View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17111_low_1 (Length: 597)

Name: NF17111_low_1
Description: NF17111
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17111_low_1
NF17111_low_1
[»] chr3 (35 HSPs)
chr3 (70-531)||(6733251-6733717)
chr3 (74-531)||(6941520-6941979)
chr3 (140-531)||(6944918-6945311)
chr3 (70-530)||(6782319-6782781)
chr3 (162-566)||(7585543-7585949)
chr3 (104-531)||(6556704-6557133)
chr3 (162-531)||(6523472-6523846)
chr3 (162-530)||(6841558-6841935)
chr3 (201-458)||(8469271-8469530)
chr3 (165-521)||(8587601-8587956)
chr3 (70-229)||(6944629-6944788)
chr3 (145-379)||(7585291-7585525)
chr3 (162-580)||(8452319-8452727)
chr3 (162-453)||(6530592-6530887)
chr3 (70-233)||(7585042-7585209)
chr3 (162-537)||(5247849-5248223)
chr3 (162-530)||(6450782-6451152)
chr3 (179-530)||(6730710-6731063)
chr3 (295-531)||(6781946-6782184)
chr3 (162-542)||(5265754-5266133)
chr3 (162-530)||(8570939-8571306)
chr3 (271-529)||(6481974-6482234)
chr3 (70-140)||(6410321-6410391)
chr3 (151-216)||(6523911-6523976)
chr3 (165-380)||(6897763-6897975)
chr3 (165-273)||(6880191-6880299)
chr3 (344-506)||(5261789-5261953)
chr3 (162-537)||(4390896-4391270)
chr3 (165-273)||(6724325-6724433)
chr3 (162-273)||(6256874-6256985)
chr3 (173-385)||(6235730-6235939)
chr3 (165-229)||(6851348-6851412)
chr3 (173-292)||(6263365-6263481)
chr3 (345-385)||(5296597-5296637)
chr3 (162-194)||(6242989-6243021)
[»] scaffold0425 (2 HSPs)
scaffold0425 (128-531)||(9752-10157)
scaffold0425 (167-229)||(13782-13844)
[»] scaffold2053 (1 HSPs)
scaffold2053 (162-530)||(246-613)
[»] scaffold1643 (1 HSPs)
scaffold1643 (327-531)||(7-213)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (162-580)||(6575263-6575680)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 178; Significance: 1e-95; HSPs: 35)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 70 - 531
Target Start/End: Original strand, 6733251 - 6733717
Alignment:
70 tatatgttcgtaccttccgaaccaaaaagttttgaccaaaagtgggacccataacatctcatttctgcttaatgtggtcagtccacacattcgggatgtg 169  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||| |||||||||||||||||||    
6733251 tatatgttcgtaccttccaaaccaaaaagatttgaccaaacgtgggacccataacatctcattcctgcttaatgccatcaatccacacattcgggatgtg 6733350  T
170 actaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaatta---aaaatccacaaactagaaagggagttgggtaga 266  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||| |  |||||||     |||||||||| ||  ||||||||| ||||||    
6733351 actaattgtatgccaacgctctcctccctccttttcatacttctcctttattattccacaattaccttcaatccacaaagtaataagggagttcggtaga 6733450  T
267 gcctccttctctggcaagcgctcaaggataggacagttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaacccttgttgttcattattctta 366  Q
     |||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| | |||   |||    || || |||||||| | | |||||||||| ||||||||||||||||    
6733451 tcctccttctctggcaagctctcaagactaggacagttttcaattaatagccgattaagagatttgagatagagaaaaccctttttgttcattattctta 6733550  T
367 gctttgaacaatttctca--aaaagtctctcaagagttggtggcagcagattctcctctgggaaggactctgcgttttcaaactcatcactaacttcgaa 464  Q
    |||||||||||||   ||  | |||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| ||   |||    
6733551 gctttgaacaattatccaacacaagaaactccagagttggtggcagcagattctcctctgggaacgactccacgttttcaaactcatcactgacaaagaa 6733650  T
465 aaagtgcagagaatttagttgaaacaaaccccagtcctctctggaagcaatcagttttgggcaattg 531  Q
      | | ||  ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
6733651 tgaatacaaggaattgagttggaacaaaccccactcctctctcgaaccaatcagttttgggcaattg 6733717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 74 - 531
Target Start/End: Original strand, 6941520 - 6941979
Alignment:
74 tgttcgtaccttccgaaccaaaaagttttgaccaaaagtgggacccataacatctcatttctgcttaatgtggtcagtccacacattcgggatgtgacta 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||| ||||| |   |||  | |||||||||| |    
6941520 tgttcgtaccttccgaaccaaaaagatttgaccaaaagtgggacccataacatctcattcctgttcaatgaggtcaattgtcaccatagggatgtgacaa 6941619  T
174 attgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaatccacaaactagaaagggagttgggtagagcctcct 273  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||| |  ||| |    ||||| |||| || ||||||||||||||||| ||||||    
6941620 attgtatgccaacgctctcctccctccttttcatacttctcctttattattccacattcttcaatccgcaaagtataaagggagttgggtagatcctcct 6941719  T
274 tctctggcaagcgctcaaggataggacagttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaacccttgttgttcattattcttagctttga 373  Q
    |||||||||||| ||||||  |||||||||||  ||||  |||  ||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
6941720 tctctggcaagctctcaagactaggacagttccaaatatatagggatttgagagatttgaggtggagaaaaccctttttgttcattattcttagctttga 6941819  T
374 acaatttctcaaa--aag-tctctcaagagttggtggcagcagattctcctctgggaaggactctgcgttttcaaactcatcactaacttcgaaaaagtg 470  Q
    |||||||||||||  ||| ||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||   |||          
6941820 acaatttctcaaattaagatcagt-aagacttggtggcagcagattctcctctgggaaggactccacattttcaaactcatcactaacagagaattctaa 6941918  T
471 cagagaatttagttgaaacaaaccccagtcctctctggaagcaatcagttttgggcaattg 531  Q
    ||  ||| | ||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
6941919 caaggaactgagttggaacaaaccccactcctctctcgaaccaatcagttttgggcaattg 6941979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 140 - 531
Target Start/End: Original strand, 6944918 - 6945311
Alignment:
140 aatgtggtcagtccacacattcgggatgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaatc 239  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||| |  ||| |    ||||    
6944918 aatgtcgtcaatccacacattcgggatgtgactaattgtatgccaacgctctcctccctccttttcatacttctcctttattattccacattcttcaatc 6945017  T
