View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17102_high_2 (Length: 473)

Name: NF17102_high_2
Description: NF17102
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17102_high_2
NF17102_high_2
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (80-454)||(39726364-39726738)
chr5 (80-454)||(38987651-38988019)
chr5 (80-454)||(39879760-39880134)
chr5 (81-454)||(40418230-40418597)
chr5 (81-383)||(39168793-39169098)
chr5 (81-218)||(3299480-3299620)
chr5 (81-218)||(3392373-3392513)
chr5 (84-225)||(39399809-39399950)
chr5 (81-225)||(1163680-1163824)
chr5 (81-225)||(1849912-1850059)
chr5 (261-398)||(3299639-3299779)
chr5 (261-398)||(3392532-3392672)
chr5 (308-398)||(1163549-1163639)
chr5 (308-398)||(1850100-1850190)
chr5 (110-212)||(40102213-40102315)
chr5 (332-364)||(39400042-39400074)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (81-400)||(25912113-25912429)
chr4 (146-212)||(44444772-44444838)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 367; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 80 - 454
Target Start/End: Original strand, 39726364 - 39726738
Alignment:
80 cgccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtatt 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
39726364 cgccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatctcggtcgtatc 39726463  T
180 ttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggaggagtaggagaaggaggagctgacaccaacaccaataacaaccttcctgctgccattt 279  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39726464 ttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggaggagtaggagaaggaggagctgacaccaacaccaataacaaccttcctgctgccattt 39726563  T
280 tgatcagcaagattagttatgccgaagtgaatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaaca 379  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39726564 tgatcagcaagattagttatgccgaagtgaatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaaca 39726663  T
380 agaccctcaactactcttcaagataacagcaccctaccgaaatccaaacaaccactacacatatgacgggccctt 454  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39726664 agaccctcaactactcttcaagataacagcaccctaccgaaatccaaacaaccactacacatatgacgggccctt 39726738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 80 - 454
Target Start/End: Original strand, 38987651 - 38988019
Alignment:
80 cgccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtatt 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
38987651 cgccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatctcggtcgtatc 38987750  T
180 ttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggaggagtaggagaaggaggagctgacaccaacaccaataacaaccttcctgctgccattt 279  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38987751 ttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggagga------gaaggaggagctgacaccaacaccaataacaaccttcctgctgccattt 38987844  T
280 tgatcagcaagattagttatgccgaagtgaatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaaca 379  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38987845 tgatcagcaagattagttatgccgaagtgaatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaaca 38987944  T
380 agaccctcaactactcttcaagataacagcaccctaccgaaatccaaacaaccactacacatatgacgggccctt 454  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38987945 agaccctcaactactcttcaagataacagcagcctaccgaaatccaaacaaccactacacatatgacgggccctt 38988019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 80 - 454
Target Start/End: Original strand, 39879760 - 39880134
Alignment:
80 cgccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtatt 179  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39879760 cgccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtatt 39879859  T
180 ttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggaggagtaggagaaggaggagctgacaccaacaccaataacaaccttcctgctgccattt 279  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39879860 ttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggaggagtaggagaaggaggagctgacaccaacaccaataacaaccttcctgctgccattt 39879959  T
280 tgatcagcaagattagttatgccgaagtgaatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaaca 379  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39879960 tgatcagcaagattagttatgccgaagtgaatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaaca 39880059  T
380 agaccctcaactactcttcaagataacagcaccctaccgaaatccaaacaaccactacacatatgacgggccctt 454  Q
    | || || ||||  ||||||   ||| |||| |||||||| ||| || |||   |||||||||||| ||||||||    
39880060 aaacactaaactcatcttcagcgtaagagcagcctaccgagatcaaaccaaaagctacacatatgatgggccctt 39880134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 81 - 454
Target Start/End: Original strand, 40418230 - 40418597
Alignment:
81 gccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtattt 180  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
40418230 gccaaaaaatattgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatattggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtattt 40418329  T
