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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF17093_low_1 (Length: 1083)
Name: NF17093_low_1
Description: NF17093
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17093_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 979; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 979; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 1066
Target Start/End: Original strand, 27355618 - 27356672
Alignment:
| Q |
14 |
cacagagaatgcattagtgtagtaatctagtgtatagttgtaatgatgcatatactttagattagcataagcttgttattattagtttgttactagctag |
113 |
Q |
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| T |
27355618 |
cacagagaatgcattagtgtagtaatctagtgtatagttgtaatgatgcatatactttagattagcataagcttgttattattagtttgttactagctag |
27355717 |
T |
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| Q |
114 |
aagttagttggataaggatgagttagttacttaaagattaactcaccatatggtttacttggtggtcaagtaaccatggttagttagaagttttgatttg |
213 |
Q |
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|
| T |
27355718 |
aagttagttggataaggatgagttagttacttaaagattaactcaccatatggtttacttggtggtcaagaaaccatggttagttagaagttttgatttg |
27355817 |
T |
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| Q |
214 |
tgtatataagttatgtattgcacttagaaaatgtatcatataagttgaataaaatttcaagaatcctttttccacaaaattaagcaacttatcccaacat |
313 |
Q |
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| T |
27355818 |
tgtatataagttatgtattgcacttagaaaatgtatcatataagttgaataaaatttccagaatcctttttccacaaaattaagcaacttatcccaacat |
27355917 |
T |
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| Q |
314 |
aa-ttgcctattaatcttgtaaattgatgattatttatcatgtgtaaattgcctattagcgtttagttccttccttgaaataaggcactaaacatggagt |
412 |
Q |
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| T |
27355918 |
aaattgcctattaatcttgtaaattgatgattatttatcatgtgtaaattgcctattagcgtttagttccttccttgaaataaggcactaaacatggagt |
27356017 |
T |
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| Q |
413 |
agagaatttatgagtaagtaataggcaaaaccgacacattctaactgtagtgcaaaaagaatgactatttattatgaaaatgaaatgttgaagaaaaata |
512 |
Q |
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| T |
27356018 |
aaagaatttatgagtcagtaataggcaaaaacgacacattctaactgtagtgcaaaaagaatgactatttattatgaaaatgaaatgttgaagaaaaata |
27356117 |
T |
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| Q |
513 |
atcatgttaggaacatgcatctttggcgccaaaacaatgaaagcaatcacaaatcttgtccaaatgtgatgtcaaattaataacacacttgtttctatag |
612 |
Q |
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| T |
27356118 |
atcatgttaggaacatgcaactttggcgccaaaacaatgaaagcaatcacaaatcttgtccaaatgtgatgtcaaattaataacacacttgtttctatag |
27356217 |
T |
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| Q |
613 |
aattacacacactttgccaagccagaagcaagtccatgattacacatttaattgattcataaaaagtaaaaagctaggaagaaaacatgcactg-caccg |
711 |
Q |
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| T |
27356218 |
aattacacacactttgccaagccagaagcaagtccatgattacacatttaattgattcataaaaagtaaaaagctaggaagaaaacatgcaccgccttag |
27356317 |
T |
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| Q |
712 |
ccttagaatccctcaaatgtcataaaacaattcctgaaacagtttcatctgatctggaggcagagcaattgccaaagataagctaccatcatttgttgag |
811 |
Q |
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| T |
27356318 |
aaatagaatccctcaaatgtcataaaacaattcctgaaacagtttcatctgatctggaggcagagcaattgccaaagataagctaccatcatttgttgag |
27356417 |
T |
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| Q |
812 |
ctcggaatgatgaaagataacccctcatatgcaatcccaccaggtcccatgaatatgggtcttccccaaccaaagtcagcatcatggattggtaaccttg |
911 |
Q |