240 cacaaactagaaagggagttgggtagagcctccttctctggcaagcgctcaaggataggacagttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggg 339  Q
    | |||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  |||| |||||   ||||  |||||||||||| ||||||||||||     
6945018 cgcaaagtataaagggagttgggtagatcctccttctctggcaagctctcaagactagggcagttgataatatatagatatttgagagatttgaggtgga 6945117  T
340 gaaaacccttgttgttcattattcttagctttgaacaatttctcaaa--aagtctctcaagagttggtggcagcagattctcctctgggaaggactctgc 437  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||||  |||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |    
6945118 gaaaaccctttttgttcattattcttagctttgaacaattatgcaaattaagatactccagagttggtggcagcagattctcctctgggaacgactccac 6945217  T
438 gttttcaaactcatcactaacttcgaa-aaagtgcagagaatttagttgaaacaaaccccagtcctctctggaagcaatcagttttgggcaattg 531  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||   | || |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
6945218 gttttcaaactcatcactaacaacgaattcaatg-agagaattgagttggaacaaaccccactcctctcttgaaccaatcagttttgggcaattg 6945311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 70 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 6782781 - 6782319
Alignment:
70 tatatgttcgtaccttccgaaccaaaaagttttgaccaaaagtgggacccataacatctcatttctgcttaatgtggtcagtccacacattcgggatgtg 169  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | || ||||   |||| || |||||   ||||||||    
6782781 tatatgttcgtacattcagaaccaaaaaggtttgaccaaaagtgggacccataacttctcattccggcctaattccgtcaatcaacacacgagggatgtg 6782682  T
170 actaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaatccacaaactagaaagggagttgggtagagcc 269  Q
    || |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||| |  ||||| |  |||||||||   |  ||| |||||||||||||||    
6782681 acaaattgtatgccaacgctctcctccctccttttcatacttctcctttattattaaacaatcatcaatccacaattcatcaagagagttgggtagagcc 6782582  T
270 tccttctctggcaagcgctcaaggataggacagttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaacccttgttgttcattattcttagct 369  Q
    |||||||||||||||||||||||  | || ||| |   ||||   | |   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
6782581 tccttctctggcaagcgctcaagacttgggcagctgaaaatacgcatagccttgagggatttgaggtggagaaaacccttgttgttcattattcttagct 6782482  T
370 ttgaacaattt--ctcaaaaagtctctcaagagttggtggcagcagattctcctctgggaaggactctgcgttttcaaactcatcactaacttcgaaaaa 467  Q
    |||||||||||  | || ||||  ||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||   |||| |    
6782481 ttgaacaattttccacataaagagtctcaagggttgatggtagtagattctcctctgggaaggactccacgttttcaaactcatcagtaacaaagaaaga 6782382  T
468 gtgcagagaatttagttgaaacaaaccccagtcctctctggaagcaatcagttttgggcaatt 530  Q
     | ||  ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||    
6782381 tttcaaggaattgagttggaacaaaccccactcctctcttgaaccaatcagttttgggcaatt 6782319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 162 - 566
Target Start/End: Original strand, 7585543 - 7585949
Alignment:
162 gggatgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaatccacaaactagaaagggagttgg 261  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||| |  |||||    ||||||||| ||| ||||||||||||    
7585543 gggatgtgactaattgtatgccaacgctctcctccctccttttcatacttctcctttattattccacaatcttcaatccacaatctataaagggagttgg 7585642  T
262 gtagagcctccttctctggcaagcgctcaaggataggacagttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaacccttgttgttcattat 361  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| |||||   ||||  |||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
7585643 gtagagcctccttctctggcaagctctcaagactagggcagttgataatatctagatattggagagatttgaggtggagaaaaccctttttgttcattat 7585742  T
362 tcttagctttgaacaatttctcaa--aaagtctctcaagagttggtggcagcagattctcctctgggaaggactctgcgttttcaaactcatcactaact 459  Q
    ||||||||||||||||||    ||  | ||    | || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||     
7585743 tcttagctttgaacaattagagaaccagagaaagtgaatagttggtggcagcagattctcctctgggaacgactccacgttttcaaactcatcactaaca 7585842  T
460 tcgaaaaagtgcagagaatttagttgaaacaaaccccagtcctctctggaagcaatcagttttgggcaattggttattctaagaccagacaagtttgaag 559  Q
     |||||     ||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||   ||||||| ||||    
7585843 ccgaaagctctcagagaattgagttggaacaaaccccactgctctctcaaagcaatcagttttgggcaattgtatattccaagactgcacaagttggaag 7585942  T
560 gcaaacc 566  Q
    |||||||    
7585943 gcaaacc 7585949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 104 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 6557133 - 6556704
Alignment:
104 accaaaagtgggacccataacatctcatttctgcttaatgtggtcagtccacacattcgggatgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttt 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
6557133 accaaaagtgggacccataacatctcatttctgttgaatatagtcaatccacacataagggatgtgactaattgtatgccaacgctctcctccctccttt 6557034  T
204 tgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaatccacaaactagaaagggagttgggtagagcctccttctctggcaagcgctcaaggataggacagt 303  Q
    | |||||||||||  |||| |  |||||    |||   |||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  |||| ||||    
6557033 tcatacttctcctttattattccacaatctctaatatccaattcagaaagggagttgggtagatcctccttctctggcaagctctcaagactaggtcagt 6556934  T
304 tctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaacccttgttgttcattattcttagctttgaacaatttctcaa--aaagtctctcaagagt 401  Q
        ||||  |||    || || |||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||   |||  |||| |||||    
6556933 ctaaaatatatagccgattaagagatttgaggtggagaaaactctttttgttcattattcttagctttgaacaattatacaattgaaggatctctagagt 6556834  T
402 tggtggcagcagattctcctctgggaaggactctgcgttttcaaactcatcactaacttcgaaaaagtgcagagaatttagttgaaacaaaccccagtcc 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||  |||   |||| | | ||  ||||| ||||| ||||||||||| |||    