181 taaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggaggagtaggagaaggaggagctgacaccaacaccaataacaaccttcctgctgccatttt 280  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
40418330 taaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggagga------gaaggaggagctgacaccaacatcaatatcaaccttcctgctgccatttt 40418423  T
281 gatcagcaagattagttatgccgaagtgaatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaacaa 380  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
40418424 gatcaccaagattagttatgccgaagagaatggtagagttgttgctcttcatgataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaacaa 40418523  T
381 gaccctcaactactcttcaagataacagcaccctaccgaaatccaaacaaccactacacatatgacgggccctt 454  Q
    ||| || |||| ||||||||  ||| |||| |||||||| ||| || |||   |||||||||||| ||||||||    
40418524 gacactaaactcctcttcaacgtaagagcagcctaccgagatcaaaccaaaagctacacatatgatgggccctt 40418597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 81 - 383
Target Start/End: Original strand, 39168793 - 39169098
Alignment:
81 gccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtattt 180  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||| |||||    
39168793 gccaaaaaatatcggttagctgatgccgtggttgctcgtgtggaagattttggaaataatgacacaacttttcaaatcaaaactcatctaggtcatattt 39168892  T
181 taaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggaggagtaggagaaggaggagctgacaccaacaccaataacaaccttcctgctgccatttt 280  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |   || || |||||||||| ||||||| | ||||  | ||||||||||||| |||||    
39168893 taaaatccggtgactatgctcttggttatgacttgtctggacgtaaagaaggaggaggagctaacaccaatatcaatggcgaccttcctgctgcaatttt 39168992  T
281 gatcagcaagattagttatgccgaagtgaatggtaga---gttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaa 377  Q
    ||| | ||||| ||||||||  ||||  |||||||||   ||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||    
39168993 gattaccaagagtagttatgatgaagaaaatggtagaattgttgttgttgttgagggtaagtgggaatctgattatcaactctttttaaaagatctacaa 39169092  T
378 caagac 383  Q
    ||||||    
39169093 caagac 39169098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 81 - 218
Target Start/End: Original strand, 3299480 - 3299620
Alignment:
81 gccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatga---cacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgta 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| |   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
3299480 gccaaaaaatatcgtttagctgatgccatggttgctcgtgtgaaagatattggaaataataatcacacaacttttcaaatcaagactcatcttggtcgta 3299579  T
178 ttttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtct 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3299580 ttttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtct 3299620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 81 - 218
Target Start/End: Original strand, 3392373 - 3392513
Alignment:
81 gccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatga---cacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgta 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| |   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
3392373 gccaaaaaatatcgtttagctgatgccatggttgctcgtgtgaaagatattggaaataataatcacacaacttttcaaatcaagactcatcttggtcgta 3392472  T
178 ttttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtct 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3392473 ttttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtct 3392513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 84 - 225
Target Start/End: Original strand, 39399809 - 39399950
Alignment:
84 aaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtattttaa 183  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| || ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
39399809 aaaaaataccgtttagctgatgccgtggttgctcgtgtggaaaattttggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcatattttaa 39399908  T
184 aacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggaggag 225  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
39399909 aatccggtgactatgctcttggttatgacttgtctggaggag 39399950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 81 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 1163824 - 1163680
Alignment:
81 gccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatga-cacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtatt 179  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||| ||||||| |||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
1163824 gccaaaaaatatcgtttagctaatgccatagttgctcgtgtcaaagatattggaaataataatcaca-cttttcaaatcaggactcatcttggtcgtatt 1163726  T
180 ttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggaggag 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
1163725 ttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgcctgaaggag 1163680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 81 - 225
Target Start/End: Original strand, 1849912 - 1850059
Alignment:
81 gccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatga---cacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgta 177  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||| |||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
