View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17117_low_2 (Length: 1104)

Name: NF17117_low_2
Description: NF17117
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17117_low_2
NF17117_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-1087)||(49084100-49085185)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (878-916)||(39305825-39305863)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 973; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 973; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1087
Target Start/End: Complemental strand, 49085185 - 49084100
Alignment:
Q  1 catttccatcacttacgctgcctaggccttcacacacaccactggcgttatgactctccgcgtcatggtaaaaactggtacaactttgaatattagatgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  49085185 catttccatcacttacgctgcctaggccttcacacacaccactggcgttatgactctccgcgtcatggtaaaaactggtacaactttgaccattagatgg 49085086  T
Q  101 agagtcatgcatagcaaaatcattattgctttgatcacaagtataggtggcatcatccgaccagtgatgaggttctgagttctgacttttaggattggaa 200  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  49085085 agattcatgcatagcaaaatcattattgctttgatcacaagtataggtggcatcatccgaccagtgatgaggttctgagttctggcttttaggattggaa 49084986  T
Q  201 tgggaggaaatacttgtgggaaatggagaactctctttttggaacactgattttggtgtccaagtgggatgcatccctgattgtgcgttgaacatagaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49084985 tgggaggaaatacttgtgggaaatggagaactctctttttggaacactgattttggtgtccaagtgggatgcatccctgattgtgcgttgaacatagaat 49084886  T
Q  301 gtaaaacgttatcatgttccatagacttattgtcggaagtggcccctgtggctggaaagaattcaagttgacattttgtatcaacttgcccagactgacc 400  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49084885 gtaaaacgttattatgttccatagacttattatcggaagtggcccctgtggctggaaagaattcaagttgacattttgtatcaacttgcccagactgacc 49084786  T
Q  401 aatcaccagatatgtgatattttcctgcttttgnnnnnnnccatcataatgatgagtagtgtttatattttcagataatttttgtgattcatgagaactc 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49084785 aatcaccagatatgtgatattttcctgcttttgtttttttccatcataatgatgagtagtgtttatattttcagataatttttgtgattcatgagaactc 49084686  T
Q  501 tttgttggaaataaaggctgcaacaccatactgctgccatacctgcgaatgggaattttattaaaagtaacgtcggaaattctgtaatgttcatttgaaa 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49084685 tttgttggaaataaaggctgcaacaccatactgctgccatacctgcaaatgggaattttattataagtaacgtcggaaattctgtaatgttcatttgaaa 49084586  T
Q  601 tgcactctgtttgcaattattgatactgatttatcaacaaaacaagagttctcaacacaataaaacccaattagagacagatatacaaaataaatacata 700  Q
    ||  ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49084585 tgtgctctgtacacaattattgatactgatttatcaacaaaacaagagttctcaacacaataaaacccaattagagacagatatacaaaataaatacata 49084486  T
Q  701 ctatctactaggcattcaaattttattattaacatcccttggaagcatttttgtaattatgcttcaaattttgttattaacgtctctttgaagcattcac 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49084485 ctatctactaggcattcaaattttattattaacatcccttggaagcatttttgtaattatgcttcaaattttgttattaacgtctctttgaagcattcac 49084386  T
Q  801 atacttccaaaaggtgtcacagctcaatggttagagcttgactgtgtaacctcgagacagagtttgaatctcccagggacaattgtaatatggtcattag 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49084385 atacttccaaaaggtgtcacagctcaatggttagagcttgactgtgtaacctcgagacagagtttgaatatcccagggacaattgtaatatggtcattag 49084286  T
Q  901 tgtcattgttattaatgaaacttccccttccccattcnnnnnnnnctttctaaaaagtgttcttgcaatcgctgttgtctgattacaaagcaagccaata 1000  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||        ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49084285 tgtcattgttattaataaaacttccccttccccattc-tttttttctttctaaaaagtattcttgcaatcgctgttgtctgattacaaagcaagccaata 49084187  T
Q  1001 tatctgctgtctctcaagaagcttgacaaattttaccaccagttggtgcttccgaagactataaaatataaatccatgttctctgtg 1087  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49084186 tatctgctgtctctcaagaagcttgacaaattttaccaccagttggtgcttccgaagactataaaatataaatccatgttctctgtg 49084100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 31; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 878 - 916
Target Start/End: Original strand, 39305825 - 39305863
Alignment:
Q  878 gacaattgtaatatggtcattagtgtcattgttattaat 916  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  39305825 gacaattgtaaaatgatcattagtgtcattgttattaat 39305863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University