6556833 tggtggcagcagattctcctctgggaaggactccacgttttcaaactcatcagcaacagtgaaacatttcaaggaattgagttggaacaaaccccactcc 6556734  T
502 tctctggaagcaatcagttttgggcaattg 531  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||    
6556733 tctctcgaaccaatcagttttgggcaattg 6556704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 162 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 6523846 - 6523472
Alignment:
162 gggatgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaa---aatccacaaactagaaagggagt 258  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||  |||| |  |||||||     |||||||||| ||| ||||||||    
6523846 gggatgtgactaattgtatgccaaagctctcctccctccttttcatacttctcctttattattccacaattaccttcaatccacaaagtagtaagggagt 6523747  T
259 tgggtagagcctccttctctggcaagcgctcaaggataggacagttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaacccttgttgttcat 358  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||  |||||||||  | ||||  |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
6523746 tgggtagatcctccttctctggcaagctctcaagactaggacagtcttcaatatatagatatttgagagatttgaggtggagaaaacccttgttgttcat 6523647  T
359 tattcttagctttgaacaatttctcaaa--aagtctctcaagagttggtggcagcagattctcctctgggaaggactctgcgttttcaaactcatcacta 456  Q
    ||||||||||||||||||||     |||  |||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
6523646 tattcttagctttgaacaatcatataaatcaagagtgtccagagttggtggcagcagattctcctctgggaacgactccacgttttcaaactcatcacta 6523547  T
457 acttcgaaaaagtgcagagaatttagttgaaacaaaccccagtcctctctggaagcaatcagttttgggcaattg 531  Q
    ||   |||| |   ||  ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||| |||||||| |||||||||||    
6523546 acaaagaaatatctcaaggaattgagttggaacaacccccactcctctctcgaaccaatcagtcttgggcaattg 6523472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 162 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 6841935 - 6841558
Alignment:
162 gggatgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaat--ccaca-----aactagaaagg 254  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||| |  ||| || | |||  ||| |     |||||||||||    
6841935 gggatgtgactaattgtgtgccaacgctctcctccctccttttcatacttctcctttattattccacagttgagaatgaccaaagtagaaactagaaagg 6841836  T
255 gagttgggtagagcctccttctctggcaagcgctcaaggataggacagttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaacccttgttgt 354  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||| |||||  ||| |  || || |||||||||||| |||||||||| ||||    
6841835 gagttgggtagatcctccttctctggcaagctctcaagactaggacagttccgaatatatagcttattaagagatttgaggtggagaaaaccctttttgt 6841736  T
355 tcattattcttagctttgaacaatttctcaa--aaagtctctcaagagttggtggcagcagattctcctctgggaaggactctgcgttttcaaactcatc 452  Q
    ||||| |||||||||||||||||||  ||||  ||||   ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||    
6841735 tcatttttcttagctttgaacaattaatcaaataaagatccttcagagttggtggcagcagattctcctctgggaacgactccacgttttcaaactcatc 6841636  T
453 actaacttcgaaaaagtgcagagaatttagttgaaacaaaccccagtcctctctggaagcaatcagttttgggcaatt 530  Q
    ||||||   |||  | | ||  ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||    
6841635 actaacactgaaccatttcaaggaattgagttggaacaaaccccactcctctctcgaaccaatcagttttgggcaatt 6841558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 201 - 458
Target Start/End: Original strand, 8469271 - 8469530
Alignment:
201 ttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaatccacaaactagaaagggagttgggtagagcctccttctctggcaagcgctcaaggataggac 300  Q
    ||||| |||||||||| || |||||||| ||| | |||  ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  |||| |    
8469271 ttttggtacttctccttaagtaatggactatttagaatgtacaaattagaaagggagttgggtagaccctccttctctggcaagcactcaagactagggc 8469370  T
301 agttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaacccttgttgttcattattcttagctttgaacaatttctcaaa--aagtctctcaag 398  Q
    |||    ||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  |||   |  |||    
8469371 agtcgacaatatatagatctttgagggatttgaggtggagaaaacccttgttgttcattattcttagctttgaacaattattcaaattaagatacgtaag 8469470  T
399 agttggtggcagcagattctcctctgggaaggactctgcgttttcaaactcatcactaac 458  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
8469471 agttggtggcagcagactctcctctgggaaggactctacgttttcaaactcatcgctaac 8469530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 165 - 521
Target Start/End: Original strand, 8587601 - 8587956
Alignment:
165 atgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaatccacaaactagaaagggagttgggta 264  Q
    |||||||||| | |||||||||| |||||| | || ||||| |||| ||||| ||  |||||| ||  |  |||||||||| ||||||||||||||||||    
8587601 atgtgactaactatatgccaacgatctccttcctcgttttggtactgctcctgaaacaatggagaaccactaatccacaaagtagaaagggagttgggta 8587700  T
265 gagcctccttctctggcaagcgctcaaggataggacagttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaacccttgttgttcattattct 364  Q
    || ||||||   ||||||||| ||||||  |||| ||||| | |||  |||||||||| || |||||||||||| ||| ||| |||  ||| ||||||||    
8587701 gaccctcct---ctggcaagctctcaagactagggcagttgtaaatttttagatatttaagagatttgaggtggagaagacctttgcagtttattattct 8587797  T
365 tagctttgaacaatttctcaa--aaagtctctcaagagttggtggcagcagattctcctctgggaaggactctgcgttttcaaactcatcactaacttcg 462  Q
    |||||||||||||||   |||  |||    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |    
8587798 tagctttgaacaattaaacaaccaaatagactcaagagttggtggcagaagattctcctctgggaaggactccacgttttcaaactcatcactaactttg 8587897  T
463 aaaaagtgcagagaatttagttgaaacaaaccccagtcctctctggaagcaatcagttt 521  Q
    ||| | |  |||||||| ||||| ||||||||||| | |||||| ||||||||||||||    
8587898 aaagattttagagaattgagttggaacaaaccccattgctctctcgaagcaatcagttt 8587956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 70 - 229
Target Start/End: Original strand, 6944629 - 6944788
Alignment:
70 tatatgttcgtaccttccgaaccaaaaagttttgaccaaaagtgggacccataacatctcatttctgcttaatgtggtcagtccacacattcgggatgtg 169  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
