttgacatgtttgaactttt 2749984  T
Q  315 ccttcaaagccaacatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatt 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||| |||||||| || || || ||||||||   |||||||||||| ||  |||    
T  2749983 ccttcaaagccaacatttgagacctgaaccaaacttctctgaatcaattcagacaagtactcttctgcaacttgctctggagttcttctctcttccaatt 2749884  T
Q  415 tgacaaacccctcagctatccattgcctagttagtctcct 454  Q
    | |||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  2749883 ttacaaacccttcagctatccattgtcgagttaatctcct 2749844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 33 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 5414159 - 5413735
Alignment:
Q  33 gtaccctgaatgtcaagtaccttcaatatcctagactgtgaacataatttaccaatgaaaggctccagcaatccaccttttccaaaaacatgaatagcac 132  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||  |||| |||| ||||||| | | |||| |||||| ||||| |  ||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  5414159 gtaccttgaatgtcaagaaccttcagaatccgagaccgtgaacaaagtatacctatgaaatgctccggagatccacctttttcaaacacatgaatagcac 5414060  T
Q  133 gaaaatgtgaattgtttgttctcttcaacacattgttggaattagaagcaattgataagcgtctagttattccaactgcaactgaatcac---cttcatg 229  Q
    ||||||||| |||  | || ||| | |  |||||||| | | |||  || || |||| |||||||||| |||||||  | ||||| ||||   |||  ||    
T  5414059 gaaaatgtggattaatagtgctccttagtacattgtttggactagtggctatagataggcgtctagtttttccaaccacgactgattcactatcttgttg 5413960  T
Q  230 cacaaaatgacagaaacttaaattcttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttcaaagccaaca 329  Q
    ||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5413959 cacactatgaccgaaacttaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcagtaaatcatgtacttgacatgtttgaacttttccttcaaagccaaca 5413860  T
Q  330 tttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgacaaacccctcag 429  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||  |||||||||||| |   |||  |||||||| ||||    
T  5413859 tttgagacctgaaccagacttctttgaatcaattcagacaagtattcctctgcaacttgctccggagttcttctctcttgcaattgaacaaacccttcag 5413760  T
Q  430 ctatccattgcctagttagtctcct 454  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||    
T  5413759 ctatccattgtcgagttaatctcct 5413735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 33 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 2798634 - 2798212
Alignment:
Q  33 gtaccctgaatgtcaagtaccttcaatatcctagactgtgaacataatttaccaatgaaaggctccagcaatccaccttttccaaaaacatgaatagcac 132  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||| || ||| ||||||   || || ||||| ||||||||||||| ||||    
T  2798634 gtaccttgaatgtcaagcaccttcaatatcctagactgtgaacacagtttacccatcaaatgctccaatgattcatctttttcaaaaacatgaattgcac 2798535  T
Q  133 gaaaatgtgaattgtttgttctcttcaacacattgttggaattagaagcaattgataagcgtctagttattccaactgcaactgaatcac---cttcatg 229  Q
    ||||||| | |||||| || ||||||||||||||||| | |  |   ||||| |||| |||||||||| | |||||||| | ||| ||||   ||| |||    
T  2798534 gaaaatgcgtattgttagtgctcttcaacacattgtttggacaactggcaatagataggcgtctagttttcccaactgcgattgattcactatcttgatg 2798435  T
Q  230 cacaaaatgacagaaacttaaattcttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttcaaagccaaca 329  Q
    |||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||| ||||||    
T  2798434 cacacaatgacagaatcttaaatccttcatttttctaatgagcacttcccggaataaatcatggactcggcatgtttgaactttcccttcaaatccaaca 2798335  T
Q  330 tttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgacaaacccctcag 429  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||| | ||| ||||| || || || || |||  |||   ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  2798334 tttgagacctgaaccatacttctgtgaattagttcagacaaatactcttctgcaactatctcttgagttcgtctctcatcagatttaacaaacccttcag 2798235  T
Q  430 ctatccattgcctagttagtctc 452  Q
    |||||||||| | ||||| ||||    
T  2798234 ctatccattgtcgagttaatctc 2798212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 33 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 2808540 - 2808118
Alignment:
Q  33 gtaccctgaatgtcaagtaccttcaatatcctagactgtgaacataatttaccaatgaaaggctccagcaatccaccttttccaaaaacatgaatagcac 132  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||| || ||||||| |||||| |  ||| | |||| | |||||| |  | |||||||| | ||||||||||||||||    
T  2808540 gtaccttgaatgtcaaataccttcaaaatactagactttgaacaaagcttatccatgatatgctccaacggttcacctttttcgaaaacatgaatagcac 2808441  T
Q  133 gaaaatgtgaattgtttgttctcttcaacacattgttggaattagaagcaattgataagcgtctagttattccaactgcaactgaatc---accttcatg 229  Q
    | |||||||||||||| |  ||||||   ||||||| || | |||   | || ||||  ||||||||| ||||||| || | ||| ||   | ||||| |    
T  2808440 ggaaatgtgaattgttagcgctcttctgaacattgtcgggagtagtgactatagatagacgtctagtttttccaaccgcgattgattcgttatcttcacg 2808341  T
Q  230 cacaaaatgacagaaacttaaattcttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttcaaagccaaca 329  Q
    |||| ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  2808340 cacagaatgacaaaaacttaaatccttcattttcctaatgatcacttgccgcaataaatcatggacttgacatatttgaacttttccttcaaagccaaca 2808241  T
Q  330 tttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgacaaacccctcag 429  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| || |  |||||   ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||    
T  2808240 tttgagacctgaaccagacttctgtgaatcaattcatacaagtattcctctgctatatgctctggagttcttctctcatctgatttaacaaacccttcag 2808141  T
Q  430 ctatccattgcctagttagtctc 452  Q
    |||||||||| | ||||| ||||    
T  2808140 ctatccattgtcgagttaatctc 2808118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 18 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 2791602 - 2791171
Alignment:
Q  18 atatgaatcaaagacgtaccctgaatgtcaagtaccttcaatatcctagactgtgaacataatttaccaatgaaaggctccagcaatccaccttttccaa 117  Q
    |||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| | |||||| || |||  |||||   ||||||||||| | |    
T  2791602 atatgattcaatgatgtaccttgaatgtcaagtaccttcaaaatgctagactgcgaacacagtttacccatcaaattctccaatgatccacctttttcca 2791503  T
Q  118 aaacatgaatagcacgaaaatgtgaattgtttgttctcttcaacacattgttggaattagaagcaattgataagcgtctagttattccaactgcaactga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||  |||||  |  || |||| |||||||||  |||||||  | | |||    
T  2791502 aaacatgaatagcacgaaaatgtgaattgttagtgctcttcaacacattgttgagattagtggatatagataggcgtctagtgcttccaaccacgattga 2791403  T
Q  218 atcac---cttcatgcacaaaatgacagaaacttaaattcttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaactttt 314  Q
     ||||   | ||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| ||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  2791402 ttcaccatcatcatgcacacaatgacagaaacttaagtccttcatttttctgatgagaacttcccagaataaatcatggacttgacatgtttgaactttc 2791303  T
Q  315 ccttcaaagccaacatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatt 414  Q
    ||||      ||||| ||||||| ||||  | |||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || |||| |||   ||||| |||||||| | |||    
T  2791302 cctt------caacaattgagacttgaactaaacttctatgaatcaattcagacaagtactcctctgcaacttcctctggagttcgtctctcataacatt 2791209  T
Q  415 tgacaaacccctcagctatccattgcctagttagtctc 452  Q
    | | |||||| || ||||||||||| | ||||| ||||    
T  2791208 taataaacccttcggctatccattgtcgagttaatctc 2791171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 18 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 2770351 - 2769931
Alignment:
Q  18 atatgaatcaaagacgtaccctgaatgtcaagtaccttcaatatcctagactgtgaacataatttaccaatgaaaggctccagcaatccaccttttccaa 117  Q
    |||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| | |||| | || |||  ||||| |  |||||||||| | |    
T  2770351 atatgattcaacgatgtaccttgaatgtcaagtaccttcaaaatgctaggctgtgaacacagtttatccatcaaattctccatcggtccacctttttcga 2770252  T
Q  118 aaacatgaatagcacgaaaatgtgaattgtttgttctcttcaacacattgttggaattagaagcaattgataagcgtctagttattccaactgcaactga 217  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||  | |||  || || |||| |||||||||  ||||||| || | |||    
T  2770251 aaacatgaatagcatgaaaatgtgaattgttagtactcttcaacacattgttgagactagtggctatggataggcgtctagtgtttccaaccgcgattga 2770152  T
