View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1709R-Insertion-3 (Length: 1016)

Name: NF1709R-Insertion-3
Description: NF1709R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1709R-Insertion-3
NF1709R-Insertion-3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (10-1002)||(42216297-42217291)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 892; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 892; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 1002
Target Start/End: Complemental strand, 42217291 - 42216297
Alignment:
Q  10 attgtaccttcgatcctcataggtttctttcttctgttcctctccgtgctgcgcacaatccccgcaaagctgctatcgtgcgcagttttcgtcgattgat 109  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42217291 attgtacctccgatcctcataggtttctttcttctgttcctctccgtgctgcgcacaatctccgcatagctgctatcgtgcgcagttttcgtcgattgat 42217192  T
Q  110 ttattgagtgcctaagatacaatacaagtactgaaaaatcaccaatttagagaaggagtatggctgatatattcgcatggctcttctccttcttcaccct 209  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42217191 ttattgagagc-taagatacaatacaagtactgaaaaatcaccaatttagagaaggagtatggctgatatattcgcatggctcttctccttcttcaccct 42217093  T
Q  210 cattgccttaattgtaattattatttatcaggtcaaaccctaaaccctataactcattctttccccctttttatttttagtcaacttgaatcgccccatg 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42217092 cattgccttaattgtaattattatttatcaggtcaaaccctaaaccctataactcattctttccccctttttatttttagtcaacttgaatcgccccatg 42216993  T
Q  310 atctaaagctttgtttttt-agcttaataattcaactgggtatctatgatatattgattttgatctattgcatattcaaatgctaactttgttttacatt 408  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42216992 atgtaaagctttgtttttttagcttaataattcaactgggtatctatgatatattgattttgatctattgcatattcaaatgctaactttgttttacatt 42216893  T
Q  409 ttttattatttcagttaatgtgcttggcagaccttgaatttgattatataaatccttatgattctgcatctcgaataaacaaaatggttttgcctgagta 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42216892 ttttattatttcagttaatgtgcttggcagaccttgaatttgattatataaatccttatgattctgcatctcgaataaacaaaatggttttgcctgagta 42216793  T
Q  509 tatcacagtagcttccctgtgcggtttctaccttgtaacaggacattgggttatggcactgttgtgtgctccttacctctactacaattatagattgtaa 608  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42216792 tatcacagtagctgccctgtgcggtttctaccttgtaacaggacattgggttatggcactgttgtgtgctccttacctctactacaattatagattgtaa 42216693  T
Q  609 gttttctatctaa--ataaaaatcttgaaataagccatgaaaatttattgttaatgaaagatactgattacacattataatgtttttgagaaacatatgg 706  Q
    |||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42216692 gttttctatctaattaaaaaaatcttgaaataagccatgaaaatttattgttaatgaaagatactgattacacattataatgtttttgagaaacatatgg 42216593  T
Q  707 tagaaagtagttattgtttccactcggatttatgagtgaatggtagtttgagttagaaatttggatctttgcatttttcggcattgtagtagtgtacttg 806  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42216592 tagaaagtagttattgtttccactcggatttatgagtgaatggtagtttgagttagaaatttggatctttgcattttttggcattgtagtagtgtacttg 42216493  T
Q  807 tgcgactgctctgtatagagtaactcattgattgtacataagataaactagtttgatagctataaattatgtgttggtttatgtttcttggaattgctaa 906  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42216492 tacgactgctctgtatagagtaactcattgattgtacataagataaactagtttgatagctataaattatgtgttggtttatgtttcttggaattgctaa 42216393  T
Q  907 gcttttttcgctact-atgattcctagatattttgattctaag-aacttcttcacggggaagcattcatggtggtgatcagtagtttgcgtgaaggtt 1002  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||| ||||    
T  42216392 gctttttttgctactaatgattcctagatattttgattctaagaaacttcttcacggggaagcattcatg--tgtgatcagtagtttgggtgagggtt 42216297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University