6944629 tatatgttcgtaccttccaaaccaaaaaggtttgaccaaaagtgggacccataacatctcattcctgtttaatgcgatcaatccacacactcgggatgtg 6944728  T
170 actaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggaca 229  Q
    || |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||| ||||||    
6944729 acaaattgtatgccaacgctctcctccctccttttcatacttctcctttattattggaca 6944788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 145 - 379
Target Start/End: Original strand, 7585291 - 7585525
Alignment:
145 ggtcagtccacacattcgggatgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaatccacaa 244  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||  |||| |  ||||| | |||||| |||    
7585291 ggtcaatcctcacattcgggatgtgactaattgtatgccaacactctcctccctccttttcatacttctcctttattattccacaatcataaatccgcaa 7585390  T
245 actagaaagggagttgggtagagcctccttctctggcaagcgctcaaggataggacagttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaa 344  Q
     ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||  |||||||||     |||  |||  | || || |||||||||||| |||||    
7585391 tctagaaagggagttgggtacatcctccttctctggcaagctctcaagactaggacagtaggtgatacatagccaattaagagatttgaggtggagaaaa 7585490  T
345 cccttgttgttcattattcttagctttgaacaatt 379  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
7585491 cccttgttgttcatttttcttagctttgaacaatt 7585525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 162 - 580
Target Start/End: Original strand, 8452319 - 8452727
Alignment:
162 gggatgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaatccacaaactagaaagggagttgg 261  Q
    |||||||||| |||||||| ||   |||||||||| |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||    ||||||||||||| ||||||||||||    
8452319 gggatgtgacaaattgtatcccgctgctctcctccctccttttggtacttcaccttaattaatggacaatctttaatccacaaactataaagggagttgg 8452418  T
262 gtagagcctccttctctggcaagcgctcaaggataggacagttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaacccttgttgttcattat 361  Q
    ||||||| ||   |||||| || | ||||||  ||||||||||    |||  |||| ||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||    
8452419 gtagagcttc---ctctggtaatctctcaagactaggacagttgatgatatatagaaattcgagggatttaaggtggagaaaaccctcgttgttcattat 8452515  T
362 tcttagctttgaacaatttctcaaa--aagtctctcaagagttggtggcagcagattctcctctgggaaggactctgcgttttcaaactcatcactaact 459  Q
    ||| ||||||||||| ||  |||||  |||   |  ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||  |||||||||| ||||||| |||     
8452516 tctgagctttgaacagttattcaaattaagatacgaaagagttggtggcagcagactctcctttggaaaggactccacgttttcaaaatcatcacaaaca 8452615  T
460 tcgaaaaagtgcagagaatttagttgaaacaaaccccagtcctctctggaagcaatcagttttgggcaattggttattctaagaccagacaagtttgaag 559  Q
      |||| | | ||  || || |||         ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||  |||    
8452616 aagaaatatttcaaggacttgagt---------ccccactcctgtcttgaagcaatcagttttgggcaattggttattgtaagactaagcaagttgcaag 8452706  T
560 gcaaacctccctctggaaatg 580  Q
    |||||||||||||||||||||    
8452707 gcaaacctccctctggaaatg 8452727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 162 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 6530887 - 6530592
Alignment:
162 gggatgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaa---aatccacaaactagaaagggagt 258  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||  |||| | ||||||||     |||||||||| ||| ||||||||    
6530887 gggatgtgaccaattgtatgccaacgctctcgtccctccttttcatacttctcctttattattcgacaattaggttcaatccacaaagtagtaagggagt 6530788  T
259 tgggtagagcctccttctctggcaagcgctcaaggataggacagttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaacccttgttgttcat 358  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| ||||||  |||| ||||  | ||||  |||| | |  || |||||||||||| |||||||||| ||||||||    
6530787 tgggtagatcctccttctctgtcaagctctcaagagtagggcagtcttcaatatatagacaatcaagagatttgaggtggagaaaaccctttttgttcat 6530688  T
359 tattcttagctttgaacaatttctcaa---aaagtctctcaagagttggtggcagcagattctcctctgggaaggactctgcgttttcaaactcatca 453  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||   ||||      ||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||  |||||||||| ||||||    
6530687 tattcttagctttgaaaaatttttcaacccaaag--agaaaagagatggtggcagaagattctcctctaggaaggactccacgttttcaaagtcatca 6530592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 70 - 233
Target Start/End: Original strand, 7585042 - 7585209
Alignment:
70 tatatgttcgtaccttccgaaccaaaaagttttgaccaaaagtgggacccataacatctcatttctgcttaatgtggtc----agtccacacattcggga 165  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |  ||    | |||||||||||||||    
7585042 tatatgttcgtaccttccaaaccaaaaagatttgaccaaatgtgggacccataacatctcattcctgcttaatttcatcaattaatccacacattcggga 7585141  T
166 tgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaatta 233  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||| | ||||||||    
7585142 tgtgagtaattgtatgccaacgctctcctccctccttttcatacttctcctttattatttgacaatta 7585209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 162 - 537
Target Start/End: Original strand, 5247849 - 5248223
Alignment:
162 gggatgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaatccacaaactagaaagggagttgg 261  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||   ||||  |||  |||||||||||||||    
5247849 gggatgtgacgaattgtatgccaacactctcctccctccttttggtacttctgctcaagtaattgacaattccgaatctccaatgtagaaagggagttgg 5247948  T
262 gtagagcctccttctctggcaagcgctcaaggataggacagttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaacccttgttgttcattat 361  Q
    | ||| ||||||   |||||||||| |||||  | || || |   |||||| || | ||||||| ||||  |||||| ||| |||||||  ||| |||||    
5247949 gaagaccctcct---ctggcaagcgttcaagactggggcaatgtcgaatagataaagatttgagagattcaaggtggagaagacccttgaagtttattat 5248045  T