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| T |
27356418 |
ctcggaatgatgaaagataacccctcatatgcaatcccaccaggtcccatgaatatgggtcttccccaaccaaagtcagcttcatagattggtaaccttg |
27356517 |
T |
|
| Q |
912 |
cccagctagtgataccaagatttggacacttaaaagtatgtgcaccacgaacaagagctttcaaatcaggttgtagctcaagatagtccaaagcagatct |
1011 |
Q |
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| T |
27356518 |
cccagctagtgataccaagatttggacacttaaaagtatgtgcaccacgaacaagagctttcaaatcaggttgtagctcaagatagtccaaagcagatct |
27356617 |
T |
|
| Q |
1012 |
caaataatcattatccatttgtaacaatgcattgtggattctgctagcagcatac |
1066 |
Q |
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|
|
| T |
27356618 |
caaataatcattatccatttgtaacaatgcattgtggattctgctagcagcatac |
27356672 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 874; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 1066
Target Start/End: Complemental strand, 45411551 - 45410491
Alignment:
| Q |
5 |
gaggagcagcacagagaatgcattagtgtagtaatctagtgtatagttgtaatgatgcatatactttagattagcataagcttgttattattagtttgtt |
104 |
Q |
| |
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||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45411551 |
gaggatcatcacagagaatgcattaatgtagtaatctagtgtatagttgtaatgatgcatatactttagattagcataagcttgttattattagtttgtt |
45411452 |
T |
|
| Q |
105 |
actagctagaagttagttggataaggatgagttagttacttaaagattaactcaccatatggtttacttggtggtcaagtaaccatggttagttagaagt |
204 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
45411451 |
actagctagaagttagttggataaggatgagatagttacttaaagattaactcacgatatggtttacttggtggtcaagtaatcatggttagttagaagt |
45411352 |
T |
|
| Q |
205 |
tttgatttgtgtatataagttatgtattgcacttagaaaatgtatcatataagttgaataaaatttcaagaatcctttttccacaaaattaagcaactta |
304 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45411351 |
tttgatttgtgtatataaattatgtattgcactgagaaaatgtatcatataagttgaataaaatttccacaatcctttttccacaaaattaagcaactta |
45411252 |
T |
|
| Q |
305 |
tcccaacataa-ttgcctattaatcttgtaaattgatgattatttatcatgtgtaaattgcctattagcgtttagttccttccttgaaataaggcactaa |
403 |
Q |
| |
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|
| T |
45411251 |
tcccaacataaattgcctattaatcttgtaaattgatgattatttatcat-------------attcgcgtttagttccttccttgaaataaggcactaa |
45411165 |
T |
|
| Q |
404 |
acatggagtagagaatttatgagt------aagtaataggcaaaaccgacacattctaactgtagtgcaaaaagaatgactatttattatgaaaatgaaa |
497 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
45411164 |
acatggagtagagaatttatgagttaagtaaagtaataggcaaagacgacacattctaactgtattgcaaaaagaatgactatttattatgaaaatgaaa |
45411065 |
T |
|
| Q |
498 |
tgttgaagaaaaataatcatgttaggaacatgcatctttggcgccaaaacaatgaaagcaatcacaaatcttgtccaaatgtgatgtcaaattaataaca |
597 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45411064 |
tgttgaagaaaaataatcatgttaggaacatgcaactttggcgccaaaacaatgaaagcaatcacaaatcttgtccaaatgtgatgtcaaattaataaca |
45410965 |
T |
|
| Q |
598 |
cacttgtttctatagaattacacacactttgccaagccagaagcaagtccatgattacacatttaattgatt----cataaaaagtaaaaagctaggaag |
693 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45410964 |
cacttgtttctatagaattacacacactttgccaagccagaagcaagtccatgattacacatttaattgattgattcataaaaagtaaaaagctaggaag |
45410865 |
T |
|
| Q |
694 |
aaaacatgcactgcacc-gccttagaatccctcaaatgtcataaaacaattcctgaaacagtttcatctgatctggaggcagagcaattgccaaagataa |
792 |
Q |
| |
|
||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
45410864 |
aaaacatgcaccgccttagaaatagaatccctcaaatgtcataaaacaattcctgaaacagtttcatctgatctggaggcagaccaattgccaaagataa |
45410765 |
T |
|
| Q |
793 |
gctaccatcatttgttgagctcggaatgatgaaagataacccctcatatgcaatcccaccaggtcccatgaatatgggtcttccccaaccaaagtcagca |
