View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1710_low_27 (Length: 225)

Name: NF1710_low_27
Description: NF1710
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1710_low_27
NF1710_low_27
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (7-199)||(1106560-1106752)
chr7 (7-195)||(1604951-1605139)
chr7 (12-200)||(1089219-1089407)
chr7 (8-215)||(1540762-1540971)
chr7 (8-204)||(1549987-1550183)
chr7 (8-215)||(1556807-1557016)
chr7 (8-215)||(1596955-1597164)
chr7 (7-145)||(1564062-1564200)
chr7 (10-199)||(3954561-3954750)
chr7 (72-203)||(3853197-3853328)
chr7 (74-203)||(2321873-2322004)
chr7 (8-171)||(2330521-2330684)
chr7 (8-171)||(2338377-2338540)
[»] scaffold0491 (1 HSPs)
scaffold0491 (8-200)||(5414-5606)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (8-200)||(18748573-18748765)
chr8 (8-204)||(18738642-18738838)
chr8 (8-204)||(18743606-18743802)
chr8 (8-200)||(18722921-18723113)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 177; Significance: 1e-95; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 7 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 1106752 - 1106560
Alignment:
Q  7 gttatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgaatttgattgaagtgatgacaatatatcctcagggtgcctt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1106752 gttatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtggcgaatttgattgaagtgatgacaatatatcctcagggtgcctt 1106653  T
Q  107 ccaactaaagcttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattcacagccatagtataggcaagctctacattgatcaaa 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||    
T  1106652 ccaactaaagcttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattcacagccattgtataagcaagctctgcattgatcaaa 1106560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 7 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 1605139 - 1604951
Alignment:
Q  7 gttatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgaatttgattgaagtgatgacaatatatcctcagggtgcctt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1605139 gttatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgaatttgattgaagtgatgacaatatatcctcagggtgcctt 1605040  T
Q  107 ccaactaaagcttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattcacagccatagtataggcaagctctacattgat 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||    
T  1605039 ccaactaaagcttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattcacagccattgtataagcaagctctgcattgat 1604951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 12 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 1089407 - 1089219
Alignment:
Q  12 ttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgaatttgattgaagtgatgacaatatatcctcagggtgccttccaac 111  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1089407 ttggaagtggaagacgttggtctaatacttgacataatttgatactttgtgtcgatgttgattgaagggatgacaatatatcttcagggtgccttccaac 1089308  T
Q  112 taaagcttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattcacagccatagtataggcaagctctacattgatcaaat 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  1089307 taaagtttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcactcacagccatagtataagcaagctctgcattgatcaaat 1089219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 8 - 215
Target Start/End: Original strand, 1540762 - 1540971
Alignment:
Q  8 ttatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgaatttgattgaagtgatgacaatatatcctcagggtgccttc 107  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  1540762 ttatttggaagtggaagacgttggtctaatacttgacgtagtttgacacttcttgtcgatgttgattgaagtgatgacaataaatccccagggtgccttc 1540861  T
Q  108 caactaaagcttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattcacagccatagtataggcaagctctacattgatcaaatcac--tg 205  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | ||||||||||||  ||    
T  1540862 caactaaagtttcaagtgtcactacaccaaaactatatacatcacacttttcattcacagccatagtatatgcaagctctgaaatgatcaaatcactatg 1540961  T
Q  206 agtatttaaa 215  Q
    ||||||||||    
T  1540962 agtatttaaa 1540971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 8 - 204
Target Start/End: Original strand, 1549987 - 1550183
Alignment:
Q  8 ttatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgaatttgattgaagtgatgacaatatatcctcagggtgccttc 107  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  1549987 ttatttggaagtggaatacgttggtctaatacttgacataatttgatactttgtgtcgatggagattgaagtgatgccaatatatcctcagggtgctttc 1550086  T
Q  108 caactaaagcttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattcacagccatagtataggcaagctctacattgatcaaatcact 204  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1550087 caactaatgtttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttctcattcacagccatagtataggcaagctctgcattgatcaaatcact 1550183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 8 - 215
Target Start/End: Original strand, 1556807 - 1557016
Alignment:
