View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1709R-Insertion-7 (Length: 650)

Name: NF1709R-Insertion-7
Description: NF1709R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1709R-Insertion-7
NF1709R-Insertion-7
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (13-650)||(24355717-24356352)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 575; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 575; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 650
Target Start/End: Original strand, 24355717 - 24356352
Alignment:
Q  13 aaactggtttacagttctttaaaccaatgtttcaaatagctgccgcgttatgatctttgatatctaagagaatcacaatcgattgagactgatgtggtct 112  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24355717 aaactggattacagttctttaaaccaatgttttaaatagctgccgcgttatgatctttgatatctaagaaaatcacaatcgattgagactgatgcggtct 24355816  T
Q  113 caatcgcagttgtgttgaaatattttgtggtcgaggctcagattgtggttgcagacttttnnnnnnnnttctgcctaaaatgcataatagtttcatttca 212  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24355817 caattgcagttgtgttgaaatattttgtggtcgaggctcagattgtggttgcagactttttaaaaaaattctgcctaaaatgcataatagtttcatttca 24355916  T
Q  213 ttttagtggcttatgatacataacaatatctttcttgtggactcacttggctaacataaagcacatgtttttcatgcatttatcagtcatctttcttgtg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24355917 ttttagtggcttatgatacataacaatatctttcttgtggactcacttggctaacataaagcacatgtttttcatgcatttatcagtcatctttcttgtg 24356016  T
Q  313 gggttacatattctcttcagtgattggtggagctttggtagatagatatggaggaaaaagggtgatggcttggggtgtattgttgtggtctttagcaact 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24356017 gggttacatattctcttcagtgattggtggagcattggtagatagatatggaggaaaaagggtgatggcttggggtgtattgttgtggtctttagcaact 24356116  T
Q  413 ctccttacacctttagcagccaaccactcaacaatagccttgttggcaattcgcgctttcttcggactagctgaaggagtagctcttccatccatgagca 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24356117 ctccttacacctttagcagccaaccactcaacaatagccttgttggcaattcgcgctttcttcggactagctgaaggagtagctcttccatccatgagca 24356216  T
Q  513 ctctcttatcaaggtgatacgtctaaaatctccttagacatatatatatttaaggtttaattattcatttagtcttgcaaatatggctaactttgatgtt 612  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24356217 ctctcttatcaaggtgatacctctaaaatctccttagac--atatatatttaaggtttaattattcatttagtcttgcaaatatggctaactttgatgtt 24356314  T
Q  613 agttcttgtaaataaatagttaaaccgatacttagcta 650  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24356315 agttcttgtaaataaatagttaaaccgatacttagcta 24356352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University