Q  218 atcac---cttcatgcacaaaatgacagaaacttaaattcttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaactttt 314  Q
     ||||   | ||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||| ||||||  |||||| | ||||||||||||||||||||||||| || |||     
T  2770151 ttcactatcatcatgcacacaatgacagaaacttaagtccttcatttttttaatgaaaacttcctggaataaatcatggacttgacatgtttgaattttc 2770052  T
Q  315 ccttcaaagccaacatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatt 414  Q
    ||||      ||||| ||||||| ||||  | |||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||  ||    |||| ||||||||||||||    
T  2770051 cctt------caacaattgagacttgaactaaacttctatgaatcaattcagacaagtactcctctgcaacttcttctggggttcgtctctcatcagatt 2769958  T
Q  415 tgacaaacccctcagctatccattgcc 441  Q
    | | |||||| ||||||||||||||||    
T  2769957 taataaacccttcagctatccattgcc 2769931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 2760502 - 2760086
Alignment:
Q  18 atatgaatcaaagacgtaccctgaatgtcaagtaccttcaatatcctagactgtgaacataatttaccaatgaaaggctccagcaatccaccttttccaa 117  Q
    |||||| |||| || ||||| | |||||||||||||||||| |||||||| |  ||||| | ||| || | |||| ||||||   |  ||| |||   ||    
T  2760502 atatgattcaacgatgtaccttcaatgtcaagtaccttcaaaatcctagatttcgaacacagtttgcccacgaaatgctccaatgacacacttttatgaa 2760403  T
Q  118 aaacatgaatagcacgaaaatgtgaattgtttgttctcttcaacacattgttggaattagaagcaattgataagcgtctagttattccaactgcaactga 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||||||||||||||||||    |||  |  ||||||| |||||||||| | |||||  ||| |||    
T  2760402 aaacatgaatagcacggaaatgtgaaatgttagagctcttcaacacattgttgtggctagtggttattgataggcgtctagttttcccaaccacaagtga 2760303  T
Q  218 atcaccttcat---gcacaaaatgacagaaacttaaattcttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaactttt 314  Q
     ||||| ||||   ||| | |||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||     
T  2760302 ttcaccatcatcatgcatacaatggcagaaactcaaatccttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgtatgtactttc 2760203  T
Q  315 ccttcaaagccaacatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatt 414  Q
    |||||||||  |||||  ||||| || |  |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||   |||||||||| |||||||||    
T  2760202 ccttcaaagttaacatccgagacttggactagacttctctgaatcaattcagacaagtactcctctgcaacttgctctggagttcttctcccatcagatt 2760103  T
Q  415 tgacaaacccctcagct 431  Q
    | |||||||| ||||||    
T  2760102 taacaaacccttcagct 2760086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 20 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 2819846 - 2819407
Alignment:
Q  20 atgaatcaaagacgtaccctgaatgtcaagtaccttcaatatcctagactgtgaacataatttaccaatgaaaggctccagcaatccaccttttccaaaa 119  Q
    |||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||  | ||| || | |||| |||||| | | ||| ||||  |||||    
T  2819846 atgattcaatgatgtaccttgaatgtcaagtaccttcaaaatccgagactttgaacccagtttgcccacgaaatgctccaacgacccagctttatcaaaa 2819747  T
Q  120 acatgaatagcacgaaaatgtgaattgtttgttctcttcaacacattgttggaattagaagcaattgataagcgtctagttattcca---actgc-aact 215  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||| ||||  | |||  |  || |||| |||||||||| |||||   || |  ||||    
T  2819746 acatgaatagcacgaaaatgtgaaatgttagtgctcttcaacacatcgttgtcactagtggttatagataggcgtctagtttttccattcacgggtaact 2819647  T
Q  216 gaatcaccttcatgcacaaaatgacagaaacttaaattcttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttc 315  Q
     |  || | ||||||||| ||||||| || ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| |    
T  2819646 cac-catcatcatgcacacaatgacaaaatcttaaatcctttatttttgtaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatttatcaactttac 2819548  T
Q  316 cttcaaagccaacatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctca--tcagat 413  Q
    |||||||| ||||||  ||||| |||| ||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||| || ||||||||   |||||||||| ||  | | ||    
T  2819547 cttcaaagtcaacatccgagacttgaaccagacttctctgaatcagttcagacaagtactcctctgcaacttgctctggagttcttctcccaactgatat 2819448  T