Q  8 ttatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgaatttgattgaagtgatgacaatatatcctcagggtgccttc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| ||||||||||||| || |||  |||| |||||||    
T  1556807 ttatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacacttcgtgtcgatgttgactgaagtgatgacagtaaatctccaggatgccttc 1556906  T
Q  108 caactaaagcttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattcacagccatagtataggcaagctctacattgatcaaatcac--tg 205  Q
    ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||    
T  1556907 caactaaagtttcaagtgctacaacaccaaaactatatgcatcacacttttcattcacaaccatagtataggcaagctctgcattgatcaaatcacaatg 1557006  T
Q  206 agtatttaaa 215  Q
    ||||||||||    
T  1557007 agtatttaaa 1557016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 8 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 1597164 - 1596955
Alignment:
Q  8 ttatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgaatttgattgaagtgatgacaatatatcctcagggtgccttc 107  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  1597164 ttatttggaagtggaagacgttggtctaatacttgacatagtttgagactttgtgtcgatgatgattgaagtgatgacaataaatccccagggtgccttc 1597065  T
Q  108 caactaaagcttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattcacagccatagtataggcaagctctacattgatcaaatcac--tg 205  Q
    ||||||||| |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||| ||||||| |||||||  ||    
T  1597064 caactaaagtttcaagtgccaccacgccaaagctatatacatcacacttttcattcaccgccatagtataggccaactctgcattgataaaatcactatg 1596965  T
Q  206 agtatttaaa 215  Q
    ||||||||||    
T  1596964 agtatttaaa 1596955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 7 - 145
Target Start/End: Original strand, 1564062 - 1564200
Alignment:
Q  7 gttatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgaatttgattgaagtgatgacaatatatcctcagggtgcctt 106  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  |||| | ||||    
T  1564062 gttatttggaagtcgaagacgttggtctaatacttgacataatttgatactttgtgtcgatgttgattgaagtgatgacaatatatctccaggtttcctt 1564161  T
Q  107 ccaactaaagcttcaagtgccactacaccaaaactatat 145  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  1564162 ccaactaaagtttcaagtgtcactacaccaaaactatat 1564200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 10 - 199
Target Start/End: Original strand, 3954561 - 3954750
Alignment:
Q  10 atttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgaatttgattgaagtgatgacaatatatcctcagggtgccttcca 109  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||||    ||| || ||  || ||||||||||||||||||| ||||| || |  |||||     
T  3954561 atttggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataatttgatgtcttgagttgatgttaattgaagtgatgacaatatttcctcgggatatcttccc 3954660  T
Q  110 actaaagcttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattcacagccatagtataggcaagctctacattgatcaaa 199  Q
    ||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||| |||||||||| ||||||||| |||||| ||||    
T  3954661 actaaaatttcaagtgccactactccaaaactatatacatcacatttttcacttacaaccatagtatatgcaagctctgcattgaccaaa 3954750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 72 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 3853328 - 3853197
Alignment:
Q  72 attgaagtgatgacaatatatcctcagggtgccttccaactaaagcttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattcacagccat 171  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| | ||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||    
T  3853328 attgaagtgatgacaatatttcctcaggatgtcttcccaataaaatttcaagtgccattaccccaaaactatatacatcacacttttcacttacaaccat 3853229  T
Q  172 agtataggcaagctctacattgatcaaatcac 203  Q
    ||||||||| |||||| |||||| ||||||||    
T  3853228 agtataggcgagctctgcattgaccaaatcac 3853197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 74 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 2322004 - 2321873
Alignment:
Q  74 tgaagtgatgacaatatatcctcagggtgccttccaactaaagcttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattcacagccatag 173  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||| | ||||| |||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  2322004 tgaagtgatgacagtatatcaccagggtgtcttcccattaaagtttcaagtgccacaactccaaagctatatacatcgcacttttcactcacaaccatag 2321905  T
Q  174 tataggcaagctct--acattgatcaaatcac 203  Q
    |||||||||| |||  | ||||||||||||||    
T  2321904 tataggcaagttctgcatattgatcaaatcac 2321873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 8 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 2330684 - 2330521
Alignment:
Q  8 ttatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgaatttgattgaagtgatgacaatatatcctcagggtgccttc 107  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||| |  | ||| |||||   | | ||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||    
T  2330684 ttatttggaagtgggagacgttggtctaatacttcacataatttcatcccttgagtcgatgctaactgaagtgatgacagtatatcaccagggtgtcttc 2330585  T
