View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1709_low_6 (Length: 547)

Name: NF1709_low_6
Description: NF1709
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1709_low_6
NF1709_low_6
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (1-393)||(38550748-38551138)
chr7 (456-532)||(38550635-38550711)
chr7 (460-532)||(30939774-30939846)
chr7 (460-532)||(37114893-37114965)
chr7 (460-532)||(38473488-38473560)
chr7 (460-532)||(27665411-27665482)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (460-532)||(107950-108022)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (460-532)||(27691853-27691925)
chr8 (460-532)||(42942481-42942553)
chr8 (465-532)||(7744496-7744563)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (460-532)||(7050446-7050518)
chr6 (460-531)||(6900173-6900244)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (460-532)||(2853633-2853705)
chr5 (460-532)||(24540556-24540628)
chr5 (459-532)||(28821066-28821139)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (460-532)||(35403033-35403105)
chr4 (460-532)||(48646110-48646182)
chr4 (460-532)||(54386828-54386900)
chr4 (499-532)||(2692651-2692684)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (460-532)||(30599572-30599644)
chr3 (460-532)||(44794906-44794978)
chr3 (465-532)||(21349406-21349473)
chr3 (460-532)||(42280195-42280266)
chr3 (499-532)||(46113213-46113246)
chr3 (499-532)||(51685337-51685370)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (460-532)||(46582953-46583025)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 38551138 - 38550748
Alignment:
Q  1 aaataattctaatataataattggagcgtgattcacgtggaatagtgactgttttttatggatgttttatttattgaaagatatataaatacaaatatgc 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  38551138 aaataatactaatataataattggtgcgtgattcacgtggaatagtgactgttttttatggatgttttatttattgaaagatatataaatacaaataggc 38551039  T
Q  101 aacgtgtcgaaaaaggaatgaataatttttctgaggctttatcgattgcaataccagaatgttcggttgctggaactaagaacaaagtgtgaaaagagca 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38551038 aacgtgtcgaaaaaggaatgaataatttttctgaggctttatcgattgcaataccagaatgttcggttgccggaactaagaacaaagtgtgaaaagagaa 38550939  T
Q  201 acacggaaagaaagtttaagaattctnnnnnnnnnnnnnnnnntgctatttctaaggagagataggcctagcgaaattttcagccacatctccgtgtatt 300  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||                 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  38550938 acacgtaaagaaagtttaagaattct-aaaaaaaataaaaaaatgctatttctaaggagagataggcctaacgaaatttccagccacatctccgtgt-tt 38550841  T
Q  301 ataacaaataatgcatgtgattaacttctcttctttatttttgtagttagggatcgtgacactttctttctagagatataacactgctaaaaa 393  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38550840 atgacaaataatgcatgtgattgacttcgcttctttatttttgtagctggggatcgtgacactttctttctagagatataacactgctaaaaa 38550748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 456 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 38550711 - 38550635
Alignment:
Q  456 gtgtatgatttgatggctatgtaatgttannnnnnnggttatataatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||       || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38550711 gtgtatgatttgatgtctatgtaatgttatttttttggctatgtaatgacttatgaaaattaaatgtatgacttatg 38550635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 460 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 30939846 - 30939774
Alignment:
Q  460 atgatttgatggctatgtaatgttannnnnnnggttatataatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    |||| ||||||||||||||||||||       || ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  30939846 atgacttgatggctatgtaatgttatttttttggctatgtaatgacttatgaacatcaaatatatgacttatg 30939774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 460 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 37114965 - 37114893
Alignment:
Q  460 atgatttgatggctatgtaatgttannnnnnnggttatataatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    ||||||||||| |||||||||||||       || ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  37114965 atgatttgatgactatgtaatgttatttttttggctatgtaatgacttatgaacatcaaatatatgacttatg 37114893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 460 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 38473560 - 38473488
Alignment:
Q  460 atgatttgatggctatgtaatgttannnnnnnggttatataatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    |||| ||||||||||||||||||||       || ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  38473560 atgacttgatggctatgtaatgttatttttttggctatgtaatgacttatgaacatcaaatatatgacttatg 38473488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 460 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 27665482 - 27665411
Alignment:
Q  460 atgatttgatggctatgtaatgttannnnnnnggttatataatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    |||| ||||||||||||||||||||       |||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  27665482 atgacttgatggctatgtaatgttatttttt-ggttatgtaatgacttatgaacatcaaatatatgacttatg 27665411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 460 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 108022 - 107950
Alignment:
Q  460 atgatttgatggctatgtaatgttannnnnnnggttatataatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    |||| ||||||||||||||||||||       || ||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  108022 atgacttgatggctatgtaatgttatttttttggctatgtaatgacatatgaacatcaaatgtatgacttatg 107950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 460 - 532
Target Start/End: Original strand, 27691853 - 27691925
Alignment:
Q  460 atgatttgatggctatgtaatgttannnnnnnggttatataatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    ||||||||||| |||||||||||||       || ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  27691853 atgatttgatgactatgtaatgttatttttttggctatgtaatgacttatgaacatcaaatatatgacttatg 27691925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 460 - 532
Target Start/End: Original strand, 42942481 - 42942553
Alignment:
Q  460 atgatttgatggctatgtaatgttannnnnnnggttatataatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    |||| ||||||||||||||||||||       || ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  42942481 atgacttgatggctatgtaatgttatttttctggctatgtaatgacttatgaacatcaaatatatgacttatg 42942553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 465 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 7744563 - 7744496
Alignment:
Q  465 ttgatggctatgtaatgttannnnnnnggttatataatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    ||||||||||||||||||||       || ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  7744563 ttgatggctatgtaatgttatttttttggctatgtaatggcttatgaacatcaaatgtatgacttatg 7744496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 460 - 532
Target Start/End: Original strand, 7050446 - 7050518
Alignment:
Q  460 atgatttgatggctatgtaatgttannnnnnnggttatataatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    |||| ||||||||||||||||||||       || ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  7050446 atgacttgatggctatgtaatgttatttttttggctatgtaatgacttatgaacatcaaatatatgacttatg 7050518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 460 - 531
Target Start/End: Original strand, 6900173 - 6900244
Alignment:
Q  460 atgatttgatggctatgtaatgttannnnnnnggttatataatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttat 531  Q
    |||| |||||||||| |||||||||       || ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  6900173 atgacttgatggctacgtaatgttatttttttggctatgtaatgacttatgaacatcaaatgtatgacttat 6900244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 460 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 2853705 - 2853633
Alignment:
Q  460 atgatttgatggctatgtaatgttannnnnnnggttatataatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    |||||||||||||||| ||||||||       || ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  2853705 atgatttgatggctatataatgttattcttttggctatgtaatgacttatgaacatcaaatatatgacttatg 2853633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 460 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 24540628 - 24540556
Alignment:
Q  460 atgatttgatggctatgtaatgttannnnnnnggttatataatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    |||| ||||||||||||||||||||       || ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  24540628 atgacttgatggctatgtaatgttatttttatggctatgtaatgacttatgaacatcaaatatatgacttatg 24540556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 459 - 532
Target Start/End: Original strand, 28821066 - 28821139
Alignment:
Q  459 tatgatttgatggctatgtaatgttannnnnnnggttatataatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||       || ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  28821066 tatgacttgatgcctatgtaatgttatttttttggctatgtaatgacttatgaacatcaaatatatgacttatg 28821139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 460 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 35403105 - 35403033
Alignment:
Q  460 atgatttgatggctatgtaatgttannnnnnnggttatataatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    |||| ||||||||||||||||||||       || ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  35403105 atgacttgatggctatgtaatgttatttttttggctatgtaatgacttatgaacatcaaatatatgacttatg 35403033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 460 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 48646182 - 48646110
Alignment:
Q  460 atgatttgatggctatgtaatgttannnnnnnggttatataatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    |||| ||||||||||||||||||||       || ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  48646182 atgacttgatggctatgtaatgttatttttttggctatgtaatgacttatgaacatcaaatatatgacttatg 48646110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 460 - 532
Target Start/End: Original strand, 54386828 - 54386900
Alignment:
Q  460 atgatttgatggctatgtaatgttannnnnnnggttatataatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    |||| |||||||||||||| |||||       || ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  54386828 atgacttgatggctatgtagtgttatttttttggctatgtaatgacttatgaacatcaaatgtatgacttatg 54386900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 499 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 2692684 - 2692651
Alignment:
Q  499 taatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2692684 taatgacttatgaacatcaaatgtatgacttatg 2692651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 460 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 30599644 - 30599572
Alignment:
Q  460 atgatttgatggctatgtaatgttannnnnnnggttatataatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    |||| ||||||||||||||||||||       || ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  30599644 atgacttgatggctatgtaatgttatttttttggctatgtaatgacttatgaacatcaaatatatgacttatg 30599572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 460 - 532
Target Start/End: Original strand, 44794906 - 44794978
Alignment:
Q  460 atgatttgatggctatgtaatgttannnnnnnggttatataatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    ||||||||||| |||||||||||||       || ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  44794906 atgatttgatgactatgtaatgttatttttttggctatgtaatgacttatgaacatcaaatatatgacttatg 44794978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 465 - 532
Target Start/End: Original strand, 21349406 - 21349473
Alignment:
Q  465 ttgatggctatgtaatgttannnnnnnggttatataatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    ||||||||||||||||||||       || ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  21349406 ttgatggctatgtaatgttatttttttggctatgtaatgacttatgaacatcaaatatatgacttatg 21349473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 460 - 532
Target Start/End: Original strand, 42280195 - 42280266
Alignment:
Q  460 atgatttgatggctatgtaatgttannnnnnnggttatataatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    |||| ||||||||||||||||||||       || ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42280195 atgacttgatggctatgtaatgttatttttt-ggctatgtaatgacttatgaacatcaaatgtatgacttatg 42280266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 499 - 532
Target Start/End: Original strand, 46113213 - 46113246
Alignment:
Q  499 taatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  46113213 taatgacttatgaacatcaaatgtatgacttatg 46113246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 499 - 532
Target Start/End: Original strand, 51685337 - 51685370
Alignment:
Q  499 taatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  51685337 taatgacttatgaacatcaaatgtatgacttatg 51685370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 460 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 46583025 - 46582953
Alignment:
Q  460 atgatttgatggctatgtaatgttannnnnnnggttatataatgacttatgaaaatcaaatgtatgacttatg 532  Q
    |||||||||||||||||||||||||       || ||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  46583025 atgatttgatggctatgtaatgttatttttttggctatgtaatgacttatgaacatcaaatatattacttatg 46582953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University