View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17117_high_3 (Length: 753)

Name: NF17117_high_3
Description: NF17117
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17117_high_3
NF17117_high_3
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (14-737)||(1443759-1444482)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 652; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 652; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 737
Target Start/End: Original strand, 1443759 - 1444482
Alignment:
Q  14 caaaggaaacattgattcatttgagttaatttgcaccatgacctatagttaaattccattgttatgtctgaaacttgaaggtttgtaaggttaacaagaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1443759 caaaggaaacattgattcatttgagttaatttgcaccatgacctatagttaaattccattgttatgtctgaaacttgaaggtttgtatggttaacaagaa 1443858  T
Q  114 attccatgtgtggatcatcaatgatgttcactat---tagtagaagctatttgaggaataatacggatttggttatcattttcaatggtcaaattcaagt 210  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1443859 atcccatgtgtggatcatcaatgatgttcactataattagtagaagctatttgaggaataatagggatttggttatcattttcaatggtcaaattcaagt 1443958  T
Q  211 aagttatgcagtcaaattttaggctatgtatctattttggataggacatattttttagttaactataagttttaaaaatttcaaggtaaatttcctttgt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1443959 aagttatgcagtcaaattttaggctatgtatctattttggataggacatattttttagttaactataagttttaaaaatttcaaggtaaatttcctttgt 1444058  T
Q  311 actcattcactcctcctattatattgatctaagtaaaagtaatgtgcaattaacagtactttaaaagtattaaaaagttaaagggtatccagtagaatct 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1444059 actcattcactcctcctattatattgatctaagtaaaagtgaagtgcaattaacagtactttaaaagtattaaaaagttaaagggtatccagtagaatct 1444158  T
Q  411 tttttatggcaaagtattattgataatgacaatcatgtattatttatacattagtgtatatggactttgtgtactaggcaaacagtaacatgacgacagt 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1444159 tttttatggcaaagtattattgataatgacaatcatgtattatttatacattagtgtatatggactttgtgtactaggcaaacagtaacatgacgacagt 1444258  T
Q  511 ataacaaaaaattgatatatgagcaaggcttgacttatatatatatgcaatgaaaacagggtttgatttaccacaatcacaatgaaaactttatagttca 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1444259 ataacaaaaaattgatatatgagcaaggcttgact--tatatatatgcaatgaaaac--ggtttgatttaccacaatcacaatgaaaactttatagttca 1444354  T
Q  611 tgaaaataagctaaagttgttcttaaaagttggaaaattgtgtttgggaaagagggattttagttgttctt-aaatttgtatccaagctataaaaacata 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1444355 tgaaaataagctaaagttgttcttaaaagttggaaaattgtgtttggtaaagagggattttagttgttcttaaaatttgtatccaagctataaaaacata 1444454  T
Q  710 ccagttgttgctcagagcatgaaaaata 737  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||    
T  1444455 tcagttgttgctcggagcatgaaaaata 1444482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University