362 tcttagctttgaacaatttctcaa---aaagtctctcaagagttggtggcagcagattctcctctgggaaggactctgcgttttcaaactcatcactaac 458  Q
    ||||| ||||||||| |||| |||   ||| |   | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  | |||||||| ||||| |||||    
5248046 tcttaactttgaacattttcccaattgaaaatagtt-aagagttggtggcagtagattctcctctgggaaagactccacattttcaaagtcatcgctaac 5248144  T
459 ttcgaaaaagtgcagagaatttagttgaaacaaaccccagtcctctctggaagcaatcagttttgggcaattggttatt 537  Q
     | ||||   |  |||||||| ||||| || |||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||| || ||||||    
5248145 cttgaaacttttaagagaattaagttggaataaaccccactcccctctcgaagcaattagttttgggcactttgttatt 5248223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 162 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 6451152 - 6450782
Alignment:
162 gggatgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaatccacaaactagaaagggagttgg 261  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  || | |||| ||  | |||||||| ||||| |  ||   |||||||||| || ||| |      
6451152 gggatgtgactaattgaatgccaacgctctccttcatctcttcggtactgctggttaattaatgaacaatcagtaacatacaaactagagagcgagctcc 6451053  T
262 gtagagcctccttctctggcaagcgctcaaggataggacagttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaacccttgttgttcattat 361  Q
     |||| ||||||   ||||||||||||||||  | || ||||  |||||||  |||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
6451052 atagaccctcct---ctggcaagcgctcaagacttgggcagtaatgaatagagagacctttgagggatttgaggtggagaaaacccttgtagttcattat 6450956  T
362 tcttagctttgaacaatttctcaa--aaagtctctcaagagttggtggcagcagattctcctctgggaaggactctgcgttttcaaactc---atcacta 456  Q
    |||||| |||||||||||  ||||   |||  |   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| ||   ||| |||    
6450955 tcttaggtttgaacaattattcaattgaagggtgggaagagttggtggcagcagattctcctcggggaaggactccacgttttcaaagtcatgatctcta 6450856  T
457 acttcgaaaaagtgcagagaatttagttgaaacaaaccccagtcctctctggaagcaatcagttttgggcaatt 530  Q
    |  | ||   |   || |||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
6450855 atgttgagtgatgtcaaagaattgagttggaacaaaccccactcctctctcgaagcaatcagttttgggcaatt 6450782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 179 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 6731063 - 6730710
Alignment:
179 atgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaatccacaaactagaaagggagttgggtagagcctccttctct 278  Q
    |||||||||||||||| ||||  || | |||| || || |||||||||||||| |  ||   |||||||||| || ||| |  ||||| ||||||   ||    
6731063 atgccaacgctctccttcatctcttcggtactgctgcttaattaatggacaatcagtaacatacaaactagagagcgagctccgtagaccctcct---ct 6730967  T
279 ggcaagcgctcaaggataggacagttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaacccttgttgttcattattcttagctttgaacaat 378  Q
    ||||||||||||||  | || ||||| |||||||  |||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
6730966 ggcaagcgctcaagacttgggcagttatgaatagagagacctttgagggatttgaggtggagaaaacccttgtagttcattattcttaggtttgaacaat 6730867  T
379 ttctcaa--aaagtctctcaagagttggtggcagcagattctcctctgggaaggactctgcgttttcaaactc---atcactaacttcgaaaaagtgcag 473  Q
    |  ||||   |||  |   |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| ||   ||| ||||  | ||   |   ||     
6730866 tattcaattgaagggtgggaagagtcggtggcagcagattctcctcggggaaggactccacgttttcaaagtcatgatctctaatgttgagtgatgtcaa 6730767  T
474 agaatttagttgaaacaaaccccagtcctctctggaagcaatcagttttgggcaatt 530  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
6730766 agaattgagttggaacaaaccccactcctctctcgaagcaatcagttttgggcaatt 6730710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 295 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 6782184 - 6781946
Alignment:
295 taggacagttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaacccttgttgttcattattcttagctttgaacaatttctcaaa--aagtct 392  Q
    |||| ||||| | ||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||   ||||  |||       
6782184 tagggcagttgttaatagatagagatttgagagatttgaggtggagaaaacccttgttgttcattttccttagctttgaacatttatacaaatgaagaaa 6782085  T
393 ctcaagagttggtggcagcagattctcctctgggaaggactctgcgttttcaaactcatcactaacttcgaaaaagtgcagagaatttagttgaaacaaa 492  Q
    |  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||   |||      ||  ||| | ||||| ||||||    
6782084 cataagagttggtggtagcagattctcctctgggaaggactccacattttcaaactcatcactaacagagaattctaacaaggaactgagttggaacaaa 6781985  T
493 ccccagtcctctctggaagcaatcagttttgggcaattg 531  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
6781984 ccccactcctctctcgaaccaatcagttttgggcaattg 6781946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 162 - 542
Target Start/End: Original strand, 5265754 - 5266133
Alignment:
162 gggatgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaatccacaaactagaaagggagttgg 261  Q
    ||||| |||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||||| |||||||||||| |||| | || ||||   | |||| |||||||    
5265754 gggatatgacaaatcgtatgccaacgctctccttcctccttttggtactgctccttaattaatggacagttaagactcaacaactgataaagtgagttgg 5265853  T
262 gtagagcctccttctctggcaagcgctcaaggataggacagttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaacccttgttgttcattat 361  Q
    ||||| | ||||   |||||||||| ||||   | || ||||   |||||  || |||| |||| ||||| |||||| ||| |||||||| ||| |||||    
5265854 gtagaccgtcct---ctggcaagcgttcaacactggggcagtgtagaatatataaatatctgagagatttaaggtggagaagacccttgtagtttattat 5265950  T
362 tcttagctttgaacaatttctcaa----aaagtctctcaagagttggtggcagcagattctcctctgggaaggactctgcgttttcaaactcatcactaa 457  Q
    ||||| |||||||||   |  |||    ||||  |   ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||  | |||||||  ||||||||||    
5265951 tcttaactttgaacatcgttccaattgaaaagagtt--aagagttggtggcagtagattctcctccgggaaggagtcaacattttcaaggtcatcactaa 5266048  T
458 cttcgaaaaagtgcagagaatttagttgaaacaaaccccagtcctctctggaagcaatcagttttgggcaattggttattctaag 542  Q
