View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17117_low_36 (Length: 413)

Name: NF17117_low_36
Description: NF17117
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17117_low_36
NF17117_low_36
[»] chr2 (19 HSPs)
chr2 (180-366)||(15590311-15590497)
chr2 (20-180)||(32599247-32599409)
chr2 (20-179)||(13696965-13697126)
chr2 (20-179)||(17823600-17823761)
chr2 (20-179)||(36272661-36272822)
chr2 (20-181)||(36709190-36709352)
chr2 (20-181)||(33555360-33555524)
chr2 (20-180)||(14242523-14242676)
chr2 (30-181)||(40095294-40095446)
chr2 (24-179)||(42061237-42061388)
chr2 (108-179)||(4434592-4434663)
chr2 (141-179)||(23860198-23860236)
chr2 (20-88)||(23860257-23860325)
chr2 (108-180)||(40216519-40216592)
chr2 (20-80)||(40216430-40216490)
chr2 (135-181)||(5563071-5563117)
chr2 (20-53)||(14945864-14945897)
chr2 (114-184)||(31220678-31220749)
chr2 (20-80)||(24475802-24475862)
[»] chr1 (23 HSPs)
chr1 (20-181)||(1994974-1995136)
chr1 (20-190)||(29637199-29637371)
chr1 (20-181)||(44797465-44797627)
chr1 (20-187)||(27325619-27325789)
chr1 (20-181)||(2402923-2403086)
chr1 (20-181)||(32267463-32267626)
chr1 (98-180)||(40030887-40030969)
chr1 (20-171)||(1673390-1673543)
chr1 (108-180)||(15066019-15066092)
chr1 (108-181)||(19989347-19989420)
chr1 (113-181)||(526907-526976)
chr1 (113-181)||(39858452-39858521)
chr1 (108-180)||(47571562-47571635)
chr1 (20-80)||(527000-527060)
chr1 (113-180)||(13276473-13276541)
chr1 (20-80)||(26040991-26041051)
chr1 (20-80)||(29731209-29731269)
chr1 (21-80)||(6487750-6487809)
chr1 (108-178)||(29731298-29731369)
chr1 (20-78)||(13276567-13276625)
chr1 (35-80)||(47571664-47571709)
chr1 (113-180)||(40314197-40314265)
chr1 (20-80)||(46845757-46845817)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (20-180)||(36890398-36890559)
chr5 (20-180)||(13988268-13988430)
chr5 (20-181)||(11247213-11247376)
chr5 (108-181)||(20151485-20151558)
chr5 (20-79)||(43100310-43100369)
chr5 (131-181)||(12248407-12248457)
chr5 (108-180)||(8076365-8076438)
chr5 (20-80)||(12248294-12248354)
chr5 (131-179)||(43100208-43100256)
chr5 (108-179)||(1447748-1447818)
chr5 (113-181)||(15285434-15285503)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (20-187)||(30922702-30922871)
chr7 (20-181)||(46576240-46576403)
chr7 (20-180)||(33496520-33496682)
chr7 (20-178)||(51959-52118)
chr7 (20-179)||(38754897-38755056)
chr7 (20-175)||(48460680-48460830)
chr7 (20-183)||(38349455-38349620)
chr7 (108-180)||(28713787-28713860)
chr7 (108-179)||(11752707-11752781)
chr7 (20-76)||(28713698-28713754)
chr7 (108-181)||(13768479-13768554)
chr7 (109-182)||(43359083-43359157)
chr7 (139-177)||(43659258-43659296)
chr7 (108-181)||(47480012-47480086)
chr7 (113-181)||(31741148-31741217)
chr7 (109-177)||(37536317-37536386)
chr7 (135-179)||(42974395-42974439)
[»] chr4 (23 HSPs)
chr4 (20-179)||(25164471-25164632)
chr4 (20-179)||(37605691-37605852)
chr4 (20-180)||(17044024-17044185)
chr4 (20-179)||(45995895-45996055)
chr4 (20-180)||(55281229-55281391)
chr4 (20-180)||(43749113-43749277)
chr4 (96-187)||(39631002-39631093)
chr4 (20-179)||(3287105-3287262)
chr4 (20-179)||(5817380-5817541)
chr4 (108-181)||(24059133-24059206)
chr4 (131-180)||(51293081-51293130)
chr4 (20-182)||(51579601-51579765)
chr4 (120-181)||(5208425-5208486)
chr4 (109-167)||(32525034-32525092)
chr4 (131-181)||(14149958-14150008)
chr4 (20-78)||(51579341-51579399)
chr4 (20-64)||(25784025-25784069)
chr4 (20-88)||(36851248-36851316)
chr4 (108-180)||(40947103-40947175)
chr4 (20-80)||(42179238-42179298)
chr4 (108-179)||(48525436-48525508)
chr4 (20-80)||(50498231-50498291)
chr4 (114-180)||(25783908-25783974)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (20-180)||(9045854-9046015)
chr6 (20-179)||(34792651-34792812)
chr6 (20-181)||(14313985-14314147)
chr6 (20-181)||(1244554-1244717)
chr6 (133-181)||(9521810-9521858)
chr6 (131-179)||(16718131-16718179)
chr6 (108-182)||(12748322-12748397)
chr6 (113-183)||(23916077-23916148)
chr6 (20-71)||(29429605-29429656)
chr6 (20-53)||(9521945-9521978)
chr6 (21-78)||(12748233-12748290)
chr6 (108-184)||(32720469-32720546)
chr6 (20-80)||(23915993-23916053)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (20-179)||(38247819-38247979)
chr3 (20-177)||(12224006-12224164)
chr3 (20-179)||(48034808-48034970)
chr3 (20-181)||(9271131-9271296)
chr3 (20-179)||(50989224-50989385)
chr3 (20-179)||(51092356-51092517)
chr3 (20-186)||(8496727-8496896)
chr3 (20-88)||(33288153-33288221)
chr3 (20-180)||(23004777-23004938)
chr3 (109-180)||(46135636-46135708)
chr3 (21-181)||(54713546-54713708)
chr3 (108-179)||(36674519-36674591)
chr3 (110-179)||(40725959-40726029)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (20-181)||(43065903-43066065)
chr8 (20-180)||(14342186-14342350)
chr8 (20-180)||(1993638-1993801)
chr8 (96-181)||(4076767-4076852)
chr8 (20-179)||(11904874-11905035)
chr8 (20-80)||(4077062-4077122)
chr8 (20-80)||(8368472-8368532)
chr8 (113-179)||(28898100-28898167)
chr8 (108-188)||(31774837-31774917)
chr8 (108-182)||(35200666-35200741)
chr8 (46-179)||(5749029-5749162)
chr8 (33-79)||(10592010-10592056)
chr8 (108-169)||(10592086-10592148)
chr8 (108-177)||(16465610-16465679)
chr8 (20-80)||(2599552-2599612)
chr8 (20-80)||(41075698-41075758)
[»] scaffold0933 (1 HSPs)
scaffold0933 (30-181)||(3054-3204)
[»] scaffold0533 (1 HSPs)
scaffold0533 (20-179)||(10232-10392)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 135; Significance: 3e-70; HSPs: 19)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 180 - 366
Target Start/End: Original strand, 15590311 - 15590497
Alignment:
Q  180 ttattttaaattgtaaggaacagattaattgaaagacacttaaaagtaattaattttgttaaactctataatagaaaggactgttttggatagtaatttt 279  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  15590311 ttattttaaattgtaaggaacagattaattgaaaaacacttaaaagtaattagttttgttaaactctgtaatataaatgtctgttttggatagtaatttt 15590410  T
Q  280 aaatccacaatttacccatataatttttagtaaaatcctctattaagggtccatcttcaactattttggatagtaatttcttccatt 366  Q
    || |||| || |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15590411 aattccataacttacccttatcatttttagtaaaatcctctattaaggatccatcttcaactattttggatagtaattccttccatt 15590497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 20 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 32599409 - 32599247
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcc-tcc-cacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||       ||||||||||  |||| |||||    
T  32599409 cttaggtggcatgtaccacttgtacatccacacataattttgacaagtgtccttgtggtccctccacacacaaaaaaactcacatgtattgtctgtcaca 32599310  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32599309 cactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 32599247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 20 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 13697126 - 13696965
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnnc--tcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||          |||||||||  ||||||||||    
T  13697126 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttcccccacacacaaaaaaagtcacatgtattgtctctcaca 13697027  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13697026 cactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 13696965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 20 - 179
Target Start/End: Original strand, 17823600 - 17823761
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnn--ctcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||         ||||||||||  ||||||||||    
T  17823600 cttagatggtatgtatcacttgtacacccacatacaattttgataagtgtccttgtggtccccccacacacaaaaaaactcacatgtattgtctctcaca 17823699  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17823700 cactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 17823761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 20 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 36272822 - 36272661
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnn--ctcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||         ||||||||||  |||| |||||    
T  36272822 cttaggtggcatgtaccacttatacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccacacacacaaaaaaactcacatgtattgtctttcaca 36272723  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    |||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36272722 cactctcacatggagtggtacaatgtgtatatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 36272661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 20 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 36709352 - 36709190
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnn-ctcacatgtagggtctctcacac 118  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||        ||||||||||  |||| ||||||    
T  36709352 cttaggtggtatgtaccacttatacacccacacacaattttgacaaatgtcattgtggtccccccacacacaaaaaactcacatgtattgtctgtcacac 36709253  T