Q  108 caactaaagcttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattcacagccat 171  Q
    | | ||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||    
T  2330584 ccattaaagtttcaagtgccacaactccaaaactatatacatcgcacttttcactcacaaccat 2330521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 8 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 2338540 - 2338377
Alignment:
Q  8 ttatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgaatttgattgaagtgatgacaatatatcctcagggtgccttc 107  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| |  | ||| |||||   | | |||||  |||| | ||||||  ||||||| ||||    
T  2338540 ttatttggaagtgggagacgctggtctaatacttcacataatttcatgccttgagtcgatgctaactgaagctatgatagtatatcaccagggtgtcttc 2338441  T
Q  108 caactaaagcttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattcacagccat 171  Q
    | | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||    
T  2338440 ccattaaagtttcaagtgccactactccaaaactatatacatcgcacttttcactcacaaccat 2338377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0491 (Bit Score: 161; Significance: 5e-86; HSPs: 1)
Name: scaffold0491
Description:

Target: scaffold0491; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 8 - 200
Target Start/End: Original strand, 5414 - 5606
Alignment:
Q  8 ttatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgaatttgattgaagtgatgacaatatatcctcagggtgccttc 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  5414 ttatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgatgttgattgaagtgatgacaataaatccccagggtgccttc 5513  T
Q  108 caactaaagcttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattcacagccatagtataggcaagctctacattgatcaaat 200  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  5514 cagctaaagtttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattcacagccatagtataggcaagttctgcattgatcaaat 5606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 161; Significance: 5e-86; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 8 - 200
Target Start/End: Original strand, 18748573 - 18748765
Alignment:
Q  8 ttatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgaatttgattgaagtgatgacaatatatcctcagggtgccttc 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  18748573 ttatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgatgttgattgaagtgatgacaataaatccccagggtgccttc 18748672  T
Q  108 caactaaagcttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattcacagccatagtataggcaagctctacattgatcaaat 200  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  18748673 cagctaaagtttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattcacagccatagtataggcaagttctgcattgatcaaat 18748765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 8 - 204
Target Start/End: Original strand, 18738642 - 18738838
Alignment:
Q  8 ttatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgaatttgattgaagtgatgacaatatatcctcagggtgccttc 107  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  18738642 ttatttggaagtggaagacggtggtctaatacttgacatagtttgagactttgtgtcgatgttgattgaagtgatgacaataaatccccagggtgccttc 18738741  T
Q  108 caactaaagcttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattcacagccatagtataggcaagctctacattgatcaaatcact 204  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  18738742 caactaaagtttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattaacagccatagtataggcaagttctgcattgatcaaatcact 18738838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 8 - 204
Target Start/End: Original strand, 18743606 - 18743802
Alignment:
Q  8 ttatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgaatttgattgaagtgatgacaatatatcctcagggtgccttc 107  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  18743606 ttatttggaagtggaagacggtggtctaatacttgacatagtttgagactttgtgtcgatgttgattgaagtgatgacaataaatccccagggtgccttc 18743705  T
Q  108 caactaaagcttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattcacagccatagtataggcaagctctacattgatcaaatcact 204  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  18743706 caactaaagtttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattaacagccatagtataggcaagttctgcattgatcaaatcact 18743802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 8 - 200
Target Start/End: Original strand, 18722921 - 18723113
Alignment:
Q  8 ttatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgaatttgattgaagtgatgacaatatatcctcagggtgccttc 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  18722921 ttatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgatatagtttgacactttgtgttgatgttgattgaagtgatgacaataaatccccagggtgccttc 18723020  T
Q  108 caactaaagcttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattcacagccatagtataggcaagctctacattgatcaaat 200  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  18723021 cagctaaagtttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacacttttcattcacagccatagtataggcaagttctgcattgatcaaat 18723113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University