View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17117_high_16 (Length: 503)

Name: NF17117_high_16
Description: NF17117
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17117_high_16
NF17117_high_16
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (1-484)||(34658198-34658681)
chr7 (6-484)||(34664876-34665354)
chr7 (6-481)||(34645176-34645651)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 472; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 472; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 484
Target Start/End: Original strand, 34658198 - 34658681
Alignment:
Q  1 aaaaagtccaacagacataaaaacatcagcaagtccatgaaaacaatattgaggtaccaaccaaaatacacttattggaataattgcttttggatcatcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34658198 aaaaagtccaacagacataaaaacatcagcaagtccatgaaaacaatattgaggtaccaaccaaaatacacttattggaataattgcttttggatcatcc 34658297  T
Q  101 aataagttatacttagcagcaacttcttttcttttgatttcaactggtgctgagattaatgtggctataatgttgattataaatccaattcccattcttt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34658298 aataagttatacttagcagcaacttcttttcttttgatttcaactggtgctgagattaatgtggctataatgttgattataaatccaattcccattcttt 34658397  T
Q  201 gtatgcacgtgattccaaccggattatttgtgaatttacggacgattgggacgaatacgcgttcataaagaattactcctgccatcatggttacaacact 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34658398 gtatgcacgtgattccaaccggattatttgtgaatttacggacgattgggatgaatacgcgttcataaagaattactcctgccatcatggttacaacact 34658497  T
Q  301 gaaaactgacatgttggctggtgaaatttgaaatgtgggagagaggtgacggtccattgttcgagcttgttcgatgacgaaactaggaaggtgtgctgac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  34658498 gaaaactgacatgttggctggtgaaatttgaaatgtgtgagagaggtgacggtccattgttcgagcttgttcgatgacgaaactaggaaggtgtgctgag 34658597  T
Q  401 gcagctataagtaaaattcctgatgctgaaattggaaggattctgatgatggattttaactcctcaactctatggacagtggct 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34658598 gcagctataagtaaaattcctgatgctgaaattggaaggattctgatgatggattttaactcctcaactctatggacagtggct 34658681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 6 - 484
Target Start/End: Original strand, 34664876 - 34665354
Alignment:
Q  6 gtccaacagacataaaaacatcagcaagtccatgaaaacaatattgaggtaccaaccaaaatacacttattggaataattgcttttggatcatccaataa 105  Q
    ||||||||  ||| ||||| ||||| | |||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||  ||| |||||    
T  34664876 gtccaacattcatgaaaacttcagccactccatgcaaaaaatactgaggtaccaaccaaaacacacttatagggataattgcttttggactatctaataa 34664975  T
Q  106 gttatacttagcagcaacttcttttcttttgatttcaactggtgctgagattaatgtggctataatgttgattataaatccaattcccattctttgtatg 205  Q
    ||  || || | |||||||| ||||||||||||||| ||   |||||| | ||  |||||||||||||| || | ||| || |||||||||||||| |      
T  34664976 gtggtatttggaagcaactttttttcttttgatttccaccaatgctgaaactatagtggctataatgttaatcacaaagcctattcccattctttgcaaa 34665075  T
Q  206 cacgtgattccaaccggattatttgtgaatttacggacgattgggacgaatacgcgttcataaagaattactcctgccatcatggttacaacactgaaaa 305  Q
    || ||||||||| | ||||| ||||||||| |||||| || ||| ||||||| |||||| || ||||| || |||| |||||||||||  || |||||||    
T  34665076 catgtgattccagcaggattctttgtgaatctacggatgaatggaacgaataagcgttcgtatagaataacacctgtcatcatggttagcacgctgaaaa 34665175  T
Q  306 ctgacatgttggctggtgaaatttgaaatgtgggagagaggtgacggtccattgttcgagcttgttcgatgacgaaactaggaaggtgtgctgacgcagc 405  Q
     || |||  |||| ||||||||||  |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||| | || || |||||| |  |   || ||| ||||     
T  34665176 ttgccatactggccggtgaaatttcgaatgtgtgagagaggtgacgatccattgtacgagcttgtacaatcacaaaactatgttgagatgatgatgcagt 34665275  T
Q  406 tataagtaaaattcctgatgctgaaattggaaggattctgatgatggattttaactcctcaactctatggacagtggct 484  Q
    ||| |||| ||||||||||||  |||||||||| ||||| |  | | |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34665276 tatgagtagaattcctgatgcccaaattggaagcattctaaccaggcattttaactcttcaactctatggacagtggct 34665354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 6 - 481
Target Start/End: Original strand, 34645176 - 34645651
Alignment:
Q  6 gtccaacagacataaaaacatcagcaagtccatgaaaacaatattgaggtaccaaccaaaatacacttattggaataattgcttttggatcatccaataa 105  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |  || || |||||||||||||||||||||||    
T  34645176 gtccaacagacatgaaaacttcagccactccatgaagacaatattgaggtactaaccaaaatacactaaaagggattattgcttttggatcatccaataa 34645275  T
Q  106 gttatacttagcagcaacttcttttcttttgatttcaactggtgctgagattaatgtggctataatgttgattataaatccaattcccattctttgtatg 205  Q
    |||| |||| |||||||||  |||||||||  |||| ||| ||||||| | ||  || ||||||||||| |  | ||| || | ||||||||||||||      
T  34645276 gttaaactttgcagcaactgtttttcttttcgtttccactagtgctgaaactatagtagctataatgttaaccacaaaccctactcccattctttgtaaa 34645375  T
Q  206 cacgtgattccaaccggattatttgtgaatttacggacgattgggacgaatacgcgttcataaagaattactcctgccatcatggttacaacactgaaaa 305  Q
    || ||||||||| | ||||| ||||||||| ||||| ||| ||| ||||| | ||||||||| || || ||||||  |||||||||||  ||||  ||||    
T  34645376 catgtgattccagcaggattctttgtgaatctacgggcgaatggaacgaaaaagcgttcatatagcataactcctatcatcatggttaggacaccaaaaa 34645475  T
Q  306 ctgacatgttggctggtgaaatttgaaatgtgggagagaggtgacggtccattgttcgagcttgttcgatgacgaaactaggaaggtgtgctgacgcagc 405  Q
     |||||| |||||||||| |||||| ||||   ||| ||||||||||||||| |  ||||||||||  ||||| ||||||   |  |||| ||| |        
T  34645476 ttgacatattggctggtgcaatttggaatgaatgagtgaggtgacggtccatcgaacgagcttgttgaatgacaaaactacctaaatgtgatgaagacat 34645575  T
Q  406 tataagtaaaattcctgatgctgaaattggaaggattctgatgatggattttaactcctcaactctatggacagtg 481  Q
    ||| || ||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||| | ||| |  |||||||||||||||||||||    
T  34645576 tatgagcaaaattcctgaagcccaaattggaagcattctgatgatagctttcagttcctcaactctatggacagtg 34645651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University