Q  119 actctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    | |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36709252 attctcatatggagtggtacaatgtttgtatggaaaaaaatgtgtacatgaaacattatcctt 36709190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 20 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 33555524 - 33555360
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnn---ctcacatgtagggtctctcac 116  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||          ||||||||||  |||| ||||    
T  33555524 cttaagtggcatgtaccacttgtacacttacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccccccacacaaaaaaaaaactcacatgtattgtctgtcac 33555425  T
Q  117 acactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33555424 acattctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 33555360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 20 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 14242676 - 14242523
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcacaca 119  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||         || | |||||       ||||||||||  | |||||| |||    
T  14242676 cttaggtggtatgtaccacctgtacacccacacacaattttgacaagtgtta-------ccccacacacaaaaaagctcacatgtattgcctctcagaca 14242584  T
Q  120 ctctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14242583 ctctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 14242523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 30 - 181
Target Start/End: Original strand, 40095294 - 40095446
Alignment:
Q  30 atgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnn--ctcacatgtagggtctctcacacactctcata 127  Q
    |||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||||| |||||||         || |||||||  |||||||||||||||||  |    
T  40095294 atgtaccacttgtacatccacatacaattttgacaagtgtcattgtggtccccccacacacaaaaaaacttacatgtattgtctctcacacactctcgca 40095393  T
Q  128 tagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40095394 tagagtggtacagtgtatgtatggaaaaaa-tgtgtacatgaaacattatcctt 40095446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 24 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 42061388 - 42061237
Alignment:
Q  24 ggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacac---nnnnnnnctcacatgta--gggtctctcacac 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||          ||||||||||  |  ||||||||||    
T  42061388 ggtggcatgtaccacttgtacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtccccccacacacacaaaaaactcacatgtattgtctctctcacac 42061289  T
Q  119 actctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    |||||||||| |||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42061288 actctcatatggagtg---------gtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 42061237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 108 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 4434663 - 4434592
Alignment:
Q  108 gtctctcacacactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    |||||||||||| ||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||    
T  4434663 gtctctcacacattctcacatgaggtggtacaatgtgtgtatggaaaaaatagtgttcatgaaacattatcc 4434592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 141 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 23860236 - 23860198
Alignment:
Q  141 tgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23860236 tgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 23860198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 23860325 - 23860257
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacac 88  Q
    ||||||||| |||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||| |||||| ||| |||||||    
T  23860325 cttaggtggcatgtaccacttgtatactcacacactattttgacaagtgttcttgtgatccccccacac 23860257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 108 - 180
Target Start/End: Original strand, 40216519 - 40216592
Alignment:
Q  108 gtctctcacacactctcatataga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    |||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||| ||  |||| |||| ||||||||||||||||    
T  40216519 gtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagaggaaagggtgttcatgaaacattatcct 40216592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 80
Target Start/End: Original strand, 40216430 - 40216490
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcc 80  Q
    ||||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||    
T  40216430 cttagatgatatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtcc 40216490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 135 - 181
Target Start/End: Original strand, 5563071 - 5563117
Alignment:
Q  135 gtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  5563071 gtacaatgtgtgtatagaaaaaaatgtatacataaaacattatcctt 5563117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 14945897 - 14945864
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacaca 53  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14945897 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacaca 14945864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 114 - 184
Target Start/End: Original strand, 31220678 - 31220749
Alignment:
Q  114 cacacactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatgg--aaaaaagtgtgtacatgaaacattatccttatt 184  Q
    ||||||||||||||| | | |||||||| |||||||||  | ||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  31220678 cacacactctcatatgggg-ggtacaatttgtgtatggcgagaaaagggtgtccatgaaacattatccttatt 31220749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 20 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 24475862 - 24475802
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcc 80  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||| ||||| |||||| ||| ||||    
T  24475862 cttaggtggtatgtatcacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtagtcc 24475802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 106; Significance: 6e-53; HSPs: 23)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 20 - 181
Target Start/End: Original strand, 1994974 - 1995136
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcc-cacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcacac 118  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||       ||||||||||  |||||||||||    
T  1994974 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtctttgtggtcctccacacacaaaaaaactcacatgtattgtctctcacac 1995073  T
Q  119 actctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1995074 actctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 1995136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 20 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 29637371 - 29637199
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctccc--acacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||       |||| |||||  ||||||| ||    
T  29637371 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacacaaaaaaactcatatgtattgtctctctca 29637272  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatccttattttaaat 190  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  29637271 cactctcatatgtggtggtacaatgtgtgtatgaaaaaaagtgtgtacatgaaacattatctttcttttaaat 29637199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 20 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 44797627 - 44797465
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctccca-cacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcacac 118  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || | |||       ||||||||||  |||||||||||    
T  44797627 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgataagtgtccttgtggtcccccaaacacaaaaaaactcacatgtattgtctctcacac 44797528  T
Q  119 actctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    ||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44797527 actctcacatgaagtggtacaatgtgtgtatagaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 44797465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 20 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 27325789 - 27325619
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnnc--tcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | |||||||          |||||||||  ||||||||||    
T  27325789 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgataagtgtccttgtggttcccccacacacaaaaaaagtcacatgtattgtctctcaca 27325690  T
Q  118 cactct-catatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatccttatttta 187  Q
    |||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27325689 cactcttcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctaatttta 27325619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 20 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 2403086 - 2402923
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnn--ctcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||||||         ||||||||||  ||||||| ||    