892 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
45410764 |
gctaccatcatttgttgagctcggaatgatgaaagataacccctcatatgcaatcccaccaggtcccatgaatatgggtcttccccaaccaaagtcagct |
45410665 |
T |
|
| Q |
893 |
tcatggattggtaaccttgcccagctagtgataccaagatttggacacttaaaagtatgtgcaccacgaacaagagctttcaaatcaggttgtagctcaa |
992 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
45410664 |
tcatagattggtaaccttgcccagctagtgataccaagatttggacacttaaaagtatgtgcaccacgaacaagagctttcaaatcaggttgtagctcaa |
45410565 |
T |
|
| Q |
993 |
gatagtccaaagcagatctcaaataatcattatccatttgtaacaatgcattgtggattctgctagcagcatac |
1066 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45410564 |
gatagtccaaagcagatctcaaataatcattatccatttgtaacaatgcattgtggattctgctagcagcatac |
45410491 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 122; Significance: 5e-62; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 773 - 1066
Target Start/End: Complemental strand, 1130757 - 1130464
Alignment:
| Q |
773 |
agagcaattgccaaagataagctaccatcatttgttgagctcggaatgatgaaagataacccctcatatgcaatcccaccaggtcccatgaatatgggtc |
872 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||| || |||||||||| |||||| ||||| |||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || | |
|
|
| T |
1130757 |
agagcaattgccacagataaacttccatcatttgctgagcttggaattatgaaagaaagcccttcataagcaatcccaccaggtcccatgaaaataggcc |
1130658 |
T |
|
| Q |
873 |
ttccccaaccaaagtcagcatcatggattggtaaccttgcccagctagtgataccaagatttggacacttaaaagtatgtgcaccacgaacaagagcttt |
972 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||| || || | ||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |
|
|
| T |
1130657 |
ttccccaaccaaaatcagcatcatgtatcggaagcctagcccaactagtaataccaagattcggacacttgaaagtatgtgcaccgcgaacaagagcctt |
1130558 |
T |
|
| Q |
973 |
caaatcaggttgtagctcaagatagtccaaagcagatctcaaataatcattatccatttgtaacaatgcattgtggattctgctagcagcatac |
1066 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||| | || | ||| ||||||||||| || || |||||| | |||| || ||||| ||||| || ||||||||| |
|
|
| T |
1130557 |
aagatcaggttgtagctcaagaaaatcaagagctgatctcaaatactcgttgtccattcgcgacaacgcgttgtgaattctacttgcagcatac |
1130464 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 81; Significance: 1e-37; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 89 - 233
Target Start/End: Original strand, 7552123 - 7552267
Alignment:
| Q |
89 |
ttattattagtttgttactagctagaagttagttggataaggatgagttagttacttaaagattaactcaccatatggtttacttggtggtcaagtaacc |
188 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||| | |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
7552123 |
ttattattaaattgttattggctagaagttggtcggataaggatgagttagttagttaaaaattaactcaccatagaatttacttgcgagtcaagtaacc |
7552222 |
T |
|
| Q |
189 |
atggttagttagaagttttgatttgtgtatataagttatgtattg |
233 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
7552223 |
atagttagttagaagttttgatttgtgtatataagtgatgtattg |
7552267 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 97 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 8850027 - 8849934
Alignment:
| Q |
97 |
agtttgttactagctagaagttagttggataaggatgagttagttacttaaagattaac-tcaccatatggtttacttggtggtcaagtaacca |
189 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| | | ||||||||||||||| | ||||| |||||| |
|
|
| T |
8850027 |
agttagttactagctaaaagttagttggataagattgagttagttagtttaagattaacttgatcatatggtttacttgatagtcaattaacca |
8849934 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 62; Significance: 3e-26; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 36 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 14806416 - 14806232
Alignment:
| Q |