Q  414 ttg-acaaacccctcagctatccattgcctagttagtctcc 453  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||    
T  2819447 ttgaacaaacccttcagctatccattgtcgagttattctcc 2819407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 218 - 451
Target Start/End: Original strand, 3356419 - 3356652
Alignment:
Q  218 atcaccttcatgcacaaaatgacagaaacttaaattcttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttcct 317  Q
    ||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||     
T  3356419 atcacctccatgcactgaatgacaaaaacttaaatctttcatttttttaatgaccacttcacgcaacaaatcatggacttgacatcttttaactttccca 3356518  T
Q  318 tcaaagccaacatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttga 417  Q
    ||||||||||  || || ||||||| || |||||| || | ||| |||  |||||| || ||||| |||| ||| || | |||| | |  |||   || |    
T  3356519 tcaaagccaagtttggaaacctgaaccaaacttctctgtaccaactctatcaagtactcttcagcaacttcctcgaatggtcttgtgtgctcattcttaa 3356618  T
Q  418 caaacccctcagctatccattgcctagttagtct 451  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| |||||    
T  3356619 caaacccttcagccatccattgcctagtaagtct 3356652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 157 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 3202081 - 3201783
Alignment:
Q  157 tcaacacattgttggaattagaagcaattgataagcgtctagttattccaactgcaactga---atcaccttcatgcacaaaatgacagaaacttaaatt 253  Q
    |||||||||| |||||| |||| || || || || || ||||||||||||||||  |||     ||||||||||||||  ||||| || || |||||||     
T  3202081 tcaacacatttttggaaatagatgctatagaaaaacgcctagttattccaactgtgacttgttcatcaccttcatgcattaaatggcaaaagcttaaatc 3201982  T
Q  254 cttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttcaaagccaacatttgagacctgaatcagacttctg 353  Q
     | ||||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||||||||  | || | ||| || ||||| ||||| || || || ||||||| ||||||     
T  3201981 ttgcatttttctaaggatcacttcacgcaacaaattatggacttgacaactcttgattttcccatcaaaaccaactttggaaacatgaatcaaacttctt 3201882  T
Q  354 tgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgacaaacccctcagctatccattgcctagttagtctc 452  Q
    || ||||| |||| |||||| || ||||| || | ||||  | | ||||| || ||| |  | |||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  3201881 tgtatcaactctgtcaagtactcttcagcaacgttctccggattccttctttcctcacacctaacaaacccttcagccatccattgccgagtaagtctc 3201783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 189 - 299
Target Start/End: Original strand, 3321256 - 3321366
Alignment:
Q  189 aagcgtctagttattccaactgcaactgaatcaccttcatgcacaaaatgacagaaacttaaattcttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaat 288  Q
    |||||||||||||||||||| |||||    ||| ||| |||||  | || ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||    
T  3321256 aagcgtctagttattccaacagcaacctgttcatctttatgcattagataacagaaacttaaatctttcatttttctaaggatcacttcacgcaacaaat 3321355  T
Q  289 catggacttga 299  Q
    |||| ||||||    
T  3321356 catgaacttga 3321366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 218 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 3722617 - 3722483
Alignment:
Q  218 atcaccttcatgcacaaaatgacagaaacttaaattcttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttcct 317  Q
    |||||||||||||||  |||| || ||||| ||||  ||||||||| |||| | || ||| | ||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||     
T  3722617 atcaccttcatgcactgaatggcaaaaactaaaatctttcatttttttaataaccatttcacacaacaaatcatggacttgacatcttttaactttccca 3722518  T
Q  318 tcaaagccaacatttgagacctgaatcagacttct 352  Q
    ||||||||||  || || ||||||| || ||||||    
T  3722517 tcaaagccaagtttggaaacctgaaccaaacttct 3722483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 218 - 301
Target Start/End: Original strand, 3302998 - 3303081
Alignment:
Q  218 atcaccttcatgcacaaaatgacagaaacttaaattcttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgaca 301  Q
    |||| |||||||||  |||||||||||||||  ||  ||||||||| ||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||    