T  2403086 cttagatggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgaaaagtgttcttgtggtccccccacacaaaaaaaaactcacatgtattgtctctcgca 2402987  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    |||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2402986 cactctcacatggaatggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 2402923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 20 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 32267626 - 32267463
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccaca--cnnnnnnnctcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    |||| |||| |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  |       ||||||||||  | ||||||||    
T  32267626 cttaagtggcatgtacaatttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccttccacatacaaaaaaactcacatgtattggctctcaca 32267527  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32267526 cactctcacatggagtagtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaatattatcctt 32267463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 98 - 180
Target Start/End: Original strand, 40030887 - 40030969
Alignment:
Q  98 cacatgtagggtctctcacacactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40030887 cacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatgaaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 40030969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 20 - 171
Target Start/End: Original strand, 1673390 - 1673543
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcc--cacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | ||  || ||       |||| |||||  |||||||| |    
T  1673390 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgataagtgtccttgtggttcccctacatacaaaaaaactcatatgtattgtctctcata 1673489  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaa 171  Q
    |||||| | ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1673490 cactcttacatgaaatggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaa 1673543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 108 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 15066092 - 15066019
Alignment:
Q  108 gtctctcacacactctcatat-agagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  15066092 gtctctcacacactctcacatgagagtggtacattgtatgtatggaaaaaagagtgttcatgaaacattatcct 15066019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 108 - 181
Target Start/End: Original strand, 19989347 - 19989420
Alignment:
Q  108 gtctctcacacactctcatat-agagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  19989347 gtctctcacacactctcacatgagagtggtacaatgtgtgtat-gagaaaagagtgtctatgaaacattatcctt 19989420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 113 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 526976 - 526907
Alignment:
Q  113 tcacacactctcatataga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    ||||||||||||| || || ||||||||  ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  526976 tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcctt 526907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 113 - 181
Target Start/End: Original strand, 39858452 - 39858521
Alignment:
Q  113 tcacacactctcatatag-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    |||||| ||||||||| | |||||||||  ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  39858452 tcacactctctcatatgggagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcctt 39858521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 108 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 47571635 - 47571562
Alignment:
Q  108 gtctctcacacactctcatataga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    |||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||| ||  |||| |||| ||||||||||||||||    
T  47571635 gtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagaggaaagggtgttcatgaaacattatcct 47571562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 527060 - 527000
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcc 80  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||| |||||| ||||||||    
T  527060 cttaggtggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtcc 527000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 113 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 13276541 - 13276473
Alignment:
Q  113 tcacacactctcatatag-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    ||||||||||||| || | |||||||||  ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  13276541 tcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 13276473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 80
Target Start/End: Original strand, 26040991 - 26041051
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcc 80  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||| ||||| ||||||  |||||||    
T  26040991 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacatacaattgtgacatgtgtccacgtggtcc 26041051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 80
Target Start/End: Original strand, 29731209 - 29731269
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcc 80  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||    
T  29731209 cttaggtggcatataccactagtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtcc 29731269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 21 - 80
Target Start/End: Original strand, 6487750 - 6487809
Alignment:
Q  21 ttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcc 80  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||| ||||||  |||||||    
T  6487750 ttaggtggcatgtaccacttgtacatccacacacaattgtgacatgtgtccacgtggtcc 6487809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 108 - 178
Target Start/End: Original strand, 29731298 - 29731369
Alignment:
Q  108 gtctctcacacactctcatataga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatc 178  Q
    |||||||| ||||||||| || || ||| |||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||    
T  29731298 gtctctcaaacactctcacatggaagtgatacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatc 29731369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 20 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 13276625 - 13276567
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggt 78  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| || ||| |||| ||||| |||||| ||||||    
T  13276625 cttaggtggtatgtaccacttatacactcatacacaattatgacatgtgtccatgtggt 13276567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 47571709 - 47571664
Alignment:
Q  35 ccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcc 80  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||    
T  47571709 ccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtcc 47571664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 113 - 180
Target Start/End: Original strand, 40314197 - 40314265
Alignment:
Q  113 tcacacactctcatatag-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| |  || |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  40314197 tcacacactctcatatgggagtggtatatagtatgtatggaaaaaatggtgttcatgaaacattatcct 40314265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 20 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 46845817 - 46845757
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcc 80  Q
    ||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||| |||||| ||||||||    
T  46845817 cttagatggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtcc 46845757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 101; Significance: 6e-50; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 20 - 180
Target Start/End: Original strand, 36890398 - 36890559
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcc-cacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcacac 118  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||       ||||||||||  |||||||| ||    
T  36890398 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtcccccacacacaaaaaaactcacatgtattgtctctcatac 36890497  T
Q  119 actctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36890498 actctcacatcgagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 36890559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 20 - 180
Target Start/End: Original strand, 13988268 - 13988430
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnnc--tcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||          |||||||||  ||||||||||    
T  13988268 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccccacacacaaaaaaagtcacatgtattgtctctcaca 13988367  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13988368 cactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 13988430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 20 - 181
Target Start/End: Original strand, 11247213 - 11247376
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcc--cacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||| ||| || ||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||| ||  |||||       ||||||||||  ||||||||||    