36 |
taatctagtgtatagttgtaatgatgcatatactttagattagcataagcttgttattattagtttgttactagctagaagttagttggataaggatgag |
135 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||| | ||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
14806416 |
taatctaatgtatagttgttatgatgtacatactttagattaaaacaagtttgttaaaa---gtttgttacaggctagaagttagttggataaggacgaa |
14806320 |
T |
|
| Q |
136 |
ttagttacttaaagattaactcaccatatggtttacttggtggtcaagtaaccatggttagttagaagttttgatttgtgtatataag |
223 |
Q |
| |
|
||||||| ||| |||||||||||| ||| || | ||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
14806319 |
ttagttagttagagattaactcactatagatttaatttggtggacaaacaaccatagttagtcagaagttttaatttgtgtatataag |
14806232 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 851 - 944
Target Start/End: Original strand, 31965192 - 31965285
Alignment:
| Q |
851 |
ccaggtcccatgaatatgggtcttccccaaccaaagtcagcatcatggattggtaaccttgcccagctagtgataccaagatttggacacttaa |
944 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31965192 |
ccaggtcccatgaaaattggccttccccaaccaaaatcagcatcatagattggaaactttgcccaactaatgatcgcaagatttggacacttaa |
31965285 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 94 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 10281049 - 10280970
Alignment:
| Q |
94 |
attagtttgttactagctagaagttagttggataaggatgagttagttacttaaagattaactcaccatatggtttactt |
173 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||| |
|
|
| T |
10281049 |
attagtttgtgactatctagaagttagttagagaaggatgagttagttggttagagattaactcaccttagggtttactt |
10280970 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 51; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 99 - 221
Target Start/End: Original strand, 55212258 - 55212377
Alignment:
| Q |
99 |
tttgttactagctagaagttagttggataaggatgagttagttacttaaagattaactcaccatatggtttacttggtggtcaagtaaccatggttagtt |
198 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| | | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || |
|
|
| T |
55212258 |
tttgttactagatagaagttggtttgataaggatgagttagttag----agattagcaaatcatatggtttacttggtagtcaagtaaccatgattaatt |
55212353 |
T |
|
| Q |
199 |
agaagtttt-gatttgtgtatata |
221 |
Q |
| |
|
| ||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
55212354 |
ataagttttcgatttgtgtatata |
55212377 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000003; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 51 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 2060339 - 2060165
Alignment:
| Q |
51 |
ttgtaatgatgcatatactttagattagcataagcttgttattattagtttgttactagctagaagt-tagttggataaggatgagttagttacttaaag |
149 |
Q |
| |
|
|||| |||||| |||||||||||||||| | ||| |||||| | ||| |||||||| || ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| || |
|
|
| T |
2060339 |
ttgttatgatgtatatactttagattagtacaagtttgttagaa---gttcgttactagttataaggatagttagataaggatgagttagttagttagag |
2060243 |
T |
|
| Q |
150 |
attaactcaccatatggtttacttggtggtcaagtaaccatggttagttagaagtttt-gatttgtgtatataagttatgtattgca |
235 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| |
|
|
| T |
2060242 |
attaactc---------tttactcggtggtttagtaaccataattagttagaagttttggatttgtgtatacaagtggtgtattgca |
2060165 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 31608605 - 31608527
Alignment:
| Q |
38 |
atctagtgtatagttgtaatgatgcatatactttagattagcataagcttgttattattagtttgttactagctagaagtta |
119 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
31608605 |
atctagtgtatagttgttttgatgtatatatattagattagcacaaatttg---ttattagtttgttcctagctagaagtta |
31608527 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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