View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1709R-Insertion-4 (Length: 810)

Name: NF1709R-Insertion-4
Description: NF1709R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1709R-Insertion-4
NF1709R-Insertion-4
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (9-796)||(35170292-35171076)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 712; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 712; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 796
Target Start/End: Original strand, 35170292 - 35171076
Alignment:
Q  9 gttcagtctgcttctgctttttgtcttgctggtattgtacaaaacacgcggaatcctcctgtttcggttttgtatggtatgttgattaggattcttaagt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170292 gttcagtctgcttctgctttttgtcttgctggtattgtacaaaacacgcggaatcctcctgtttcggttttgtatggtatgttgattaggattcttaagt 35170391  T
Q  109 tgcttaagaatccacattttatggcgaaacctgcgttgattgagttgaataggtgtattattcaggctggtggagcttcgacgcagagtgttcttttgac 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170392 tgcttaagaatccacattttatggcgaaacctgcgttgattgagttgaataggtgtattattcaggctggtggagcttcgacgcagagtgttcttttgac 35170491  T
Q  209 ggctgttggtagtattagagagggtttgaatgatacggattggaaaacacgtaaagcggcttccgttgcgttgggacaaattgctttgactcgtgcttcg 308  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170492 tgctgttggtagtattagagagggtttgaatgatacggattggaaaacacgtaaagcggcttccgttgcgttgggacaaattgctttgactcgtgcttcg 35170591  T
Q  309 ttcttgtcgtctttgagggcttcttgtattcattctcttgattcatcgaggtttgataaggtggttactcactctctgtttttgacattattagtattgc 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170592 ttcttgtcgtctttgagggcttcttgtattcattctcttgattcatcgaggtttgataaggtggttactcactctctgtttttgacattattagtattgc 35170691  T
Q  409 atttctcaatattcatgtttctcattaactaacttatatgtgtatatatgaataatcgtttataggtcaaaccggtgagggatgcggttttacaagctct 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170692 atttctcaatattcatgtttctcattaactaacttatatgtgtatatatgaataatcgtttataggtcaaaccggtgagggatgcggttttacaagctct 35170791  T
Q  509 taaatattggaaaatgcttccgggtcattatactactgagccttcagaaactggggtcctccttaaaaggtttacctttgctctcnnnnnnnnnnnnnga 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||             ||    
T  35170792 taaatattggaaaatgcttccgggtcattatactaccgagccttcggaaact-gggtcctccttaaaaggtttacctttgctctc-tttttgaattttga 35170889  T
Q  609 tatcaatattacttttggtttgaataaggataatatacatatgatagtattatacgtcctaattagatagtattcttgtttatattcatcttaattaacc 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170890 tatcaatattacttttggtttgaataaggat-atatacatatggtagtattatacgtcctaattagatagtattcttgtttatattcatcttaattaacc 35170988  T
Q  709 ttgagcacatggctaaaatagtaatatgctaatatcatcatctgttaggatgaatttgtgacaaaactttctaattgctattctttta 796  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170989 ttgagcacatggctaaaatagtaatatgctaatatcatcatctgttaggatgaatttgtgacaaaactttctaattgctattctttta 35171076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University