T  11247213 cttagatggcatatactacttgtacatccacacacaattttgacaaatgtctttgtgatccccctacacacaaaaaaactcacatgtattgtctctcaca 11247312  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11247313 cactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 11247376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 108 - 181
Target Start/End: Original strand, 20151485 - 20151558
Alignment:
Q  108 gtctctcacacactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    |||||||||||||||||| || | |||||| ||||| |||||||||||||  |||||||||||| |||||||||    
T  20151485 gtctctcacacactctcacatggggtggtataatgtatgtatggaaaaaaaggtgtacatgaaatattatcctt 20151558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 43100369 - 43100310
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtc 79  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||| |||||||    
T  43100369 cttaggtggtatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtc 43100310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 131 - 181
Target Start/End: Original strand, 12248407 - 12248457
Alignment:
Q  131 agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  12248407 agtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcctt 12248457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 108 - 180
Target Start/End: Original strand, 8076365 - 8076438
Alignment:
Q  108 gtctctcacacactctcatataga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    |||||||| ||||||||| || || |||||||||||| ||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  8076365 gtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtatgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 8076438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 80
Target Start/End: Original strand, 12248294 - 12248354
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcc 80  Q
    ||||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||    
T  12248294 cttaggtggcatataccacttgtacatccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtcc 12248354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 131 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 43100256 - 43100208
Alignment:
Q  131 agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||    
T  43100256 agtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 43100208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 108 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 1447818 - 1447748
Alignment:
Q  108 gtctctcacacactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    |||||||| ||||||||| || |  |||||||| |||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||    
T  1447818 gtctctcatacactctcacattggatggtacaacgtgtgtatagaaaaaag-gtgttcatgaaacattatcc 1447748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 113 - 181
Target Start/End: Original strand, 15285434 - 15285503
Alignment:
Q  113 tcacacactctcatatag-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    ||||||||||||| || | |||||||||  ||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  15285434 tcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatgcagaaaagggtgttcatgaaacattatcctt 15285503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 98; Significance: 4e-48; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 20 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 30922871 - 30922702
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnn--ctcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||         ||||||||||  ||||||||||    
T  30922871 cttaggtggtatgtaccacatgtacattcacacataattttgacaagtgtccttgtagtccccccacacacaaaaaaactcacatgtattgtctctcaca 30922772  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatccttatttta 187  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30922771 cactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtatgtacatgaaacattatccttatttta 30922702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 20 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 46576403 - 46576240
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnnc--tcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| | |||||||          |||||||||  ||||||||||    
T  46576403 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttaacaagtgtccttgtggttcccccacacacaaaaaaagtcacatgtattgtctctcaca 46576304  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46576303 cactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 46576240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 20 - 180
Target Start/End: Original strand, 33496520 - 33496682
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnn--ctcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||         |||| |||||  ||||||||||    
T  33496520 cttaggtgacatgtaccacttgtacacccacatataattttgacaagtgtctttgtgatccccccacacacaaaaaaactcatatgtattgtctctcaca 33496619  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33496620 cactctcacatggagtggtataatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 33496682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 20 - 178
Target Start/End: Original strand, 51959 - 52118
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnn-ctcacatgtagggtctctcacac 118  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| | | | | |||||| |||||| ||||||||||||| ||||||        |||| |||||   |||||| |||    
T  51959 cttaggtggtatgtactatttgtacatctatatacaattttaacaagtatccttgtggtccttccacacaaaaaaaactcatatgtattatctctctcac 52058  T
Q  119 actctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatc 178  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52059 actctcatatgtagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatc 52118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 20 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 38755056 - 38754897
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcacaca 119  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| |||||| |||| ||| | |||||       ||||||| ||  ||||||||||||    
T  38755056 cttaggtggcatgtaccacttgaacacccatacataattatgacatgtgtccatgtgatccccacacacaaaaaaactcacatttattgtctctcacaca 38754957  T
Q  120 ctctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    |||||| || | |||||| ||||| |||||||||||||  |||||||||||| |||||||    
T  38754956 ctctcacatggggtggtataatgtatgtatggaaaaaaaggtgtacatgaaatattatcc 38754897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 20 - 175
Target Start/End: Original strand, 48460680 - 48460830
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcacaca 119  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| || ||| |||||||       |||    |||  ||||||||||||    
T  48460680 cttaggtggcatgtaccatttgtacatccacatacaattttgacaagtgtccttatgatcc-cccacacaataaaactc----gtattgtctctcacaca 48460774  T
Q  120 ctctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacatt 175  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  48460775 ctctcacatggagtggtacaatgtgtgtgtggaaaaaagtgtgtacataaaacatt 48460830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 38349620 - 38349455
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacac-nnnnnnnctcacatgtagggtctctcacac 118  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||| |||| |||   |||||        ||||  | | | |||||||| ||    
T  38349620 cttaggtggcatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtgttccctacacacataagaaactcatcttttgtgtctctcaaac 38349521  T
Q  119 actctcatatag-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatccttat 183  Q
    ||||||| || | ||||||||||||||||||| ||  |||| |||| |||||||||||||||||||    
T  38349520 actctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagaggaaagggtgttcatgaaacattatccttat 38349455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 108 - 180
Target Start/End: Original strand, 28713787 - 28713860
Alignment:
Q  108 gtctctcacacactctcatat-agagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    |||||||| ||||||||| || | ||||||||||| ||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  28713787 gtctctcaaacactctcacatgaaagtggtacaatatgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 28713860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 108 - 179
Target Start/End: Original strand, 11752707 - 11752781
Alignment:
Q  108 gtctctcacacactctcatataga---gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    |||||||||||||||||| ||||    ||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||| |||||||    
T  11752707 gtctctcacacactctcacatagtagcgtggtacaatgtgtgtatggaaaaaaagatgtccatgaaatattatcc 11752781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 76
Target Start/End: Original strand, 28713698 - 28713754
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtg 76  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||    
T  28713698 cttaggtggcatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtg 28713754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 108 - 181
Target Start/End: Original strand, 13768479 - 13768554
Alignment:
Q  108 gtctctcacacactctcatatag-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatg-aaacattatcctt 181  Q