    |   ||||   | ||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
5266049 cactgaaactttccagagaatttagttggaacaaaccccactcccctctcgaagcaattagttttgggcacttggttattctaag 5266133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 162 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 8571306 - 8570939
Alignment:
162 gggatgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaatccacaaactagaaagggagttgg 261  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||| | | ||||||||||||||||| ||  |||| |||  ||  |||   |||| ||||||||||| | |    
8571306 gggatgtgacgaattgtatgccaacgttctccttccttcttttgatacttctccttaagcaatgaacatctattaatggccaaagtagaaagggagattg 8571207  T
262 gtagagcctccttctctggcaagcgctcaaggataggacagttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaacccttgttgttcattat 361  Q
    ||||| ||||||   ||||||||| ||||||   ||||||   |  |||| ||||| ||| ||| |||||||||||| |||  ||||||| |||||||||    
8571206 gtagaccctcct---ctggcaagctctcaagacaaggacaagacaaaatatttagagattggagagatttgaggtggagaagtcccttgtagttcattat 8571110  T
362 tcttagctttgaacaatttctcaa--aaagtctctcaagagttggtggcagcagattctcctctgggaaggactctgcgttttcaaactcatcactaact 459  Q
    ||||||||||||||||||   |||  ||||  | | ||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||  | |||| ||| ||||||  ||||    
8571109 tcttagctttgaacaattatacaaacaaagagtgtgaagagttggtggcagcaaactctcctctgggaaggattccacatttttaaagtcatcaacaact 8571010  T
460 tcgaaaaagtgcagagaatttagttgaaacaaaccccagtcctctctggaagcaatcagttttgggcaatt 530  Q
       ||  | | |||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||| | ||||||||||||    
8571009 ctaaatgatttcagagagttaagttggaacaaaccccaatcctctcttgaaccaattaattttgggcaatt 8570939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 271 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 6482234 - 6481974
Alignment:
271 ccttctctggcaagcgctcaaggataggacagttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaacccttgttgttcattattcttagctt 370  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| ||||| | |||  | ||||   |||| |||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
6482234 ccttctctggcaagcgctcaagactagggcagttgtaaattttaagatgactgagagataggaggtggagaaaacccttgtagttcattattcttagctt 6482135  T
371 tgaacaatt-tctca-aaaagtctctcaagagttggtggcagcagattctcctctgggaaggactctgcgttttcaaactcatcactaacttcgaaaaag 468  Q
    |||||| || | | | |||||  |   |||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||||||   ||        
6482134 tgaacatttatataacaaaagaatgcgaagatttggaggcagtagattctcctctggaaaggattccacgttttcaaactcatcactaactctaaactct 6482035  T
469 tgcagagaatttagttgaaacaaaccccagtcctctctggaagcaatcagttttgggcaat 529  Q
    | ||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||    
6482034 ttcagagaattgagttggaacaaaccccactcttctcttgaagcaatcagttttgggcaat 6481974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 70 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 6410391 - 6410321
Alignment:
70 tatatgttcgtaccttccgaaccaaaaagttttgaccaaaagtgggacccataacatctcatttctgctta 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
6410391 tatatgttcgtaccttccgaaccaaaaagatttgaccaaaagtgggacccataacatctcattcctgctta 6410321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 151 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 6523976 - 6523911
Alignment:
151 tccacacattcgggatgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcct 216  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
6523976 tccacacattcgggatgtgagtaattgtatgccaacgctctcctccctccttttcatacttctcct 6523911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 165 - 380
Target Start/End: Original strand, 6897763 - 6897975
Alignment:
165 atgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaatccacaaactagaaagggagttgggta 264  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||| ||||||| || ||||||||| |||| |  |||  ||||| ||||||||||| ||||||    
6897763 atgtgactaattgtatgccaacactctccttcctccttttggtacttctgcttaattaatgggcaatcatgaatggacaaagtagaaagggagctgggta 6897862  T
265 gagcctccttctctggcaagcgctcaaggataggacagttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaacccttgttgttcattattct 364  Q
    ||  |||   ||| ||||||| |||||||| ||| ||||  | ||||  |||| |||  || ||  |||||||| ||| |||||| | ||| ||||||||    
6897863 gacactc---ctccggcaagctctcaaggaaagggcagtcttcaatatatagagattcaagtgaagtgaggtggagaagacccttatagtttattattct 6897959  T
365 tagctttgaacaattt 380  Q
    ||| || |||||||||    
6897960 taggttggaacaattt 6897975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 165 - 273
Target Start/End: Original strand, 6880191 - 6880299
Alignment:
165 atgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaatccacaaactagaaagggagttgggta 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| || ||||||||| |||| |  |||  ||||| ||||||||||  ||||||    
6880191 atgtgactaattgtatgccaacgctctccttcctccttttggtacttctgcttaattaatgggcaatcatgaatggacaaagtagaaagggaactgggta 6880290  T
265 gagcctcct 273  Q
    || ||||||    
6880291 gaccctcct 6880299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 344 - 506
Target Start/End: Original strand, 5261789 - 5261953
Alignment:
344 acccttgttgttcattattcttagctttgaacaatttctcaaa--aagtctctcaagagttggtggcagcagattctcctctgggaaggactctgcgttt 441  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||  |||   || ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||  | ||     
5261789 acccttgtagtttattattcttagctttgaacaattttccaaacgaagagacttaagagttggtggcagtagattctcctccgggaaagactccacattc 5261888  T
442 tcaaactcatcactaacttcgaaaaagtgcagagaatttagttgaaacaaaccccagtcctctct 506  Q
    ||||| || |||||||||| |||    | ||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||    
5261889 tcaaagtcgtcactaactttgaattctttcagagaattgagttcgaacaaaccccactcctctct 5261953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 162 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 4391270 - 4390896