1849912 gccaaaaaatatcgtttagctaatgccatagttgctcgtgtgaaagatattggaaataataatcacacaacttttcaaatcaggactcatcttagtcgta 1850011  T
178 ttttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggaggag 225  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
1850012 ttttaaaacctggtgaccatgctcttggttatgacctgcctgaaggag 1850059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 261 - 398
Target Start/End: Original strand, 3299639 - 3299779
Alignment:
261 aaccttcctgctgccattttgatcagcaagattagttatgccgaagtg---aatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaac 357  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
3299639 aaccttcctgctgccattttgatcaccaaaattagttatgccgaagaggagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaac 3299738  T
358 tcttcttcaatgatctacaacaagaccctcaactactcttc 398  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| || |||| ||||||    
3299739 tcttcttaaaagatctacaacaagacactaaactcctcttc 3299779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 261 - 398
Target Start/End: Original strand, 3392532 - 3392672
Alignment:
261 aaccttcctgctgccattttgatcagcaagattagttatgccgaagtg---aatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaac 357  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
3392532 aaccttcctgctgccattttgatcaccaaaattagttatgccgaagaggagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaac 3392631  T
358 tcttcttcaatgatctacaacaagaccctcaactactcttc 398  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| || |||| ||||||    
3392632 tcttcttaaaagatctacaacaagacactaaactcctcttc 3392672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 308 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 1163639 - 1163549
Alignment:
308 gaatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaacaagaccctcaactactcttc 398  Q
    |||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||    
1163639 gaatggtagagttgttcctgttcaggataagtgggaatctggttatcaactcttcttaaaagatctacaacaagaccctaaactcctcttc 1163549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 308 - 398
Target Start/End: Original strand, 1850100 - 1850190
Alignment:
308 gaatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaacaagaccctcaactactcttc 398  Q
    ||||||||||||| || ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||| |||| ||||||    
1850100 gaatggtagagttattcctgttcaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttaaaagatttacaacaagaccctaaactcctcttc 1850190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 110 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 40102315 - 40102213
Alignment:
110 ggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtattttaaaacccggtgaccatgctcttggttat 209  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| |||||||| |  ||| | |||| ||||||||| |||  | |||| |||   |||||||||||| ||||||||    
40102315 ggttgctcgtgtgaaagattttggaaagaatgacacgagatttaatatcaagactcatctgggttatcttttgaaatttggtgaccatgcttttggttat 40102216  T
210 gac 212  Q
    |||    
40102215 gac 40102213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 332 - 364
Target Start/End: Original strand, 39400042 - 39400074
Alignment:
332 ggataagtgggaatctgattatcaactcttctt 364  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
39400042 ggataagtggcaatctgattatcaactcttctt 39400074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 238; Significance: 1e-131; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 81 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 25912429 - 25912113
Alignment:
81 gccaaaaaatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtattt 180  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
25912429 gccaaaaaatatcgtttagctgatgatgtggttgctcgtgtgaaagatattggaaataatgacacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtattc 25912330  T
181 taaaacccggtgaccatgctcttggttatgacctgtctggaggagtaggagaaggaggagctgacaccaacaccaataacaaccttcctgctgccatttt 280  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
25912329 taaaacccgatgaccatgctcttggttatgacctgtctagaggag---gagaaggaggagctaacaccaacaccaataacaaccttcatgctgccatttt 25912233  T
281 gatcagcaagattagttatgccgaagtgaatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttcaatgatctacaacaa 380  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||    
25912232 gatcaccaagattagttatgccgaagagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttaaattatctacagcaa 25912133  T
381 gaccctcaactactcttcaa 400  Q
    |||||| ||||  |||||||    
25912132 gaccctaaactgatcttcaa 25912113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 146 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 44444838 - 44444772
Alignment:
146 aacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtattttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgac 212  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
44444838 aacttttcaaatcaagactcatcttggtcgtattttaaaacctggtgactatgctcttggttatgac 44444772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University