    |||||||| |||||||||||| | |||| |||||| ||||||| |||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  13768479 gtctctcaaacactctcatatggaagtgatacaatatgtgtatagaaaaaagggtgttcatgaaaacattatcctt 13768554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 109 - 182
Target Start/End: Original strand, 43359083 - 43359157
Alignment:
Q  109 tctctcacacactctcatat-agagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctta 182  Q
    ||||||||||||||||| || || ||| |||| |||||||||||| ||||  ||||  |||||||||||||||||    
T  43359083 tctctcacacactctcacatgagggtgatacattgtgtgtatggagaaaatggtgtcaatgaaacattatcctta 43359157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 139 - 177
Target Start/End: Original strand, 43659258 - 43659296
Alignment:
Q  139 aatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattat 177  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  43659258 aatgtgtgtatggaaaaaagggtgttcatgaaacattat 43659296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 108 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 47480086 - 47480012
Alignment:
Q  108 gtctctcacacactctcatatagag-tggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    |||||| ||||||||||| || | | ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||| |||||    
T  47480086 gtctcttacacactctcacatgggggtggtacaatgtgtgtatggaagaaagtgtatacattaaagattgtcctt 47480012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 113 - 181
Target Start/End: Original strand, 31741148 - 31741217
Alignment:
Q  113 tcacacactctcatatag-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    ||||||||||||| || | |||||||||  |||||||| ||||||||  ||| |||||||||||||||||    
T  31741148 tcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatagaaaaaaggatgttcatgaaacattatcctt 31741217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 37536386 - 37536317
Alignment:
Q  109 tctctcacacactctcatat-agagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattat 177  Q
    ||||||| ||||||||| || | ||||||||||||||||||| || ||||  |||| |||||||||||||    
T  37536386 tctctcaaacactctcacatgaaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaatggtgttcatgaaacattat 37536317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 135 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 42974439 - 42974395
Alignment:
Q  135 gtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    |||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||    
T  42974439 gtacaatgtgtgtatggaaacaaaggtgttcatgaaacattatcc 42974395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 23)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 20 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 25164632 - 25164471
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggt-cctcc-cacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||       ||||||||||  ||||||||||    
T  25164632 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttcctccacacacaaaaaaactcacatgtattgtctctcaca 25164533  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25164532 cactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 25164471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 20 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 37605852 - 37605691
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnnc--tcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||          |||||||||  ||| ||||||    
T  37605852 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccccacacacaaaaaaagtcacatgtattgtccctcaca 37605753  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37605752 cactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 37605691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 20 - 180
Target Start/End: Original strand, 17044024 - 17044185
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcc-cacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcacac 118  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | || |||||        || ||||||  |||||||||||    
T  17044024 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttccccacacacaaaaaaagtcccatgtattgtctctcacac 17044123  T
Q  119 actctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17044124 actctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 17044185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 20 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 45996055 - 45995895
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcc-cacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcacac 118  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  || |||||       ||||||||||  |||||||||||    
T  45996055 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgttcttgtggtctcccacacacaaaaaaactcacatgtattgtctctcacac 45995956  T
Q  119 actctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  45995955 actctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaaatgtgtacatgaaacattatcc 45995895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 20 - 180
Target Start/End: Original strand, 55281229 - 55281391
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnnc--tcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||          |||||||||  ||||||||||    
T  55281229 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccccacacacaaaaaaagtcacatgtattgtctctcaca 55281328  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    || ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55281329 cattctcacatggagtggtacaatgtatgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 55281391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 20 - 180
Target Start/End: Original strand, 43749113 - 43749277
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggt-cctcc---cacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctca 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||       ||||||| ||  ||| ||||    
T  43749113 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtccctccacacacacaaaaaagctcacatatattgtccctca 43749212  T
Q  116 cacactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    |||||||| | || |||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43749213 cacactcttacatggagtggtacaatatatgtatgaaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 43749277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 96 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 39631093 - 39631002
Alignment:
Q  96 ctcacatgtagggtctctcacacactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatccttatttta 187  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  39631093 ctcacatgtattgtctctcacacactctcacatagagtggtacaatgtgtatatggaaaaaagtatgtacatgaaacattatccttttttta 39631002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 20 - 179
Target Start/End: Original strand, 3287105 - 3287262
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcacaca 119  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||   ||||||          ||  |||   |||||||||||    
T  3287105 cttagatggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagagtccttgtggtctctccacacaaaaaaa---actcgtattatctctcacaca 3287201  T
Q  120 ctctcatatagagtggtacaatgtgtgtatgg-aaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3287202 ctctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 3287262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 20 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 5817541 - 5817380
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggt--cctcccacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||  || | |||||       |||| || ||  |||||  |||    
T  5817541 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacaccaaaaaactcatatttattgtctcctaca 5817442  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    |||| | | || | ||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||    
T  5817441 cacttttacatggggtggtacaatgtgtgtatggagaaaaggatgtacatgaaacattatcc 5817380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 108 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 24059206 - 24059133
Alignment:
Q  108 gtctctcacacactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    |||||| ||||||||| | || | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  24059206 gtctcttacacactcttacatggggtggtacaatgtgtgtatggaagaaagtgtgtacataaaacattatcctt 24059133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 131 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 51293130 - 51293081
Alignment:
Q  131 agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  51293130 agtggtacaatgtgtgtatgaaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 51293081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 20 - 182
Target Start/End: Original strand, 51579601 - 51579765
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccaca--cnnnnnnnctcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| | | |||| ||||| |||||| |||| | | | ||||  |       ||||||| ||  |||||| |||    