Alignment:
162 gggatgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaatccacaaactagaaagggagttgg 261  Q
    |||||||||| |||||||||||| | ||||||| | |||||||| |||| ||||| || ||||||||| |||  |||  ||||   |||||||||||| |    
4391270 gggatgtgacaaattgtatgccagcactctccttcctccttttggtactgctccttaagtaatggacatttatgaatgaacaactgagaaagggagtttg 4391171  T
262 gtagagcctccttctctggcaagcgctcaaggataggacagttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaacccttgttgttcattat 361  Q
    |||||    ||||||| |||||||| || ||  | || || |  ||||||| || | || |||| ||||| |||||| ||| |||||||  ||| |||||    
4391170 gtaga---cccttctccggcaagcgttcgagactggggcaatgttgaatagataaagatgtgagagatttaaggtggagaagacccttgcagtttattat 4391074  T
362 tcttagctttgaacaatttctcaa--aaagtctctcaagagttggtggcagcagattctcctctgggaaggactctgcgttttcaaactcatcactaact 459  Q
    ||||| ||||||||| | ||||||   |||    |||| | |   ||| |||||| |||||||||||||||||||  | |||||||| ||||||| |||     
4391073 tcttaactttgaacattctctcaagctaagagagtcaatattatctggtagcagactctcctctgggaaggactccacattttcaaagtcatcaccaaca 4390974  T
460 tcgaaaaagtgcagagaatttagttgaaacaaaccccagtcctctctggaagcaatcagttttgggcaattggttatt 537  Q
      ||||   |  |||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||  ||||||| ||||||||||| ||| |||||    
4390973 atgaaatcttttagagaattgagttggaacaaaccccactcccctctcaaagcaattagttttgggcacttgattatt 4390896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 165 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 6724433 - 6724325
Alignment:
165 atgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaatccacaaactagaaagggagttgggta 264  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  || | |||||||| ||||||| || ||||||||| || | |  |||  ||||| ||||||||||| ||||||    
6724433 atgtgactaattgtatgccaaagctcagcttcctccttttggtacttctgcttaattaatgggcagtcatgaatggacaaagtagaaagggagctgggta 6724334  T
265 gagcctcct 273  Q
    || ||||||    
6724333 gaccctcct 6724325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 162 - 273
Target Start/End: Original strand, 6256874 - 6256985
Alignment:
162 gggatgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaatccacaaactagaaagggagttgg 261  Q
    |||||||||  ||||||||||||| |||| |||   |||||||| |||  || || |||||||||||||| |  |||| ||||| ||||||||||| |||    
6256874 gggatgtgagaaattgtatgccaatgctcgccttgctccttttggtacagctgcttaattaatggacaatcatgaatcgacaaagtagaaagggagctgg 6256973  T
262 gtagagcctcct 273  Q
    ||||| ||||||    
6256974 gtagaccctcct 6256985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 173 - 385
Target Start/End: Original strand, 6235730 - 6235939
Alignment:
173 aattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaatccacaaactagaaagggagttgggtagagcctcc 272  Q
    ||||||||||||||||||||||   |||||||| |||  || || |||||||||||| | |  |||  ||||| ||||||||||| |||||||| ||||     
6235730 aattgtatgccaacgctctccttgctccttttggtacaactgcttaattaatggacagtcatgaatggacaaagtagaaagggagatgggtagaccctc- 6235828  T
273 ttctctggcaagcgctcaaggataggacagttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaacccttgttgttcattattcttagctttg 372  Q
      ||||||||||| |||||    ||||||||  | ||||  |||| |||  || ||  |||||||| ||| |||||||| ||| ||| ||||||| || |    
6235829 --ctctggcaagctctcaaaacaaggacagtcttcaatatatagagattcaagtgaagtgaggtggagaagacccttgtagttgatttttcttaggttgg 6235926  T
373 aacaatttctcaa 385  Q
    |||||||| ||||    
6235927 aacaatttgtcaa 6235939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 165 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 6851412 - 6851348
Alignment:
165 atgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggaca 229  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| || | ||| |||| ||||||| || ||||||||||||    
6851412 atgtgactaattgtatgccaatgctctgcttcctccctttggtacttctgcttaattaatggaca 6851348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 173 - 292
Target Start/End: Original strand, 6263365 - 6263481
Alignment:
173 aattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaatccacaaactagaaagggagttgggtagagcctcc 272  Q
    |||||||||||||||||| |||   ||| |||| |||  || || |||||||||||||| |  |||  ||||| ||||||||||| |||||||| ||||     
6263365 aattgtatgccaacgctcgccttgctccgtttggtacaactgcttaattaatggacaatcatgaattgacaaagtagaaagggagctgggtagaccctc- 6263463  T
273 ttctctggcaagcgctcaag 292  Q
      ||||||||||| ||||||    
6263464 --ctctggcaagctctcaag 6263481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 345 - 385
Target Start/End: Original strand, 5296597 - 5296637
Alignment:
345 cccttgttgttcattattcttagctttgaacaatttctcaa 385  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
5296597 cccttgtaattcattattcttagctttgaacaatatctcaa 5296637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 162 - 194
Target Start/End: Original strand, 6242989 - 6243021
Alignment:
162 gggatgtgactaattgtatgccaacgctctcct 194  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
6242989 gggatgtgacaaattgtatgccaacgctctcct 6243021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425 (Bit Score: 147; Significance: 3e-77; HSPs: 2)
Name: scaffold0425
Description:

Target: scaffold0425; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 128 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 10157 - 9752
Alignment:
128 tcatttctgcttaatgtggtcagtccacacattcgggatgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatgga 227  Q
    ||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||  |||| |  |    
10157 tcattcctgcttaatgttgtcaatgcacacattcgggatgtgactaattgtatgccaaagctctcctccctccttttcatacttctcctttattattcca 10058  T
228 caattaaaaatccacaaactagaaagggagttgggtagagcctccttctctggcaagcgctcaaggataggacagttctgaatagttagatatttgaggg 327  Q