T  3302998 atcatcttcatgcattaaatgacagaaactttgatctttcatttttttaatgatcacttcacgcaacacatcatggacttgaca 3303081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 246 - 394
Target Start/End: Original strand, 3309714 - 3309862
Alignment:
Q  246 cttaaattcttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttcaaagccaacatttgagacctgaatca 345  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||| |   |||| ||||||| |||||||||  |||| ||||| || ||||| |||||  | || ||||||| ||    
T  3309714 cttaaatctttcatttttctaatgatcacctggtgcaacaaatcattgacttgacaacttttgactttcccatcaaaaccaactctggaaacctgaacca 3309813  T
Q  346 gacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaa 394  Q
     |||||| || | ||| |||| || ||| || ||||| |||| ||||||    
T  3309814 aacttctctgtaccaactctgtcaggtactcttcagcaacttcctccaa 3309862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 176; Significance: 1e-94; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 18 - 452
Target Start/End: Original strand, 5002 - 5439
Alignment:
Q  18 atatgaatcaaagacgtaccctgaatgtcaagtaccttcaatatcctagactgtgaacataatttaccaatgaaaggctccagcaatccaccttttccaa 117  Q
    |||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || | |||||| |||||| |||||| | ||||||||||| |||    
T  5002 atatgattcaatgatgtaccttgaatgtcaagtaccttcaaaatcttagactgtgagcacagtttacccatgaaatgctccaacgatccacctttttcaa 5101  T
Q  118 aaacatgaatagcacgaaaatgtgaattgtttgttctcttcaacacattgttggaattagaagcaattgataagcgtctagttattccaactgcaactga 217  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |  || ||||||||||||||| ||| | |||  |  || || | |||||||||| || ||||  ||| |||    
T  5102 aaacgtgaatagcacgaaaatgtgaattatcggtgctcttcaacacattgctgggactagtggttatagacaggcgtctagtttttacaaccacaattga 5201  T
Q  218 atcacc---ttcatgcacaaaatgacagaaacttaaattcttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaactttt 314  Q
     ||||    |||||||||| ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  5202 ttcactattttcatgcacacaatgacaaaaagttaaatccttcatttttctaatgatcacttcacgcaataaatcatggacttgacatgtttgaactttc 5301  T
Q  315 ccttcaaagccaacatttgagacctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatt 414  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| || || || ||||||||   ||||  |||||||||| | |    
T  5302 ccctcaaagccaacatttgagacctgaaccagacttctgtgaatcaattcagacaagtactcatctgcaacttgctcgggagtttgtctctcatcatact 5401  T
Q  415 tgacaaacccctcagctatccattgcctagttagtctc 452  Q
    | |||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||    
T  5402 taacaaacccttcagctatccattgacgagttaatctc 5439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 63 - 148
Target Start/End: Original strand, 11116647 - 11116732
Alignment:
Q  63 ctagactgtgaacataatttaccaatgaaaggctccagcaatccaccttttccaaaaacatgaatagcacgaaaatgtgaattgtt 148  Q
    ||||||| || ||| |||||||| | |||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11116647 ctagactttgcacacaatttacccaggaaaggctccaagaatccacctttttcaaaaacatgaatagcacggaaatgtgaattgtt 11116732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 236 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 4257777 - 4257572
Alignment:
Q  236 atgacagaaacttaaattcttcatttttctaatgatcacttcccgcaataaatcatggacttgacatgttttaacttttccttcaaagccaacatttgag 335  Q
    |||||| ||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||| || || |||||||||| | ||||  || |  |||| || ||| ||  ||||   |||    
T  4257777 atgacaaaaactcaaatccttcatttttctcatgatcatttctcgtaacaaatcatggattcgacagcttgtcgctttaccatcatagtgaacacgggag 4257678  T
Q  336 acctgaatcagacttctgtgaatcaattctgacaagtattcctcagccacttgctccaaagttcttctctcatcagatttgacaaacccctcagctatcc 435  Q
    || |||| || ||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||  | |||| |||||||| | ||| | | |||  ||| ||||||||||| |||||||    
T  4257677 acatgaaccaaacttctgtggatcaactctgtcaaatattcctctccaacttcctccaaagattttcccacttcatgtttaacaaacccctctgctatcc 4257578  T
Q  436 attgcc 441  Q
    ||||||    
T  4257577 attgcc 4257572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University