T  51579601 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccaaatacaattgtgacatgtgtccatgtgattcccacacatacaaaaaaactcacatttattgtctcttaca 51579700  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctta 182  Q
    |||||||| || | ||||||||||||||||||| || ||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  51579701 cactctcacatggggtggtacaatgtgtgtatgaaagaaagtgtttacataaaacattatcctta 51579765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 120 - 181
Target Start/End: Original strand, 5208425 - 5208486
Alignment:
Q  120 ctctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    |||||| || |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5208425 ctctcacatggagtggtacaatatgtgtatgaaaaaaagtgtgtacataaaacattatcctt 5208486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 109 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 32525092 - 32525034
Alignment:
Q  109 tctctcacacactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacat 167  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  32525092 tctctcacacactctcatatggggtgatacaatgtgtgtatggaaaaaaaggtgtacat 32525034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 131 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 14150008 - 14149958
Alignment:
Q  131 agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  14150008 agtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcctt 14149958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 78
Target Start/End: Original strand, 51579341 - 51579399
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggt 78  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||||| ||||||    
T  51579341 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacatacaattgtgacatgtgtccatgtggt 51579399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 25784069 - 25784025
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgaca 64  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  25784069 cttaggtggcatgtaccacttgtacatccacacataattgtgaca 25784025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 88
Target Start/End: Original strand, 36851248 - 36851316
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacac 88  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||| ||| |||||| |||||    
T  36851248 cttaagtggcatgtaccacttgtacacccacgcatgattgtgacatgtgtccatgtagtcctcacacac 36851316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 108 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 40947175 - 40947103
Alignment:
Q  108 gtctctcacacactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    |||||||||||||||||||||  | ||||||||| | | |||| ||||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  40947175 gtctctcacacactctcatatgaaatggtacaatatttatatgaaaaaaagagtgtccataaaacattatcct 40947103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 42179298 - 42179238
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcc 80  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||  || |||| ||||| |||||| ||||||||    
T  42179298 cttaggtggtatgtaccacttatacacccatgcacaattgtgacatgtgtccatgtggtcc 42179238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 108 - 179
Target Start/End: Original strand, 48525436 - 48525508
Alignment:
Q  108 gtctctcacacactctcatataga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    |||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||| ||  |||| |||| |||||||||||||||    
T  48525436 gtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagaggaaagggtgttcatgaaacattatcc 48525508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 80
Target Start/End: Original strand, 50498231 - 50498291
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcc 80  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||| |||||| ||||||||    
T  50498231 cttaggtagtatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtcc 50498291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 114 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 25783974 - 25783908
Alignment:
Q  114 cacacactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    |||||||||||| ||||  |||||||| |||||||| |||||||   ||| ||||||||||||||||    
T  25783974 cacacactctcacataggatggtacaacgtgtgtatagaaaaaaagatgttcatgaaacattatcct 25783908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 20 - 180
Target Start/End: Original strand, 9045854 - 9046015
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcc-cacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcacac 118  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||       || |||||||  |||||||||||    
T  9045854 cttaggtggcatgtatcacttgtacacccacacacaattttgacaagtgttcttgtggtcctccacacacacaaaaacttacatgtattgtctctcacac 9045953  T
Q  119 actctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9045954 actctcacatggagtggtacaatgtgtgtatgaaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 9046015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 20 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 34792812 - 34792651
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtc-ctcc-cacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||       ||||||||||  ||||||||||    
T  34792812 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacatataattttgacaagtgtccttgtggtctctctacacacacaaaaactcacatgtattgtctctcaca 34792713  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34792712 cactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 34792651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 20 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 14314147 - 14313985
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnnc--tcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||          |||||||||  ||||||||||    
T  14314147 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttcccccacacacaaaaaaagtcacatgtattgtctctcaca 14314048  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14314047 cactctcacataaagtggtacaatgtgtgtatgga-aaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 14313985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 20 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 1244717 - 1244554
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnn--ctcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    |||| |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||         ||||||||||  |||||||  |    
T  1244717 cttaagtggcatgtaccacttgtacatccacacacaattttggcaagtgtccttgtggtccccccacacacaaaaaaactcacatgtattgtctctcgaa 1244618  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    |||||||||||  ||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1244617 cactctcatatgaagtagtacaatgtgtgtatgaaaaaaaatgtgtacatgaaacattatcctt 1244554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 133 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 9521858 - 9521810
Alignment:
Q  133 tggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||    
T  9521858 tggtacaatgtgtgtatggagaaaaggatgtacatgaaacattatcctt 9521810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 131 - 179
Target Start/End: Original strand, 16718131 - 16718179
Alignment:
Q  131 agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||    
T  16718131 agtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 16718179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 108 - 182
Target Start/End: Original strand, 12748322 - 12748397
Alignment:
Q  108 gtctctcacacactctcatataga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctta 182  Q
    |||||||| ||||||||| || || ||||||||||||||||||  | ||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  12748322 gtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtataaagaaaagggtgtttatgaaacattatcctta 12748397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 113 - 183
Target Start/End: Original strand, 23916077 - 23916148
Alignment:
Q  113 tcacacactctcatatag-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatccttat 183  Q
    ||||||||||||| || | |||||||||  ||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  23916077 tcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatgcagaaaagggtgttcatgaaacattatccttat 23916148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 20 - 71
Target Start/End: Original strand, 29429605 - 29429656
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtcc 71  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||| ||||| ||||||    
T  29429605 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacatacaattgtgacatgtgtcc 29429656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 9521978 - 9521945
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacaca 53  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9521978 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacaca 9521945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 78
Target Start/End: Original strand, 12748233 - 12748290
Alignment:
Q  21 ttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggt 78  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| |||||  ||||| ||||||    