    |||||   |||   |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||    ||||| |||  | || || |    
10057 caatttctaatgttcaattcagaaagggagttgggtagagcctccttctctggcaagctctcaagactaggacagtctaaaatagatagccaattaagag 9958  T
328 atttgaggtggggaaaacccttgttgttcattattcttagctttgaacaatttctca--aaaagtctctcaagagttggtggcagcagattctcctctgg 425  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  |||  | |||  |||| || ||||||||||||||||||||||||||    
9957 atttgaggtggagaaaacccttgttgttcatttttcttagctttgaacatttattcaacacaagagtctctagcgttggtggcagcagattctcctctgg 9858  T
426 gaaggactctgcgttttcaaactcatcactaacttcgaaaaagtgcagagaatttagttgaaacaaaccccagtcctctctggaagcaatcagttttggg 525  Q
    ||| |||||  ||||||||||||||||  ||||   |||| | | ||  ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||    
9857 gaacgactccacgttttcaaactcatccgtaacaaagaaagatttcaaggaattgagttggaacaaaccccactcctctctcgaaccaatcagttttggg 9758  T
526 caattg 531  Q
    ||||||    
9757 caattg 9752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 167 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 13844 - 13782
Alignment:
167 gtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggaca 229  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||| || ||||||||||||    
13844 gtgactaattgtatgccaatgctctccttcctccctttggtacttctgcttaattaatggaca 13782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold2053 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold2053
Description:

Target: scaffold2053; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 162 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 613 - 246
Alignment:
162 gggatgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaatccacaaactagaaagggagttgg 261  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||| | | ||||||||||||||   ||||    | |  || ||||| |||||    
613 gggatgtgactaattgtatgccaattctctcctccctccttttcatacttccctttaattaatggacaatcggaaatttcaatagaagtaagggtgttgg 514  T
262 gtagagcctccttctctggcaagcgctcaaggataggacagttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaacccttgttgttcattat 361  Q
    ||||||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||  ||||  ||| | | |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
513 gtagagcctcct---ctggcaagcgctcaagaataggacagttccaaatatgtagttctatgagagatttgaggtggagaaaacccttgttgttcattat 417  T
362 tcttagctttgaacaat--ttctcaaaaagtctctcaagagttggtggcagcagattctcctctgggaaggactctgcgttttcaaactcatcactaact 459  Q
    |||||||||||||||||  ||   | ||||  | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  ||||||||||||||| ||| |      
416 tcttagctttgaacaatcattaatacaaagagtttgaagagttggtggcagcagattcttctctgggaatgactccacgttttcaaactcattactgatg 317  T
460 tcgaaaaagtgcagagaatttagttgaaacaaaccccagtcctctctggaagcaatcagttttgggcaatt 530  Q
      |||  | | ||  ||||| ||||| ||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||    
316 aagaatgacttcaaggaattgagttggaacaaaccccactcctttcttgaagcaatcagttttgggcaatt 246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1643 (Bit Score: 88; Significance: 5e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold1643
Description:

Target: scaffold1643; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 327 - 531
Target Start/End: Original strand, 7 - 213
Alignment:
327 gatttgaggtggggaaaacccttgttgttcattattcttagctttgaacaatttctcaaa--aagtctctcaagagttggtggcagcagattctcctctg 424  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   || |  |||    | |||||||||||||||||||||||||||||    
7 gatttgaggtggagaaaaccctttttgttcattattcttagctttgaacaattatacagacaaagagattgaagagttggtggcagcagattctcctctg 106  T
425 ggaaggactctgcgttttcaaactcatcactaacttcgaaaaagtgcagagaatttagttgaaacaaaccccagtcctctctggaagcaatcagttttgg 524  Q
    |||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| ||    | ||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||| ||| |||||||| ||||    
107 ggaacgactccacgttttcaaactcatcactaacttcaaattgatacagagaattgagttggaacaaactccactcctctctcgaaccaatcagtcttgg 206  T
525 gcaattg 531  Q
    |||||||    
207 gcaattg 213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 70; Significance: 3e-31; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 162 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 6575680 - 6575263
Alignment:
162 gggatgtgactaattgtatgccaacgctctcctccatccttttgatacttctcctcaattaatggacaattaaaaatccacaaactagaaagggagttgg 261  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| |||||| | |||| || ||| | |||||||||||    |||   ||| |||||||||||||| |    
6575680 gggatttgacgaattgtatgccaacgatctcctccctcctttcggtactgctgctccagtaatggacaatcgctaataaccaacctagaaagggagttcg 6575581  T
262 gtagagcctccttctctggcaagcgctcaaggataggacagttctgaatagttagatatttgagggatttgaggtggggaaaacccttgttgttcattat 361  Q
    ||| | | ||||   ||||||||||||||||  |||| ||  |   ||||  ||||  ||| || |||||||||||| ||| |||||||| |||||||||    
6575580 gtataccttcct---ctggcaagcgctcaagactagggcatcttccaatatatagaactttaagagatttgaggtggagaagacccttgtagttcattat 6575484  T
362 tcttagctttgaacaatttctc---aaaaagtctctcaagagttggtggcagcagattctcctctgggaaggactctgcgttttcaaactcatcactaac 458  Q
    |||||||||||||| |||| ||   ||||||  | | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||   | ||| ||| ||||||| |||    
6575483 tcttagctttgaac-atttatccaaaaaaagggtgtgaagagttggtggcagcagactctcctctgggaacgactccatggttttaaagtcatcacaaac 6575385  T
459 ttcgaaaaagtgcagagaatttagttgaaacaaaccccagtcctctctggaagcaatcagttttgggcaattggttattctaagaccagacaagtttgaa 558  Q
       |||| | | ||  ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||  |||||  |||      |||||| |||    
6575384 aatgaaatatttcaaggaatttagttggaacaaatcccagtcctctctcgaagcaattaactttgggcaattatttatttcaagttttctcaagttggaa 6575285  T
559 ggcaaacctccctctggaaatg 580  Q
    |||||||||||||| |||||||    
6575284 ggcaaacctccctcaggaaatg 6575263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University