T  12748233 ttaggtggcatataccacttgtacacccacatataattgtgacatctgtccatgtggt 12748290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 108 - 184
Target Start/End: Original strand, 32720469 - 32720546
Alignment:
Q  108 gtctctcacacactctcatatag-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatccttatt 184  Q
    |||||||||| ||| ||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||  |||| ||| || |||||||| ||||    
T  32720469 gtctctcacatactttcaaataggagtggtataatgtgtgtatggaaaaaaaggtgtccataaagcattatccatatt 32720546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 20 - 80
Target Start/End: Original strand, 23915993 - 23916053
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcc 80  Q
    ||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||| |||||| ||||||||    
T  23915993 cttagatggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtcc 23916053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 20 - 179
Target Start/End: Original strand, 38247819 - 38247979
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnnc--tcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||          |||||||||  ||||||||||    
T  38247819 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttcccccacacacaaaaaaagtcacatgtattgtctctcaca 38247918  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38247919 cactctcacatagagtggtacaatgtgtgtatgg-aaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 38247979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 20 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 12224164 - 12224006
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcc--tcccacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || |||||       ||||||||||  ||||||||||    
T  12224164 cttaggtggcatgtaccatttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtcccctcacacacaagaaaactcacatgtattgtctctcaca 12224065  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattat 177  Q
    ||||||||  |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12224064 cactctcacctgaagtggtacaa-gtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattat 12224006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 20 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 48034970 - 48034808
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctccc---acacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcac 116  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||   ||||       |||| |||||  |||||||||    
T  48034970 cttaggtgacatgtaccacttgtacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcccccccacacacaaaaaaactcaaatgtattgtctctcac 48034871  T
Q  117 acactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    ||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  48034870 acactctcacatgaagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacataaaacattatcc 48034808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 20 - 181
Target Start/End: Original strand, 9271131 - 9271296
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggt-cctcc---cacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctca 115  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||       ||||||||||  ||| ||||    
T  9271131 cttagatggcatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtccctccacacacacaaaaaaactcacatgtattgtccctca 9271230  T
Q  116 cacactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    |||||||| | ||  ||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9271231 cacactcttacatgaagtggtacaatatatgtatgaaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 9271296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 20 - 179
Target Start/End: Original strand, 50989224 - 50989385
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcc--cacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||   || |       ||||||||||  ||||||||||    
T  50989224 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccctaaacgcaaaaaaactcacatgtattgtctctcaca 50989323  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    |||||||| ||  ||||||| |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  50989324 cactctcacatgaagtggtataatgtgtgtataaaaaaaaatgtgtacatgaaacattatcc 50989385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 20 - 179
Target Start/End: Original strand, 51092356 - 51092517
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcc--cacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||   || |       ||||||||||  ||||||||||    
T  51092356 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccctaaacgcaaaaaaactcacatgtattgtctctcaca 51092455  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    |||||||| ||  ||||||| |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  51092456 cactctcacatgaagtggtataatgtgtgtataaaaaaaaatgtgtacatgaaacattatcc 51092517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 20 - 186
Target Start/End: Original strand, 8496727 - 8496896
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnn----ctcacatgtagggtctctca 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| |||||||           |||| |||||  ||||||||    
T  8496727 cttaggtggcatgtaccacttgtccacccacatacaattttgacaagtgtctttgtggtcc-cccacacgcaaaaaaatactcatatgtattgtctctca 8496825  T
Q  116 cacactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatccttatttt 186  Q
    || ||||||| || |||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  8496826 catactctcacatggagtggtagaatgtgtgtatgaaaaaaagtgtgtgcatgaaacattattcttctttt 8496896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 20 - 88
Target Start/End: Original strand, 33288153 - 33288221
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacac 88  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | |||||  |||||||||| |||||    
T  33288153 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattgtgatatgtgtctatgtggtcctcacacac 33288221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 180
Target Start/End: Original strand, 23004777 - 23004938
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcacaca 119  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || | | |||||||| | |||||       |||||||  |    || |||||||    
T  23004777 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattgtgacatgtattcatgtggtccccacacacataaaaactcacattcacacactttcacaca 23004876  T
Q  120 ctctcatatag-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    |||||| || | |||||| ||  ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  23004877 ctctcacatggaagtggtgcatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 23004938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 180
Target Start/End: Original strand, 46135636 - 46135708
Alignment:
Q  109 tctctcacacactctcatatagag-tggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    ||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||| ||||   ||| ||||||||||||||||    
T  46135636 tctctcacacactctcacataggggtggtacaatgtgtgtatggagaaaatgatgttcatgaaacattatcct 46135708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 181
Target Start/End: Original strand, 54713546 - 54713708
Alignment:
Q  21 ttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccaca--cnnnnnnnctcacatgtagggtctctcacac 118  Q
    |||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||| |||||| |||  ||| | ||||  |       |||| || ||  |||||||||||    
T  54713546 ttaggtggcatgtaccacttgaacatccacacataattatgacatgtgtccatgtaatccccacacatacaaaagaactcatatttattgtctctcacac 54713645  T
Q  119 actctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    ||||||| || | ||  || ||||| ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  54713646 actctcacatggggttatataatgtatgtgtggaaaaaagggtgtacatgaaatattatcctt 54713708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 108 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 36674591 - 36674519
Alignment:
Q  108 gtctctcacacactctcatataga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    |||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||| || |||||  ||| |||||||||| ||||    
T  36674591 gtctctcaaacactctcatatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaaggatgttcatgaaacataatcc 36674519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 110 - 179
Target Start/End: Original strand, 40725959 - 40726029
Alignment:
Q  110 ctctcacacactctcatatag-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    |||||||||| ||||| |||| |||| ||||  ||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||    
T  40725959 ctctcacacattctcacataggagtgatacatagtgtgtatgaaaaaaaatgtgtccatgaaacattatcc 40726029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 86; Significance: 6e-41; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 20 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 43066065 - 43065903
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcc-cacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcacac 118  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||       ||||||||||  |||||||||||    
T  43066065 cttaggtggcatgtaccacttgtacatccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtcccccacacacaaaaaaactcacatgtattgtctctcacac 43065966  T
Q  119 actctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    ||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  43065965 actctcacatggaatggtacaatgtatgtatggaaaaaaatgtgtacataaaacattatcctt 43065903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 20 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 14342350 - 14342186
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataatttt-gacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnnc---tcacatgtagggtctctca 115  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| ||           |||||||||  ||||||||    
T  14342350 cttaggtggcatgtaccacttatacacccacacacaatttttgacaagtgtccttgtggtccccccatacacaaaaaaaattcacatgtattgtctctca 14342251  T
Q  116 cacactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14342250 cacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 14342186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 20 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 1993801 - 1993638
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnn---ctcacatgtagggtctctcac 116  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||          ||||||||||  ||||||||     
T  1993801 cttaggtggcatgtatcacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtctccccacacataaaaaaaactcacatgtattgtctctcat 1993702  T
Q  117 acactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 180  Q
    ||||||||| ||  | |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1993701 acactctcacatgaaatggtacaatgtgtgtatgaaaaaaagtgtgtacacgaaacattatcct 1993638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 96 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 4076852 - 4076767
Alignment:
Q  96 ctcacatgtagggtctctcacacactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4076852 ctcacatgtattgtctctcacacactctcacatagagtggtacaatatgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 4076767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 179
Target Start/End: Original strand, 11904874 - 11905035
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcc--tcccacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||   | |||||       ||||  | | | |||||||| |    
T  11904874 cttaggtggcatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtccctactcacac-aagaaactcatcttttgtgtctctcaaa 11904972  T
Q  118 cactctcatatag-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    |||||||| || | ||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||    
T  11904973 cactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 11905035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 4077122 - 4077062
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcc 80  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| || ||||| |||||| ||||||||||    
T  4077122 cttaggtggcatgtaccacttgtatacccacacacaactttgataagtgttcttgtggtcc 4077062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 8368532 - 8368472
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcc 80  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||  |||||||    
T  8368532 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattgtgacatgtgtccacgtggtcc 8368472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 113 - 179
Target Start/End: Original strand, 28898100 - 28898167
Alignment:
Q  113 tcacacactctcatat-agagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||    
T  28898100 tcacacactctcatatgagagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcc 28898167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 108 - 188
Target Start/End: Original strand, 31774837 - 31774917
Alignment:
Q  108 gtctctcacacactctcatat-agagtggtacaatgtgtgtatg-gaaaaaagtgtgtacatgaaacattatccttattttaa 188  Q
    |||| ||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||  |||||||||||||||||||||    
T  31774837 gtctttcacacactctcacatgatagtggtacaatgtgtgtatgagaaaatagtgtctac--gaaacattatccttattttaa 31774917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 108 - 182
Target Start/End: Original strand, 35200666 - 35200741
Alignment:
Q  108 gtctctcacacactctcatataga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctta 182  Q
    |||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||| || ||||| |||| ||| ||||||||||||||    
T  35200666 gtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatcaaacattatcctta 35200741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 46 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 5749162 - 5749029
Alignment:
Q  46 cccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcacacactctcatatagagtggtacaatgtgt 145  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||| | |||||       || |||| ||  |||||||||||||||||| || | |||||| ||||| |    
T  5749162 cccacacataattatgacatgtgtccatgtgatccccacacacaaaaaaacttacatttattgtctctcacacactctcacatggggtggtataatgtat 5749063  T
Q  146 gtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
    ||||| ||||||   ||||||||||| |||||||    
T  5749062 gtatgaaaaaaaagatgtacatgaaatattatcc 5749029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 33 - 79
Target Start/End: Original strand, 10592010 - 10592056
Alignment:
Q  33 taccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtc 79  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||| |||||||    
T  10592010 taccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtc 10592056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 108 - 169
Target Start/End: Original strand, 10592086 - 10592148
Alignment:
Q  108 gtctctcacacactctcatat-agagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatga 169  Q
    |||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||  ||||||| |||| |||||    
T  10592086 gtctctcaaacactctcatatgaaagtggtacaatgtgtgtataaaaaaaagggtgttcatga 10592148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 108 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 16465679 - 16465610
Alignment:
Q  108 gtctctcacacactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattat 177  Q
    |||||||||||| ||| | || | |||||||| ||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||    
T  16465679 gtctctcacacattctgaaatggggtggtacattgtgtgtattgaaaaaaaggtgtccatgaaacattat 16465610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 20 - 80
Target Start/End: Original strand, 2599552 - 2599612
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcc 80  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||| |||| | ||||||||    
T  2599552 cttaggtggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgttcatgtggtcc 2599612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 20 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 41075758 - 41075698
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcc 80  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||| | ||||||||    
T  41075758 cttaggtgacatgtaccacttgtacacccacatacaattgtgacatgtgttcatgtggtcc 41075698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0933 (Bit Score: 71; Significance: 5e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0933
Description:

Target: scaffold0933; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 30 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 3204 - 3054
Alignment:
Q  30 atgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnnctcacatgtagggtctctcacacactctcatata 129  Q
    |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| | |||||        ||| |||||  |||||||| ||||||||| ||     
T  3204 atgtaccatttgtacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtagtcc-ctcacacaaaaaaattcatatgtattgtctctcatacactctcacatg 3106  T
Q  130 gagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 181  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3105 gagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacattatcctt 3054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0533 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0533
Description:

Target: scaffold0533; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 20 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 10392 - 10232
Alignment:
Q  20 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacnnnnnnn--ctcacatgtagggtctctcaca 117  Q
    ||||||||  |||||| ||||||| |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||         ||||||||||  ||||||||||    
T  10392 cttaggtgacatgtactacttgtatattcacatataattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacaaaaaaactcacatgtattgtctctcaca 10293  T
Q  118 cactctcatatagagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 179  Q
     ||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  10292 tactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatgga-aaaagtgcgtacatgaaacattatcc 10232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University